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1.
根据G enB ank中已公布的人、猪和小鼠的MyoG基因的5′侧翼和部分第一外显子序列设计PCR引物,用touch-dow n PCR技术扩增了牛MyoG基因的启动子序列,构建了重组克隆载体pGEM-T-MyoG,并通过PCR扩增、限制性酶切对阳性克隆进行了鉴定、测序及生物信息学分析。结果表明,牛MyoG基因的启动子序列(G en-bank中注册号为AY 882581)长度为672 bp,其与猪、人和小鼠相应序列的同源性分别为94%,91%和88%,且其在不同物种之间具有一定的保守性。牛MyoG基因启动子的克隆与序列分析为进一步研究牛MyoG基因的表达调控奠定了基础。 相似文献
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《特产研究》2019,(4)
为探明吉林梅花鹿MyoG基因的分子结构特征与生理功能,本研究通过提取吉林梅花鹿血液基因组DNA,利用PCR技术分段扩增、Sanger测序并拼接获取MyoG基因,对MyoG基因核苷酸及编码氨基酸序列的分子结构特征进行了生物信息学分析。结果表明,吉林梅花鹿MyoG基因序列长3 162 bp(GenBank登录号:HZ56689),含有3个外显子、2个内含子及部分5 UTR和3 UTR,编码区(CDS)为684 bp,共编码227个氨基酸,与NCBI中甘肃马鹿、水牛及山羊该基因相似性分别为99%、94%和92%;通过分析推导氨基酸序列结构发现,1～89位氨基酸为MYOD家族特有的碱性结构域,85～136位为螺旋-环-螺旋DNA结合结构域,含有21个激酶磷酸化的位点;吉林梅花鹿与甘肃马鹿该基因CDS区存在6个突变位点,导致3个氨基酸位点发生了变异;序列相似性及分子系统进化分析显示,吉林梅花鹿MyoG基因与反刍动物山羊、绵羊及水牛的亲缘关系较近。吉林梅花鹿MyoG基因的克隆及序列结构特征的生物信息学预测分析为解析鹿科动物肌肉生长发育的分子调控机制奠定了理论基础。 相似文献
3.
采用LA-PCR技术扩增小鼠ISG15基因1194bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEGFP-N1-ISG15,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明:试验成功构建了包含小鼠ISG15基因5′调控区的重组质粒;经同源性比对发现ISG15基因5′调控区在不同物种中同源性不高,在转录起始位点近端的启动子区域中小鼠与人、牛、乌鳢的同源性分别为41.36%,37.89%,38.71%;经过预测该调控区富含GAS、GR、SP1、NF-1、CBF-B等转录因子结合位点,有五处Enhancer区、一处ISRE元件以及一处保守的NF-κB结合位点。本研究为进一步确定小鼠ISG15基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础。 相似文献
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依据电子延伸序列设计一对克隆引物,用RT-PCR法从猪胃组织扩增出猪干扰素epsilon1(IFNE1)基因的完整编码区并进行序列分析;再根据克隆的序列设计一对表达引物,用PCR法从重组克隆载体中扩增出EcoRI/XhoI酶切位点的猪IFNE1片段,插入原核表达栽体,转化至宿主菌,诱导表达,SDS-PAGE鉴定融合蛋白.结果表明,克隆的猪IFNE1基因包含完整的开放阅读框架,长为586bp.ORF为582bp,编码193个氨基酸,与人、小鼠的同源性分别为83.6%和69.2%,推测的氨基酸序列与人、小鼠的同源性分别为76.2%和55.2%,表达的融合蛋白分子量约为47kD. 相似文献
