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1.
猪瘟病毒石门株不同代次E2基因主要抗原编码区序列差异分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用RT－PCR及序列测定对猪瘟病毒石门株不同代次毒株E2基因主要抗原编码区及同一代次不同年代主要抗原编码区序列进行了分析，结果所有毒株E2基因主要抗原编码区序列呈现较高的同源性，石门株不同代次毒株E2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别为97．7％－100％，97．3％－100％；同一代次不同年代主要抗原编码区序列核苷酸及氨基酸同源性均为98．6％－100％。只有3个代次毒株发生较小的变异，核苷酸及氨基酸呈现1－3个碱基或氨基酸的变异，其他代次的毒株序列完全一致。初步证实了猪瘟病毒分子结构的遗传稳定性，说明猪瘟病毒的变异可能更多的与种群病毒的优势选择有关。 相似文献
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急、慢性猪瘟病毒分离株和疫苗株E2基因的序列分析 总被引：9，自引：0，他引：9
利用反转录（RT）及套式PCR（N-PCR）扩增并测定了6株具有不同表症近期甘肃省猪瘟流行野毒及C-株细胞疫苗毒的主要免疫原E2基因的核苷酸序列。序列分析比较结果表明，6株流行野毒与C-株疫苗毒的核苷酸同源性为82%-84%，流行野毒之间的核苷酸同源性在89%-99%之间，并且明显可分为二个组群，病毒株所属组群与其临床症状有一定的相关性。流行野毒与C-株毒在中和抗原决定簇上有部分氨基酸存在性质差异，可能影响C-株毒对流行野毒的中和滴度。 相似文献
3.
水貂犬瘟热CDV_3疫苗株基因组序列测定及H基因遗传稳定性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对水貂犬瘟热CDV3疫苗株基因组进行全序列测定与分析,以阐明该疫苗株的来源亲本毒株,基因特征及H基因遗传稳定性。将CDV3疫苗株基因组cDNA分9个重叠片段进行RT-PCR并克隆入pMD 18-T载体中,测定全长cDNA序列。并与CDV野毒参考株和疫苗株N、F和H基因氨基酸序列比对分析其基因变异情况。通过对CDV3疫苗株6个不同生产批次(Vero细胞培养代次)H基因序列测定以分析毒株的分子遗传稳定性。基因序列分析结果表明:CDV3疫苗株基因组全长15 690 bp,与CDV野毒株基因组同源性较低(93.0%~95.3%)。H基因核苷酸和氨基酸序列与Lederle疫苗株(EF418783)同源性最高,分别为99.6%和98.7%。而6个不同培养代次CDV3疫苗株H基因氨基酸序列无任何差异。由此证实CDV3疫苗株的亲本毒株与Lederle疫苗株有着最密切关系,不同培养代次的CDV3疫苗株H基因具有较高的遗传稳定性。 相似文献
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猪瘟野毒E2基因同源性比较 总被引：1，自引：0，他引：1
以人工感染发病猪的脾为材料提取总RNA，根据已报道的猪瘟病毒基因组序列，设计合成了2对引物，以总RNA为模板，利用反转录聚合酶链式反应（RT－PCR）、套组聚合酶链式反应（nPCR)及测序技术，对流行于我国甘肃省、陕西省、宁夏和广西自治区的5株野毒株的主要外膜糖蛋白E2基因的核苷酸序列进行了测定，用DNAstar软件比较分析了5株野毒之间及其与猪瘟兔化弱毒株（C－ST株）E2基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性。结果发现，5株野毒与C－ST株核苷酸序列的同源性为81．7％－83．1％，氨基酸同源性为87．3％－88．6％，表明它们之间存在较大的差异；但5株野毒之间核苷酸序列的同源性高达98．8％－99．3％，氨基酸同源性为96．6％－99．2％，表明它们之间的差异较小。 相似文献
5.
猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列的遗传进化关系的研究 总被引：4，自引：0，他引：4
本研究利用RT-PCR及测序获得了16株猪瘟病毒E2基因部分核苷酸序列。利用DNAStar软件对其6株已发表的猪瘟病毒毒株序列进行了比较和分析，构建了猪瘟病毒遗传发生树。结果可以看出所绘制的遗传发生树分为2个组群，每个组群分为3个亚组群。13株猪瘟流行毒在2个组群中均有分布，猪瘟石门系强毒和C株属于同一组群、同一亚组群。70～80年代分离的4株猪瘟病毒755和Alfort株（法国）在同一组群，25%和Brescia株（意大利）是同一组群，90年代分离的9株猪瘟病毒33.3%和Alfort株（法国）在同一组群，66.7%和Brescia株（意大利）是同一组群。13株猪瘟流行毒株中7株和C株在同一组群，其中70～80年代的1株，90年代的6株。其余的6株猪瘟流行毒株均在另一组群。不同地区及不同材料C-株疫苗的E2基因的核苷酸序列有一定的差异，GPE株与中国的C株有较近的遗传进化关系，而法国的Thiverval株则与中国C株的遗传进化关系较远。本研究的结果对了解我国猪瘟分子流行病学的特点具有重要的意义。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒国内分离D971株 5a、5b及核蛋白基因的分子特征 总被引：12，自引：0，他引：12
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猪瘟野毒混合毒实验室感染的研究 总被引：7，自引：0，他引：7
本研究以本所近年来所分离的高、中、低三株不同毒力（HeNXH3.98、JL1.94和FJFQ1.99）的猪瘟野毒混合毒对敏感猪进行实验室感染试验，利用HCFA、RT－PCR及序列测定进行检测和分析，结果2头试验猪均在感染后2周发病死亡，表现典型的猪瘟临床症状；序列测定及分析结果表明感染后1周及2周2头实验感染猪所分离的病毒E2基因主要抗原编码区序列完全一致，核苷酸及氨基酸同源性均为1005；与感染毒株序列比较，2头试验感染猪所分离的病毒E2基因主要抗原编码区序列与JL1.94株序列完全一致，核苷酸及 在酸同源性均为100％，且基因分群在同一群；而与HeNXH3.98和FJFQ1.99株序列则有一定的差异，且不在同一基因群或基因亚群，说明在多个猪瘟病毒存在的情况下，敏感猪存在对猪间病毒的优势选择。本试验的条件下3株不同和的猪瘟野毒混合感染以中等毒力毒株JL1.94为优势毒株。 相似文献
8.
我国近期7株猪瘟流行野毒E2基因变异研究 总被引：1，自引：0，他引：1
应用RT PCR 和nPCR 扩增了7 株国内近期(2001 年-2003 年)流行的猪瘟野毒E2 基因,分别克隆至pGEM T 载体并对其进行了核苷酸序列测定及氨基酸序列推导,同时将其与C 株、Alfort 株、Brecsia 株进行了同源性比较及遗传进化分析,构建了CS FV的遗传发生树,并对E2 结构与功能进行了分析。所测7株野毒均包括完整的信号肽序列及部分跨膜区在内的1 170 bp,与C株、Alfort株、Brescia 株核苷酸序列同源性分别为91.6%~94.5%、89.2%~92.7%、85.9%~89.3%,氨基酸同源性分别为91.2%~95.8%、88.9%~92.0%、84.0%~90.1%;而7株野毒之间的差异很小,其核苷酸序列同源性为95.8%~99.7%,氨基酸同源性为96.3%~99. 1%。所绘制的遗传发生树分为2个组群,所测得7 株流行野毒均属于第1 群,而且可分为两亚群,与C 株在同一亚群。同时对主要抗原区氨基酸位点变异进行了分析,对其抗原决定簇的变异情况进行了推测。 相似文献
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为了了解2018—2020年福建地区猪瘟病毒流行及遗传变异情况,收集福建省不同地区临床发病猪的血液和肺脏、脾脏、淋巴结等组织样本1464份,采用RT-nPCR的方法对样品进行CSFV检测,对部分CSFV阳性样品E0基因进行克隆测序。结果显示,CSFV总体阳性率为1.9%(29/1464),并获得13株CSFV E0基因序列。同源性分析发现所得13株CSFV E0基因之间的同源性在82.2%-99.7%,其中11株CSFV E0基因与1.1亚型代表毒株HCLV的核苷酸同源性为99.0%～99.9%,与Shimen株的核苷酸同源性94.1%～95.0%;1株与2.1c型参考毒株HNSD-2012核苷酸同源性为98.2%;1株与2.1d亚型毒株CSFV/JPN/2018核苷酸同源性为99.6%。遗传进化分析发现,10株CSFV与HCLV、C-ZJ-2008、Shimen和Brescia处于同一分支,属于1.1亚型;1株CSFV与HNSD-2012等位于同一分支,属于2.1c亚亚型;1株与CSFV/JPN/2018等位于同一分支,属于2.1d亚亚型。氨基酸序列分析发现,13株毒株与HCLV等代... 相似文献
