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旨在将整合元共祖的一步法(single-step genomic best linear unbiased prediction with metafounders,MF-SSGBLUP)应用到基因组联合育种中,并与其他经典基因组选择方法进行比较分析。本研究使用QMSim软件模拟3个系谱相互独立的奶牛群体;分别使用广义最小二乘法(generalized least squares,GLS)和原始方法(naïve,NAI)估计不同群体间的祖先关系矩阵Γ;将MF-SSGBLUP、SSGBLUP和BLUP用于3个模拟群体的联合育种,评估各方法在遗传参数和育种值估计方面的差异。在不同遗传力下,GLS所得的Γ矩阵在对角线元素上略低于NAI法,在非对角线元素上没有明显差异,且基因组关系矩阵与基于元共祖构建的亲缘关系矩阵对角线元素相关系数(0.750~0.775)高于基因组关系矩阵与传统的亲缘关系矩阵相关系数(0.508~0.572)。MF-SSGBLUP遗传力估计值(0.138、0.140、0.297和0.298)与当代群体遗传力(0.107和0.296)的偏差小于其余两种方法(0.145、0.173、0.273和0.340),且MF-SSGBLUP估计育种值准确性(0.888~0.908)高于SSGBLUP法(0.863~0.876)和BLUP法(0.854~0.871)。表明,MF-SSGBLUP的遗传参数估计值无偏性更好,估计育种值准确性更高。根据上述模拟数据结果表明,在联合育种中,整合元共祖的基因组选择方法优于其他经典基因组选择方法。 相似文献
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miR-200c和miR-429靶向调节绵羊皮下脂肪细胞中SCD1表达的研究 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在预测并验证调节绵羊皮下脂肪细胞中SCD1基因表达的关键miRNAs。本研究利用4个生物信息学软件TargetScan、mirDB、StarBase和miRanda预测与该基因具有靶标关系的关键miRNAs;利用双荧光素酶报告系统验证SCD1基因与miRNAs的靶标关系;利用荧光定量PCR和Western-blotting技术,分别在mRNA和蛋白水平上检测miRNAs对SCD1 mRNA和蛋白质表达的影响。预测结果表明,miR-200c和miR-429是调控SCD1基因表达的关键miRNAs;双荧光素酶报告系统检测证明,2个miRNAs与SCD1基因都具有靶标关系;荧光定量PCR显示,miR-200c和miR-429显著抑制SCD1 mRNA的表达(P0.05),且miR-200c作用更大;Western-blotting显示,miR-200c和miR-429极显著抑制SCD1蛋白质的表达(P0.01);显微镜观察发现,miR-200c和miR-429抑制绵羊皮下脂肪细胞脂滴生成。由此证明,miR-200c和miR-429均靶向抑制SCD1基因的表达,进而抑制绵羊脂肪生成。 相似文献
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旨在揭示miR-33a在绵羊前体脂肪细胞分化中的生物学功能。本研究以15日龄雄性绵羊背部皮下前体脂肪细胞为试验材料,所有的试验均设立3个重复;利用生物信息学软件预测miR-33a的靶基因,并通过双荧光素酶报告试验对预测的潜在靶基因进行验证;用qPCR和Western blotting分别检测miR-33a、Lipin1和IRS2及其编码蛋白的表达,以揭示miR-33a与其靶基因在绵羊前体脂肪细胞分化中的表达规律;慢病毒介导实现miR-33a的过表达和干扰后,检测Lipin1、IRS2和成脂标志基因的表达,并用油红O染色检测脂滴沉积能力,以解析miR-33a对其靶基因的调节机制。生物信息学分析发现,miR-33a与Lipin1和IRS2 3'-UTR都存在结合位点,miR-33a显著下调Lipin1和IRS2野生型双荧光质粒的相对荧光活性（P<0.05）;在绵羊前体脂肪细胞分化中,miR-33a与Lipin1和IRS2的表达趋势相反;过表达miR-33a后,显著下调了Lipin1（P<0.01）和IRS2（P<0.05）及其编码蛋白以及成脂标志基因的表达;干扰miR-33a后,这些基因和蛋白的表达则显著上调;过表达miR-33a减少了脂滴沉积,干扰miR-33a促进了脂滴沉积。在绵羊前体脂肪细胞分化中,miR-33a与Lipin1和IRS2的表达呈负相关。miR-33a靶向Lipin1和IRS2的3'-UTR抑制绵羊前体脂肪细胞分化和脂滴沉积。 相似文献
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旨在预测并验证调节FoxO1基因表达的关键miRNAs及其调节脂肪分化的机制。本研究利用4个在线软件预测与FoxO1基因具有潜在靶标关系的miRNAs。用双荧光素酶报告系统检测荧光活性。用荧光定量PCR、Western blotting和油红O染色,分别在mRNA和蛋白水平上检测miRNA对FoxO1表达的影响以及对绵羊前体脂肪细胞分化的调节作用。结果表明,miR-142和miR-144与FoxO1具有靶标关系。过表达miR-142和miR-144显著抑制了双荧光素酶报告载体的荧光活性,下调了FoxO1mRNA(P0.01)及其编码蛋白的表达(P0.05)。miR-142和miR-144均可促进绵羊前体脂肪细胞分化,加快脂滴形成。由此证明,miR-142和miR-144靶向负调节FoxO1的表达,进而通过FoxO1对PPARγ的负调节促进绵羊前体脂肪细胞的分化。 相似文献
