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1.
《四川农业大学学报》2017,(4):574-580
【目的】了解四川地区新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)的分子生物学特征及遗传变异情况。【方法】根据Gen Bank中发表的新型鹅细小病毒的全基因组序列,设计5对兼并引物采用PCR方法分段扩增新型鹅细小病毒四川株的全基因组序列,并利用DNAstar等生物信息分析软件对获得的基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】获得的新型鹅细小病毒四川株(命名为SC16)全长5 109 nt,5′端ITR长408 nt,3′端ITR长407 nt,NS基因长1 884 nt,VP基因长2 199 nt。序列比对和遗传进化分析显示,SC16株与山东分离株SDLC01(KT343253.1)及QH15(KT751090.1)的基因组核苷酸同源性高达99%,与两者的亲缘关系最近,基于NS及VP蛋白的氨基酸序列系统进化树分析结果与此一致。但SC16株的5′端ITR还是发生了一定的变异:与SDLC01及QH15相比,多了几个14 nt的插入片段。【结论】研究结果丰富了NGPV的分子生物学资料。 相似文献
2.
【目的】建立可视化检测猪瘟病毒（CSFV）及特异性鉴别猪瘟兔化弱毒疫苗株（HCLV）的逆转录环介导等温扩增技术（RT-LAMP）,为临床检测CSFV野毒株及特异性鉴别HCLV毒株提供技术支持。【方法】根据GenBank中CSFV非结构蛋白NS5B基因的保守序列,设计两套针对CSFV和HCLV的特异性引物,并优化RT-LAMP反应条件,同时用LA-320C浊度仪实时监测其浊度变化。【结果】优化的RT-LAMP仅需在63℃水浴锅中反应50 min即可完成检测,且能通过肉眼观察反应液的颜色变化直接判定结果;所有CSFV样本的检测结果均为阳性（翠绿色）,其他非CSFV样本的检测结果均为阴性（桔红色）,且能特异性鉴别HCLV毒株,与实时浊度监测结果一致。该方法对CSFV和HCLV的最小检测限分别是100和101 copies,敏感度分别是常规RT-PCR的100倍和10倍。【结论】建立的RT-LAMP特异性强、灵敏度高、方法简便,尤其适合基层进行CSFV感染的快速检测及特异性鉴别HCLV,对有效防控CSF具有重要意义。 相似文献
3.
【目的】构建含有let-7c前体基因的重组质粒pGene-pre-let-7c,建立稳定表达猪miRNAlet-7c细胞株,研究let-7c对猪瘟病毒(CSFV)复制的调控作用。【方法】利用RNA22软件筛选出CSFV基因组3′-UTR潜在的let-7c结合位点,PCR扩增出let-7c前体片段,连接到表达载体pGenesil-1.1-dBm2上,构建重组质粒pGene-pre-let-7c,采用脂质体法将重组质粒转染猪脐静脉血管内皮细胞(SUVEC),经G418抗性压力筛选获得阳性细胞株。对获得的阳性细胞株进行接毒试验,检测CSFV的复制情况。用MTT比色法检测阳性细胞的增殖情况。【结果】成功扩增出let-7c前体基因,并构建了pGene-pre-let-7c重组质粒。重组质粒转染SUVEC细胞后筛选获得了稳定表达let-7c的细胞株。let-7c可下调CSFV在细胞中的复制。【结论】let-7c可下调CSFV的RNA复制水平。 相似文献
4.
【目的】构建传染性喉气管炎病毒(ILTV)的真核表达载体。【方法】从传染性喉气管炎病毒河南株(ILTV-XY)感染的鸡胚绒毛尿囊膜中提取病毒DNA,进行PCR扩增,PCR产物进行T-A克隆与测序,获得了鸡IL-TV-XYgB全基因序列;对ILTV-XY株gB基因与GenBank中读取的5株ILTVgB基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行了比较分析;并将该基因片段克隆到真核表达载体pcDNA3.1中,对构建的重组质粒pcDNA3.1/gB进行酶切、测序鉴定。【结果】序列测定表明,gB全基因核苷酸长度为2 629 bp,编码873个氨基酸,推导氨基酸序列有8个潜在的N-糖基化位点,有12个与二硫键形成有关的半胱氨酸。与GenBank中读取的澳大利亚SA2疫苗株、辽宁疫苗株、烟台株、美国632强毒株、英国Throne强毒株gB基因进行比较,核苷酸序列同源性为99%以上,与ILTV-SA2株gB基因比较发现,ILTV-XY株gB基因核苷酸序列在第89位均缺失1个碱基G,而在第102位又都插入1个碱基A,从而引起该毒株gB基因推导的氨基酸序列中第28~32位5个氨基酸的移码突变。构建的重组质粒pcD-NA3.1/gB经酶切、测序鉴定,证实含有目的片段,且连接、构建正确。【结论】成功构建了ILTV的真核表达质粒pcDNA3.1/gB,为ILTV核酸疫苗的研究奠定了基础。 相似文献
5.