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参考家猪(X89007)MyoG基因序列设计2对特异引物,用PCR方法首次从野猪基因组中扩增出2个大小分别约为1.6 kb和1.0 kb的DNA片段,其PCR产物经pMD-18T载体转化感受态DH5α株大肠杆菌,获得重组克隆子。DNA测序和序列拼接表明:野猪肌细胞生成素基因DNA序列长2 466bp,含完整的3个外显子和2个内含子,与家猪、牛、马、狗、小鼠和人的MyoG基因的cDNA序列同源性分别为99.8%、92.4%、92.7%、89.7%、90.8%和94%,其cDNA编码氨基酸序列与家猪、牛、马、狗、小鼠和人的同源性分别为100%、96.4%、95.9%、94.1%、96.4%、96.8%;对野猪MyoG基因组序列与9个家猪品种的相应同源序列进行比较,检出16个核苷酸变异位点,且其中有5个为家猪中不具有的新变异位点,其变异位点主要发生在内含子部分,尤其是内含子1中的变异位点比例最大(11个)。这些结果表明,野猪肌细胞生成素基因的编码序列在进化过程中是高度保守的,而内含子部分尤其是第1内含子具有丰富的序列多态性。对117个限制性酶切位点扫描分析发现,野猪MyoG基因核苷酸序列中含有78个酶切位点,其中有5个酶切位点包含变异位点,尤其是1 153位点的T突变成G所产生的SmaI(CCC/GGG)或XmaI(C/CCGGG)酶切位点为野猪所特有。所测DNA序列已提交到GenBank中,获得的序列号为:FJ356697。 相似文献
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首次对犬冠状病毒V1野毒株核蛋白(N)基因进行了克隆和序列测定。根据GenBank中报道的CCV Insavc-1株N基因序列,设计了1对特异性引物,对分离的CCV V1野毒株进行了RT—PCR扩增;将扩增得到的阳性PCR片段经纯化后与pGEM—T连接得到重组质粒pTN1,进行核苷酸序列测定,并与GenBank中CCV标准毒株Insavrc—1 N基因进行了比较。结果该基因全长为1146bp,编码382个氨基酸,两者核苷酸的同源性为91．7％;推导的氨基酸序列的同源性为90．2％,显示出较高的保守性。在V1野毒株推导的N蛋白N端156-179位存在一个SRXX富集区,与小鼠肝炎病毒相应区域相同,推测可能是RNA结合区。另外,推导的该蛋白氨基酸序列其疏水性和抗原表位与标准毒株Insavc-1 N蛋白存在一定的差异;在氨基酸组成上,该蛋白丝氨酸和赖氨酸含量高达9．84％,提示该蛋白具有高度螺旋和缠绕的分子结构： 相似文献
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本研究克隆了小鼠MCK基因5'侧翼区以及核心启动子区,并分析和研究了其调控活性。首先以小鼠尾部肌肉基因组DNA为模版克隆了小鼠MCK基因5'侧翼区序列,回收纯化,连接pEASY-T3 Cloning载体,测序,分析了其增强子与核心启动子序列。然后将核心启动子序列亚克隆到无启动子的荧光蛋白报告载体pGL3-Venus中,转染小鼠成肌细胞C2C12,观察其在荧光显微镜下的表达情况。结果表明,小鼠MCK基因-1354～+1 bp核心启动子序列能调控Venus荧光蛋白在C2C12细胞内表达,证实MCK启动子核心序列具有组织特异性调控能力。 相似文献
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【目的】克隆甘蔗乙烯受体Sc-ERS基因启动子序列,分析Sc-ERS基因启动子序列的作用元件。【方法】采用基于热不对称交错式PCR原理的染色体步移技术,从甘蔗ROC22基因组DNA中克隆Sc-ERS基因启动子序列,利用启动子预测软件PlantCARE和PLACE在线工具对Se-ERS启动子序列的作用元件进行预测。【结果】克隆获得sc．ERS启动子序列1410bp,该序列与玉米ERS25、ERS14核苷酸同源性分别为82％和80％。PlantCARE在线分析结果表明,该序列具有启动子基本作用元件TATA．BOX和CAAT—BOX,还含有参与光响应元件、干旱诱导MYB结合位点、茉莉酸甲酯响应元件、水杨酸响应元件、胚乳表达顺式调控元件、热胁迫响应元件等。【结论】从甘蔗基因组DNA中克隆获得乙烯受体Sc-ERS基因上游1410bp的启动子序列,该序列含有多个特异性调控元件,推测sc．ERS;~因的表达可能受生理周期、激素、干旱、光照等因素调控。 相似文献
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胡萝卜sⅡ基因启动子克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
