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1.
为了探明酪氨酸酶相关蛋白1(TYRP1)基因对狐狸毛色的调控机制,本研究利用RT-PCR、染色体步移和核酸测序等技术,获得了银黑狐TYRP1基因完整编码区(coding DNA sequence,CDS),利用ProtParam和PredictProtein等在线软件对该基因进行了生物信息学分析,并利用Lasergene7.1软件包进行银黑狐与其他物种间的同源性分析及系统进化树的构建。结果表明,银黑狐TYRP1基因CDS区共计1 614bp,编码537个氨基酸残基,属于不稳定可溶性亲水蛋白质。亚细胞定位主要在内质网和高尔基体中,属于分泌蛋白。在第24和25个氨基酸之间存在1个裂解位点,存在信号肽。其属跨膜蛋白,包括跨膜域、胞外域和胞内域3个部分。二级结构以无规则卷曲为主(59.03%),α-螺旋占22.91%,属卷曲蛋白质。三级结构与二级结构预测结果基本一致,主要是由无规则卷曲和α-螺旋构成。银黑狐与其他10个物种间的相似度为88.6%~99.6%,说明物种之间同源性较高,TYRP1基因编码区在进化过程中保守性较强。系统进化分析提示,银黑狐与赤狐和家犬的遗传亲缘关系最近。银黑狐TYRP1基因编码区的成功获取及分析为进一步探讨其在毛色形成过程中的功能研究提供了较好的理论依据。 相似文献
2.
《畜牧与兽医》2020,(5)
探究水貂酪氨酸酶相关蛋白2(TYRP2)基因的分子结构特性及其调控被毛色素沉积的生理功能。利用比较基因组学方法基于水貂皮肤转录组测序获得的TYRP2基因完整编码区(CDS)核苷酸及其编码氨基酸序列的结构特性开展了系统的生物信息学预测及比较基因组学分析。结果:RNA-seq获取的水貂TYRP2基因长度为3 385 bp,CDS长度1 554 bp,共编码517个氨基酸。进一步分析发现,TYRP2编码蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,属混合型二级结构,为酸性不稳定亲水蛋白质;含有1个信号肽,1个跨膜区,形成8对二硫键,包括46个磷酸化位点与7个糖基化位点,179～409位氨基酸为酪氨酸酶家族共有核心结构域。亚细胞定位显示,水貂TYRP2蛋白位于细胞外,属一种分泌型蛋白,主要在细胞内质网中发挥其生物学功能。编码氨基酸序列比对表明,水貂与其他10个食肉目物种TYRP2基因编码氨基酸序列均存在2个保守的铜离子结合位点:CuA和CuB。水貂TYRP2基因鉴定及序列分析为解析其调控被毛色素沉积的生理功能提供了详尽的生物学基础信息。 相似文献
3.
为探明黑貉酪氨酸酶相关蛋白1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)基因CDS序列并对其进行生物信息学分析,试验采集黑貉背部皮肤组织提取RNA后反转录为cDNA,根据GenBank中犬科TYRP1基因mRNA序列(登录号:NM_001194966.1)设计1对特异性引物,通过RT-PCR扩增TYRP1基因CDS区,将其插入到克隆载体中,对阳性菌落经PCR验证和序列测定后进行生物信息学分析。结果显示,黑貉TYRP1基因CDS序列全长为1 614 bp,编码537个氨基酸,所编码蛋白属于不稳定可溶性的亲水蛋白质。TYRP1基因与狐的遗传距离较近,说明该基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性。TYRP1蛋白二级结构中,无规则卷曲所占比例最高,为54.0%;α-螺旋次之,为29.8%。TYRP1蛋白三级结构主要由大量无规则卷曲和α-螺旋构成,与二级结构相一致。TYRP1蛋白具有氧化还原酶活性,参与DNA修复和复制、蛋白质合成和降解,可与TYR、DCT、TP53、TRPC1等多种蛋白相互作用。本试验结果为进一步探索TYRP1基因在哺乳动物毛色遗传机制中的功能提供了理论依据。 相似文献
4.
