Rapid detection of contagious ecthyma by loop-mediated isothermal amplification and epidemiology in Jilin Province China     

Kai WANG  Hongze SHAO  Zhihua PEI  Guixue HU 《The Journal of veterinary medical science / the Japanese Society of Veterinary Science》2016,78(1):125-128

The aim of this experiment was to develop a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay and to research the recent epidemiology of contagious ecthyma in Jilin Province, China, using the assay. A LAMP assay targeting a highly conserved region of the F1L gene was developed to detect contagious ecthyma virus (CEV). Three hundred and sixty-five cases from 64 flocks in 9 different areas of Jilin Province, China, from 2011 to 2014 were tested using the LAMP assay. The results showed that the sensitivity of the LAMP assay was 100 copies of the standard plasmid, which is 100-fold higher than the sensitivity of PCR. No cross-reactivity was observed with capripoxvirus, fowlpox virus, foot-and-mouth disease virus serotype O, foot-and-mouth disease virus serotype Asia I and bluetongue virus. The average positive rate was 19.73% (72/365), and the positive rate was highest in lambs aged 1–6 months. Our results demonstrated that CEV infection was very widespread in the flocks of Jilin Province and that the LAMP assay allows for easy, rapid, accurate and sensitive detection of CEV infection.  相似文献   

柑橘溃疡病菌LAMP实时浊度检测方法的建立及应用     

封立平  孔德英  孙涛  孙冬  纪瑛  王简 《热带作物学报》2015,36(6):1153-1160

以柑橘溃疡病菌特异性高的假定蛋白基因（登录号：AE008923.1）为靶标，设计并筛选4条引物来特异性识别靶标序列中的6个独立区域，建立柑橘溃疡病菌LAMP实时浊度检测方法。该方法利用实时浊度仪检测反应过程中产生的焦磷酸镁白色沉淀，实现对LAMP整个反应过程的实时监控。从镁离子浓度、甜菜碱浓度、dNTPs浓度、引物浓度和反应温度5个变量参数对 LAMP检测体系进行优化，并对方法的特异性、灵敏度、稳定性及实际样品检测效果进行评价。结果显示，该体系经优化后稳定性良好，可在66 ℃ 恒温条件下，60 min内完成检测；DNA检测下限可达0.02 ng/μL，灵敏度与荧光定量PCR方法相同，比常规PCR方法高1个数量级；能快速、准确地对田间疑似样品进行检测，与荧光定量PCR方法的检出情况一致，没有漏检。结果说明柑橘溃疡病菌实时浊度LAMP检测方法操作简便、所需时间短，特异性与灵敏度高，为柑橘溃疡病菌的快速筛查提供较好的途径。  相似文献   

饲料中动物源性成分微流控检测芯片的研究     

陈宇飞  杨柳  王磊 《饲料研究》2021,(4):92-95

试验以"LAMP+微流控"技术为基础,开发饲料动物源性成分检测芯片。针对牛、羊、猪、鸡的16srRNA靶序列,根据LAMP引物设计软件进行4种肉类LAMP引物设计。在LAMP优化试验、芯片优化测试、特异性验证试验和芯片应用测试中,进行最佳引物筛选测试和特异性测试。结果显示,筛选出的4种肉类最佳引物特异性强,最佳反应温度为65℃。芯片特异性验证试验的归一化荧光曲线显示,试验结果准确、特异性稳定。对饲料市场购买的16份样本中检测出的动物源性成分,采用中华人民共和国农业行业标准验证,符合率100%。微流控检测芯片的开发与应用为饲料中动物源性成分检测提供新方法,为饲料产品质量安全提供保障。  相似文献   

油菜黑胫病菌和茎基溃疡病菌的LAMP检测方法的建立   总被引：1，自引：0，他引：1  

杜然  张静  杨龙  吴明德  李国庆 《植物病理学报》2021,51(1):123-134

油菜黑胫病和油菜茎基溃疡病分别由子囊菌Leptosphaeria biglobosa和L.maculans引起.我国油菜产区仅发现L.biglobosa,未发现L.maculans.因而,L.maculans是我国的对外检疫性对象.这两种真菌形态相似,引起的病害症状相似,给田间快速准确鉴定带来难度.本研究基于环介导等温...  相似文献   

