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1.
猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪瘟病毒（CSFV）和猪圆环病毒Ⅱ型（PCV-2）是引发猪繁殖障碍的主要病原,建立其基因芯片快速检测体系,对开发猪繁殖障碍快速检测试剂盒具有重要意义。根据GenBank中已发表的PRRSV、CSFV和PCV-2的病毒基因组序列,设计合成特异性引物和特异性较强的60mer的寡核苷酸探针,并将探针按所设计阵列固定于表面经氨基化修饰的玻片上,制备出寡核苷酸芯片。通过引物标记及特异性验证,建立了带标记引物的多重PCR检测体系,从而产生大量可与寡核苷酸探针特异性互补的带标记的DNA片段。将标有荧光染料的扩增产物与芯片上寡核苷酸探针杂交,扫描、分析芯片上荧光信号。结果表明,芯片上各样本对应探针位点呈现阳性荧光信号,而阴性对照和空白对照则基本不能检测到荧光信号。分别用基因芯片检测方法和PCR/RT-PCR检测60份临床病料,两者符合率高达92%,表明该检测技术能够用于临床病料的检测及快速诊断PRRSV、CSFV和PCV-2。 相似文献
2.
制备可同时检测引起集约化养猪业常见4种传染病，病毒（猪流感病毒、口蹄疫病毒、猪伪狂犬病毒、猪蓝耳）的寡核苷酸芯片。根据4种猪疫病病毒特异性基因的保守区域设计合成了60mer寡核苷酸探针，制备寡核苷酸芯片。采用不对称PCR和间接荧光标记技术进行单链DNA扩增和荧光标记，标记样品与寡核苷酸芯片杂交后，进行芯片清洗、扫描及结果分析。杂交结果显示，4种病毒的寡核苷酸检测探针均特异地与相应的标记样品杂交，芯片上呈现较强的阳性杂交信号，而除阳性质控探针外，阴性对照和空白对照均检测不到荧光信号。证明寡核苷酸芯片适用于快速、准确、高通量地诊断影响集约化养猪业的多种猪疫痛病毒。 相似文献
3.
为建立运用多重PCR和基因芯片技术同时检测5种猪繁殖障碍性病毒病的方法。本研究根据GenBank中登录的猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪日本乙型脑炎病毒(JEV)及猪圆环病毒2型(PCV2)的基因序列设计特异性引物与探针,制备相应的寡核苷酸芯片,检测了5种猪繁殖障碍性疾病病毒的标准毒株,并对16份临床样品进行检测。通过多重PCR扩增出带有荧光标记的5种病毒的特异性基因片段,并与固定有特异性探针的基因芯片杂交。结果显示,本研究建立的多重PCR结合基因芯片检测方法特异性强、稳定性好,灵敏度可达10~2拷贝/μL。16份临床样品检测结果显示阳性率达87.5%(14/16)。以上结果表明该方法特异性好、灵敏度高,可高效检测以上5种病毒,为其临床诊断及流行病学调查提供了有效的检测方法。 相似文献
4.
为建立运用多重PCR和基因芯片技术同时检测5种猪繁殖障碍性病毒病的方法。本研究根据GenBank中登录的猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪日本乙型脑炎病毒(JEV)及猪圆环病毒2型(PCV2)的基因序列设计特异性引物与探针,制备相应的寡核苷酸芯片,检测了5种猪繁殖障碍性疾病病毒的标准毒株,并对16份临床样品进行检测。通过多重PCR扩增出带有荧光标记的5种病毒的特异性基因片段,并与固定有特异性探针的基因芯片杂交。结果显示,本研究建立的多重PCR结合基因芯片检测方法特异性强、稳定性好,灵敏度可达10~2拷贝/μL。16份临床样品检测结果显示阳性率达87.5%(14/16)。以上结果表明该方法特异性好、灵敏度高,可高效检测以上5种病毒,为其临床诊断及流行病学调查提供了有效的检测方法。 相似文献
5.
猪3种重要病毒寡核苷酸芯片诊断方法的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
将猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒-Ⅱ(PCV-2)、猪瘟病毒(CSFV)分别应用生物信息学方法,针对病毒基因组保守序列设计特异性强的60-mer寡核苷酸探针,并将其按所设计阵列固定于表面经氨基化修饰的玻片上,制备出寡核苷酸芯片.分别设计出相应的引物,对待测样本进行不对称PCR扩增,从而产生大量可与寡核苷酸探针特异性互补的单链DNA片段,并通过间接荧光标记技术使扩增产物标记上荧光染料.将标有荧光染料的扩增产物与芯片上寡核苷酸探针杂交.扫描、分析芯片上荧光信号.试验结果表明,芯片上各样本对应探针位点呈现阳性荧光信号.而阴性对照和空白对照则基本不能检测到荧光信号.不对称PCR技术制备的单链DNA片段与寡核苷酸芯片进行杂交反应可同时、快速、特异性地检测多种猪疫病病毒. 相似文献
6.
