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1.
《中国牛业科学》2017,(6)
探索MT1及MT2基因对中国荷斯坦牛泌乳性状的影响,为中国荷斯坦牛泌乳性状的提升提供理论基础。本试验采用直接测序法,将测序结果运用生物信息分析软件进行对比分析,寻找突变位点;将检测到的SNP位点与中国荷斯坦牛泌乳性状进行关联性分析。通过扩增MT1的第2外显子区域,检测到1个SNP位点;扩增MT2基因内含子区域,检测到2个SNP位点。将其与中国荷斯坦牛泌乳性状关联分析,结果显示:MT1基因g.22354GA位点,GG基因型乳脂率、乳蛋白率、总蛋白、总乳脂均值均显著高于AA基因型均值(P0.05);MT2基因的g.13647TA与g.13810TA位点,各基因型的泌乳性状之间差异均不显著(P0.05)。MT1基因可以作为影响泌乳性状的候选基因,为中国荷斯坦牛辅助标记育种提供理论依据。 相似文献
2.
本研究基于课题组前期对北京地区中国荷斯坦牛群体产奶性状全基因组关联分析结果,在新的中国荷斯坦牛群中将转运蛋白颗粒复合体9(TRAPPC9)基因作为产奶性状的候选基因进行遗传效应验证。研究利用混池测序寻找SNPs位点,结合前期GWAS结果筛选到的SNPs位点,进而分析这些多态性位点与中国荷斯坦牛产奶性状的相关性。结果发现,SNP1、SNP2位点对乳蛋白率和乳糖率效应均显著(P0.05);SNP3位点对乳脂率和乳蛋白率的效应均极显著(P0.01);SNP4位点对乳脂率有极显著影响(P0.01);SNP5位点对乳脂率和乳糖率的效应显著(P0.05)。同时发现TRAPPC9基因的表达量对产奶性状也有显著影响(P0.05),而TRAPPC9基因启动子区DNA甲基化对产奶性状无直接显著影响。该结果进一步表明,TRAPPC9基因可以考虑作为分子遗传标记应用于中国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择。 相似文献
3.
作者所在团队前期通过奶牛乳腺上皮组织转录组测序及荷斯坦公牛全基因组重测序研究发现RPL23A和ACACB基因是奶牛乳蛋白和乳脂性状的候选功能基因,本研究旨在探究这两个基因是否对奶牛产奶性状具有显著遗传效应。以北京地区7个牧场的1059头中国荷斯坦母牛为试验群体,采集尾根静脉血并提取基因组DNA,通过飞行时间质谱方法检测SNP位点基因型,利用SAS9.4软件的MIXED过程进行关联分析。结果表明,RPL23A基因的SNP位点g.20146771C>T与第1泌乳期5个产奶性状达到显著或极显著关联(P=0.0001~0.0416),其优势等位基因为T;ACACB基因的g.63878254T>C位点与第1泌乳期产奶量、乳脂量和乳蛋白量呈极显著关联(P<0.01),其优势等位基因为C;g.63962768G>A位点与第1泌乳期产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白率关联显著或极显著(P=0.0001~0.0391),其优势等位基因为A。综上,RPL23A基因主要影响中国荷斯坦牛产奶量和乳蛋白,ACACB基因对产奶量和乳脂具有显著遗传效应,3个SNP位点可考虑作为遗传标记用于标记辅助选择培育奶牛高乳蛋白乳脂新品系和选育提高。 相似文献
4.