克隆胡萝卜直根特异性表达的液泡转化酶Ⅱ型同工酶(sⅡ)基因启动子序列,为实现外源基因在胡萝卜直根特异性表达做准备。从天红五寸参胡萝卜叶片中提取总DNA,采用PCR扩增方法获得sⅡ基因启动子序列,然后结合5'RACE实验方法和生物信息预测方法对sⅡ基因启动子进行序列特征分析。结果表明:从胡萝卜基因组DNA中PCR扩增得到预期大小的启动子片段,序列分析表明该启动子序列与已发表的序列具有99.6%的同源性;试验确定了该启动子的转录起始位点位于翻译起始位点上游26bp处的“A”;生物信息学预测该启动子的核心序列及上游增强子序列、抑制子序列、根特异性序列及受病原菌、损伤、干旱、ABA激素调控序列等顺式作用元件。成功克隆并序列分析了胡萝卜直根特异性表达的sⅡ基因启动子,为该启动子在植物基因工程中的应用奠定基础。 相似文献
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利用RT-PCR 的方法从广西巴马小型猪肝脏组织中扩增SLA-DQB 基因的编码区序列,旨在为下一步构
建SLA-DQB 转基因广西巴马小型猪奠定基础。结果表明,克隆的广西巴马小型猪SLA-DQB 基因编码区长687 bp,与
GenBank 参考序列（NM_001113694）相比,共有15 个氨基酸发生突变（位点为10、14、19、27、29、38、39、48、58、61、68、
72、76、78、183）。与普通猪、其他小型猪、奶牛、人类及小鼠的同源性分别为95.8%、95.8%、88.1%、86.2%和80.0%。 相似文献
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应用生物信息学和比较基因组学方法,比较分析了人、毛猩猩、绵羊、牛、猪、马、犬、斑马鱼、大熊猫、小家鼠、褐家鼠、鸭嘴兽、非洲爪蟾、原鸡、绿头鸭、斑胸草雀、黑猩猩、恒河猕猴、狨、灰短尾负鼠和兔21个物种TYRP2基因完整编码区(CDS),并对其遗传多样性、分子系统发育、编码蛋白的氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、二级结构等进行了预测。结果表明,从21个物种的42条基因序列检测到741个多态位点,共生成26种单倍型。物种间TYRP2基因序列编码区存在较丰富的遗传多样性,物种内该基因序列编码区则存在较强的保守性。TYRP2基因密码子有较强的偏爱性。根据核苷酸歧异度和遗传分化系数对物种的亲缘关系进行分析,结果表明,人与黑猩猩亲缘关系最近,小家鼠和褐家鼠亲缘关系最近。TYRP2基因多肽存在信号肽,有跨膜结构域,表现为疏水性,二级结构的主要组成元件为无规卷曲和α螺旋。 相似文献
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[目的]为探索暗纹东方基因组中是否存在BAFF基因。[方法]通过比对人、小家鼠、野猪、原鸡的BAFF基因cDNA序列,获取高度保守的同源片断。根据红鳍东方基因组文库序列设计引物,从野生暗纹东方肌肉样品中提取总DNA进行PCR扩增,并进行PCR产物的克隆与测序。[结果]通过PCR扩增获得3条特异性条带,大小分别为542、349、221 bp。在红鳍东方基因组文库中未找到与542 bp序列匹配的片段。349和221 bp序列在暗纹东方和红鳍东方中是保守的。暗纹东方与红鳍东方序列比对结果表明,碱基突变的主要方式为插入或缺失。[结论]3个扩增条带为BAFF基因相关序列的可能性较小。在鱼类生物体中很可能不存在与哺乳类、鸟类BAFF同源基因。 相似文献
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14个物种RPSA基因编码区生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用生物信息学方法比较分析了大熊猫、牛、家犬、马、原鸡、人、猕猴、小家鼠、兔、绵羊、黑猩猩、毛猩猩、褐家鼠和野猪RPSA基因编码区(CDS)的遗传多样性,并对该基因编码的氨基酸序列、蛋白质二级结构和结构功能域进行预测和分析。结果表明,在来自14个物种的84条基因序列中检测到338个多态位点,共发现42种单倍型,物种间及物种内RPSA基因编码区存在较丰富的遗传多样性。RPSA基因编码蛋白质等电点均低于6,呈酸性;蛋白质二级结构的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,有一个保守结构域。 相似文献
