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谷胱甘肽转移酶(Clutathion S-transferases,GSTs)是生物体内的一类同工酶,其主要功能是催化有害物质的亲电子团与还原型谷胱甘肽的巯基耦联,从而达到分解有害物质的目的。由于鲤经历了多次基因组复制,其体内GST基因数目发生了变化。本文在NCBI下载了小鼠(Mus musculus)、人(Homo sapiens)、斑马鱼(Danio rerio)、鲢鱼(Hypophthalmichthys molitrix)、鲫鱼(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)和尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的GST基因序列,使用MEGA6软件构建系统发育树,并对鲤GST基因进行命名。结果表明GST基因家族在进化上具有一定的保守性。物种聚类越近,亲缘关系越近,GST基因的相似度越高。鲤部分GST基因数目是斑马鱼的两倍,证实鲤在进化过程中比斑马鱼多一轮全基因组复制,但一些GST基因数目与斑马鱼相同甚至更少,说明存在部分基因丢失的现象。本文为鲤的基因进化研究提供了一定的借鉴,对鲤优良品种选育具有一定的参考价值。 相似文献
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为了研究鲤科鱼类最具代表性的二个物种—鲤和草鱼IL17受体基因家族的起源进化,实验采用比较基因组学和生物信息学的方法,分别在鲤和草鱼基因组数据库进行序列比对和注释,然后对得到的基因进行结构域和系统发育学分析,最后在12个不同组织中进行基因表达分析研究。结果显示,在鲤和草鱼中分别注释得到9个和5个IL17受体基因家族成员。系统发育分析显示,该基因家族不存在鱼类特有的基因,在硬骨鱼类中具有一定的保守性。比较基因组学结果显示,与四足动物相比,大多数硬骨鱼类中IL17受体基因没有明显增多。鲤与草鱼等其他硬骨鱼类相比,除IL17RB以外,其余IL17受体基因家族成员均加倍。不同组织的表达分析结果显示全基因组复制后不同基因拷贝的功能发生了分化。研究表明,虽然硬骨鱼经历第三轮全基因组复制,但是由于复制发生时间久远,大多数基因已经发生改变或退化,进而在基因组中丢失。而鲤第四轮基因组复制时间发生在820万年前,复制发生时间较近,故复制后的基因基本得以保留。但是对于一些具有特殊功能的高度保守基因(例如IL17RB),也会发生在极短时间内出现丢失现象。鲤和草鱼健康组织的表达谱分析结果同样表明,鲤IL17受体基因的不同拷贝之间已经发生了快速进化及亚功能化,并且这种现象在鲤四倍体基因组中普遍存在。 相似文献
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