【目的】 探究磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚单位β（PIK3CB）基因多态性及其与中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的关系。【方法】 通过混池测序对中国荷斯坦牛PIK3CB基因进行单核苷酸多态性（SNP）位点筛选,采用竞争性等位基因特异性PCR （KASP）技术在1 160头健康泌乳中国荷斯坦牛中进行SNP分型并进行群体遗传学分析,采用线性模型进行SNP与11个繁殖和产奶性状基于单位点和单倍型组合的关联分析。【结果】 在PIK3CB基因中共检测到了17个SNPs,筛选出7个SNPs用于后续分析。关联分析发现,7个SNPs与多个目标性状存在显著或极显著的关联（P<0.05;P<0.01）;位于外显子区域的g.130433743 A>G位点AA基因型个体和位于可变剪接区域的g.130448069 G>A位点GG基因型个体,其经产牛首末次配种间隔、产奶量、乳蛋白量和乳脂量最低,体细胞评分最高,上述基因型个体具有较短的首末次配种间隔,而产奶性能相对较差;g.130387717 G>A位点AA基因型个体,其初配日龄和青年牛首末次配种间隔最低,产奶量、乳蛋白量和乳脂量最高,该基因型个体的繁殖和产奶性能均较好,上述3个SNPs位点可作为中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的候选位点重点关注。单倍型分析发现,PIK3CB基因的g.130387717 G>A、g.130430832 A>－、g.130433743 A>G、g.130433982 C>T、g.130446073 C>T和g.130448069 G>A 6个SNPs紧密连锁形成一个单倍型块,且与多个目标性状存在显著或极显著关联（P<0.05;P<0.01）,其中H2H3和H2H4单倍型组合个体的繁殖和产奶性能较好,为优势单倍型组合。【结论】 中国荷斯坦牛PIK3CB基因存在丰富的遗传变异,其多态性与繁殖和产奶性状存在关联,g.130433743 A>G、g.130448069 G>A和g.130387717 G>A位点可作为潜在分子标记,为中国荷斯坦牛的平衡育种提供理论依据。 相似文献
5.
试验旨在开展奶牛群体高乳房炎抗性功能基因的筛选与验证,通过分析SNP位点多态性及其与体细胞数和产奶性状的相关性,探讨其对乳房炎的抗病情况。本研究对北京地区568头中国荷斯坦牛DCK、HIST1H2BK基因的多态性进行了检测,并对3个多态位点不同基因型与体细胞数、产奶性状进行了关联分析。结果表明,DCK基因的SNP位点6:g.86337334 A>G与体细胞数极显著相关（P<0.01）,SNP位点6:g.86322040 C>T [rs43472176]与体细胞数也呈现极显著相关（P<0.01）;HIST1H2BK基因的SNP位点23:g.31354269 T>G[rs41654340],与体细胞数呈显著关联（P<0.05）,与乳脂率和乳蛋白率呈极显著关联（P<0.01）。本研究结果表明DCK、HIST1H2BK基因位点与体细胞数性状显著相关,其可能通过直接或间接的途径影响奶牛的乳脂率或乳蛋白率性状。本研究为荷斯坦牛后续的标记辅助选择奠定了良好的基础。 相似文献
6.
为探究GnRH1基因多态性与奶牛繁殖性状、产奶性状和热应激抗性的关系，本研究基于70头中国荷斯坦公牛的DNA混池测序，对GnRH1基因全序列及上下游2 000 bp进行SNP位点扫描，在外显子2上发现1处同义突变位点g.72735118A>G，采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)技术对1 160头泌乳期健康荷斯坦牛进行SNP分型，并采用GLM模型对SNP位点g.72735118A>G与繁殖、产奶和热应激反应性状的育种值进行关联分析。群体遗传学分析显示，位点g.72735118A>G符合哈代-温伯格平衡，基因型AA、AG和GG的频率分别为0.48、0.44和0.08，最小等位基因频率为0.30，多态性信息含量为0.42。关联分析表明，位点g.72735118A>G与初产日龄、首次配种受胎率、产犊至首次配种间隔、青年牛和经产牛首末次配种间隔等繁殖性状极显著相关，与头胎产奶量、乳脂量和乳蛋白量等产奶性状极显著相关，同时与直肠温度极显著相关。位点g.72735118A>G的不同基因型中，GG型个体的头胎产奶性状和繁殖性状均表现更优，但抗热应激能力较差；然而，... 相似文献