十足目虹彩病毒(DIV1)环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立及应用          下载免费PDF全文

邹莹  郭晓萌  万晓媛  邱亮  张庆利 《渔业科学进展》2020,41(6):156-164

本研究以十足目虹彩病毒(Decapod iridescent virus 1, DIV1)主要衣壳蛋白基因为靶序列设计引物,建立了DIV1的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification, LAMP)检测方法,并以pMD18-DIV1质粒标准品为模板对该方法的检测灵敏度、检测特异性等进行了评估。结果显示,此方法最适反应温度为64.4℃,优化后的25 μl反应体系中包含2.5 μl 10×Isothermal amplification buffer、4.0 mmol/L Mg2+、1.2 mmol/L dNTPs、6.4 U Bst 2.0 WarmStart® DNA聚合酶、0.8 μmol/L EvaGreen®和4.4 μl ddH2O。该方法检测灵敏度下限为3.54×102拷贝/反应;与虾肝肠胞虫(EHP)、致急性肝胰腺坏死病副溶血弧菌(VpAHPND)、对虾偷死野田村病毒(CMNV)、传染性皮下及造血组织坏死病病毒(IHHNV)、白斑综合征病毒(WSSV)、桃拉综合征病毒(TSV)和黄头病毒(YHV)等主要虾类病原没有交叉反应;具有较好的重复性和稳定性。以GeneFinder®替换EvaGreen®并将其预置于反应管内,结合上述扩增方法可实现对DIV1的现场快速高灵敏检测。本研究建立的DIV1-LAMP实时荧光定量和现场检测方法具有灵敏、特异和快速等特点,为近几年新发虾类病原DIV1的定性、定量以及现场快速检测提供了新的技术选择,有利于对虾养殖业中开展DIV1的监测、预警和防控。  相似文献   

环介导等温扩增联合横向流动试纸条可视化检测海豚链球菌方法的建立   总被引：4，自引：0，他引：4  

王瑞娜  周前进  陈炯 《农业生物技术学报》2014,(12)

海豚链球菌(Streptococcus iniae)是一种革兰氏阳性球菌,呈β溶血,可感染多种淡水和海洋鱼类。本研究利用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)进行核酸扩增,通过横向流动试纸条方法 (lateral flow dipstick,LFD)实现检测,建立了一种可应用于海豚链球菌快速检测的LAMP-LFD技术。该技术以海豚链球菌促旋酶B亚单位(gyrase subunit B,gyr B)基因为检测靶标,设计3对引物进行由生物素标记的LAMP扩增反应,产物经异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针杂交后,在LFD上完成检测。经优化的核酸扩增最适条件为65℃反应30 min,在此条件下,阳性扩增起始时间与模板浓度之间呈典型的线性相关性。从核酸扩增反应开始到LFD显色,整个检测时程只需40 min左右,比常规PCR技术缩短约2 h。LAMP-LFD能特异性地检出海豚链球菌,针对病原纯培养物的检测灵敏度为8.70×101cfu/m L,是LAMP检测的10倍、常规PCR检测的100倍。以灵敏度浓度(8.70×101cfu/m L)的海豚链球菌基因组DNA为模板进行的LAMP-LFD结果显示该方法具有良好的重复性。针对人工污染花鲈(Lateolabrax japonicus)肝组织的检测灵敏度为4.35×103cfu/m L,同样为常规PCR检测方法的100倍。利用本方法可成功从患病花鲈的组织样品中检测出海豚链球菌,检测结果与常规的细菌分离鉴定方法结果一致。因此,利用LAMP-LFD能特异、准确、高效地检测出海豚链球菌,而且操作简单、费用低、耗时短,有望成为海豚链球菌的常规检测方法。  相似文献   

LAMP检测无乳链球菌方法的建立及应用   总被引：3，自引：1，他引：3  

王永  赵新  景海春  兰青阔  朱珠  程奕 《华北农学报》2009,24(5)