禽白血病病毒B、E和J亚群基因芯片检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
目的基于多重PCR技术,建立禽白血病病毒(ALV)的B、E、J亚群的基因芯片分型和检测方法。方法根据NCBI已收录的ALV三个亚群的参考毒株cDNA序列,在各亚群特异性基因突变区两端选取其保守区域,设计合成三个亚群的通用上游引物1条,以及B、E亚群的通用下游引物和J亚群下游引物各1条,将上述引物用Cy3标记,建立多重PCR体系;参考靶序列内部的三个亚群各自的保守区域,选择亚群之间基因突变位点多的区域,设计合成5条寡核苷酸探针,制作寡核苷酸探针基因检测芯片;以寄主细胞DF-1中提取传代ALV的cDNA,以及合成NCBI收录的各亚群参考毒株的cDNA序列作为检测模板;利用Cy3标记的PCR扩增产物,与基因芯片进行杂交反应,扫描结果。结果芯片准确检测并分型三个亚群的参考毒株,其检测灵敏度能够达到102个基因拷贝,且与禽类常见的四种病毒均无交叉反应。结论本研究结果证明,基因芯片技术是一种ALV的B、E和J亚群进行检测和分型的有效方法,且具有较高的特异性和灵敏度,为今后在临床应用中快速鉴别诊断ALV等免疫抑制病提供可行性。 相似文献
7.
用地高辛标记的核酸探针检测猪伪狂犬病毒野毒感染的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
利用PCR技术从带有伪狂犬病毒（PRV）gE基因的重组质粒pMD18-T-gE中扩增回收约304bp大小的片段,并制备出地高辛标记的gE基因核酸探针。特异性检测结果表明,该探针能与重组质粒DNA发生特异性杂交,而与对照的PRVBartha-k61株疫苗毒DNA、猪细小病毒（PPV）DNA、猪圆环病毒（PCV）DNA、猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRsV）cDNA、猪瘟病毒（CSFV）cDNA的杂交反应均为阴性;敏感性检测结果表明,该探针对PRV野毒的最低检出量为4pg。应用该探针对11份繁殖障碍病料进行了杂交检测,共检出4份阳性病料,该结果与PCR检测结果一致,表明该核酸探针可用于猪伪狂犬病野毒感染的临床诊断。 相似文献
8.
为了解山东省不同地区猪群中猪瘟病毒（CSFV）分子流行病学特点,采用RT-PCR方法,对2012—2018年收集到的79份临床疑似猪瘟病例组织样品,进行E2基因主要抗原区域扩增与序列测定,对获取的59个CSFV E2基因主要抗原区域序列进行遗传演化分析,并构建了遗传发育进化树。结果显示：7株CSFV属1.1亚型,其中有3个毒株的E2基因与疫苗株E2基因几乎一致,提示这7个毒株可能来自疫苗毒或为类疫苗毒株;SDJZ-15株归属2.1b亚型,其 E2基因推导氨基酸仅A51（丙氨酸）突变为V51（缬氨酸）;其他51个毒株属2.1d亚型,与2型CSFV的 E2基因主要抗原区（28~90 aa）氨基酸序列相比发生了4处突变,总体保持稳定。研究结果表明,2.1亚群中的2.1d分支CSFV是山东省当前的优势流行毒株。 相似文献
9.
《动物医学进展》2021,42(3)
建立二重荧光LAMP方法,检测猪瘟病毒(CSFV)和猪圆环病毒2型(PCV2)。根据CSFV E2基因和PCV2 ORF2基因序列保守区域,分别设计并合成了2组针对CSFV和PCV2序列的特异性引物和2条标记不同的荧光基团探针,在CSFV探针序列5′端标记FAM荧光基团,3′端标记BHQ1淬灭基团,PCV2探针序列5′端标记CY5.5荧光基团,3′端标记BHQ2淬灭基团。以设计合成的引物、探针以及LAMP反应试剂建立二重荧光LAMP检测方法区分CSFV和PCV2,对该方法中的反应体系进行优化,并进行特异性、敏感性和干扰性测试以及临床样品验证测试。结果表明,建立的方法可鉴别CSFV和PCV2,特异性试验显示,该方法只检测出CSFV或PCV2,且与参试的对照病毒无交叉反应,特异性好。该方法最低检测CSFV或PCV2为100拷贝/μL,敏感性好。临床样品的检测结果与荧光定量PCR检测结果一致。建立的CSFV和PCV2二重荧光LAMP检测方法具有良好的特异性和敏感性,可适用于CSFV和PCV2的鉴别检测。 相似文献
10.