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为筛选与中国荷斯坦牛繁殖和泌乳性状相关的遗传标记，本研究从分子水平探究了MET基因单核苷酸多态（single nucleotide polymorphisms，SNPs）与繁殖和泌乳性状的相关性。通过混池测序法在70头无血缘关系的健康中国荷斯坦公牛中扫描目标基因的SNPs，采用竞争性等位基因特异性PCR （kompetitive allele-specific PCR，KASP）对其后代1 160头中国荷斯坦泌乳牛进行部分SNP的基因分型，基于连锁不平衡分析获得双倍型信息，并采用线性模型对SNP及其双倍型与5个繁殖和6个泌乳性状的估计育种值（estimated breeding values，EBV）进行关联分析。随后，针对位于功能区域的SNPs进行生物信息学分析和基因表达量相关性分析，初步探究其潜在的调控机制。本研究在MET基因中共检测到19个SNPs，说明该基因存在丰富的遗传变异；就其中7个SNPs进行了基因分型，分型结果与目标性状的关联分析结果显示，7个SNPs与多个性状存在显著（P<0.05）或极显著（P<0.01）的关联；位于上游调控区的g.51737889T>C位点GG基因型个体的初产日龄、青年牛首末配种间隔、经产牛首末配种间隔、体细胞评分的EBV最低，说明该基因型个体同时具有较好的繁殖性能和泌乳性能；另一个位于上游调控区的g.51736640A>C位点GG基因型个体的初产日龄、青年牛首末配种间隔、经产牛首末配种间隔、体细胞评分的EBV最低，但乳蛋白率、乳脂率的EBV最低，说明该基因型个体繁殖性能较好，但泌乳性能相对较差；此外，位于第6外显子的g.51660569G>A位点TC基因型个体初产日龄的EBV较低，青年牛首末配种间隔、经产牛首末配种间隔、体细胞评分的EBV最低，说明该基因型个体具有较好的繁殖性能。连锁不平衡分析发现，该基因的7个SNPs形成2个单倍型块，其双倍型与目标性状的关联分析进一步表明，单倍型块1中H1H3个体的繁殖性能较好且泌乳性能中等，单倍型块2中H4H4个体的繁殖性能和泌乳性能均较优秀，为两个优势双倍型；此外，H1H3包含g.51660569G>A位点的TC基因型，H4H4为g.51737889T>C、g.51736640A>C两位点GG基因型的组合，其关联分析结果与单个位点的结果一致。基序分析结果表明，g.51737889T>C与g.51736640A>C位点的优势等位基因G可富集到与基因激活、细胞增殖、分化相关的转录因子，且两位点GG基因型的MET基因表达量均最高，其双倍型H4H4表达量也较高，进一步验证了关联分析结果。综上，本研究获得了中国荷斯坦牛MET基因的多态性图谱，并通过关联分析、生物信息学预测及基因表达量分析发现并验证了MET基因与繁殖、泌乳性状的遗传关联，为中国荷斯坦牛高产高效选育提供了可用的遗传标记。 相似文献
8.
中国荷斯坦奶牛RPL23A、ACACB基因3个SNPs检测及其与产奶性状的关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在开展奶牛群体高乳成分功能基因的验证与筛选,利用微流控芯片自主选育技术分析北京地区母牛群体高乳蛋白、高乳脂基因频率,同时分析基因多态性及其与产奶性状的相关性。本研究对北京地区8个大型奶牛场1 596头中国荷斯坦奶牛RPL23A、ACACB基因的多态性进行了检测,所有个体均为3胎以内的泌乳牛,收集每头牛所有测定日的产奶量、乳脂率、乳蛋白率等数据,同时对3个多态位点不同基因型与产奶性状进行了关联分析。RPL23A基因的SNP位点g.20146771G>A,在第一泌乳期,与产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白量均达到极显著关联（P<0.01）,第二泌乳期,g.20146771G>A与5个产奶性状均呈极显著关联（P<0.01）。ACACB基因的SNP位点g.63962768C>T,在第一泌乳期,与产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白量均呈极显著关联（P<0.01）,在第二泌乳期,与产奶量、乳脂量、乳脂率和乳蛋白率呈极显著关联（P<0.01）。结果表明,RPL23A、ACACB基因可以作为影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的候选基因用于标记辅助选择,以上基因位点可能通过直接或间接的途径影响奶牛的乳脂或乳蛋白性状,对产奶性状起到重要调控作用。本研究为荷斯坦奶牛后续的标记辅助选择奠定了良好基础。 相似文献
9.