为探明黑貉酪氨酸酶相关蛋白1（tyrosinase-related protein 1,TYRP1）基因CDS序列并对其进行生物信息学分析,试验采集黑貉背部皮肤组织提取RNA后反转录为cDNA,根据GenBank中犬科TYRP1基因mRNA序列（登录号：NM_001194966.1）设计1对特异性引物,通过RT-PCR扩增TYRP1基因CDS区,将其插入到克隆载体中,对阳性菌落经PCR验证和序列测定后进行生物信息学分析。结果显示,黑貉TYRP1基因CDS序列全长为1 614 bp,编码537个氨基酸,所编码蛋白属于不稳定可溶性的亲水蛋白质。TYRP1基因与狐的遗传距离较近,说明该基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性。TYRP1蛋白二级结构中,无规则卷曲所占比例最高,为54.0%;α-螺旋次之,为29.8%。TYRP1蛋白三级结构主要由大量无规则卷曲和α-螺旋构成,与二级结构相一致。TYRP1蛋白具有氧化还原酶活性,参与DNA修复和复制、蛋白质合成和降解,可与TYR、DCT、TP53、TRPC1等多种蛋白相互作用。本试验结果为进一步探索TYRP1基因在哺乳动物毛色遗传机制中的功能提供了理论依据。 相似文献
5.
采用反转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）方法，以肝脏总RNA为模板，对泰和乌骨鸡、隐性白羽肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因（ADSL）编码区序列进行克隆和测序；并结合Gen—Bank中已提交的家鸡、鱼类、哺乳动物和人类等ADSL基因序列，采用基于最大似然法的密码子置换模型分析ADSL基因编码区序列在进化过程中承受的选择压力。结果RT—PCR方法准确获得了泰和乌骨鸡和隐性白羽肉鸡ADSL基因编码区序列，全长为1380bp。“分支特异模型”检验结果表明，ADSL基因在不同物种进化过程中较为保守，未受到正选择作用。鸡ADSL基因序列的“位点特异模型”检验未发现正选择位点。研究结果有助于了解鸡ADSL基因的结构及进化历程。 相似文献
6.
为了获得藏羊白细胞介素-7（interleukin-7,IL-7）基因序列,并研究其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法,从藏羊脾脏中扩增了IL-7基因,应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与经BLAST比对后的参考序列进行同源性比对,并构建系统进化树,同时利用DNAStar软件和在线服务器预测该基因编码蛋白的二级结构、三级结构、亲水性、信号肽和蛋白翻译后修饰位点。结果表明,藏羊IL-7基因长度为531 bp（含终止密码子）,编码176个氨基酸。藏羊IL-7基因与绵羊、山羊、藏羚羊、水牛、瘤牛、美洲草原野牛、黄牛和牦牛的IL-7基因核苷酸序列同源性在97.2%~99.8%之间,氨基酸序列同源性在94.9%~99.4%之间,藏羊与绵羊的亲缘关系最近。蛋白结构预测结果表明,IL-7蛋白主要由α螺旋组成,是一种亲水性和分泌型蛋白。该蛋白含有6种蛋白质翻译后修饰位点,包括1个N-豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、3个N-糖基化位点、4个蛋白激酶C磷酸化位点、6个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。本研究结果可为藏羊IL-7基因的进一步研究与临床应用提供参考。 相似文献
7.
根据已知的鸭近缘物种及哺乳动物的神经肽Y（Neuropeptide Y,NPY）基因序列设计引物,利用RT-PCR技术从高邮鸭生殖轴组织总RNA中克隆出NPY基因cDNA序列,采用生物信息学方法分析不同物种间序列同源性和进化关系,并利用PAML4b检测位点选择压力。序列分析结果表明,克隆获得的鸭NPY基因cDNA片段序列长度约300bp,其与近缘物种序列的相似性在92%~96%之间,与哺乳动物序列的相似性在77%~84%之间,与鱼类序列的相似性在33%~39%之间。在系统进化树的拓扑结构中,禽类、哺乳动物和鱼类分别位于独立分支,揭示的系统发育关系和物种进化相一致。序列适应性进化检验结果表明,哺乳动物NPY基因在进化过程中经历了正选择作用,而禽类和鱼类NPY基因经历了较强的净化选择作用。研究结果有助于了解NPY基因进化历程及结构与功能变异,为进一步研究其与鸭繁殖性能的关系提供了基础。 相似文献
8.