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水牛α-乳清蛋白基因部分序列的测定与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据奶牛α-乳清蛋白基因序列设计引物,用PCR方法扩增并克隆了包含水牛(Bubalusbubalis)α-乳清蛋白基因的5′侧翼序列(709bp)和第1外显子(160)、第1内含子(337bp)和部分第2外显子(73bp)的序列。将该序列与牛的相应序列进行比较表明,尽管具有非常高的同源性(97.6%),但仍然存在一些碱基差异,这些碱基差异导致了一些转录调控因子识别序列的产生或消失以及转录调控因子识别位点之间的距离的变化,这可能是导致这两个物种中该基因表达存在明显表达差异的原因之一。 相似文献
12.
本研究旨在克隆驴Zfx基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析。根据GenBank中公布的牛Zfx基因mRNA序列（登录号：D84097.1）设计特异性引物,利用RT-PCR技术获取驴Zfx基因CDS序列,并对驴Zfx基因CDS区核苷酸序列和蛋白质结构进行生物信息学分析。结果表明,驴Zfx基因CDS区序列长度为2 403 bp,编码800个氨基酸;驴与马、牛、家犬、白犀牛、马鹿、猫、人、绵羊、黑猩猩的Zfx基因CDS区核苷酸序列同源性分别为99.6%、95.0%、95.3%、97.9%、93.5%、94.9%、95.0%、95.7%和94.9%。对驴及其他9种哺乳动物Zfx基因CDS区的核苷酸序列构建系统进化树,结果显示,驴与马亲缘关系很近,与白犀牛的亲缘关系次之;同时又与聚在一类的家犬、猫亲缘关系较近,而与绵羊、牛的亲缘关系稍远。Zfx蛋白理论等电点（pI）为5.19,不稳定系数为42.94,消光系数为35 810,属于不稳定的亲水性蛋白,含有60个磷酸化位点,无信号肽及跨膜结构,属于非分泌蛋白。Zfx蛋白α-螺旋、延伸链和无规则卷曲分别为23.12%、20.25%和56.63%,三级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲。本试验成功克隆获得驴Zfx基因CDS序列,为后期深入研究该基因及其编码蛋白的结构功能提供依据。 相似文献
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Todd D Fringuelli E Scott AN Borghmans BJ Duchatel JP Shivaprasad HL Raidal SR Abadie JX Franciosini MP Smyth JA 《Research in veterinary science》2008,84(2):311-319
The genome sequences of eight pigeon circoviruses (PiCV) were determined and compared with four previously published sequences. The viruses compared were from the USA, five European countries, China and Australia and included PiCVs from racing, feral, ornamental and meat pigeons and a Senegal dove (Streptopelia senegalensis). The 12 PiCV genomes, ranging from 2032 to 2040 nucleotides in length, displayed similar organizations. Pairwise comparisons showed that the genome nucleotide sequence identities ranged from 85.1% to 97.8% and that the amino acid identities of the putative replication associated (Rep) and putative capsid (Cap) proteins displayed ranges of 91.5-99.1% and 73.0-99.3%, respectively. Comparative analyses identified conserved nucleotide sequences within the Rep gene and 3' intergenic regions, which would be suitable for diagnostic PCR primers, and variable amino acid sequences within the capsid proteins, which should be considered when selecting virus isolates for vaccine development. 相似文献