用分子标记鉴别猪瘟病毒疫苗毒株和流行毒株 总被引：3，自引：1，他引：2
建立一种检测CSFV的套式RT-PCR方法,旨在鉴别CSFV疫苗毒和流行毒.根据GenBank上公开发表的CSFV全基因序列,设计并合成了2对引物,建立了检测CSFV的套式RT-PCR方法,并对疫苗毒、SXYL株和SX01株扩增片段进行了序列测定和分析.结果表明,该方法检测CSFV cDNA含量的最低极限为3.4×10-5 ng/mL;特异性检测发现从PRRSV、SIV、PCV2和PRV阳性毒未扩增出特异性条带.序列分析表明,只有疫苗毒3′-NCR存在分子标记CTTTTTTCTTTT,SXYL株和SX01株均没有这一标记.建立的检测CSFV的套式RT-PCR方法灵敏度高,特异性强,是一种可行的检测方法.通过目的片段的序列分析,寻找分子标记CTTTTTTCTTTT,可以准确鉴别CSFV疫苗毒和流行毒. 相似文献
6.
【目的】了解当前支气管败血波氏杆菌(Bb)地方菌株皮肤坏死毒素(DNT)基因的变异特点。【方法】利用分离培养、PCR及16SrRNA扩增片段同源性分析,对采自四川遂宁某规模化猪场有明显萎缩性鼻炎症状的鼻拭子进行病原分离鉴定,并对分离株的DNT基因进行克隆和序列分析,对其抗原域、氨基酸二级结构、特定区域位于蛋白质表面可能性等参数进行预测,分析其B细胞抗原表位。【结果】成功分离得到一株支气管败血波氏杆菌,命名为支气管败血波氏杆菌SC-SN株。分离株DNT基因序列全长4 357bp,与其他11株菌DNT基因的核苷酸序列同源性为93.1%~100.0%,但由于其356位插入碱基A,使得该序列仅编码1 426个氨基酸,与上述11株DNT基因编码的氨基酸序列同源性仅为12.8%~47.0%。遗传进化树显示,SC-SN分离株与S798日本株和未知1株的亲缘关系最近。软件预测结果显示,Bb SC-SN株DNT基因编码氨基酸B细胞抗原表位发生较大变化。【结论】经鉴定,分离株确为支气管败血波氏杆菌,且SC-SN株的DNT基因序列变异较大,第356位插入的碱基A,对其氨基酸序列、ORF及B细胞抗原表位分布产生了较大的影响。 相似文献
7.
猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR快速鉴别检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】建立猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株的RT-PCR快速鉴别检测方法。【方法】根据Gen-Bank中36株猪瘟病毒(CSFV)强毒株和兔化弱毒疫苗株的基因序列,分别设计了针对CSFV强毒和兔化弱毒疫苗株的特异性引物,建立了一种能区分CSFV强毒和兔化弱毒疫苗株的RT-PCR检测方法。【结果】建立的RT-PCR检测方法可以从CSFV强毒株和兔化弱毒疫苗株中分别扩增出大小为187和492 bp的特异性片段,对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)等猪源性病毒的检测结果均为阴性,说明该方法具有较好的特异性。对10份疑似猪瘟临床样品进行检测后发现,利用该方法可以从中分别检测出CSFV强毒和疫苗毒。【结论】建立了可鉴别检测CSFV强毒株和弱毒疫苗株的RT-PCR方法,为猪瘟的早期诊断及疫苗免疫猪和野毒感染猪的鉴别提供了技术参考。 相似文献
8.
