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1.
为了解绵羊Toll样受体8(TLR8)蛋白的结构特征和进化关系。本试验采用Trizol法提取新吉细毛羊肝脏组织总RNA,设计ORF区两端兼并引物,RT-PCR方法克隆新吉细毛羊TLR8并进行了系统的生物信息学分析。RT-PCR结果显示,试验获得了大小为3 102bp的片段,包括完整的ORF区2 982bp,编码993个氨基酸(GenBank序列号为:GU936186和GU936187),含15.7%的亮氨酸。同源分析结果显示,TLR8在进化过程中具有高度保守性,与人、家牛、山羊、猪、梅花鹿和小鼠的氨基酸序列同源性分别为79.9%、96.3%、97.6%、84.7%、96.5%和74.2%。蛋白分子功能结构域预测显示,该分子由胞外区(781个氨基酸)、跨膜区(52个氨基酸)和胞内区(160个氨基酸)组成,其中胞外区具有LRR结构域,胞内区具有TIR结构域,且绵羊较人类多了LRR3和LRR12结构域。进化分析显示TLR8分子与不同物种间的进化关系符合真实物种间的进化顺序。试验结果表明新吉细毛羊TLR8分子具有病原分子模式识别作用,为其结构和功能的研究奠定了基础。 相似文献
2.
《中国预防兽医学报》2016,(5)
为了解乌苏里貉TLR8基因特点及其在不同组织中的表达水平,本研究利用RT-PCR和RACE技术克隆其c DNA全长序列,应用生物学软件分析该基因及预测其编码蛋白的特征,并对该基因在乌苏里貉不同组织中的表达水平进行检测。结果显示该基因全长3 191 bp,ORF全长3 117 bp,编码1 038 aa,含有Toll-like受体家族典型的结构域特征。同源性分析显示乌苏里貉TLR8基因核苷酸序列与犬同源性最高,达99.3%,与其他食肉目哺乳动物也具有较高的同源性,在89.2%~92.9%。组织表达分析显示TLR8基因在乌苏里貉各组织中广泛表达但表达量存在差异。本研究结果为进一步研究乌苏里貉抗病毒免疫及育种相关研究奠定了基础。 相似文献
3.
为探索梅花鹿（Cervus nippon）S100A16基因序列及生物学特性，本研究根据GenBank数据库中牛、绵羊S100A16基因序列设计引物，以梅花鹿鹿茸顶端组织cDNA为模板，采用RT-PCR技术和分子克隆技术成功获得梅花鹿S100A16基因的cDNA序列。生物信息学分析发现，梅花鹿S100A16基因CDS区全长312 bp，编码103个氨基酸；蛋白含有11个磷酸化位点，有跨膜结构域，无信号肽，为在细胞内发挥作用的稳定蛋白；蛋白仅在C端含有S100蛋白家族经典的EF螺旋结构域，由12个氨基酸组成，N端EF螺旋结构域由15个氨基酸组成；蛋白C端含有FGF-1蛋白结合位点；梅花鹿S100A16蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成；三级结构显示该蛋白有2个Ca2+结合位点；梅花鹿S100A16蛋白氨基酸序列与东欧马鹿同源性最高，为100%，与其他部分物种S100A16蛋白氨基酸序列构建系统进化树，分析表明S100A16基因在进化上比较保守，符合功能基因的特点。研究结果为进一步揭示梅花鹿S100A16基因的功能及表达机制提供依据。 相似文献
4.
《畜牧与兽医》2016,(7):21-27
TGFBR1是TGF-β/Smad信号通路中的重要成员,在哺乳动物卵泡发育和排卵过程中发挥重要作用。本文通过克隆测序技术分离猪TGFBR1基因编码区序列,采用生物信息学方法对猪TGFBR1序列信息及其与哺乳动物其他物种间的进化和系统发育关系进行分析。结果发现:猪TGFBR1基因编码区序列全长1 512 bp,编码蛋白含有503个氨基酸残基,与哺乳动物其他物种的一致性分别在90%和95%以上;猪TGFBR1蛋白具有跨膜结构、GS区和激酶结构等保守结构域。进化分析显示哺乳动物TGFBR1基因的突变已达饱和状态,在进化过程中受到负选择的影响。基于TGFBR1基因编码区序列的系统发育分析发现,猪与同属偶蹄目的普通牛、绵羊的亲缘关系较近。 相似文献
5.
