正交设计优化青蒿SRAP-PCR反应体系及引物筛选     

石紫薇  梁妍  姜婷婷  梁剑平  贾宁  辛志君  陆锡宏  周翔  李雪虎 《分子植物育种》2020,(10):3303-3310

为了建立青蒿的SRAP最佳扩增体系,并筛选出SRAP多态性引物,本研究以青蒿叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以Mg^2+、dNTP Mix、Taq DNA聚合酶、引物和DNA模板5种因素5个水平,对青蒿SRAP反应体系进行研究。结果表明,青蒿SRAP-PCR最佳反应体系为:引物0.6μmol/L、Mg^2+2.0 mmol/L、模板DNA 5.1 ng、Taq DNA聚合酶2.0 U、dNTPs 0.25 mmol/L,总体积为25μL。各因素对扩增反应均有不同影响,其中引物浓度的影响最大,dNTPs的影响最小。运用该体系对不同种质资源的青蒿进行验证,证明该体系稳定可靠,并在30个引物组合中筛选出了25对扩增条带清晰,多态性丰富的引物组合。这一结论为今后利用SRAP标记技术进行青蒿分子遗传学研究提供了科学依据。  相似文献   

大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析     

詹少华  盛新颖  樊洪泓  蔡永萍  林毅 《大豆科学》2010,29(2)

从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列。由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR。这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理。  相似文献   

SSR标记鉴定玉米品种亲子关系的研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

沈童伟  陆徐忠  刘勋辉  李莉  杨剑波 《安徽农业科学》2009,37(25):12347-12350

[目的]探讨杂交玉米品种亲子关系的分子检测判读标准。[方法]以16个玉米杂交种及其双亲和202个骨干自交系为引物筛选材料,分别构建2个二联体亲子鉴定盲样和2个三联体亲子鉴定盲样,用CTAB法提取幼苗叶片DNA,选137对SSR引物进行玉米品种的亲子检测。[结果]从137对SSR引物中筛选出了多态性信息含量（PIC值）高、扩增条带清晰和重复性好的20对核心引物。SSR分子检测结果与实际情况一致。[结论]利用SSR标记技术鉴定玉米品种亲子关系的方法是可行的。  相似文献   

mRNA差异显示技术的研究进展     

陈永华  严钦泉 《江西农业学报》2005,17(1):66-69

对mRNA差异显示技术中引物设计、应用非放射性标记、优化PCR参数、假阳性鉴定的方法等方面进行了概述。  相似文献   

长春花ISSR-PCR 反应体系的正交优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘峰  顾志敏  陈析丰  金杨  马伯军 《安徽农业科学》2010,38(5):2261-2263,2267

[目的]筛选最适的长春花ISSR-PCR反应体系。[方法]采用正交试验方法,对影响长春花ISSR-PCR反应体系的引物浓度、dNTP浓度、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶浓度和模板DNA浓度5个因素在4个水平上进行正交试验,建立适合长春花ISSR-PCR的反应体系。[结果]长春花ISSR-PCR反应体系的最佳条件：引物浓度0.50μmol/L,dNTP浓度0.10 mmol/L,Mg2＋浓度3.00 mmol/L,Taq酶浓度0.75U/25μl,DNA模板浓度350 ng/25μl。采用该反应体系筛选出12对适合于长春花ISSR-PCR反应的引物。[结论]利用优化系统进行长春花的ISSR-PCR反应,可获得稳定性高、重复性好、背景清晰的电泳结果。  相似文献   

引进观赏芍药新种质的SSR指纹图谱构建   总被引：2，自引：0，他引：2  

张建军  季丽静  刘仲赫  周明洁  王雅丽  于晓南 《东北林业大学学报》2015,(3):70-74

采用SSR标记构建从欧美等地区引进、收集的61份观赏芍药新种质的指纹图谱。根据引物的多态性信息含量和Shannon遗传多样性指数大小,从15对候选引物中筛选出10对多态性高且稳定性好的引物作为核心引物,首次构建了61个观赏芍药新种质指纹图谱,并编制了指纹代码。结果表明:被试种质资源的倍型丰富,有一条带、两条带,甚至出现了三条带、四条带;所绘制的图谱能够将所有品种(种)完全区分开。  相似文献   

7对猪源性成分检测相关引物的特异性评测     

顾佳瑛  薛超波  宋蓉  林昕  管峰 《安徽农学通报》2015,(17):121-124

为了评测物种鉴定PCR体系的特异性及其影响因素,实验对猪源性成分鉴定相关的7对引物就退火温度、镁离子浓度和不同Taq酶的影响进行了研究。结果表明,退火温度和镁离子浓度对PCR特异性有着重要影响,而其中2对引物优化后仍与鼠、兔、牛、羊、鸡和鸭有非特异性扩增。不同的Taq酶对引物特异性也有重要影响,本实验中r Taq酶在7对引物PCR体系中特异性最佳。通过对引物体系的优化和选择不同的Taq酶,可以有效提高特异性,减少非特异性扩增,为建立物种鉴定的PCR体系及多重PCR提供了基础。  相似文献   

微卫星DNA标记在番茄亲子鉴定中的应用     

姚祝平  叶青静  王荣青  阮美颖  周国治  万红建  杨悦俭 《分子植物育种》2011,9(6):736-743

采用242对微卫星DNA标记引物分析了29份番茄自交系的遗传多态性,从中筛选出扩增带型清晰、稳定的34对引物,34对引物的平均等位基因数为4.53,平均多态信息量(PIC)为0.514 1,累积鉴别力(CDP)达0.999 999.利用其中的11对SSR引物对杂交种‘浙杂210’、母本‘01-199-1-1-0’及7个...  相似文献   

玉米抗丝黑穗病基因SSR分析     

邱红波  彭忠华  胡安龙  韦贵芹 《安徽农业科学》2008,36(8):3139-3141

[目的]筛选出能较好标记玉米抗丝黑穗病基因的SSR多态性引物。[方法]以5个玉米品种为试材,从玉米黄化苗提取基因组DNA后,对提取DNA浓度和质量进行检测后,选用85对引物进行抗丝黑穗病基因的SSR扩增。[结果]16对引物具有较好的多态性,共扩增出45条多态性谱带,其片段大小为50～1300bp。其中,引物Bnlg1755扩增出多态性谱带最多。引物Bnlg1246、Bnlg1194和Bnlg125在抗病材料和感病材料中表现出明显差异。[结论]引物Bnlg1246、Bnlg1194和Bnlg125可作为分析玉米抗丝黑穗病基因SSR标记的引物。  相似文献   

植物微卫星引物开发方法   总被引：1，自引：0，他引：1  

郭大龙 《安徽农业科学》2007,35(18):5361-5363

综述了开发植物微卫星引物的几种方法:搜寻核酸数据库和寻找已存在的微卫星引物;不同物种间共用;建立基因组文库;利用分子标记技术发展SSR引物。此外,还比较了几种方法的优缺点。  相似文献