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《园艺学报》2019,(11)
利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对304份葡萄种质进行测序,最终获得466 618个SLAF标签,其中多态性SLAF标签392 374个。通过序列分析,获得481 192个有效单核苷酸(SNP)多态标记,并基于这些SNP分析和构建了304个葡萄种质的群体结构和系统发生树。结果表明,SLAF-seq技术能高效、低廉地开发出大量可用于群体遗传分析的SNP标记。通过构建进化树分析发现,欧亚种、欧美杂种及野生种葡萄彼此分开,其中姊妹系品种及具有亲子代关系的品种各自聚在一起,中国葡萄地方品种与国外古老葡萄品种的亲缘关系最近,且起源及遗传背景不详的古老葡萄品种与野生种的亲缘关系较改良品种更近。该结果可为后期进一步研究葡萄的起源进化提供参考,同时为构建SNP指纹数据库提供了基础数据。 相似文献
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根据不同长度或不同碱基序列的DNA片段的熔解温度(Tm)不同的原理,将酶切扩增多态性序列(cleaved amplified polymorphic sequence,CAPS)与熔解曲线(melting curve,MC)技术相结合,建立了CAPS-MC技术,从而实现SNP分子标记基因分型。通过菜薹‘L58’和紫菜薹‘ZCT095’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列(‘Chiifu-401-42’的基因组序列)的比对,预测了719个HindⅢ内切酶识别碱基序列的SNP位点,并将其设计成CAPS-MC分子标记,从中随机选择10对标记进行体系建立与优化,结果显示本体系有灵敏度强、精准性高、快速、高通量、经济实用等优势。 相似文献
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以两份具有不同耐寒性的甘蓝自交系341和21-3为试材,根据已有拟南芥CBF1基因序列及甘蓝基因组测序拼接出的Scaffold信息,获得了甘蓝BoCBF1和BoCBF2基因编码区的全长序列。经PCR产物直接测序发现BoCBF1基因在自交系341和21-3间的变异表现为4个单核苷酸多态性(SNP),而BoCBF2基因则表现为16个SNP及1个18 bp碱基的插入缺失(InDel)。为简便快捷地鉴定两个自交系间BoCBF1和BoCBF2基因序列的变异,开发了BoCBF1和BoCBF2基因的CAPS标记,分别命名为BoCBF1-TaqαⅠ和BoCBF2-BstUⅠ。利用这两个CAPS标记对两个自交系、F1、F2群体的基因型与耐寒性进行相关性分析,发现这两个基因的变异与材料的耐寒性极显著相关,可用该标记进行甘蓝耐寒育种的分子标记辅助选择。 相似文献
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【目的】采用高通量测序技术解析余甘子种质资源的群体遗传结构和遗传多样性,为余甘子系统分类、遗传资源创新利用提供理论基础。【方法】利用ddRADseq技术对112份余甘子种质资源进行高通量简化基因组测序,利用Cutadapt和Trimmomatic软件对原始数据进行过滤,筛选得到高质量测序数据;使用MUNEAK软件进行多态性标记发掘,基于获得的SNP和InDel标记,进行群体结构分析、主成分分析、系统发育分析及遗传多样性分析。【结果】余甘子测序样品共获得8934个SNP和InDel标记,群体结构分析将余甘子种质分为2个类群,类群划分与种质来源地相关,该结果与主成分分析和系统发育分析相一致。余甘子各种质间遗传距离为0.027~0.459,平均遗传距离为0.248;云南地区的余甘子种质的期望杂合度、观测杂合度及多态性信息含量值最高,依次为0.267、0.184及0.218;余甘子群体间的Fst在0.080~0.266之间,群体遗传分化程度中等偏高。【结论】该测序技术可有效地解析余甘子种质的群体结构和遗传多样性,为余甘子种质资源的鉴定评价、系统分类及遗传多样性研究提供参考。 相似文献
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为了进一步探究子房室数不稳定(子房无毛、3~5室、花柱3~5裂)茶组(section Thea)居群种质(UONG)的亲缘关系,明确居群内个体的变异是否引起了种间变异,以重庆、云南及其他部分省份87个山茶属茶组和非茶组植物(外类群对照)种质为材料,利用SLAF-seq技术进行简化基因组测序和分子标记分析。测序共获得2 804 071个SALF标签,平均测序深度为11.73×。通过SALF标签比对参考基因组,共获得25 069 219个群体SNP分子标记。基于高一致性SNP数据,系统发育树、遗传结构和PCA分析等方法均将调查种质分为3种类型,即云南等的茶组和非茶组种质(Ⅰ类)、重庆大茶树居群种质(Ⅱ类)和多个省份来源的茶系(常见栽培种和‘川小种’)种质(Ⅲ类)。Ⅰ类种质中茶组植物,包含了五室茶系、五柱茶系、秃房茶系和茶系种质。Ⅱ类种质由UONG和茶系种质(形态特征介于UONG与常见茶系种质之间)组成。此外,遗传分化系数FST表明,Ⅱ类种质与其他几类种质遗传分化程度最高(> 0.3),Ⅰ类与Ⅲ类种质之间也存在较高的遗传分化(> 0.2)。简化基因组测序分类结果和FST值表明,调... 相似文献
