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通过对线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(D-loop)进行序列特征和遗传多样性检测,分析达氏鳇(Huso dauricus)亲鱼群体30个个体的序列特征及遗传多样性。结果表明,Cyt b基因长1 138 bp,G+C含量为47.03%,共定义单倍型5个、多态性位点(S)2个,简约信息位点1个,单倍型多样性指数(H_d)为0.372,平均核苷酸差异数(K)为0.384,核苷酸多样性指数(π)为0.000 34;D-loop区序列全长845 bp,G+C含量为37.41%,共定义单倍型6个,多态性位点8个,简约信息位点3个,单倍型多样性指数为0.424,平均核苷酸差异数为1.069,核苷酸多样性指数为0.001 27。基于线粒体D-loop与Cyt b序列的研究结果表明,养殖达氏鳇亲鱼群体的遗传多样性偏低,在利用达氏鳇亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的影响。 相似文献
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新疆马鹿群体的系统发育 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨新疆马鹿系统发生关系及分类地位,对塔里木马鹿、阿尔泰马鹿、天山马鹿共3个亚种38个个体的Cyt b全序列(1 140 bp)扩增、测序,分析了碱基组成和变异以及核苷酸序列差异,并以黇鹿(Fallowdeer,Cervus dama Linnaeus)为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了系统发育树。结果显示:突变转换/颠换比值较高(R=25.665),Cyt b基因密码子碱基使用具有偏倚性;塔里木马鹿与阿尔泰马鹿、天山马鹿遗传距离较远;塔里木马鹿与天山马鹿有部分单倍型与其他亚种聚为一类。因此认为塔里木马鹿与阿尔泰马鹿、天山马鹿属于不同的类群;塔里木马鹿与天山马鹿都受到外种入侵,疑为引种杂交所致。 相似文献
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贵州务川黑牛mtDNA Cytb基因遗传多样性研究* 总被引：1，自引：0，他引：1
务川黑牛是贵州省新近发现的独特地方品种,其起源和系统地位尚存争议。测定了22个务川黑牛的Cyt b基因全序列,结合已报道的中国9个黄牛品种17个个体的Cyt b基因全序列进行分析,结果显示：务川黑牛的Cytb基因全长1140 bp,共检测到21个核苷酸多态位点。碱基A+T平均含量为567%,显著高于G+C平均含量43.4%,第3密码子表现出较强的碱基组成偏倚。定义了8种单倍型且突变类型仅存在转换,表明务川黑牛的Cyt b基因的遗传多态性较为丰富。邻接法(NJ）构建的分子系统树表明,务川黑牛有2个母系起源即普通牛起源和瘤牛起源。 相似文献
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于甘肃省境内长江水系、黄河水系和内陆河水系共8个采样点,采集3种裂腹鱼亚科鱼类——黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)、祁连裸鲤(Gymnocypris chilianensis)和嘉陵裸裂尻鱼(Schizopygopsis kialingensis)样本294尾,以线粒体Cyt b基因为分子标记,对3种裂腹鱼的系统发育关系进行分析,并对其不同地理种群的遗传多样性现状与遗传分化情况进行研究。基于NJ和BI法构建的单倍型分子系统发育树结果发现,黄河裸裂尻鱼构成单系,且具有较高支持率;而嘉陵裸裂尻鱼位于祁连裸鲤的分支内部。遗传多样性分析结果显示,70尾黄河裸裂尻鱼的Cyt b基因共检测出23个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.917和0.003 10;132尾祁连裸鲤的Cyt b基因共检测出28个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.819和0.009 82;92尾嘉陵裸裂尻鱼的Cyt b基因共检测出13个单倍型,单倍型多样性及核苷酸多样性分别为0.706和0.002 33。种群遗传分化研究结果表明,这3种裂腹鱼同一物种的不同地理种群间均存在显著的遗传分化,该结果揭示了地理隔离对3种裂腹鱼有显著的阻隔影响,对整体的分化适应有重要作用,因此在资源保护管理中应当作为不同的单元分别加以对待。 相似文献
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《西南农业学报》2020,(1)
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。 相似文献
