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《畜牧兽医学报》2020,(2)
旨在筛选一种用于快速鉴定新疆兔属物种的DNA条形码。本研究以新疆4种野兔共计40例样本为研究对象,以CO1、ND4、16S rRNA和ITS2为候选基因,经PCR扩增和测序后,综合分析比较候选序列在种水平上的鉴定能力。结果表明,ITS2候选片段因未获得达到测序要求的PCR扩增产物最先被排除。相较于16S rRNA,CO1和ND4在序列特征、变异特征参数和秩和检验结果上均表现出更强的变异水平,遗传频率分布图有着更宽的gap,系统聚类树的鉴定结果有着更高的鉴定准确率。而从种间变异特征、种间秩和检验结果及遗传频率分布图来看,ND4均略优于CO1。本试验综合分析得到的最优DNA条形码为ND4,候补DNA条形码为CO1。该结论可为新疆兔属物种的分类分布研究和珍稀野兔资源的保护利用等提供一定的参考依据。 相似文献
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新疆野兔DNA条形码筛选 总被引：4，自引：4，他引：0
旨在筛选一种用于快速鉴定新疆兔属物种的DNA条形码。本研究以新疆4种野兔共计40例样本为研究对象，以CO1、ND4、16S rRNA和ITS2为候选基因，经PCR扩增和测序后，综合分析比较候选序列在种水平上的鉴定能力。结果表明，ITS2候选片段因未获得达到测序要求的PCR扩增产物最先被排除。相较于16S rRNA，CO1和ND4在序列特征、变异特征参数和秩和检验结果上均表现出更强的变异水平，遗传频率分布图有着更宽的gap，系统聚类树的鉴定结果有着更高的鉴定准确率。而从种间变异特征、种间秩和检验结果及遗传频率分布图来看，ND4均略优于CO1。本试验综合分析得到的最优DNA条形码为ND4，候补DNA条形码为CO1。该结论可为新疆兔属物种的分类分布研究和珍稀野兔资源的保护利用等提供一定的参考依据。 相似文献
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长江上中游地区是世界李的原产地,李品种资源丰富,传统主栽品种为江安大白李;为了快速甄别重庆地方李与江安大白李之间的亲缘关系,加快重庆地方良种李新品种培育,该文采用DNA条形码技术,运用分子鉴定方法,从分子水平对重庆开州区选择的开州晚熟李与江安大白李进行matK、rbcL、ITS序列测定和比对,构建物种NJ进化树,快速鉴定两者之间的亲缘关系,指导地方李新品种培育。通过对开州晚熟李和江安大白李叶片样品的matK、rbcL、ITS序列测定,发现两种地方李的3种序列中,ITS、rbcL序列NJ进化树均表现为梳子状,差异不明显,两者之间达不到区分“种”的程度;matK序列NJ进化树之间有明显的差异。研究表明,开州晚熟李与江安大白李亲缘关系较近,属同种植物,但两者存在品种间遗传差异,通过进一步的培育有望育成新品种。 相似文献
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本研究通过对9份凌云牛心李进行ITS、matK及rbcL序列PCR扩增和序列比对分析,旨在筛选适合于凌云牛心李开展遗传多样性研究的DNA条形码。通过序列比对分析,9份李种质ITS序列长度在713 bp~717 bp之间,G+C含量59.33%~60.95%之间,存在27个变异位点;matK序列长度为935 bp~937 bp之间,G+C含量33.33%~33.55%之间,存在5个变异位点;rbcL序列长度为743 bp,G+C含量42.20%~43.07%,存在3个变异位点。相对于matK及rbcL序列,ITS序列进化速率较快,存在更为丰富的遗传变异位点,更适宜用来开展凌云牛心李的分子鉴定及亲缘关系分析研究。基于ITS序列构建了9份凌云牛心李、22份其他地区李种质以及5份杏、5份梅种质的NJ系统进化树,凌云牛心李与其他李种质亲缘关系较近,其中N2、N3、N8和N9中国宁波的茄皮李和日本的大石早生李聚为一个类群,而N1、N4、N5、N6和N7与中国嘉兴的槜李、中国山东的玉皇李、中国贵州的九阡李聚为一个分支,表明凌云牛心李作为地方优质李品种,在长期种植过程中种内产生了较丰富的遗传变异。 相似文献
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《中兽医医药杂志》2019,(3)