以无乳链球菌纤连蛋白fbs基因为主要研究对象,采取环介导等温扩增技术(Loop-Mediated Isothermal Amplification,LAMP),针对fbs基因的6个区域设计4条特异性引物,利用一种链置换DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)在63℃保温1 h,通过荧光显色即可完成对无乳链球菌的检测工作.结果显示,LAMP方法能够特异性检测fbs基因,其检测灵敏度是常规PCR方法的100倍,并与实时荧光定量PCR方法相当.所建立的针对无乳链球菌fbs基因的LAMP检测方法具有高度的特异性及稳定性,结果可靠,非常适合无乳链球菌的快速检测.  相似文献   

基于LAMP的MVC模式电子商务网站的构建     

岳峻  邢如义  邱丽娟  梅树立 《中国农业大学学报》2003,8(6):66-68

提出了一种构建中小型连锁企业电子商务平台的软件设计方案。该方案采用应用服务器与数据库服务器相分离的B／W／D三层结构模型，用户通过中间层访问数据，从而具有更好的安全性和灵活性；使用自由软件组合Linux Apache MySQL PHP，使得商务网站的软件环境搭建成本大大降低，更适于为数众多的中小型企业的使用。  相似文献   

基于qPCR和LAMP技术的马铃薯晚疫病菌快速检测方法     

祝菊澧  梁静思  张佩  王伟伟  林桐司骐  谢欣娱  苏瑞  唐唯 《作物杂志》2019,35(6):168-3311

马铃薯晚疫病菌（Phytophthora infestans）能侵染多种茄科植物,它引起的马铃薯晚疫病,是马铃薯生产中的第一大病害。为了开发能在田间快速检测马铃薯晚疫病病原的方法,利用P. infestans T30-4基因组测序数据的contig 1.18131,设计qPCR和LAMP引物,优化扩增条件后得到引物的特异性和灵敏度,最后通过检测田间收获薯块,比较形态学传统方法、qPCR及LAMP的差异。特异性检测结果发现,qPCR和LAMP仅在含有P. infestans DNA模板的体系有阳性扩增,在寄主和其他微生物DNA中均无扩增;在优化的条件下,qPCR和LAMP的检测下限可达1×10 ^-6ng/μL,在有寄主和其他微生物DNA存在的条件下,引物的灵敏度没有显著差异。利用两种快速方法对在大理、丽江及昆明3个地区田间收获薯块上检测发现,qPCR和LAMP方法得到的检出率差异极为不显著（P=0.420）,两种快速检测方法和形态学鉴定方法检出率差异极显著（P=0.009）。在大理、丽江及昆明3个地区的薯块中,两种分子检测方法检出率均比形态学方法高。其中,qPCR检测方法比形态学方法分别提高了12.00%、2.00%、8.70%;LAMP检测方法比形态学方法分别提高了11.30%、2.00%、8.70%。  相似文献   

猪细小病毒LAMP检测方法的建立   总被引：5，自引：0，他引：5  

刘业兵  张磊  宁宜宝  王琴  范学政 《中国农业科学》2010,43(14):3012-3018

 【目的】建立一种快速、敏感、特异的检测猪细小病毒(PPV)环介导等温扩增(LAMP)方法,为诊断猪细小病毒提供准确可靠工具。【方法】根据GenBank公布的PPV序列,在其保守序列区域设计了多套LAMP引物,利用LAMP Real Time Turbidimeter LA-320仪监测反应进程并筛选最佳引物、反应条件,建立了对PPV病毒DNA进行特异扩增的 LAMP检测方法,并可通过加入SYBR Green I肉眼判断结果。【结果】该方法在63℃恒温下作用45 min,PPV病毒DNA获得了高效率的特异性扩增;其检出限量为0.23 TCID50,敏感性高;在反应结束后加入SYBR Green I肉眼判断结果,与Real Time Turbidimeter LA-320仪监测结果一致。通过对20份临床样品的LAMP检测与免疫荧光鉴定、PCR方法比对,符合率均为20/20。【结论】本研究建立的PPV LAMP检测方法具有快速、特异、灵敏,操作简单、设备要求低的特点,适合用于临床PPV快速检测。  相似文献