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本研究对1株H5N2亚型禽流感病毒(CK/GD02/14)进行全基因测序及遗传进化分析,结果显示,该病毒HA蛋白裂解位点含有多个连续的碱性氨基酸(321PQIEGRRRKR*GLF333),为高致病性禽流感病毒特征。遗传进化分析结果显示,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)各基因片段都有较高的同源性(97.6%~98.9%)。HA基因位于H5N1亚型遗传进化树的7.2分支,NA基因属于H9N2亚型遗传进化树的BJ/1/94-like分支。其内部基因与1株H9N2亚型病毒的内部基因有较高的同源性,但其M基因属于类H5N1病毒分支,表明该H5N2亚型禽流感病毒为H9N2和H5N1亚型禽流感病毒的重组毒株。结果表明,CK/GD02/14与A/chicken/Jiangsu/1001/2013(H5N2)为同源毒株,可能由江苏传到广东地区。 相似文献
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为了解鸡传染性贫血病毒(chicken anemia virus,CAV)广东分离株变异情况,通过PCR方法克隆了于2012年分离到的10株CAV的编码区序列,并对其进行了测序及分子进化分析。结果显示,广东CAV分离株编码区全长1 823bp,含有3个互相重叠的开放阅读框(ORF)。序列分析表明,广东省CAV分离株与GenBank上已发表的其他36株CAV比较,VP1核苷酸的同源性在94.1%99.2%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.3%99.2%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.3%99.3%之间;VP2的核苷酸同源性在98.2%99.3%之间;VP2的核苷酸同源性在98.2%100%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.9%100%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.9%99.5%之间;VP3的核苷酸同源性在97.8%99.5%之间;VP3的核苷酸同源性在97.8%100%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.1%100%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.1%99.2%之间;VP1蛋白共有17个位点发生了变异,VP2蛋白共有11个位点发生了变异,VP3蛋白共有6个位点发生了变异。分子进化分析显示,10株CAV广东分离株主要位于两个分支,其中9株CAV分离株与GenBank上已发表的35株CAV处于一个大分支,而GDN-12与分离株KC414026处于另外一个小分支,由此得出其中9株广东CAV分离株是目前主要的流行毒株。 相似文献
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