试验旨在克隆陆川猪PTTG1基因全长CDS序列并对其进行生物信息学分析。利用GenBank公布的猪PTTG1预测序列设计引物,用RT-PCR扩增得到目的基因片段,并用生物信息学软件分析和预测了陆川猪PTTG1基因的理化性质与二级结构。结果表明,陆川猪PTTG1基因全长CDS序列为609 bp,编码202个氨基酸;其核苷酸序列与牛、黑猩猩、人、猕猴、大鼠、小鼠、原鸡和斑马鱼相对应序列同源性分别为90.15%、87.85%、87.52%、87.03%、76.03%、74.38%、55.74%和44.48%;PTTG1基因编码的蛋白无信号肽,属于亲水性蛋白,主要存在于细胞质中,存在16个磷酸化位点。氨基酸系统进化树分析表明,不同物种PTTG1基因在进化过程中具有高度保守性。本研究成功克隆了陆川猪PTTG1基因,为今后研究PTTG1基因在猪早期胚胎发育过程中的作用奠定理论基础。 相似文献
9.
《中国兽医学报》2018,(12)
通过分析调控北极狐毛色基因TYRP1启动子核心区域及转录因子,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据,并为狐狸毛皮品质分子育种和彩色毛皮新材料的创制提供思路。通过基因组测序技术获得了北极狐TYRP1基因启动子序列,并利用生物信息学方法对北极狐TYRP1基因核心启动子区域和转录因子结合位点进行预测;以北极狐基因组DNA为模板,PCR扩增北极狐TYRP1基因不同长度的启动子缺失片段克隆至pGL3-Basic载体,将重组质粒瞬时转染到A375和293T细胞,利用双荧光素酶基因检测仪进行活性验证。结果表明,成功构建了9个含有不同长度启动子片段的重组质粒,经双荧光素酶活性检测发现北极狐TYRP1基因-699/+35区域为核心启动子区域,-699/-93区域存在着TYRP1基因正调控元件。生物信息学预测分析发现该区域存在4个转录因子结合位点;利用重叠延伸PCR技术成功构建了4个突变载体,经双荧光素酶活性检测发现4个突变载体活性均显著下降(P0.05),表明这4个转录因子是北极狐TYRP1基因转录调控的正调控元件。本研究确定了北极狐TYRP1基因启动子核心区域-699/+35,Sp1(-656/-646)、CREB(-598/-589)、Sp1(-539/-530)和Sp1(-163/-154)为北极狐TYRP1基因转录的正调控元件。 相似文献
10.
本研究利用脚本语言编写一系列程序流程,成功对猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1的Genbank数据进行快速整理和信息挖掘。同时,引入MUSCLE、MrBayes和PAML等生物信息学工具对经过整理的PCV2 ORF1的Genbank数据进行深度的分析,快速进行序列比对并获得了高解析度的BMCMC系统发育树,再以该BMCMC系统发育树为基础数据进行基因选择压力的分析。结果表明,中国的猪圆环病毒2型(PCV2)ORF1可分为三群,其中两群可能存在明显的祖先,另一群则可能经过多次从不同地方传入中国。另外,应用位点模型和分支位点模型(以不同的选择压力模型将不同群各设为背景)对PCV2 ORF1进行分析,没有发现各个分支上有明显处于正选择压力下的位点,PCV2的ORF1基因在进化上相当保守,所有位点的dN/dS值均小于等于1(P95%),提示该基因没有处于明显的选择压力之下,所有位点的突变均为中性选择位点或净化选择位点。该结果首次从选择压力分析的角度说明ORF1基因为功能保守的基因,为以后筛选PCV2毒株制备抗ORF1蛋白的单克隆抗体提供了理论依据。 相似文献
11.
LI Li-sha LI Xiang-long ZHOU Rong-yan LI Lan-hui ZHANG Yong-gai MA Meng-yun 《中国畜牧兽医》2015,42(9):2427-2435
Tyrosinase-related protein 1 (TYRP1) is one of the tyrosinase family members, which was also the first successfully cloned pigment gene.The study aimed at exploring the selective pressure on TYRP1 gene in the process of biological evolution.The study used NCBI to download nucleotide and protein sequences of TYRP1 gene coding regions in different species, through the Clustal X to compare TYRP1 gene encoding protein sequences, using Pal2nal online tool to generate codon multiple sequence alignment, DAMBE software was used to determine the base substitution saturation for constructing phylogenetic trees, using maximum likelihood method and PAML software to analyse TYRP1 gene in different species phylogenetic relationships and selection pressure.The results showed as follows:TYRP1 gene evolution and evolutionary classification of mammals was most close, and the site specific model revealed that TYRP1 genes were mainly affected by purifying selection, and it had been subjected to positive selection in its adaptive evolution, the software found thirteen positive selection amino acid sites.The study analyzed the evolutionary pattern of the TYRP1 gene from the molecular evolutionary perspective, providing a new way for the study of the TYRP1 gene structure and function. 相似文献
12.