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为了研究各物种ESR、LH、LHR、PRLR基因进化的特点,从GenBank下载了人、毛猩猩、黑猩猩、猕猴、欧洲兔、野猪、黄牛、大熊猫、小家鼠、仓鼠、褐家鼠11个物种的139条编码区序列(CDS),采用生物信息学方法对4种基因进行分析。结果表明,4种基因均存在较丰富的遗传多样性。其中ESR基因单位长度多态位点数为0.330 7,单位长度突变位点数为0.399 8,核苷酸多样性最低,同义替换率相对最高,平均遗传距离最小。LH基因单位长度多态位点数(0.484 8)与单位长度总突变位点(0.618 3)均最高,核苷酸多样性和非同义替换率相对最高。依据4种基因遗传距离构建的聚类图的拓扑结构存在差异,说明4种繁殖基因进化速率存在差异,ESR基因进化速率相对较慢,LH基因相对较快。 相似文献
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[目的]克隆分析Sus scrofa interferon epsilon-1基因,以期为其生物学功能研究奠定基础。[方法]利用Homo sapiens interferon epsi-lon 1(IFNE1)序列(NM_176891.3)对猪HTG库进行搜索,通过对获得的2个片断(CU074336、AC127471)的序列分析,在5'-UTR和3'-UTR设计1对克隆引物,对7日龄仔猪的胃组织进行RT-PCR,将PCR产物克隆、测序,并进行相关分析。[结果]同源性分析结果表明,猪SIFNE1与人、小鼠interferon epsilon-1基因cDNA编码区(CDS)的同源性分别为83.6%和69.2%;蛋白序列同源性分别为76.2%和55.2%。推测其氨基酸序列信号肽为第1～21位氨基酸,IFabd结构域为第59～176位氨基酸,结构特征与人、小鼠的interferon epsi-lon-1相一致。[结论]该研究克隆了Sus scrofa interferon epsilon-1基因,为进一步研究SIFNE1基因的生物学功能奠定了基础。 相似文献
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西农萨能奶山羊LXRα基因的克隆、序列分析及组织表达 总被引：1，自引：0，他引：1
采集西农萨能奶山羊乳腺组织,利用RT-PCR和RACE技术分离并克隆LXRα基因的cDNA序列。其全长1 654 bp(GenBank收录号为GU332719),包括5′UTR150 bp,CDS1 344 bp和3′UTR160 bp,该基因编码447个氨基酸。经氨基酸序列分析发现,山羊LXRα与GenBank中牛(Bos taurus)、小鼠(Mus muscu-lus)、褐鼠(Rattus norvegicus)、猪(Sus scrofa)和人(Homosapiens)的LXRα相似性较高,均在90%以上。蛋白质结构分析表明,其蛋白质分子量为50.35 ku,等电点为6.3。具有受体特征结构域:配体结合区域(Lig-and-binding Domain,LBD)、DNA结合区域(DNA-binding Domain,DBD)和锌指蛋白C4型区域(Zinc fingerC4 type,zf-C4)。整个序列具有较强的亲水性且不含信号肽与跨膜结构,该基因定位于细胞核。此外,还通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对LXRα基因进行组织表达分析。在所检测的西农萨能奶山羊11个组织中均有LXRα基因的mRNA存在,其中小肠组织中表达最丰富,乳腺、肝脏、脾脏、皮脂次之,心脏相对最低。 相似文献
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采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536~–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位点甲基化频率存在个体差异,22%Cp G位点的甲基化频率与Myo G的m RNA表达量呈负相关(P0.05),78%Cp G位点的甲基化频率呈正相关(P0.05),其中,腿肌甲基化位点Cp G_1、Cp G_26.27.28.29的甲基化频率与Myo G基因表达水平均呈显著相关(P0.05)。Myo G基因在鸭与在哺乳动物中的转录调控机制存在差异。试验中发现多个影响鸭Myo G基因转录的潜在甲基化位点,其中Cp G_1与Cp G_26.27.28.29能通过DNA甲基化修饰影响Myo G基因在鸭腿肌中的转录。本研究结果可为鸭Myo G基因转录调控提供参考依据。 相似文献