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5株猪圆环病毒2型全基因克隆和序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解广东地区猪圆环病毒2型(PCV2)流行势态及毒株的基因变异情况,从广东珠三角地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)患病死亡猪中采集淋巴结,将PCR鉴定为阳性的病料在PK-15细胞上进行增殖培养,成功分离到5株猪圆环病毒2型毒株,分别标记为GD-jm、GD-sz、GD-pz、GD-gj和GD-ss。再从细胞培养物中提取病毒基因组DNA,对5株PCV2分离株全基因组进行PCR扩增并克隆到pMD18-T Simple Vector进行测序,测序结果提交GenBank,登录号分别为JX912914、JX912915、JX945575、JX945576和JX945577。借助相关生物学软件作同源性分析,这5株PCV2基因组长度均为1767 bp,其中3株为PCV2b亚型,2株为PCV2d亚型。 相似文献
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本研究应用PCR技术扩增来自广东的3株柔嫩艾美耳球虫的28S rRNA基因部分序列,并与GenBankTM登录的柔嫩艾美耳球虫、堆型艾美耳球虫、鼠肉孢子虫和刚地弓形虫虫株的相应序列进行比对分析。试验结果显示,柔嫩艾美耳球虫3个样品均获得1172 bp的28S rRNA基因部分有效序列,不同虫株序列没有差异,与GenBankTM登录的柔嫩艾美耳球虫相应序列只有一个碱基差异,显示种内序列高度保守,而与堆型艾美耳球虫、鼠肉孢子虫、刚地弓形虫相应的序列存在不同程度的差异。结果表明,28S rRNA基因部分序列可作为研究艾美耳球虫种间及其他顶复门原虫遗传变异的标记。 相似文献
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采集关中某羊场奶山羊的血液样品,以提取的血液基因组DNA为模板对弓形虫ITS1及529bp基因进行PCR扩增、测序,并对测序结果进行比对,基于529bp重复序列构建系统进化树。序列分析结果表明,待测样品与GenBank中弓形虫RH虫株的ITS1序列(AY259044)完全一致,与529bp重复序列(FJ656209.1)存在差异;基于529bp重复序列构建的系统进化树分析结果显示,待测样品弓形虫与RH虫株遗传距离最近。该结果为奶山羊弓形虫病的分子流行病学、诊断方法的建立等方面的研究奠定了基础。 相似文献
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猪瘟流行毒E2基因部分编码序列的分析与比较 总被引：3，自引：0，他引：3
利用PCT-PCR方法获得16个猪瘟流行毒株、5株弱毒疫苗株和外来的4株猪瘟E2基因部分编码序列的扩增片断，并对其进行测序，获得659bp含E2基因N段A、B、C、D四区域的编码序列。利用DNAstar软件对其中616bp的片段进行序列分析，并与Genebank中的Alfort、Brescia、HCLV、Shimen等毒株进行比较．结果20株病毒所测序列均为猪瘟E2基因序列，所有毒株碱基替换随机分布于整个序列．部分毒株出现碱基缺失现象。序列分析结果表明近期流行的毒株不仅与50年代流行的Shimen株、现用的疫苗株距离较远，而且流行毒株呈不同亚群方向演变。本研究所测的20株流行株E2基因N端6个与C端的2个半胱氨酸(Cys)均未发生变异．但其他位点的核甘酸变异与缺失．引起各区的抗原表位呈现不同程度的变异。 相似文献
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为探究副猪嗜血杆菌thyA基因的遗传特性,针对于分离的副猪嗜血杆菌辽宁分离株的thyA基因进行测序,并运用软件对基因序列及氨基酸序列的同源性等进行分析研究。结果显示,thyA基因在副猪嗜血杆菌辽宁株亲缘性较高,其中基因序列与已公布的参考菌株同源性为95.7%~100%,氨基酸序列同源性为97.2%~100%,预测thyA基因编码蛋白的三级结构,发现thyA毒力基因在副猪嗜血杆菌中保守存在,为揭示thyA基因在副猪嗜血杆菌中功能奠定了一定基础。 相似文献