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[目的]对大海马D-loop和Cyt b序列进行遗传变异分析。[方法]基于D-loop和Cyt b部分序列对东山岛(20尾)和泉州市(20尾)养殖场大海马进行遗传变异分析。[结果]获得的D-loop和Cyt b序列分别为707~709 bp和404 bp,且2种序列在2个大海马群体之间极其保守。D-loop和Cyt b序列G+C含量明显低于A+T含量,C含量也低于G含量,Cyt b序列第3位密码子G含量最少。东山岛和泉州市的大海马(各20条)D-loop序列的平均核苷酸差异数分别为0.489和0.958,且分别定义了3种和6种单倍型,东山岛和泉州市的大海马(各20条)Cyt b序列在2个群体之间相似度为100%,只定义了1种单倍型。[结论]研究表明D-loop和Cyt b序列在2个大海马群体中变异较小。 相似文献
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【目的】研究分析贵州都柳江鲇、斑鳠种群细胞色素b基因(Cytb)的遗传多样性,为都柳江鲇形目经济鱼类资源的保护和开发利用提供参考依据。【方法】以PCR扩增都柳江鲇、斑鳠种群的Cyt b基因序列,经双向测序、拼接后采用相关在线软件进行序列变异及遗传多样性分析。【结果】都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因序列均为1122 bp,分别检测到46和15个变异位点,对应定义为11个单倍型(NHap1~NHap11)和10个单倍型(BHap1~BHap10)。都柳江鲇、斑鳠种群的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.646、0.00899和0.610、0.00101。都柳江鲇、斑鳠种群Cyt b基因序列均编码374个氨基酸,包含20种氨基酸,以亮氨酸平均含量最高(17.65%和16.58%)、半胱氨酸平均含量最低(0.80%和0.78%)。4种碱基在这两种鱼类Cyt b基因密码子第1位点上出现频率约等,在第2、3位点上的出现频率则存在明显差异。都柳江鲇、斑鳠种群Cytb基因密码子第3位点上的变异频率显著高于第1和第2位点,但第3位点上的变异多为同义突变。【结论】都柳江鲇种群大小稳定,具有较丰富的遗传多样性;都柳江斑鳠种群遗传多样性较匮乏,可能经历过瓶颈效应和种群扩张事件,急需开展种群保护和恢复工作。 相似文献
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为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响，通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定，获得了编码Cyt b基因的1 140 bp序列与GenBank中已有的236个个体的序列进行综合分析，共检测出288个变异位点，界定了136种单倍型，其中瓯江、钱塘江和八里店群体单倍型数目分别为1、10和6。钱塘江群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716和0.016 16,八里店群体分别为0.607和0.012 05。分子方差分析(AMOVA)显示，遗传变异主要来源于群体间(55.06%),少数来自群体内(44.94%),群体间遗传分化均达到显著水平(P<0.05)。八里店群体亲本源于钱塘江，但经过数代人工繁殖后其遗传多样性有所降低。基于邻接法构建的系统发育树显示，钱塘江群体可以分为3支，1支与长江水系湖南采集的单倍型聚为一支，63.64%的钱塘江个体属于这一支；1支与珠江水系广西采集的单倍型聚为一支，9.38%的个体属于这一支，剩下的样本和浙江瓯江采集的样本聚为一支。这说明钱塘江群体的祖先来源... 相似文献
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通过对20头雷琼牛(Bos indicus)细胞色素b(Cyt b)基因序列(1 140 bp)的比对和分析,共发现7个变异位点,定义了6种单倍型。经与GenBank上6个牛种的Cyt b基因序列进行比较,分析其碱基组成和核苷酸序列变异,计算不同牛种间的kimura双参数遗传距离。以亚洲水牛(Bubalusbubalis)为外群,应用邻接法构建牛属动物分子系统发育树。结果表明:雷琼牛与印度瘤牛(Bos indicus)一样同属于典型的瘤牛,但两者有明显的区别,推测中国可能是世界瘤牛的发源地之一,不支持雷琼牛含有爪哇牛(Bos javanicus)血统的观点。 相似文献