山东省猪瘟流行毒株E2基因主要抗原编码区序列差异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用RT-PCR方法对山东省猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的E2基因进行克隆,用DNAstar软件对获得的CSFV及已发表的CSFV毒株E2基因核苷酸和氨基酸序列进行了比较和分析,构建了CSFV遗传发生树.结果表明:扩增的12株猪瘟流行病毒的E2基因长度均为270bp,与预期大小一致;12株病毒株均属于1个组群中的2个亚群,其中,病毒株SDTA-1、SDTA-2属于同一个亚群,E2基因与疫苗株HCLV相比,核苷酸、氨基酸同源性分别为83.5%、88.9%,其余10株病毒株属于同一个亚群,E2基因与疫苗株HCLV相比,核苷酸、氨基酸同源性分别为80.5%～83.5%、82.2%～84.4%. 相似文献
9.
【目的】建立一种检测猪瘟疫苗病毒(HCLV)含量的荧光定量PCR方法。【方法】用RT-PCR方法扩增HCLV基因200bp片段,构建含有该基因片段的重组质粒,对此重组质粒进行系列稀释后作为SYBR GreenⅠ荧光定量PCR模板,绘制定量检测HCLV的标准曲线。【结果】在(6.4×107~6.4×102)copies/μL模板浓度范围内,荧光定量PCR的扩增效率为92.2%,标准曲线的决定系数为0.9997。该方法的精确灵敏度为640copies/μL,重复性试验的变异系数小于2%,对牛病毒性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等的检测结果均为阴性。临床检测结果显示,不同商品猪瘟疫苗之间的病毒载量存在明显差异。【结论】建立了1种具有良好特异性与敏感性的HCLV荧光定量PCR检测方法。 相似文献
10.
根据GenBank公布的猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)Shimen株全基因序列,设计并合成2对引物,用RT-PCR方法对采自陕西省部分地区的30份CSF病料中,CSFV流行毒株的E2基因进行了扩增,并将其克隆入pMD18-T载体,转化感受态大肠杆菌DH5α。提取pMD-18T-E2重组质粒,进行BamHⅠ、HindⅢ双酶切鉴定,并对阳性质粒进行测序,将测序结果与HCLV疫苗株和shimen株E2基因及E2蛋白进行序列分析。结果表明,从30份病料中共扩增到10株CSFV流行毒株的E2基因;扩增的10株陕西CSFV流行毒株E2基因同源性为92.3%~99.6%,与Shimen株及HCLV疫苗株的同源性为75.0%~79.4%;10株CSFV流行株E2蛋白的同源性为90.0%~100%,与Shimen株和HCLV疫苗株E2蛋白的同源性分别为78.9%~84.4%和77.8%~83.3%。说明所扩增的10株陕西CSFV流行毒株的E2基因发生了较大变异。 相似文献
11.
FAN Yun-feng ZHAO Qi-zu ZHAO Yun ZOU Xing-qi ZHANG Zhong-qiu WANG Qin NING Yi-bao 《中国农业科学(英文版)》2011,10(1):142-148
The attenuated vaccine strains of CSFV have a 12-nucleotides (nt) insertion in the 3 =UTR of genome as compared to that of CSFV virulent strains.In this study,we found a distinct heterogeneity in the 3'-UTR of attenuated Thiverval and HCLV strains.The longest 3'-UTR of Thiverval strain was 259 base pairs (bp) with a 32-nt insertion,the shortest 3'-UTR had only 233 by with a 6-nt insertion.The longest 3'-UTR of HCLV strain was 244 by with a 17-nt insertion and the shortest 3'UTR was 235 by with a 8-nt insertion.Compared with the published sequences of 3 =UTR of vaccine and virulent strains,the 3'-UTR of CSFV vaccine strains have two variable regions where insertion among the different vaccine strains were frequently found.The first is located between the second conservative TAA codon and the start of T-rich region where we found the variable length insertion in the same vaccine strain Thiveral or HCLV and the second is located between the end of T -rich region and the front of GAA codon,however,a 4-nt deletion was found in this region in the virulent Shimen strain.These two regions may represent the "hot spot" for mutation.Modeling the secondary structures of the 3'-UTRsuggests that the Trich insertion could result in the change of structure and free energy,thus affecting the stability of the 3'-UTR structure.These findings will help to understand the mechanism of attenuated vaccines and improve vaccine safety,stability,and efficacy. 相似文献
12.