本研究采用PCR方法扩增牛过氧化物酶增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPAR-α)基因的内含子3,获得589 bp的片段,利用DNA测序技术发现1个新SNP位点,即44087(G/A);同时利用PCR-RFLP技术对这该SNP位点进行基因型分型,分别分析了771头中国荷斯坦牛、136头鲁西黄牛和37头渤海黑牛PPAR-α基因该位点的多态性。结果表明,在这3个群体中PPAR-α基因44087(G/A)位点普遍表现为GG基因型频率最高,优势等位基因为G;χ2适合性检验结果表明,该位点在中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体中都未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05),在这个基因座位上均有丰富的多态信息含量。对中国荷斯坦奶牛44087(G/A)位点不同基因型与SCS、产奶性能及耐热性能进行最小二乘均值显著性检验结果表明,在PPAR-α基因该位点GA基因型是优良基因型,其个体的SCS值显著低于GG基因型(P<0.05),并且GA基因型乳蛋白率显著高于GG基因型(P<0.05),在炎热环境中产奶下降率显著低于GG基因型(P<0.05)。由此分析GA基因型可能有利于提高中国荷斯坦奶牛的产奶性能。在人工选择的过程中,选择GA基因型的个体,可以降低热应激给奶牛带来的危害,同时又能够提高牛奶品质和产量。 相似文献
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中国荷斯坦奶牛催乳素基因多态性与泌乳性能关联性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为了了解中国荷斯坦奶牛催乳基因多态性与泌乳性能的关联性,【方法】采用PCR-RFLP技术对新疆地区357头中国荷斯坦奶牛催乳素(PRL)基因多态性进行了分析。【结果】表明,检测到三种基因型(AA、AB、BB)的基因型频率分别为0.6466、0.2461、0.1073。【结论】催乳素基因在此中国荷斯坦奶牛群体中处于Hardy-Weinberg不平衡状态。催乳素基因的杂合度为0.1008,有效等位基因数为0.8943,多态信息含量为0.1001,属于低度多态。同时对所发现的多态位点与奶牛产奶性状的关系进行了分析,探讨了催乳素基因作为影响中国荷斯坦牛产奶性状候选基因的可能性。 相似文献
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牛整合素β-2(ITGB2)基因D128G突变能引起牛白细胞粘附综合征(BLAD),是牛乳房炎抗性的研究热点之一,但ITGB2基因其他突变在中国荷斯坦牛中的分布及其与乳房炎抗性和产奶性状是否有关尚不清楚。本研究选取ITGB2基因389CT(rs108953545)和774CT(rs209411752)2个SNP位点,利用SNaPshot技术检测其在1 212头荷斯坦母牛的基因型,并与体细胞评分(SCS)和5个产奶性状(305 d产奶量、乳脂和乳脂率、乳蛋白和乳蛋白率)进行相关性分析。结果表明:389位点CC、CT、TT基因型的频率分别是0.29、0.49和0.22,774位点相应的基因型频率为0.69、0.27、0.04;2个位点与SCS和5个产奶性状相关性分析显示,仅774位点CT和TT型个体乳蛋白率显著低于CC基因型(P0.05);2个位点6种复合基因型相关分析发现,CTCC和TTCC基因型具有高的乳脂率和乳蛋白率(P0.01),而TTCC基因型个体的SCS更低(P0.05)。总体而言,TTCC基因型是中国荷斯坦奶牛乳房炎抗性和乳品质潜在的分子标记。 相似文献
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中国荷斯坦奶牛OPN基因内含子4多态性及其与产奶性状的相关分析 总被引：1，自引：0，他引：1
研究采用PCR产物直接测序的方法,对278头中国荷斯坦奶牛的OPN基因内含子4进行单核苷酸多态性分析,并研究了不同基因型与产奶性状的相关关系。结果表明:OPN基因内含子4有TT、CT和CC 3种基因型,基因型频率分别为0.3309、0.5108和0.1583;该位点突变处于Hardy-Weinberg平衡状态,且PIC为0.3676;CC基因型与中国荷斯坦奶牛的乳脂率和乳蛋白率呈显著相关。说明C等位基因对泌乳性状具有加性效应,OPN基因可以作为中国荷斯坦奶牛泌乳性状的候选基因。 相似文献
