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1.
大花君子兰叶绿体基因组及其特征 总被引:3,自引:0,他引:3
采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰(Clivia miniata)叶片总DNA进行测序,通过组装获得了其叶绿体基因组(cpDNA)全长序列(158 114 bp)。对其cpDNA注释得到135个基因,包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复(SSR)分析和密码子偏好性分析。结果显示:①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个,多数SSR分布在基因间隔区;②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U(T)结尾,亮氨酸使用频率最高,半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析,结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支,显示最近的亲缘关系,支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同,支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。 相似文献
2.
克隆获得桃蚜电压门控钠离子通道基因cDNA序列,明确钠离子通道的典型特征,为研究桃蚜抗性分子机理奠定基础。采用实验技术主要有RT-PCR和PCR,克隆桃蚜钠离子通道基因cDNA序列,利用相关软件对其序列进行生物信息学分析。克隆得到两段cDNA序列MpNav-1(NCBI登录号:MN124170)和MpNav-2(NCBI登录号:MN176136)。MpNav-1长度为2945 bp,包括2877 bp的完整开放阅读框,共编码958个氨基酸;MpNav-2长度为3546 bp,包括3486 bp的完整开放阅读框,共编码1161个氨基酸。MpNav-1和MpNav-2共同组成桃蚜的钠离子通道α亚基,MpNav-1包含同源结构域Ⅰ和同源结构域Ⅱ,MpNav-2包含同源结构域Ⅲ和同源结构域Ⅳ。同源比对发现,桃蚜与豌豆蚜和高粱蚜钠离子通道基因相似度分别高达97.67%和97.65%,所克隆序列包含昆虫钠离子通道α亚基典型特征,具有MFM模块,并含有蚜虫类钠通道特有模块DENS。成功地克隆桃蚜钠离子通道基因,为阐明其对拟除虫菊酯类药剂产生靶标抗性的分子机制奠定基础。 相似文献
3.
4.
我国部分地区NDV的分子流行病学研究 总被引:56,自引:10,他引:46
本研究根据新城疫病毒(NDV)F基因编码区1-374位核苷酸序列计算其遗传距离并给出了NDV的系统发育进化树,将68株NDV分为9个基因型(30株为国内分离株),其中Ⅰ-Ⅵ是早已存在的老基因型,Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ为新发现的基因型,特别是Ⅸ为我国特有的基因型(F48EO、M3、HLJ-3、HeB-1P和NM-5)。1997-1999年我国云南、广西、甘肃、陕西、新疆等地分离的YN-1P、GX-3、H1、H2、P1、GX-1、GX-2、GS-3、SHX-2、SHX-3、SHX-6、SHX-7、XJ-2和1991年分离的HuB-1均属于Ⅶ基因型,该基因型的病毒是90年以来引起新城疫发生的主要病原。根据遗传距离和分离年代可将此基因型进一步划分为5个基因亚型,分别是Ⅶa、Ⅶb、Ⅶc、Ⅶd和Ⅶe。此外HuN-1/98、HLJ-4/95和HeH-1P属一个老的基因Ⅵ,1979-1985年分离自青海的QH-1、QH-2、QH-4属于一个新的基因型-Ⅷ型。可见在我国新城疫的流行是极其复杂的,既有老基因型的危害(Ⅰ-Ⅵ),又有新基因型(Ⅶ)的流行,更有我国独特Ⅷ和Ⅸ基因潜伏。 相似文献
5.
6.
昆虫病原线虫rDNA多态性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
本文对国内外昆虫病原线虫斯氏属和异小杆属的47个品系进行rDNA—ITS PCR—RFLP分析,研究其DNA多态性,并构建了分子系统发育树状图。各品系的ITS区无明显的长度差异,PCR—RFLP分析将47个品系分为斯氏属和异小杆属两大类,两属线虫又分别分为11组和4组。所得结果丰富了ITS PCR—RFLP图谱库,为弄清我国的昆虫病原线虫与国外种类的分子系统发育关系及未定名线虫的鉴定提供重要依据,同时为筛选适合的线虫种类防治害虫奠定基础。 相似文献
7.
参考Genbank发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PKRSV)ATCC VR-2332的ORF5基因序列,设计并合成了一对引物.对来自福建、浙江、山东等地的PRRSV分离毒株进行RT-PCR扩增.获得约748bp的DNA片断,将其分别克隆入pMD18-T载体中,并进行测序。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、MLV、Lv等毒株的ORF5序列进行比较,结果表明:SHDl与F114、MLV、ATCCVR-2332同源性高达98.5%,与CH-1a同源性为91.0%,与其它毒株同源性为86.6%~88.4%;F114与MLV、ATCCVR-2332同源性为99.3%~99.7%.其余分离毒株在遗传关系上和CH-1a又分为明显的两个群.显示近年来各地PRRSV分离毒株与cH-1a株的遗传差异越来越大。 相似文献
8.
10.