为初步了解近年来河北省猪瘟（CSF）流行情况。于2020—2021年从河北邢台及周边地区采集猪血清样品共1 644份,采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清中猪瘟病毒（CSFV）特异性抗体阳性率,评估猪场免疫猪瘟疫苗效果;同时采集疑似感染CSF猪组织样品共306份,通过荧光定量PCR法检测样品中CSFV感染率;扩增部分样品E2基因序列,分析流行毒株基因型。结果发现,1 330份血清样品与45份组织样品分别为CSFV抗体和核酸阳性,其阳性率分别为80.90%和14.71%;2020年和2021年抗体和核酸阳性率分别为76.33%、85.13%和18.69%、12.56%。4个阳性样品E2基因序列扩增与分析结果发现,4个毒株的E2基因核苷酸序列与GenBank收录的CSFV 2.1d亚型同源性最高。以上研究表明,河北省猪群CSF免疫效果较好,但CSFV仍然广泛流行于河北各地,且2.1d可能是主要的基因亚型。 相似文献
11.
猪瘟病毒野毒株与疫苗株酶切检测方法的建立、优化及应用 总被引：2，自引：0，他引：2
为有效鉴别猪瘟病毒强毒株(Shimen)与弱毒疫苗株(HCLV),根据GenBank上已发表的猪瘟病毒囊膜糖蛋白E2基因高度保守区设计一对特异性引物,在其跨越区内部有Shimen株独有的限制性内切酶Bgl Ⅱ酶切位点,采取酶切RT-PCR产物的方法鉴别Shimen株和疫苗株,同时对该方法的特异性和敏感性进行检测。结果表明,应用该方法从Shimen株和疫苗株中均能扩增出一条大小为750 bp的特异性片段,疫苗株的RT-PCR产物不能被Bgl Ⅱ酶切,Shimen株的RT-PCR产物则被酶切为大小分别为520和230 bp的两条带。此方法可扩增猪瘟病毒的E2基因保守片段,对病毒RNA的最小检出量为3.96×10-4 μg/mL。采用此方法检查了30例临床疑似猪瘟病料,结果3例感染猪瘟病毒强毒,21例为猪瘟弱毒疫苗株,其他为猪瘟阴性。 相似文献
12.
猪瘟病毒贵州流行株E2基因原核表达及其免疫原性的研究 总被引：3，自引：1，他引：3
本研究根据GenBank登录的猪瘟病毒Shimen和C株的E2基因序列设计1对特异引物,采集来自贵州的疑似猪瘟病死猪组织,提取总RNA,进行RT-PCR扩增,将扩增产物测序后进行核苷酸序列比较分析.并将RTPCR产物克隆到pMD18-T载体上,构建重组质粒pMD18-T-E2,经双酶切鉴定、核苷酸序列分析后,将E2基因亚克隆到pET-32a(+)原核表达载体上,成功构建猪瘟病毒E2基因原核表达质粒pET-32a-E2,将构建好的原核表达质粒pET-32a-E2转化至宿主菌BL21中,诱导表达目的蛋白,表达产物经SDS-PAGE电泳、Western blot分析,得到了约58 ku的条带,与预期大小相符,进一步提取、纯化目的蛋白,将目的蛋白加入弗氏佐剂免疫小鼠,免疫后采血检测抗体,结果显示目的蛋白能诱导小鼠产生一定抗体水平,该研究为猪瘟亚单位疫苗的研究奠定了基础. 相似文献
13.
单克隆抗体捕捉猪瘟病毒抗原ELISA方法的建立 总被引：9，自引：0，他引：9
分别用原核表达的猪瘟病毒（CSFV）主要抗原E2蛋白和猪瘟基因疫苗免疫BALB/c小鼠,通过细胞融合与克隆筛选出5株稳定分泌CSFV抗体的杂交瘤细胞株1E2、1G7、3A2、3B7和4B6.间接免疫荧光和Western-blotting试验结果表明,5株单抗均与CSFV E2蛋白和全病毒抗原反应.将筛选的CSFV特异性单抗1E2、3B7和4B6纯化后等量混合后包被酶标板（捕捉抗体）,与兔抗CSFV IgG（检测抗体）联合应用,建立起CSFV抗原捕捉ELISA（AC-ELISA）方法.随后采用方阵滴定法确定了单抗与多抗的最适工作浓度及判定检测结果的OD450临界值.最后以建立的AC-ELISA检测CSFV细胞培养物、CSFV攻毒死亡猪的病料和临床猪瘟组织样品,结果表明,该方法敏感、特异、重复性好,与病毒分离和RT-PCR方法符合率分别为86.2%和90.3%. 相似文献
14.