β3肾上腺素能受体(ADRB3)是G蛋白耦联受体超家族的成员之一,主要作用于脂肪组织,参与调节脂肪分解和能量代谢。本文基于NCBI上已经发表的14个物种的ADRB3基因mRNA和蛋白质序列,利用网络信息资源和生物学软件,对绵羊等14个物种进行分子进化分析,为进一步研究其表达调控奠定基础。结果表明:该蛋白包含1段50个氨基酸组成的信号肽,是一种具有7个跨膜区结构的不稳定的疏水性膜蛋白。二级结构由α螺旋(23.95%)、β延伸链(20.49%)和无规则卷曲(55.56%)构成;分子进化分析结果显示,14个物种被分成2支,绵羊、山羊、牛、猪、马、狗、猫、豚鼠、大鼠、小鼠、猕猴、黑猩猩和人聚为一支,虹鳟鱼单独为一支,该聚类结果和公认的动物分类及进化关系吻合;非同义替换率与同义替换率的比值ω为3.756,说明ADRB3基因发生了正向选择,即受自然选择的作用较大。 相似文献
13.
DGAT1基因作为影响奶牛产奶和肉牛肉质性状的主效基因之一,引起了人们越来越多的关注。本文应用生物信息学方法比较了人、牛、猪、绵羊等24个物种的DGAT1基因编码区(CDS)核苷酸和蛋白质序列,并对该基因的遗传多样性进行了分析。结果表明,DGAT1基因的CDS核苷酸和蛋白质序列长度多样性丰富;具有终止密码子偏爱性,包括牛在内的所有脊椎动物终止密码子都为TGA;在长度为1 187bp的33条基因序列中检测到992个多态位点,共生成26种单倍型。从聚类分析图可以看出,脊椎动物、无脊椎动物、植物和微生物的DGAT1基因之间存在着进化分歧,但界内差异较小。 相似文献
14.
为分析牦牛与其他家牛属动物SRY基因多态性及其父系进化关系,从5个麦洼牦牛个体基因组DNA扩增克隆SRY基因,同时从GenBank检索家牛属物种及野牛的SRY基因序列,分析家牛属物种在SRY基因的多态性及其SRY蛋白中HMG-box区域基因序列的变异特征,并基于SRY基因序列构建家牛属物种间的父系系统进化树及其网络中介图,分析进化关系。家牛属物种编码SRY蛋白N、C两端氨基酸(HMG-box侧翼)基因序列的错义突变率(0.57)显著低于编码HMG-box区域基因序列的错义突变率(0.69),推测家牛属物种间在SRY基因进化过程中的正选择同时作用于编码HMG-box及其侧翼区的基因序列;相对水牛和牦牛,欧洲野牛与黄牛的亲缘关系更近,此结果从父系侧面支持现存的黄牛牛种由已经灭绝的野牛或原牛驯化而来的观点;牦牛可能有2个或多个父系祖先;非洲水牛和江河水牛与其他牛种之间在SRY基因存在较多变异导致明显的分歧进化,也支持可划分为沼泽型和江河型2个亚种的论断。所以,家牛属物种间在SRY基因具有特殊的变异特征,物种间的父系进化关系分析结果支持前人论断。 相似文献
15.
采用RT-PCR方法从乌鬃鹅肝脏中扩增a干扰素（Interferon,IFN-a）基因片段,将扩增片段克隆到pMD18-T载体上,经PCR和双酶切鉴定为阳性后进行序列测定,并用生物信息学软件Lasergene v7．1DNAStar和在线分析方法对IFN—a基因的核苷酸序列及其氨基酸序列进行了生物信息学分析,同时与GenBank中登录的鸡、鸭和鹅IFN．仅基因核苷酸序列进行同源性比较分析。结果表明,所扩增的IFN—a基因编码完整的开放阅读框,基因长度为576bp,与鸡、鸭与鹅IFN-a基因核苷酸序列同源性在72．0％～99．7％,遗传进化树显示鸡、鸭、鹅IFN-a因在遗传进化上各处一支。乌鬃鹅IFN-a基因的克隆及生物信息学分析为进一步研究鹅干扰素抗病毒的作用机理奠定基础。 相似文献
16.