《畜牧与兽医》2017,(12):70-74
为了解水貂Toll样受体5(TLR5)蛋白的结构特征和遗传演化关系,采用RT-PCR方法从水貂肺脏组织总RNA中扩增出TLR5基因的片段,经拼接获得全长编码区序列。序列全长2 577 bp,编码858个氨基酸,含172%的亮氨酸,并有一段20个氨基酸的信号肽序列。蛋白预测结果表明,该分子具有亲水性,由胞外区(具有LRR结构域)、跨膜区和胞内区(具有TIR结构域)组成,表现出典型的TLR家族结构特征;同源性分析结果显示,与蒙眼貂同源性最高,达97%以上,与海象、大熊猫和北极熊同源性80%以上,与其他物种同源性大都在70%以上。水貂TLR5基因序列的成功克隆为进一步研究其在水貂机体免疫应答中的作用奠定了基础。 相似文献
6.
《中国畜牧兽医》2020,(1)
为探索梅花鹿(Cervus nippon)S100A16基因序列及生物学特性,本研究根据GenBank数据库中牛、绵羊S100A16基因序列设计引物,以梅花鹿鹿茸顶端组织cDNA为模板,采用RT-PCR技术和分子克隆技术成功获得梅花鹿S100A16基因的cDNA序列。生物信息学分析发现,梅花鹿S100A16基因CDS区全长312 bp,编码103个氨基酸;蛋白含有11个磷酸化位点,有跨膜结构域,无信号肽,为在细胞内发挥作用的稳定蛋白;蛋白仅在C端含有S100蛋白家族经典的EF螺旋结构域,由12个氨基酸组成,N端EF螺旋结构域由15个氨基酸组成;蛋白C端含有FGF-1蛋白结合位点;梅花鹿S100A16蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;三级结构显示该蛋白有2个Ca~(2+)结合位点;梅花鹿S100A16蛋白氨基酸序列与东欧马鹿同源性最高,为100%,与其他部分物种S100A16蛋白氨基酸序列构建系统进化树,分析表明S100A16基因在进化上比较保守,符合功能基因的特点。研究结果为进一步揭示梅花鹿S100A16基因的功能及表达机制提供依据。 相似文献
7.
从浙江省某疑似鸭病毒性肝炎的发病番鸭群分离到1株鸭肝炎病毒（Duck hepatitis virus,DHV）CH12株,分离毒株经动物回归试验、ELD50测定、中和试验等确定为DHV-1（基因A型DHV）。通过RT-PCR方法对DHV CH12株的全基因组序列进行分段扩增并测序。结果表明,CH12株的全基因组长度为7690 bp（不包括PolyA）,包括626 bp的5′UTR,6747 bp的ORF和317 bp的3′UTR。CH12株各基因均与基因A型DHV毒株的序列相似性较高,与基因B型和基因C型DHV毒株的序列相似性较低。全基因组核苷酸、多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因的进化分析均显示,CH12株均与基因A型DHV在同一进化分支上,亲缘关系较近,属于基因A型DHV。 相似文献
8.