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【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记,分析其遗传变异,了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构,为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上,进行供试材料遗传研究。【结果】测序获得169.87 Mb reads数据,平均Q30值94.99%,包含172 513个多态性SLAF标签,筛选到高质量SNP标记4 133 595个,均匀分布在越橘12条染色体上。基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系,反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著,供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生,但野生种到栽培种存在单向的基因流;栽培品种类群存在明显的亚群结构,亚群间存在普遍的基因交流;半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类,矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种。【结论】栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品... 相似文献
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通过HRM技术筛查与梨矮生性状决定位点PcDw紧密连锁的SNP标记 总被引:1,自引:0,他引:1
在果树的基因组中存在大量的SNP(single nucleotide polymorphism)位点,筛查与目标性状紧密连锁的SNP标记,对目标基因的精细定位具有重要意义。以‘矮生梨’(Pyrus communis L.‘Aishengli’)与‘茌梨’(Pyrus bretschneideri Rehd.‘Chili’)的F1杂交分离群体共215个单株为试材,参考苹果基因组的序列设计26对适合HRM分析的引物,依据分离群体分组分析(bulked segregant analysis,BSA)原理,通过高通量熔解曲线(high resolution melting,HRM)分析,筛选到两个与决定梨矮生性状的PcDw基因连锁的标记CNqau012和CNqau039,二者与目标位点的连锁距离分别是13.3 cM和2.3 cM。对CNqau012和CNqau039的扩增子测序分析表明,在矮生型与普通型中都存在一处单核苷酸变化(分别是G/A和C/T)。这些标记的获得对PcDw基因的精细定位及克隆具有重要意义。 相似文献
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对4个广西姑婆山野生柑橘、1个枳、1个金柑以及14个其他柑橘进行全基因组重测序,每个样本测序数据量约为16 Gb,平均测序深度为54×。通过基因组比对、SNP检测、PCA主成分分析、邻接法构建系统发育进化树,分析广西贺州姑婆山野生柑橘资源遗传多样性、群体结构及分类地位。从20份样品中,共检测出6 782 158个高质量SNP位点。基于这些SNP位点,根据PCA主成分分析和系统进化树分析结果,可将20份样本分为3类:广西姑婆山野柑与莽山野柑聚为一类,金柑与其他柑橘聚为一类,枳聚为单独一类。该研究表明姑婆山野生柑橘资源与莽山野柑一样具有原始性和独特性,应该为独立的属或者柑橘属中独立的种。 相似文献
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苹果属植物种质多样性的SLAF-seq分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用简化基因组测序技术—特异性位点扩增片段测序技术(Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对509份苹果属植物种质进行测序,获得586 454个SLAF标签,其中多态性SLAF标签463 612个;经过序列比对,根据完整度 > 0.94、次要等位基因频率(MAF)> 0.05,过滤筛选得到46 460个多态性单核苷酸(SNP)位点;基于这些SNP位点构建苹果属植物不同种的系统发生树并分析主成分。结果表明,通过SLAF-seq技术能够在全基因组范围内快速开发高通量的SNP标记,并直接用于苹果属植物种质资源遗传多样性研究中。34种509份苹果属植物的多样性水平较高(He = 0.318,I = 0.488,Ae = 1.520),在多于1份试材的种群中,变叶海棠的遗传多样性水平最高,中国苹果的遗传多样性水平最低。综合聚类分析和主成分分析结果表明,供试苹果属植物分为5个基本的类群,Ⅰ山荆子类群,Ⅱ苹果属植物野生种类群,Ⅲ苹果栽培品种类群,Ⅳ以中国苹果、八棱海棠、花红、楸子和海棠花为主的类群,Ⅴ新疆野苹果类群。野生种丽江山荆子、山楂海棠、陇东海棠、变叶海棠、花叶海棠、滇池海棠和沧江海棠聚类比较紧密,栽培种之间的亲缘关系相对较近,栽培品种与东方苹果和森林苹果等野生种聚在一起,新疆野苹果与中国原产苹果属栽培种的亲缘与起源演化关系有待于进一步考究。 相似文献
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野生马铃薯材料苗期耐冻性鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
采用人工冷冻鉴定、聚类分析结合田间自然霜冻鉴定的方法,对马铃薯野生种Solanum acaule的后代无性系材料的耐冻性和耐冻类型进行评价。在冷驯化前有11份材料属于霜冻敏感型,12份属于耐冻型,2份属于强耐冻型;而冷驯化后,霜冻敏感型减少到3份,耐冻型和强耐冻型材料分别增加到12份和10份。试验材料冷驯化前后的LT50和冷驯化能力与田间自然霜冻评价结果的相关性均达极显著水平,相关系数分别为0.50、0.91和-0.55。因此人工冷冻鉴定结果可以在一定程度上预测马铃薯材料在田间的霜冻耐性。 相似文献
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杜梨叶绿体基因组分析 总被引:2,自引:0,他引:2