猪瘟病毒一步法RT PCR检测方法的建立 总被引：2，自引：1，他引：1
本研究根据NCBI公布的猪瘟病毒石门毒株的E2基因序列，设计、合成了1对检测猪瘟病毒E2基因的RT-PCR引物。自疑似猪瘟病料及接猪瘟F114毒的PK-15细胞中提取总RNA，经一步法RT-PCR扩增E2基因。建立了猪瘟病毒E2基因RT-PCR检测方法，RT-PCR从26份疑似猪瘟病料中检出阳性病料24份，阳性检出率为92.3%；结果表明，建立的 RT-PCR方法具有良好的特异性和敏感性，可用于CSFV的分离鉴定、临床病料的检测和分子流行病学调查。 相似文献
15.
Zhao JJ Cheng D Li N Sun Y Shi Z Zhu QH Tu C Tong GZ Qiu HJ 《Veterinary microbiology》2008,126(1-3):1-10
Classical swine fever virus (CSFV) is the causative agent of classical swine fever (CSF), one of OIE listed diseases. Most of the currently available detection methods do not allow discrimination between wild-type CSF viruses and the vaccine strains. This study was designed to develop a multiplex real-time RT-PCR for the quantitative and differential detection of wild-type viruses and C-strain vaccine widely used in China. CSFV specific primers and two differently labeled TaqMan probes for the differentiation of wild-type viruses from C-strain vaccine were designed in the 5'-untranslated region of the viral genome of CSFV. The two TaqMan probes specifically hybridize wild-type viruses of different subgroups and C-strain vaccine, respectively, in the multiplex real-time RT-PCR, with no cross-reaction to a number of non-CSFV porcine viruses. The sensitivity of the assay for detecting wild-type and C-strain-type vaccine viruses was determined to be 41.8 and 81.5copies/microL viral RNA, respectively. Completely correct differentiation of wild-type viruses from C-strain vaccine was achieved when testing reference strains and characterized field isolates of CSFV in China. The multiplex real-time RT-PCR was able to detect the viral RNA in the whole blood samples of experimentally infected pigs as early as 2 days post-infection, 3 to 4 days prior to the onset of clinical signs in co-housed pigs. The agreements between the multiplex real-time RT-PCR and a multiplex RT-nested PCR for detection of wild-type and C-strain-type viruses were 96.9% and 100%, respectively, when detecting 106 different field samples. There is a positive correlation between the titers of C-strain vaccines titrated in rabbits and RNA copies quantitated by the multiplex real-time RT-PCR. The novel assay described here is rapid and sensitive, and is useful for differentiating field strains and C-strain of CSFV in China. 相似文献
16.
WANG Shu-juan LIU Mei-fen YAN Ruo-qian BAN Fu-guo ZHAO Xue-li MA Zhen-yuan WANG Hua-jun WANG Cui ZHAO Ming-jun 《中国畜牧兽医》2017,44(7):2112-2118
A Real-time quantitative PCR assay for detection of classical swine fever virus (CSFV) was developed using the specific probe and primers designed basing on the E2 gene of CSFV. The Real-time quantitative PCR assay was established using the total RNA of CSFV as template. The specificity, sensitivity and repeatability of the assay were tested, and samples taken from clinic suspicious CSFV infected pigs had been testified by the established assay. The results indicated that the Real-time quantitative PCR assay was successfully established, and showed a good linear relationship at a template range of 101 to 106 copies/μL with a coefficient correlation of 0.999; The specificity of the assay revealed that amplifications were showed on CSFV samples, but other pathogens had no amplifications; The sensitivity of the assay was 10 copies/μL nucleic acid and 1 TCID50/mL virus; Meanwhile,19 positive samples were detected, which were consistent with results of CSFV detected by Nested RT-PCR, cloning and sequencing. The eatablished Real-time quantitative PCR assay was specific, sensitive rapid and suitable for early detection and epidemiological study of CSFV. 相似文献
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为建立一种快速、敏感、特异的猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank中CSFV E2基因保守区域序列,设计了一对特异性引物和一条特异性探针,以CSFV总RNA为反转录模板,经优化反应条件,建立CSFV实时荧光定量PCR检测方法,并对其进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法对35份临床疑似CSFV感染样品进行了检测。结果表明,本研究建立的CSFV实时荧光定量PCR检测方法在101~106拷贝/μL范围内有很好的线性关系,相关系数为0.999;CSFV细胞培养物出现阳性扩增信号,但ST正常细胞对照和其他8种病原对照未出现扩增,特异性良好;该方法重复性好、敏感性高,最低检测模板浓度为10拷贝/μL,并且CSFV的最低检测限为1 TCID50/mL;自35份疑似CSFV感染样品中检出19份阳性样品,与本课题组建立的CSFV Nested RT-PCR检测结果和克隆测序结果一致。本研究成功建立了CSFV实时荧光定量PCR检测方法,可用于CSFV的快速检测。 相似文献
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为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。 相似文献