试验旨在研究蓝狐MITF-M基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。从成年蓝狐背部皮肤组织中采集1 cm×1 cm样品,采用RT-PCR扩增及测序技术首次获得MITF-M基因序列3 880 bp（包括5'侧翼区2 262 bp、CDS区1 260 bp、3'侧翼区358 bp）,编码419个氨基酸残基。生物信息学分析结果显示,蓝狐MITF-M基因5'侧翼区存在潜在的启动子区域（-86~-336 bp）,且发现TATA框、CAAT框、GC框和CRE等调控元件及CREB、LSF和Sp1等多种转录因子。MITF-M基因编码的蛋白是定位于细胞核和细胞质的不稳定、可溶性亲水蛋白质。亚细胞定位结果提示该蛋白在细胞核、细胞质和线粒体的概率较高,分别为65.2%、17.4%和8.7%。DNAMAN软件对MITF-M基因编码蛋白的二级结构预测发现,该蛋白由α螺旋（33.66%）、β折叠（16.66%）和无规卷曲（49.68%）组成,且不存在跨膜区域和信号肽。蓝狐与其他物种MITF-M基因编码的氨基酸序列同源性对比和系统进化树分析均提示蓝狐与犬的遗传亲缘关系最近,与哺乳动物和禽类均具有较高的同源性（>89.1%）,说明MITF-M基因编码区在物种进化过程中较为保守。本研究为深入研究MITF-M基因调控狐狸被毛颜色的分子遗传机制奠定了理论基础。 相似文献
9.
为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5''UTR（670 bp）、ORF（6 546 bp）以及3''UTR（76 bp）。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%~100%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。 相似文献
10.
《中国兽医学报》2015,(12)
以供试羊皮肤组织中提取的总RNA为模板,根据Gen Bank中登陆的绵羊LHx2基因序列设计引物,通过PCR方法扩增RT-PCR合成的LHx2基因编码区第一链c DNA,回收、纯化反应产物,将目的基因与p MD18-T载体连接、转化,获得阳性重组质粒,成功克隆新吉细毛羊LHx2基因c DNA序列,测序长为1 215 bp。基因同源性分析结果显示各物种间同源性均在80%以上。该基因编码405个氨基酸残基,蛋白同源性分析结果显示各物种间同源性差异较大;蛋白二级结构分析显示LHx2蛋白为疏水性蛋白、柔韧性较高;蛋白结构域分析结果表明克隆的基因较为完整。研究结果为深入研究新吉细毛羊LHx2基因提供理论基础。 相似文献
11.
根据GenBank中发表的牛TLR2基因序列设计引物,通过PCR方法对南阳黄牛的TLR2基因进行分段扩增并测序,拼接后得到包含TLR2完整编码区以及5′端和3′端非编码区的2399bp的全序列。序列分析结果表明,南阳黄牛TLR2基因开放阅读框全长2 355bp,共编码784个氨基酸。南阳黄牛的TLR2基因编码区与荷斯坦牛的相比发生了16个碱基突变,其中9个发生在胞外区,2个发生在跨膜区,5个发生在胞内区,没有引起氨基酸的改变。与GenBank已发表的其他动物TLR2基因参考序列进行比较,结果显示南阳黄牛与荷斯坦牛、野牛、水牛、山羊、绵羊、猪、大猩猩和人的同源性分别为99.3%、99.3%、98.0%、96.3%、95.5%、85.4%、83.2%和83.1%。TLR2N末端存在信号肽且可能在21位氨基酸处存在裂解位点,蛋白分子结构预测TLR2蛋白含1个跨膜结构域。 相似文献
12.
为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析。采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接。采用生物信息学软件分析撒坝猪SPDEF基因开放阅读框及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构、功能结构域,并构建系统进化树。结果表明,各猪种SPDEF基因编码区仅在外显子1、2分别检测到1个同义突变(C13971T、C16541T),表明该基因编码区在所检测的猪群中高度保守。生物信息学分析发现,该基因有1个长1 092 bp的完整开放阅读框;SPDEF蛋白中丝氨酸(Ser)含量最高(10.7%),体外理论半衰期为30 h,属于不稳定的亲水性蛋白;该蛋白不存在信号肽及跨膜结构,存在39个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,亚细胞定位于细胞质;二级结构预测中,参与无规则卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能结构域预测发现,该蛋白存在1个ETS功能结构域和1个SAM-PNT功能结构域。系统进化树结果显示,撒坝猪与牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近。本研究为进一步分析撒坝猪SPDEF基因的功能奠定了一定的理论基础。 相似文献
13.