利用高通量测序平台对杜梨(Pyrus betulaefolia)进行测序,并对其叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明,杜梨叶绿体基因组与大多数高等植物一样,具有典型的环状双链四分体结构。其叶绿体基因组大小为160 058 bp,共检测到61 个SSR 位点(58 个单核苷酸重复和3 个二核苷酸重复)和56 个RNA 编辑位点,这些RNA 编辑位点均引起了氨基酸的变化。与砂梨(Pyrus pyrifolia)、川梨(Pyrus pashia)和桃叶梨(Pyrus spinosa)的叶绿体基因组比较,其基因种类和数量都比较保守,表明了梨属植物进化的缓慢性。在4 个梨属植物中共检测到351 个SNP 和217 个InDel。 相似文献
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《中国瓜菜》2019,(5):7-12
为寻找调控果面茸毛、果面沟以及果面瘤表型变异的位点,调查200份甜瓜种质在2017年和2018年的表型,并对这200份种质进行全基因组重测序,利用全基因组关联分析的方法对其进行关联。结果在3号染色体上找到了一个与果面茸毛显著相关的SNP;在11号染色体上找到了2个与果面沟显著相关的SNP,在5号、7号和11号染色体上各找到了一个与果面沟深显著相关的SNP;在12条染色体上均找到了与果面瘤显著相关的SNP,所有与果面瘤显著相关的SNP标记中有8个标记显著性远远高于其他标记。进一步对果面茸毛的1个显著SNP,果面沟的5个显著SNP和果面瘤的8个SNP进行了基因注释,共计找到了146个基因。研究结果有助于甜瓜果面茸毛、果面瘤以及果面沟性状的快速精细定位,也将为甜瓜果实遗传改良提供重要参考依据。 相似文献
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为了建立起葡萄SNP 标记分析的一般方法和探索EST-SNP 标记在葡萄中的应用,对前期开
发的葡萄EST-SNP 位点进行了筛选,设计了28 对CAPS(cleaved amplified polymorphic sequences,酶切
扩增多态性序列)标记引物和22 对TSP(Temperature-switch PCR,温度转变PCR)标记引物,并在31
份葡萄材料中进行了分析,其中20 对CAPS 引物和10 对TSP 引物电泳条带较清晰,多态性较好。基
因分型统计显示:所有的SNP 位点均含有2 个等位基因,平均多态性信息含量(PIC)为0.336,平均
Shannon’s 信息指数为0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且
结果可靠。本方法简便、成本低,可作为SNP 分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性
分析等。 相似文献
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【目的】进一步完善桃花型基因型分类,开发桃花型相关分子标记,为观赏桃花的分子辅助育种提供理论支持。【方法】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)、IGV可视化软件分析,以及竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive allele-specific PCR,KASP)技术,在定位到的候选位点进行鉴定分析。【结果】GWAS定位分析在Pp08:14 518 604~14 521 291 bp存在一个ms179810转座子的缺失,x2验证结果表明,转座子的插入与缺失与花型性状无显著性关系。在转座子上游33 980 bp处鉴定到一个单碱基核苷酸(SNP)变异,变异类型分为CC型、AC型、AA型3种,比对结果显示基因型为CC型、AC型,其表型为铃形,基因型为AA型,其表型为蔷薇形,在145份桃自然群体中鉴定准确率为98.62%。但是通过表型比对发现,基因型为CC时,铃形花冠直径为(1.54±0.46)cm,同时,基因型杂合的中蟠17号自交群体后代192株中基因型与表型准确率在98.44%。【结论】根据桃基因组中Pp08:14 484 6... 相似文献
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测定了301份番茄(Solanum lycopersicum L.)种质的叶片在离体24 h后的相对失水率,以鉴定其抗旱能力,并进行了全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。共检测到3个与番茄抗旱性显著关联的SNP位点,分别为S02.1158758、S02.1160893和S05.1426646,单个位点可以解释4.08%~18.97%的表型变异。挖掘到3个与番茄抗旱性显著关联的主效SNP位点和7个候选基因,有助于解析番茄抗旱性的遗传基础及其调控机制,为番茄抗逆遗传改良奠定了基础。 相似文献
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以169个茶树种质作为关联群体,利用基于简化基因组测序(genotyping-by-sequencing,GBS)技术开发的675 245个高质量SNP标记在2018—2020年3个年份间,对茶树新梢中苯乙醇樱草糖苷的含量进行了全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果表明,不同年份茶树种质间的苯乙醇樱草糖苷的含量变异系数为61.50%~62.09%,相关系数介于0.95~0.98(P <0.01),广义遗传力为67.49%。3种GWAS分析模型共检测到24个与茶树苯乙醇樱草糖苷含量显著关联的稳定位点(P<0.001),解释表型变异率为0.01%~10.63%。进一步利用等位变异效应分析挖掘到36个具备24个主效位点优异等位变异且苯乙醇樱草糖苷含量显著升高的优异种质。初步筛选出10个与苯乙醇樱草糖苷含量相关的候选基因,分别为TEA020086.1、TEA003248.1、TEA013029.1、TEA021435.1、TEA016196.1、TEA029411.1、TEA014564.1、TEA014567.1、TEA01... 相似文献