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【目的】通过理论预测与试验验证,旨在揭示miR-433-3p对BCKDHB的调节机制。【方法】利用Target Scan、miRanda和DIANA-micro T 3个在线软件,以BCKDHB的序列预测与BCKDHB有靶标关系的相关miRNAs。为了验证理论上的预测结果,用设计好的BCKDHB 3′-UTR的特异性引物进行PCR扩增,得到目的片段并进行割胶回收和纯化,并将Pmir-GLO与目的片段同时使用Xho Ⅰ和Xba Ⅰ两个限制性内切酶进行双酶切,再用T4连接酶连接双酶切之后的目的片段和Pmir-GLO,成功构建BCKDHB 3′-UTR的双荧光素酶报告载体。从公司购买miR-433-3p的过表达载体mimics和阴性对照载体NC,设置miR-433-3p过表达、阴性对照、空白对照3个组,分别将2组载体和双荧光素酶报告载体利用lipofectamineTM3000转染试剂共转染至miR-433-3p过表达、阴性对照组的HEK-293T细胞中,空白对照组中的HEK-293T细胞正常培养,之后分别检测3组细胞中的荧光活性,得到萤火虫荧光素酶活性和海肾荧光素酶活性,以海肾荧光素酶活性为内参计算萤火虫荧光素酶的相对活性。便于了解miR-433-3p和BCKDHB在绵羊前体脂肪细胞中的调控机制,对采取的绵羊尾部前体脂肪细胞进行离体培养。用过表达miR-433-3p的方法探索miR-433-3p在绵羊前体脂肪细胞中对BCKDHB的调控,提取过表达miR-433-3p前后细胞的总RNA和总蛋白,利用RT-qPCR检测过表达miR-433-3p前后的miR-433-3p和BCKDHB m RNA的表达量、以及利用Western blotting技术检测BCKDHB在过表达前后的蛋白水平。为了解绵羊前体脂肪细胞分化过程中BCKDHB和miR-433-3p表达量的变化,用RT-qPCR检测前体脂肪细胞分化过程中BCKDHB和miR-433-3p的时序表达。为增加结果的可信度,还对分化过程中不同时段的细胞进行了照片采集和油红O染色。【结果】miR-433-3p在BCKDHB3′-UTR的第8—28个碱基处存在理论上的结合位点。通过比较过表达组,阴性对照组,对照组的相对荧光活性发现过表达miR-433-3p后,BCKDHB 3′-UTR重组双荧光载体的相对荧光活性降低(P0.01),说明miR-433-3p可以与BCKDHB 3′-UTR特异性结合,验证了预测结果的准确性。在绵羊前体脂肪细胞中过表达miR-433-3p后,通过比较过表达组和阴性对照组BCKDHB的m RNA和蛋白的相对表达量,发现过表达组BCKDHB m RNA和蛋白的相对表达量低于阴性对照组(P0.05),说明miR-433-3p在绵羊前体脂肪细胞中对BCKDHB有负调控作用。在诱导绵羊前体脂肪细胞分化为成熟脂肪细胞的过程中,从采集到的图片和油红O染色的结果发现此过程中脂滴聚积得越来越多,油红O染色验证了脂滴的聚集。另外,在分化过程中检测到miR-433-3p和BCKDHB m RNA的表达量呈现负相关关系。【结论】这些结果充分说明miR-433-3p通过与BCKDHB 3′-UTR的结合负调节该基因及其编码蛋白的表达,为进一步研究BCKDHB调节绵羊脂肪代谢的分子机理提供了科学依据。 相似文献
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为深入研究SIRT1基因及其编码蛋白的结构和功能,特别是在各信号通路中的作用,本文基于NCBI发布的包括绵羊在内的9个物种的SIRT1基因的核苷酸和蛋白质序列,采用生物信息学方法分析SIRT1蛋白的理化性质和蛋白结构,预测了绵羊SIRT1蛋白的结构和翻译后修饰位点。结果表明,不同物种SIRT1蛋白的理化性质基本一致。绵羊SIRT1是一种接近于中性的亲水性脂溶蛋白,预测其有40个潜在的O-糖基化位点、2个N-糖基化位点、33个磷酸化位点、18个乙酰化修饰位点、11个泛素化修饰位点和3个类泛素化修饰位点。这些结果为进一步研究SIRT1的功能和表达调控奠定了科学依据。 相似文献
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SIRT1(silent mating type information regulation 2homolog1)是一种具有NAD+依赖性去乙酰化酶活性的转录调节因子,参与能量代谢的调节。利用实时荧光定量PCR技术,对10月龄山西肉用绵羊母本品系去势公羊内脏(肝、肾、脾、肺、心)、肌肉(背最长肌)和脂肪(大网膜、小网膜、肠系膜、腹膜后、皮下)等11种器官或组织中SIRT1基因mRNA的表达量进行检测,以探讨SIRT1基因的差异性表达规律。结果表明,绵羊SIRT1基因在所检测的器官或组织中均有表达,且差异极显著(P0.001)。主要表现在脾脏、肝脏和肾脏中的表达显著高于心脏和肺脏中的表达;深层脂肪组织中的表达高于浅层的皮下脂肪;在背最长肌中也有较高表达。这些差异与绵羊SIRT1基因调节脂质代谢及糖异生有关。有关结果为研究SIRT1基因的功能奠定了科学依据。 相似文献
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