14.
为研究马鹿生长激素(GH)基因的结构和功能,从GenBank中下载马鹿、梅花鹿、鼷鹿、牛、山羊、绵羊、猪、人、黑猩猩、挪威大鼠、小家鼠、北极狐、狗、鸡和斑马鱼的GH基因完整编码区(CDS)及氨基酸序列,利用DNAStar 7.0、BioEdit 7.0生物软件与相关在线工具对马鹿GH基因核苷酸序列的基本信息及其编码蛋白的理化特性和结构特征进行了生物信息学预测及分析,对马鹿与其他14个物种GH基因的CDS序列及其编码氨基酸序列进行相似性分析,并基于氨基酸序列构建了15个物种的系统进化树。结果表明:马鹿GH基因DNA序列长度为2 100 bp,包括完整的5个外显子和4个内含子,部分5′UTR和3′UTR,CDS全长654 bp,编码217个氨基酸;其编码的蛋白是一种分子质量为24.588 4 ku,等电点为7.62的疏水性稳定碱性蛋白;存在2个强跨膜区、8个广泛磷酸化位点,二级结构元件以α-螺旋和无规则卷曲为主;该蛋白位于细胞外,含有1个信号肽,属一种分泌型蛋白;马鹿与梅花鹿、牛、绵羊、山羊和鼷鹿等动物的GH基因氨基酸序列相似性较高,亲缘关系最近。该研究结果可为马鹿GH基因的进一步分析提供详细的生物学基础信息。 相似文献
15.
[目的] 克隆野生鸟类红嘴鸥Toll样受体7（TLR7）基因,并对其编码蛋白进行生物信息学分析,为后期TLR7蛋白的抗病毒活性研究做准备。[方法] 采用cDNA末端快速扩增技术（rapid amplification of cDNA ends,RACE）扩增红嘴鸥TLR7基因全序列,通过生物信息学软件分析TLR7基因序列、稀有密码子、相似性及其编码蛋白的理化性质、跨膜区域、信号肽、N-糖基化位点、磷酸化位点和亚细胞定位,分别利用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测TLR7蛋白的二级结构和三级结构。[结果] 试验成功克隆红嘴鸥TLR7基因（GenBank登录号：MZ668652）,全长1 720 bp,开放阅读框（ORF）大小为1 182 bp,存在39个稀有密码子,其中含8个连续稀有密码子,编码393个氨基酸;红嘴鸥TLR7基因与GenBank中原鸡、红腹角雉、鹌鹑、绿头鸭、黑天鹅、山雀、白鹭、帝企鹅、红喉潜鸟和巴布亚企鹅的TLR7基因相似性分别为85.7%、84.9%、85.4%、87.0%、87.8%、86.8%、91.0%、93.1%、93.1%和93.1%。系统进化树结果显示,其与白鹭的亲缘关系最近。TLR7蛋白分子式为C2080H3256N556O567S19,分子质量约为63 ku,理论等电点为9.25;该蛋白不存在跨膜结构和信号肽,含有6个N-糖基化位点和33个磷酸化位点,是疏水性蛋白,主要存在于细胞质中;TLR7蛋白二级结构主要以α-螺旋为主,约占48.09%,其次为无规则卷曲（32.06%）、延伸链（13.23%）和β-转角（6.62%）,TLR7蛋白的三级结构与二级结构一致,且与模型蛋白人TLR7蛋白相似性为68.78%。[结论] 红嘴鸥TLR7基因与白鹭进化关系较近,含有8个连续稀有密码子,体外表达较难,研究为进一步探索红嘴鸥TLR7蛋白抗病毒免疫机制提供重要参考。 相似文献
16.