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为探讨新引进种岩扇贝Crassadoma gigantea与国内3种主要经济扇贝(虾夷扇贝Patinopecten yessoensis、栉孔扇贝Chlamys farreri和海湾扇贝Argopecten irradians)的遗传变异水平及其之间的亲缘关系,通过PCR扩增及测序获得4种扇贝的mtDNA Cyt b基因全序列,并对其序列组成、遗传多样性、遗传距离和系统发育等进行了分析。结果表明:4种扇贝的单倍型数、多态性位点数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数,分别在3~4、2~15、0.545~0.800、0.001 00~0.005 72和0.788~6.545之间,表现出较低的遗传变异水平;4种扇贝的种间遗传距离为0.255~0.429,其中,岩扇贝与虾夷扇贝的遗传距离最近(0.255),与海湾扇贝的遗传距离最远(0.429);系统进化树分析显示,岩扇贝与虾夷扇贝独自聚为一支,表明二者之间的亲缘关系较近。本研究结果将为岩扇贝的引种与养殖以及今后的遗传育种研究工作提供基础信息。 相似文献
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测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。 相似文献
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[目的]探究拟硬刺高原鳅种群的遗传多样性和分化程度。[方法]采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序方法获得拟硬刺高原鳅线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（Cytb）基因的全序列。[结果]拟硬刺高原鳅3个种群共58个个体均获得Cytb基因的全长序列（1 140 bp）,共定义了20个单倍型,拟硬刺高原鳅宝库河种群遗传多样性低于黄河种群。[结论]拟硬刺高原鳅黄河种群和宝库河种群间存在显著的分化,建议在实践中将2种群分开管理和保护,以达到保护种群遗传多样性的目的。 相似文献
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[目的]探究拟鲶高原鳅（Triplophysa siluroides）黄河种群与大通河种群的遗传多样性和分化水平。[方法]采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序方法获得拟鲶高原鳅线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（Cytb）基因的全序列。[结果]拟鲶高原鳅2个种群共47个个体均获得Cytb基因的全长序列（1140 bp）,共定义了12个单倍型。拟鲶高原鳅黄河种群遗传多样性低于大通河种群。[结论]人类活动的影响和引入外来种可能引起了拟鲶高原鳅黄河种群遗传多样性的下降;同时,拟鲶高原鳅黄河种群和大通河种群间存在显著的分化,建议在实践中应将2种群分开管理和保护。 相似文献
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基于mtDNA cyt b基因全长序列,对中国黄牛、牦牛和水牛的遗传多态性和系统发育关系进行了分析。结果表明,中国黄牛、牦牛和水牛cyt b基因序列中碱基A和T的含量均比较高,A T的平均含量分别为56.6%,58.2%和56.0%。黄牛在cyt b基因全长序列具有较丰富的核苷酸多样性(Pi=0.016 84),水牛的核苷酸多样性相对贫乏(Pi=0.003 51),牦牛的核苷酸多样性介于二者之间(Pi=0.012 28)。中国黄牛与牦牛和欧洲野牛之间的亲缘关系相对较近,而与水牛间的亲缘关系则相对较远,黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源;中国牦牛和斑腾牛以及羯牛的亲缘关系相对较近;中国水牛和沼泽型水牛具有较近的亲缘关系,也可能有2个或者2个以上的母系起源。 相似文献
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鲱形目内科间分类关系一直以来存在较多争议,为探讨鲱形目系统发育关系,对黄鲫、凤鲚的线粒体Cyt b基因全序列进行扩增、克隆及测序,得到1 141 bp序列。结合Genbank中已发布的鲱形目鱼类Cyt b基因全长序列利用生物信息学软件进行比较分析后,共检测到553个变异位点,总变异为48.5%,其中含504个简约信息位点,未见序列插入或缺失。碱基的替换多在密码子第三位,序列中转换多于颠换,Ts/Tv为2.448,基因突变未达到饱和。基于K2P模型计算的遗传距离表明,宝刀鱼科同鲱科及鳀科的科间遗传距离（0.042~0.072）小于鲱科内属间遗传距离（0.065~0.106）。在以南美肺鱼为外群构建的NJ分子系统树中,齿头鲱科最先分化,是鲱形目中原始类群;鳓属、多齿鳓属独立聚为一支,且具较高的自举检验值,支持将其归入锯腹鳓科;宝刀鱼科并入到鲱科一支中去,与鲱科亲缘关系更近。 相似文献