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本试验采用PCR—RFLP方法分析了GnRH基因外显子2和LHR基因内含子9在144头中国荷斯坦牛和79头河南地方肉牛品种中的多态性,利用最小二乘法分析多态位点不同基因型与精液品质性状的关系。研究结果表明,2～3岁荷斯坦牛的鲜精活力显著高于4岁以上的牛,而畸形率显著低于7岁以上的牛。对2～4岁荷斯坦牛不同精液品质性状的简单相关分析表明,畸形率与顶体完整率和冻精活力呈显著的负相关（相关系数r分别为-0．736和-0．500）。不同基因型与精液品质性状的关联分析结果表明,144头中国荷斯坦牛所研究位点不同基因型对精液品质性状没有显著影响。而河南地方肉牛GnRH基因外显子2的A883G位点GG基因型的精子密度显著低于AA和AG基因型．LHR基因G51656T位点的TT基因型精子密度显著高于GT基因型,未检测到GG基因型。并且发现随着年龄的增长,种公牛的精液品质逐渐变差。GnRH和LHR基因可作为影u向肉牛精液品质性状的候选基因。 相似文献
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试验旨在研究中国南方荷斯坦牛触珠蛋白(Haptoglobin,HP)基因的多态性及其对产奶性状、血液生理生化指标的影响。利用直接测序法及SNaPshot技术检测HP基因编码区(Coding sequence, CDS)的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism, SNP)位点,并对这些多态性位点不同基因型和组合与785头中国南方荷斯坦牛的产奶性状及血液生理生化指标进行关联分析。结果显示,HP基因的CDS区域存在3个SNPs位点,即rs41871650、rs209034260和rs41871651,这3个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在试验群体中,rs41871650位点对305 d奶量、总奶量和高峰奶性状的效应达到显著水平(P<0.05);rs209034260位点对总奶量和高峰奶性状的效应达到显著水平(P<0.05)。rs41871650位点对天门冬氨酸转氨酶(AST)影响极显著(P<0.01),对淋巴细胞百分比(LYMPH%)、白蛋白(ALB)、丙氨酸转氨酶(ALT)及碱性磷酸酶(ALP)影响显著(P<0... 相似文献
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采用测序和PCR-RFLP方法,分析171头中国荷斯坦牛BMP7基因第5内含子和USP26基因外显子的单核苷酸多态性,并分析其基因多态性与精液品质性状的相关性。结果表明,BMP7基因的76 045bp位点发生A→G突变,USP26基因的1 156bp位点发生C→T突变,这2个位点均是沉默突变,未引起氨基酸序列的改变。经χ2适合性检验,试验牛群在BMP7基因A76045G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,在USP26基因C1156T未达到Hardy-Weinberg平衡状态;群体基因座不同基因型与采精量、鲜精密度、鲜精活力、冻精活力相关性分析的结果表明,BMP7和USP26基因的SNP位点与采精量和精子冻后活力相关性不显著,BMP7SNP位点基因型与鲜精活力相关性显著(P=0.0417),USP26SNP位点基因型与鲜精密度相关性显著(P=0.0485)。BMP7和USP26基因可作为影响中国荷斯坦牛精液品质性状的候选基因。 相似文献
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探讨德宏奶水牛（摩拉水牛×德宏水牛）DGAT1基因多态性与产奶性状的关系,以期为德宏奶水牛产奶性状标记辅助选择侯选基因的选择提供理论依据。以81头泌乳的德宏奶水牛为研究对象,利用PCR—SSCP方法结合候选基因直接测序法检测DGAT1基因第8外显子及第8内含子区的多态性,并采用最小二乘法分析DGAT1基因多态位点对产奶量、乳脂率及乳蛋白率的影响。结果在德宏奶水牛群体中共检测到CTGG,CCGG和CCGT三种基因型,测序结果显示,在检测的群体中未发现K232A位点的突变,而在DGAT1基因第8内含子的第14位检测到C→T突变,第35位检测到G→T突变。多重比较表明,CCGT基因型对德宏奶水牛的乳脂率有显著影响（P〈0．05）。 相似文献