为了对中药材甘草及其混伪品进行分子鉴定,以区分正品甘草与混伪品。从兰州市不同商家收集9种甘草,提取DNA,扩增ITS2序列并进行双向测序,在GenBank数据库收集甘草混伪品苦豆子、苦参、黄芪和山豆根的序列,应用MEGA 7.0进行序列变异分析,以Kimura 2-Parameter(K2P)模型计算遗传距离,并构建邻近(NJ)树。基于ITS2序列的序列变异、最近距离法和系统邻近树分析结果表明,该方法可将2015版《中华人民共和国药典》中规定的正品甘草与其混伪品进行区分。说明ITS2序列可有效区分5种甘草混伪品,为中兽医和中医临床应用提供保障依据。 相似文献
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3种冠环线虫rDNA-ITS的PCR扩增及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本试验利用PCR扩增3种冠环线虫5个样品的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S片段,将PCR扩增产物纯化后直接进行序列测定和分析。序列比对和分析结果显示,所测样品ITS1-5.8S-ITS2的长度范围为748~843 bp,总变异位点(包括gaps)119个,简约信息位点18个;其中ITS1和ITS2的长度范围分别为367~370 bp和228~320 bp,变异位点分别为14个和105个,简约信息位点均为9个。所有测试样品的5.8S片段完全相同,长度为153 bp。5条序列ITS1区的G+C含量(48.0%~48.5%)明显高于ITS2区(37.7%~40.3%)。通过序列两两比对,3种冠环线虫ITS1和ITS2的种间差异性分别为1.9%~3.5%和5.6%~31.8%;而种内差异性分别为0~0.5%和0~0.9%。并且所测序列与GenBank中已知序列的同源性为99.07%~99.41%。本研究认为,ITS序列可以作为冠环线虫种类鉴定的分子标记。 相似文献
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紫花苜蓿(Medicago sativa)种子和杂草菟丝子(Cuscuta spp.)种子在颜色、大小和形状上有很多相似之处。传统牧草种子纯度的评价方法是形态学比较,主要依赖感官辨认和经验,但是,种子形态间的相似性极大增加了形态鉴别的难度,耗时长且不准确。本研究基于紫花苜蓿和寄生植物苜蓿菟丝子(C. approximata)叶绿体rbcL (ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large, rbcL)基因的序列差异,设计针对苜蓿菟丝子的特有引物,对紫花苜蓿和苜蓿菟丝子的DNA同时进行PCR扩增,最终通过观察是否扩增出苜蓿菟丝子的DNA片段,来检验紫花苜蓿的种子纯度。此外,在苜蓿菟丝子和紫花苜蓿种子DNA和种子粒数比例分别为1:10 000和1:1 000时,该方法也可以准确扩增出紫花苜蓿中混杂的菟丝子。因此,该方法具有可靠性高、检测速度快、灵敏度高等优点,为海关检疫紫花苜蓿种子中是否携带寄生植物苜蓿菟丝子种子提供便捷的检测技术,对种子生产和牧草育种具有重要意义。 相似文献
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采用EF-1α序列分析法对苜蓿根腐病病原菌——锐顶镰刀菌的鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
苜蓿根腐病对苜蓿生长和产量造成严重影响,为了解引起根腐病病原真菌的种类,本文对从陕西省定边县牧草草场紫花苜蓿根部分离得到的根腐病病原菌进行形态学观察、EF-1α序列分析鉴定及接种试验。结果表明:通过对病原菌在PDA培养基中的分离、纯化得到的单菌落形态学观察及显微镜下菌丝、孢子的观察,该病原菌属于引起苜蓿根腐病的镰刀菌属(Fusarium);用CTAB法提取病原菌基因组DNA,并对EF-1α序列进行PCR扩增、回收纯化、克隆测序,将测序结果进行Blast比对,构建系统发育树,分析与Genbank已知近缘种属亲缘关系,结果显示与锐顶镰刀菌(F.acuminatum)亲缘关系最近,可信度达99%;最后通过根部接种试验,接种苜蓿根部发病症状与田间根腐病发病症状一致,鉴定结果显示本试验研究的引起紫花苜蓿根腐病的病原菌为镰刀菌属锐顶镰刀菌(F.acuminatum)。 相似文献
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酶切图谱及序列分析虫体ITS2鉴别中国的片形吸虫 总被引：6，自引：0，他引：6
