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【目的】通过转录组测序分析干旱胁迫的小麦,以期挖掘小麦响应干旱胁迫的关键基因。
【方法】采用高通量 Illumina Hiseq 2500 测序平台对郑麦 366 号正常生长与自然干旱处理进行测序,并对测序数
据进行分析,筛选响应干旱胁迫的关键基因。【结果】两组样品中分别获得 45 471 018、45 133 470 个 clean read
片段,包含 6.82 Gb、6.39 Gb 碱基信息,拼接组装后,得到 188 334 个转录本和 119 588 个 Unigenes。通过筛选
共获得 1 207 个 DEGs,其中 752 个上调,455 个下调。GO 功能富集分析显示,上调的 DEGs 主要富集在水解酶
活性、催化活性、代谢过程、甘油代谢过程、膜和细胞部分等;下调的 DEGs 富集在细胞器、细胞和氧化还原
酶活性的最多。KEGG 途径富集分析发现,DEGs 显著富集于淀粉和蔗糖代谢、卟啉和叶绿素代谢、光合作用 -
天线蛋白、光合作用、苯丙烷生物合成、乙醛酸和二羧酸代谢、甘油磷脂代谢、氨基酸代谢和光合生物中的碳
固定等代谢通路。5 个抗氧化酶基因的 qRT-PCR 结果与 RNA-Seq 测序结果变化趋势相一致。【结论】利用转录
组测序技术获得了大量小麦抗旱相关基因,为深入研究小麦响应干旱胁迫的分子机制提供更多的基因遗传资源。 相似文献
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以裸子植物高山松为试验材料,利用笔者所在实验室前期构建的高山松miRNA数据,通过生物信息学方法筛选与高山松生长发育相关的miR171a,并通过基于RNA连接酶的cDNA末端快速扩增法(RLM-5′RACE)验证得出,GRAS家族转录因子(Unigene10015)和肌动蛋白结合蛋白(Unigene83401)的基因为高山松miR171a的靶基因.通过PCR技术克隆得到的高山松miR171a前体序列可形成茎环发夹结构,但其成熟序列的碱基保守性较差.系统进化分析显示,pde-miR171a与裸子植物火炬松的进化关系较近.经qRT-PCR分析发现,pde-miR171a在高山松茎中的相对表达量最高,其次是在针叶中,而靶基因Unigene10015在茎、针叶中的相对表达量较低,暗示pde-miR171a可以通过调控靶基因Unigene10015而参与高山松的生长发育. 相似文献
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如何在重金属镉(Cd)超标的土壤中生产出质量达标米已成为亟需解决的问题。为探讨稻-鱼种养对大米Cd积累的减控效果,本研究建立了稻(喜两优超占)-鱼(合方鲫2号)种养系统,比较了稻-鱼共作系统和水稻单作系统中环境介质、米、鱼等Cd含量,以及米、鱼的生物学性状。结果显示,稻-鱼共作合方鲫2号平均体重为331.7 g,相比鱼种增重1.7倍。不同种养系统大米的营养品质无显著差异。稻田土壤总Cd平均含量为0.472 mg/kg (pH=5.5),略高于污染临界值0.40 mg/kg (5.5≤pH≤6.5),不同种养系统土壤总Cd含量与土壤pH无显著差异。合方鲫2号内脏虽有少量Cd积累[(0.060±0.032)mg/kg],但肌肉Cd含量很低(<0.003 mg/kg)。水稻单作大米Cd平均含量为0.311 mg/kg,达到国家粮食安全标准限定值的1.6倍。稻-鱼共作大米Cd平均含量仅0.034 mg/kg,较水稻单作大米Cd含量下降89.1%,水稻单作大米Cd含量与土壤总Cd含量呈极显著正相关(r=0.802),而稻-鱼共作系统则无该显著相关性。研究表明,合方鲫2号是适合稻-鱼种养的好... 相似文献
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