家蚕追寄蝇(Exorista sorbillans)为双翅目、寄蝇科、追寄蝇属昆虫,寄生家蚕后引起多化性蚕蛆病。研究家蚕追寄蝇的系统进化关系,有助于探讨其寄生机制。采用PCR技术扩增了家蚕追寄蝇的线粒体DNA(mtDNA)片段,序列分析结果表明:克隆的mtDNA片段大小约1.5 kb,包括完整细胞色素b基因(cyto b)及其侧翼tRNA-Leu基因序列,序列结构与其它21个昆虫物种的同源片段序列结构基本一致,说明线粒体DNA基因排列和基因结构的保守性;家蚕追寄蝇mtDNA的Cyto b蛋白和tRNA-Leu基因的二级结构符合功能大分子的空间结构特征,维持一定的保守进化;双翅目昆虫不同蝇类mtDNA中的cyto b基因、tRNA-Leu基因序列的同源性高,可保证构建蝇类系统发生树的准确性。基于包括家蚕追寄蝇在内的12个双翅目昆虫、5个鳞翅目昆虫、4个鞘翅目昆虫、1个直翅目昆虫的mtDNA cyto b基因编码氨基酸序列的进化分析表明:双翅目中蝇类的进化次序依次为狂蝇科、果蝇科、寄蝇科、蝇科、丽蝇科,寄蝇科与蝇科和果蝇科之间的进化距离较近;鳞翅目处于种系发生树分叉的起点,起源最早,双翅目处于种系发生树分叉的最末端,起源最晚。 相似文献
17.
本研究旨在对白洗猪磷酸酪氨酸互作结构域1 (phosphotyrosine interaction domain containing 1,PID1)基因进行克隆和生物信息学分析。采用Nest PCR及T克隆技术对白洗猪PID1基因进行克隆测序,运用生物学分析软件分析其结构功能及其在种内及种间的遗传进化关系。结果表明,白洗猪PID1基因CDS区全长654 bp,编码217个氨基酸,白洗猪与山东莱芜猪、广西陆川猪PID1蛋白氨基酸同源性为98.2%与97.7%;进化树分析结果表明白洗猪与两个猪种间遗传关系相对较远,种间比对黄牛、牦牛、猕猴、小鼠、眼镜王蛇、人、原鸡、非洲爪蟾、大鼠和斑马鱼PID1蛋白氨基酸同源性依次为96.6%、96.6%、96.3%、95.0%、93.9%、91.7%、90.8%、88.2%、69.7%和67.3%;系统进化树分析表明PID1基因在多物种之间的进化高度保守,结构功能分析表明白洗猪PID1基因功能区主要是编码链氨基酸C端的PTB结构域。本研究成功克隆了白洗猪PID1基因,为探究其对白洗猪肌内脂肪沉积方面的影响及为白洗猪种资源开发利用奠定理论基础。 相似文献
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FENG Wen-wu SUN Zhen-mei LI Peng-cheng DING Mei XU Hou-qiang ZHAO Jia-fu CHEN Xiang 《中国畜牧兽医》2016,43(4):906-912
In order to study phosphotyrosine interaction domain containing (PID1) gene of Baixi pig, it was amplified and sequenced by Nest PCR and T clone technology.Then the functions and the genetic evolutionary relationships of the gene and its predicted protein were analyzed by bioinformatics software.The results showed that the whole CDS region of PID1 gene was 654 bp, which encoded 217 amino acids.The results of sequence alignments showed that Baixi pig shared 98.2% and 97.7% similarities of amino acid with which of Shandong Laiwu pig and Guangxi Luchuan pig.The phylogenetic tree indicated that Baixi pig kept away from these two pigs.The results of sequence alignments among species showed that Baixi pig shared 96.6%, 96.6%, 96.3%, 95.0%, 93.9%, 91.7%, 90.8%, 88.2%, 69.7% and 67.3% similarities of amino acid with which of Bos taurus, Bos grunniens, Macaca mulatta, Mus musculus, Ophiophagus hannah, Homo sapiens, Gallus gallus, Xenopus laevis, Rattus norvegicus and Danio rerio.Phylogenetic analysis indicated that PID1 gene was highly conserved in the process of evolution of different species.The protein structure analysis results showed that the mainly function region of PID1 gene was PTB structural domain, which was located in the C-terminal sequence of the PID1 protein.In this study, we successfully cloned PID1 gene of Baixi pig, which laid the foundation for further study in intramuscular fat deposition and development of resources. 相似文献