提取我国广西、四川、黑龙江、甘肃等地及法国的片形吸虫的总DNA，用PCR扩增完整的ITS－2。对得到的PCR产物用限制性内切酶Hsp 92Ⅱ，RcaI进行酶切和RFLP技术分析。并对ITS－2PCR产物进行双向测序。以便确定国内片形吸虫种内及种间ITS－2的特点和序列变异的水平。结果显示：广西、四川、黑龙江、法国等地的样品通过PCR均扩增到约550bp的ITS－2目标片段。Hsp92 Ⅱ,Rcal可区别不同种的片形吸虫。对PCR产物的序列分析结果表明片形吸虫ITS－2全长均为362bp，同种内ITS－2序列无变异，不同种间ITS－2序列存在5－6个碱基差异，变异率约为2.8%。对各地区片形吸虫ITS－2的PCR－RFLP分析与对PCR产物的DNA序列分析一致证明，来自四川的样品和法国样品同属肝片形吸虫F.hepatica；广西样品属大片形吸虫F.gigantica；黑龙江的样品为中间型片形吸虫。本研究首次从分子水平上证实我国除有肝片形吸虫、大片形吸虫外，还存在中间型的片形吸虫。 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(10):1924-1927
为了研究黑斑蛙裂头蚴种系发育关系,本研究利用聚合酶链式反应(PCR)对黑斑蛙裂头蚴湖南株核糖体DNA内转录间隔区(ITS)进行扩增与测序,应用ClustalX 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树,研究黑斑蛙裂头蚴与其他带科绦虫的种群遗传关系。结果显示,湖南省不同地区10个黑斑蛙裂头蚴分离株ITS序列基本一致,为1 362~1 382bp,各分离株之间ITS-1和ITS-2序列的同源性均高于95.4%和94.6%;与基因库中其他带科绦虫ITS-1和ITS-2序列的同源性均低于59.5%和56.9%。通过建立NJ系统发育树,湖南省黑斑蛙裂头蚴分离株与欧猬迭宫绦虫位于同一大分支,得到了很好的鉴定。黑斑蛙ITS序列在种内相对保守,而种间差异较大,因此ITS序列可以作为分子标记研究黑斑蛙裂头蚴种系遗传变异,从而为黑斑蛙裂头蚴的分子流行病学和群体遗传研究奠定基础。 相似文献
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为了探讨更精确有效地鉴定橄榄品种资源及其遗传多样性的分子技术,利用测序方法测定了橄榄品种(系)的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明,橄榄ITS区序列总长度为629-634bp,长度变异仅为5bp,其中ITS1区为232-237bp,ITS2区为234-239bp,5.8SrDNA均为165bp,且高度保守无变异位点。橄榄品种(系)间ITS序列变异位点较少,仅有17变异位点占总碱基数的5.93%,简约信息位点7个占总碱基数1.51%,单一信息位点10个占总碱基数的2.16%,并且ITS1序列较ITS2序列变异丰富。因此,利用ITS序列中变异位点可以作为特异DNA指纹鉴定位点,为部分品种(系)的鉴定依据,但是仅仅利用ITS序列还难以鉴定区别所有的橄榄品种资源。 相似文献
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利用皮肤真菌核糖体内转录间隔区（Internal transcribed spacer,ITS）序列通用引物,对采自山东地区主要兔场的皮肤真菌病的16株分离菌进行了PCR扩增,ITS区的克隆、测序、序列变异及遗传进化关系分析。经与Gen-Bank核酸序列数据库数据比对结果表明：16株病菌分别为须癣毛癣菌（12/16,75%）、犬小孢子菌（2/16,12.5%）、石膏样小孢子菌（2/16,12.5%）;不同病原菌的5.8SrDNA序列高度保守,而ITS区的变异性则较高;对该区序列的聚类分析表明,不同种菌株ITS1比ITS2在碱基构成和序列长度上有更大变异;而种内各菌株的ITS1和ITS2在长度上均没有变异,碱基构成上存在微小的变异,可基于该区进行兔皮肤真菌的分类鉴定。该研究确定了兔皮肤病原PCR检测特异引物的靶序列,为兔皮肤真菌病病原的特异性分子鉴定提供了可靠的靶标,为兔皮肤真菌的科学分类提供了分子依据。 相似文献