根据GenBank已收录的牛(Bos taurus)、人(Homo sapiens)和小鼠(Mus musculus)等物种Ets-1基因序列的同源保守区域,设计特异性引物,采用RT-PCR和RACE技术,分离并克隆了西农萨能奶山羊(Capra hircus)Ets-1基因的cDNA序列。该序列全长2 263 bp(GenBank登录号HQ589338),包括5’UTR 331 bp,CDS 1 326bp和3’UTR 606 bp,编码441个氨基酸组成的蛋白质。核苷酸序列分析发现,山羊编码序列与牛、猪、人、小鼠等的相应序列同源性分别为98%、94%、92%和90%,3’UTR相应序列为96%、83%、81%和77%,5’UTR相应序列为98%、85%、82%和71%。氨基酸序列分析发现,山羊与牛、猪、人和小鼠的Ets-1的相似性较高,均在95%以上。蛋白质结构分析发现,其蛋白质分子量为50 340.8 D,等电点为5.08,具有典型的螺旋-转角-螺旋结构域,不存在跨膜结构,并且整个序列不含信号肽。 相似文献
17.
Pinto RD Nascimento DS Vale Ad Santos NM 《Veterinary immunology and immunopathology》2006,110(1-2):169-177
In this work, the gene and cDNA of the sea bass CD8alpha have been isolated and characterized. The coding sequence has an ORF of 666 bp. It retains the Ig motif that interacts with MHC and the two cysteines responsible for an intra-chain disulfide bridge. The hinge region contains the two essential cysteines involved in dimerization. The transmembrane region is well conserved in all analysed sequences. Similar to other teleosts, the cytoplasmic region lacks the consensus p56(lck) motif common in higher vertebrates. Analysis of the expression pattern using RT-PCR shows the highest expression in the thymus. Like in the human gene, the sea bass CD8alpha genomic structure is organized into six exons, which roughly correspond to separate functional domains of the protein. Southern blotting shows that CD8alpha exists as a single copy gene. Together, these results support the concept that the basic structure of CD8alpha has been maintained through evolution. 相似文献
18.
本研究利用RT-PCR方法分段克隆水牛TLR4 cDNA后拼接成全长,并克隆于pMD20-T载体中,同时运用生物信息学软件对其核苷酸序列及编码蛋白质的结构进行分析和预测。结果表明,克隆的TLR4 cDNA ORF全长2526 bp,共编码841个氨基酸,N端具有由25个氨基酸组成的信号肽,该蛋白预测的分子质量为95.98 ku,等电点为6.37;水牛TLR4与GenBank中登录的水牛TLR4(DQ857349)核苷酸序列同源性达99.01%,与黄牛、绵羊、野猪、马、人和黑猩猩的同源性超过80%,与小鼠和狗的同源性次之,分别为72.17%和61.30%,与鸡的最低,仅为53.94%;该蛋白是由胞外区(1-634位氨基酸)、跨膜区(635-657位氨基酸)和胞内区(658-841位氨基酸)3部分构成的跨膜蛋白,胞外区含有12个LRR串联重复结构域、胞内区具有TIR结构域。本试验成功克隆了水牛TLR4 cDNA全长,并获得了核苷酸及其蛋白质的生物信息学分析数据,为进一步研究其功能奠定了基础。 相似文献
19.
本研究应用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增技术,从猪脾脏淋巴细胞中,克隆了猪Toll样受体9基因(pTLR9).基因序列分析表明,克隆的pTLR9基因ORF为3 093 bp,编码1 030个氨基酸,含18.5%的亮氨酸,含有24个氨基酸的信号肤序列,属于Ⅰ型跨膜受体,具有富含亮氨酸的重复序列(LRR)和Toll/IL-1R同源区结构域;与GenBank上登载的pTLR9参考序列(AY859728)的同源性为99.3%,与牛、马、羊和人的同源性较高,与家鼠、褐鼠的次之,TLR9的演化关系与亲缘关系密切. 相似文献