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6株牛传染性鼻气管炎病毒BICP4基因序列的同源性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
牛传染性鼻气管炎病毒的立即早期启动基因IER4.2编码感染细胞蛋白BICP4基因。各种疱疹病毒的BICP4基因的Ⅰ，Ⅲ，Ⅴ区变异性较大，并为其特征区。为了比较分离自不同牛种，不同部位的5种病毒株BICP4蛋白I区基因的差异性，本文根据已发表的IBBV K22毒株重复序列IRs中BICP4的基因序列设计了一特异性引物，对各毒株进行PCR扩增，均得到约540bp的片段，将其克隆，测序并连同K22株进行同源性比较。结果表明，6株病毒的核苷酸序列及氨基酸序列同源性均在98%以上，说明这些毒株重复序列中的早期基因高度保守，在一定程度上也显示出IBRV的高度保守性。 相似文献
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禽I型副粘病毒广西分离株F基因序列及毒力的研究 总被引：5，自引：0，他引：5
对源于鸡、鹅、鸽的 9株APMV_1广西分离株及我国常用的中发型疫苗毒株I系 (Mukteswar株 )的F基因N_端前段进行了RT_PCR扩增 ,产物进行核苷酸序列测定 ,用基因分析软件DNAStar进行分析并与已发表的其它参考毒株进行比较。结果发现 ,广西分离株在裂解位点的氨基酸组成和排列均符合强毒株的特征 ;根据F基因绘制的系谱树来看 ,广西鸡和鹅分离株都归属于基因型VII,证实近年来广西流行的基因型与国内其他地区的相同 ;并发现中发型疫苗毒株I系 (Mukteswar株 )也属于基因型VII。研究还对分离株进行了常规的毒力和致病性测定试验 ,并与根据F基因序列特征判定的结果相比较 ,结果发现其中一株鸽源和两株鹅源分离株根据常规方法判定的结果与毒株在临床上的致病性不相符 ,而根据F基因序列特征判定的结果与毒株在临床上的致病性相一致 相似文献
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香蕉ACC氧化酶基因(MAO3)的克隆及其表达特性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
根据同源扩增得到香蕉(Musa acuminata) ACC氧化酶基因(MAO3) 的核心部分, 再通过3'和5'RACE扩增上、下游序列以及Genome-Walker的方法得到启动子部分, 共获得3 718 bp长度的序列。将所得结果进行聚类分析, 发现香蕉中ACC氧化酶的氨基酸序列非常保守, 各序列间的同一性高达99% ,与单子叶植物和双子叶植物中ACC氧化酶的氨基酸序列的同源性在66.7%～71.8%之间。组织原位杂交试验表明MAO3基因的表达具有组织特异性, 初步认为是在韧皮部筛管组织中特异表达。运用实时荧光定量PCR技术, 实时监测到了MAO3基因和香蕉乙烯受体基因ERS2受机械伤诱导的定量变化。 相似文献
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[目的]调查猪嵴病毒在福建地区腹泻猪群中的流行和变异情况。[方法]根据Gen Bank中登陆的猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKo V)结构蛋白VP1基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法从某猪场采集腹泻小肠样品中扩增猪嵴病毒VP1基因,将扩增后的目的片段克隆后进行序列测定。应用生物信息学软件,将获得的2株猪嵴病毒VP1和Gen Bank的猪嵴病毒株VP1基因序列进行对比分析。[结果]猪嵴病毒CH/FJNP/12L/2015与匈牙利株K-30-HU/2008/HUN(GQ249161)的核苷酸同源性最高,为88.1%,氨基酸同源性为95.3%。CH/FJNP/12W1/2015与越南株714441/CAOLANH-VH/2012-2-21(KT266058)的核苷酸同源性最高,为88.2%,氨基酸同源性为96.1%,同源重组分析显示,2株毒株均无明显同源重组发生。[结论]频繁的畜禽国际贸易,以及如今便捷的现代化交通工具,人们生活提供方便的同时,也加速了猪嵴病毒毒性的传播。 相似文献
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FMDV OA/58病毒株VP3蛋白结构的模拟与分析 总被引：1，自引：1，他引：0
以口蹄疫病毒株OA／58 RNA为模板，反转录并扩增目的cDNA，然后与pMD18-T载体连接并转化JM109菌株，提取的重组质粒用凝胶电泳、PCR和BarnHⅠ、HindⅢ双酶切法鉴定。分析表明，口蹄疫病毒VP1、VP2、VP3和VP4在核苷酸水平上的变异率是无差异的（P〉0．05）；而它们在氨基酸水平上的变异率差异显著（P〈0．05）。该毒株与20株源于GenBank中的VP3氨基酸序列比较发现其保守区主要位于第1～24、26～35、37～43、45～57、61～122、124～173、175～209、211～220位。运用同源模建，OA／58 VP3蛋白三维空间结构可分为A，B，C3个结构区域。保守区氨基酸残基在维持VP3蛋白的空间构象和功能方面具有重要作用。 相似文献
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乙烯受体ETR1基因同源性分析及乙烯敏感性与植物采后寿命的关系 总被引：1，自引：0，他引：1
将37种不同科属植物及5个不同月季品种的ETR1核苷酸、氨基酸序列进行同源性分析并构建了分子系统发生树,并对植物的呼吸跃变类型、乙烯敏感性及采后寿命的关系进行了归纳和分析.结果表明,在核苷酸水平上,分子性状的同源性与形态性状同源性具有一致性,但月季不同品种种间差异大于异源植物的属间差异.氨基酸序列的同源性分析结果与核苷酸相似,但仍存在差异,可能由于氨基酸密码子简并性、翻译起始位置的不同、ETR1片段大小的差异所造成.在蛋白质水平上,所分析的ETR1片段均具有高度保守结构域.植物的呼吸跃变类型虽与内源乙烯的生成有密切的关系,但与外源乙烯的敏感性无直接关系;植物对外源乙烯的敏感性与植物采后寿命的关系更为密切. 相似文献
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【研究目的】目前已从许多种植物中克隆了其PPDK基因,但是对于其蛋白结构的分析尚未报道,此文通过生物信息学方法对家稗PPDK的序列进行了分析,并对其三维结构进行了建模分析;【研究方法】利用DNASTAR、Vector NTI 9、SignalP等生物信息学平台对[Echinochloa crusgalli var frumentacea(Roxb.)W.F.Wight]丙酮酸磷酸双激酶(Pyruvate orthophosphate dikinase)进行了序列分析和三维结构建模;【研究结果】家稗丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)同来自于高等植物的PPDK具有较高的同源性,无信号肽,存在17个跨膜结构区,二级结构是由许多螺旋、转角和少量折叠构成。同时在一二级结构分析的基础上,利用同源建模的方法完成了三维结构的建模。【结论】家稗PPDK蛋白同来自高等植物中的更为相近,无信号肽,有17个跨膜结构区,其三维结构为一同源四聚体。 相似文献
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