[目的]了解广西猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的变异规律及其与疫苗株的基因差异,为正确选择猪瘟疫苗和防制广西猪瘟提供参考依据.[方法]以广西本地的阳性猪瘟病料为研究对象,应用RT-PCR扩增CSFV的E2基因,经克隆、测序后用DNASTAR软件对其序列进行比对分析,并绘制遗传进化树.[结果]从41份疑似猪瘟病料中共扩增出4个阳性样品的E2基因(1140 bp),经序列比对分析发现,扩增获得的4株CSFV毒株(GXGG1、GXLC1、GXLC2和GXNN1)与兔化弱毒株(HCLV)、Shimen强毒株的核苷酸同源性为82.1%~82.3%和82.9%~83.4%、其推导氨基酸同源性为88.4%~89.2%和88.9%~90.0%,4株毒株间的E2基因核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为90.8%~99.6%和94.2%~99.5%,且均属于基因群Ⅱ;E2基因推导的氨基酸表明,E2蛋白空间结构及抗原结构的氨基酸位点693Cys、737Cys、792Cys、818Cys、828Cys、856Cys、833Pro、834Thr、837Arg均未发生变异,但其单抗识别位点G713E、N729D、K734R发生变异.[结论]近年来广西CSFV流行毒株的变异未出现较大差异.与HCLV株、Shimen强毒株亲缘关系较远,但与Paderborn株、GXWZ02株亲缘关系较近. 相似文献
13.
参考已发表在GenBank中CSFV Alfort毒株的E2蛋白基因序列，选择其抗原编码高变区作为扩增的靶区域，设计了一对特异性引物。用异硫氰酸胍-酚-氯仿一步法提取猪瘟病料细胞总RNA，对其进行了RT—PCR扩增。结果得到了与设计大小272bp完全相符的核酸带，并对PCR产物直接进行了核苷酸序列测定。将所测序列与中国C株同段序列进行了比较和分析。结果发现与中国C株核苷酸的同源性均为82．8％；推导的氨基酸同源性为88．3％；两野毒株均有33个碱基发生改变。并用此病料对加日龄易感仔猪成功进行了人工感染试验，结果发现能引起比较典型的猪瘟临床症状和病理变化，表明新疆南疆存在着中等或倔强毒力的野毒株。 相似文献
14.
浙江部分地区猪瘟流行现状的调查与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解当前浙江省猪瘟流行情况,对浙江省8个地市的18个疑似猪瘟发病场的流行病学资料进行调查与分析。结果表明,浙江省猪瘟以非典型为主,典型猪瘟也同时存在,绝大多数都是在外界诱因（如长途运输、去势、注苗）诱导或其他病原感染下发生,多为3月龄以内仔猪发病且病程较长。母猪存在隐性感染,部分表现为繁殖障碍,一些临床健康猪存在带毒问题。此外,从疑似猪瘟的38份病料中检出猪瘟病毒（CSFV）、猪生殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）和猪圆环病毒Ⅱ型（PCVⅡ）,检出率分别为47.37%,44.7%和23.68%;而PRRSV、PCVⅡ分别与CSFV的混合感染率为33.3%和11.1%。分子流行病学调查结果表明,浙江猪瘟流行株与CSFV石门毒株（Shimen株）和CSFV兔化弱毒株（HCLV株）2个传统毒株的E2核苷酸同源性分别为81.2%～83.0%和83.1%～84.0%,与不同厂家的弱毒疫苗株核苷酸同源性为81.7%～82.6%,说明浙江省猪瘟流行株正朝远离疫苗毒发展并呈现遗传多样性。 相似文献
15.
【目的】中国控制猪瘟主要采用疫苗免疫,现有的猪瘟兔化弱毒疫苗有较好的免疫保护效果,但是不能从血清学上区分疫苗免疫猪与自然感染猪,猪瘟标记疫苗的研制与配套检测技术的开发可有效解决这一问题。【方法】利用猪瘟病毒低温诱变弱毒T株感染性克隆,将其全长结构蛋白基因替换为猪瘟病毒石门毒株全长结构蛋白基因,得到猪瘟石门重组病毒的全长感染性克隆pSMT;随后在pSMT E1蛋白的C端插入Flag抗原基因作为鉴别标记,构建猪瘟石门重组标记病毒的感染性克隆pSMT-Flag。经电转染法拯救出两株重组病毒vSMT和vSMT-Flag,通过SK6细胞进行病毒传代以获得重组病毒。【结果】多组酶切鉴定表明两株重组质粒成功构建,PCR扩增及测序、免疫过氧化酶单层细胞试验（IPMA）表明重组病毒已成功拯救且能成功传代。【结论】该标记病毒能够与Flag单抗发生特异性反应,且不影响E2蛋白中和表位与猪瘟单抗的结合,因此该毒株为研制CSFV新型标记疫苗提供了思路。 相似文献
16.