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本研究旨在分析柯乐猪桥粒斑蛋白（Desmoplakin,DSP）基因单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）与繁殖性状的相关性。选择86头柯乐猪母猪，利用DNA混合池结合Sanger测序筛选DSP基因SNP位点，并采用SPSS22.0软件中的一般线性模型（GLM）对DSP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状进行关联分析。结果表明，在柯乐猪DSP基因中共发现了9个SNP位点，在第14外显子发现3个SNP位点：g.4897767G>A、g.4897776C>T和g.4897824G>A，在第14内含子发现6个SNP位点：g.4897943G>T、g.4897954C>T、g.4897991T>C、g.4897997T>G、g.4897999C>G和g.4898004C>T。连锁不平衡分析发现g.4897767G>A、g.4897999C>G和g.4898004C>T位点之间、g.4897824G>A与g.4897999C>G、g.4898004C>T位点之间以及... 相似文献
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试验旨在研究中国荷斯坦牛Toll样受体4(toll-like receptor 4,TLR4)基因的遗传多态性及其与体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关联性,寻找与乳房炎相关的分子标记,加快中国荷斯坦牛的抗病育种。利用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛TLR4基因进行多态性检测,用最小二乘均数法对TLR4基因的多态位点与SCS进行相关分析。结果发现,试验共检测到2个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs),TLR4基因5'侧翼区存在SNP -226 G>C突变,经PCR-RFLP检测发现3种基因型:GG、GC和CC,基因型频率分别为0.208、0.482和0.310;外显子3存在SNP 1760 C>T突变,经PCR-SSCP检测发现3种基因型:CC、TC和TT,基因型频率分别为0.738、0.225和0.007,以上2位点均偏离Hardy-Weinberg 平衡。对于SNP -226 G>C位点,基因型个体的SCS差异不显著;对于SNP 1760 C>T位点,CC基因型个体的SCS最小二乘均值极显著低于TT和TC基因型个体(P<0.01)。SNP 1760 C>T的CC基因型对于中国荷斯坦牛的SCS有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性筛选。 相似文献
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研究旨在分析生长激素受体(GHR)基因外显子10的多态性及其与奶牛产奶性状的相关性。选用30头草原红牛与145头中国荷斯坦牛为材料,采用PCR-RFLP的方法对该基因外显子多态性进行分析,并对突变位点用SPSS软件分析其与产奶性状的相关性。结果表明:GHR基因外显子10的扩增产物被限制性酶BsaH I酶切消化后表现出多态性,经电泳检测显现AA、AB、BB 3种不同的基因型。使用SPSS软件对所得基因型与产奶性状进行相关性分析发现,在中国荷斯坦牛群体中,AA型个体乳脂率显著高于BB型(P<0.05),AA型个体的体细胞数显著低于AB型个体(P<0.05),AA型为优势基因型,等位基因A可显著提高个体的乳脂率,降低个体体细胞数,为中国荷斯坦牛的早期选种选育、改善乳品质提供依据。 相似文献