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紫花苜蓿是一种重要的牧草，然而紫花苜蓿病毒病的侵染严重影响其品质。本研究通过小RNA深度测序技术和RT-PCR/PCR的方法对采自山西农业大学植物园中表现花叶、皱缩、卷曲的紫花苜蓿样品进行病毒病原的鉴定，结果表明病样被苜蓿花叶病毒（AMV）、豌豆线条病毒（PeSV）、苜蓿矮化病毒（ADV）和苜蓿卷叶病毒（ALCV）4种病毒复合侵染。PCR扩增获得了ALCV山西太谷紫花苜蓿分离物SXTG(OP748371)的全基因组序列，分析表明该分离物与ALCV阿根廷紫花苜蓿分离物Colonia Dora(MG792026)的序列相似性最高，达到97.34%。对扩增获得的AMV CP基因（OP748369）核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行序列比对分析显示，AMV山西太谷紫花苜蓿分离物SX与阿根廷紫花苜蓿AMV分离物ACat(MW835977)相似性最高，核苷酸和氨基酸相似性分别为99.24%和99.54%。同样将扩增获得的ADVCP基因序列上传至GenBank获得登录号OP957285，命名为ADV山西太谷紫花苜蓿分离物（SXJZ），通过序列分析表明该分离物与ADV分离物N1(MZ221810)亲缘... 相似文献
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致死粒线虫(Anguina funesta)是具有重要经济意义的粒线虫，被多国列入检疫性有害生物名录。2021年，上海口岸从来自美国的多花黑麦草(Lolium multiflorum)种子中截获一种粒线虫属线虫，但在该样品中仅分离得到幼虫，无法准确鉴定。本研究运用形态学与分子生物学相结合的方法对分离得到的幼虫进行鉴定。采用28S通用引物扩增该线虫序列，测序获得742 bp的序列，与GenBank中登录的致死粒线虫相似性达100%；采用ITS通用引物对ITS区扩增并测序，获得778 bp的序列，与GenBank中登录的致死粒线虫相似性达99.86%～100%。基于28S及ITS区序列构建的系统进化树均显示，该线虫与致死粒线虫位于同一进化枝上。综合形态学特征及分子鉴定结果，将该群体鉴定为致死粒线虫。这是我国口岸首次报道截获该线虫，本研究将为口岸检疫部门鉴定该线虫提供技术参考。 相似文献
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对来自世界各地的P．declplens复合种共6个姊妹种的线粒体（mtDNA）NADH脱氢酶亚单位Ⅰ基因（nad1）序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析。结果显示，nad1基因序列种间差异为3．6％～15．0％，遗传差异性分析结果与ITS1、ITS2和cox1的基因序列遗传差异性分析结果基本上一致，nad1能提供准确的遗传标记，可用于P．decipiens复合种姊妹种的鉴定。这些结果有助于阐明P．declpiens复合种种间的遗传变异，为进一步的分子遗传学和分子诊断学研究奠定基础。 相似文献
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弓形虫ITS及5.8S序列的PCR扩增、克隆及分析 总被引：5，自引：2，他引：5
通过对国内来源于不同宿主的ZS人株、SH人株、CN猪株、QH绵羊株4个弓形虫虫株，以及国际标准强毒株RH株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5．8SDNA序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析，旨在对国内不同宿主间弓形虫虫株的遗传变异情况进行分析和验证。为分子遗传学和分子诊断学研究提供资料。结果显示：QH绵羊株、ZS人株、SH人株、CN猪株的ITS及5．8S序列完全一致。且与GenBank上注册RH株的ITS及5．8S序列也一致；仅实验室传代保存的RH株的ITS2序列与其它4株的ITS2有2个碱基的差异。结果表明ITS可作为分子标记用于弓形虫与其它原虫的种间鉴定。但不适合用于弓形虫种内遗传变异的研究。 相似文献
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本研究以‘草原3号’杂花苜蓿(Medicago varia‘Caoyuan No.3’)为材料，采用第二代高通量测序技术，对叶绿体基因组序列进行分析、组装及注释，以探究杂花苜蓿在系统发育中的位置及在分子水平上与其近缘物种的关系。结果表明：杂花苜蓿绿体基因组全长125 317 bp,为典型四分体结构，不存在IR区缺失的情况，GC含量为33.87%。叶绿体基因组共编码106个基因，其中蛋白质编码基因54个，涉及36 498个密码子。3种不同类型的88个SSR位点分布不均衡，在LSC,SSC,IR区域的SSR数量各自为79,7和2个。对苜蓿属7个植物进行共线性分析发现其重排现象严重。系统发育分析发现杂花苜蓿与紫花苜蓿的亲缘关系最近。本研究可为苜蓿属植物遗传变异、特异基因挖掘以及品种选育改良等研究提供参考。 相似文献