猪瘟病毒野毒株TaqMan-MGB荧光定量PCR、鉴别方法的建立与应用 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】建立一种快速、敏感、特异地检测猪瘟病毒野毒的一步TaqMan-MGB 荧光定量PCR方法,为临床鉴别猪瘟野毒和HCLV疫苗毒提供了准确可靠的工具。【方法】在猪瘟病毒基因组5′端非编码保守区设计一对猪瘟病毒通用引物和一条特异性MGB探针,通过优化,得到最佳反应体系和反应条件,进行特异性、灵敏度和临床样本符合检验。【结果】该方法在100～10-7范围内线性相关系数为0.998,检测极限达5.3×10-2pg 病毒核酸;对24个质控样本检测结果显示,该方法能检测除猪瘟兔化弱毒疫苗（HCLV）以外的猪瘟流野毒株,其它猪相关致病病原检测阴性;对122份疑似猪瘟样本检测的结果与本实验室建立的RT-nPCR方法的符合率为94.3％（115/122）,阳性和阴性符合率分别为86.4％（38/44）和98.7％（77/78）,Kappa值为0.87＞0.75。【结论】建立的一步TaqMan-MGB 荧光定量PCR方法能鉴别猪瘟野毒和HCLV疫苗毒,且特异性好、灵敏度高、与笔者先前建立的RT-nPCR方法对临床样本的检测结果具有高度的一致性。 相似文献
17.
免疫鸡群肾型传染性支气管炎病毒的分离和鉴定 总被引：4，自引：0，他引：4
[目的]鉴定免疫鸡群肾型传染性支气管炎病毒（IBV）。[方法]以接种IBV的鸡胚尿囊液为模板,根据GenBank中登录的IBV的N基因序列设计引物,通过RT-PCR扩增出目的片段,经酶切鉴定后对其进行测序鉴定。[结果]PCR扩增片段长度为409bp,将其Ⅳ基因核苷酸序列与不同地区分离株（山东、黑龙江等）以及欧洲呼吸型疫苗株（M41）的IBV核苷酸序列进行比较,结果表明,不同毒株的核苷酸同源性在85．6％～100．0％,此次分离所得IBV的N基因与IBVSD0708株（EU352625）N基因的核苷酸同源性高达99．3％,而与呼吸型疫苗株M41（M28566）的同源性仅为87．3％。测序结果及序列分析可以证实分离到的病毒为IBV,命名为HN／HL株。[结论]该研究为鸡传染性支气管炎病毒的控制奠定了基础。 相似文献
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[目的]了解广西家蚕核型多角体病毒(Bombyxmori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)毒株gp64基因的保守性,并掌握其具体的突变位点,为研究核型多角体病毒(NPV)种内的微进化模式提供参考依据.[方法]对广西不同桑蚕产区的19株BmNPV毒株进行gp64基因克隆与测序,分析完整开放阅读框(ORF)序列的同源性和单核苷酸多态性,并构建基于gp64基因的遗传进化树.[结果]广西BmNPV毒株的gp64基因ORF序列不一致,存在1590、1593和1599 nt三种类型,是由于第94~96位缺失GCG或第97~102位插入GCGCCG所致,且插入核苷酸突变仅在广西BmNPV毒株中出现.仅GXSL毒株与T3毒株的核苷酸及其推导氨基酸序列同源性均达100.0%,其余18株毒株与T3毒株的核苷酸序列同源性在98.5%~99.2%,其推导氨基酸序列同源性在98.7%~99.6%.19株广西BmNPV毒株被分为两个亚群(cladeⅠ和cladeⅡ),其中11株独立形成cladeⅡ,7株独立形成cladeⅠ中的一个亚群;广西毒株在多个位点出现同义核苷酸突变,呈一定的规律性.[结论]广西BmNPV毒株的gp64基因具有遗传多样性,在遗传进化上较独立,插入突变显示出地域特点. 相似文献
20.
采用ＲＴ－ＰＣＲ技术,利用２对引物,从猪瘟病毒（ＣＳＦＶ）强毒石门株感染的猪血中成功扩增了ＮＳ４Ｂ基因,片段大小分别为７５７ｂｐ和７７４ｂｐ。克隆后经酶切鉴定,自动测序和序列分析,结果显示该基因较为保守,与其他猪瘟病毒毒株均有很高的同源性,与同属的ＢＶＤＶＳＤ－１株和ＮＡＤＬ株也有较高的同源性。 相似文献