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将重组酶辅助扩增技术(recombinase aided amplification, RAA)与规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白(CRISPR-Cas13a)技术相结合，即RAA-Cas13a,建议建立高效、灵敏、特异的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)检测方法。针对PEDV N基因保守区设计RAA特异性引物和CRISPR RNA(crRNA),利用RAA技术扩增样本核酸，并进行CRISPR-Cas13a荧光检测，以RT-qPCR为对照方法，评价该方法的灵敏度、特异性及与RT-qPCR法的一致性。结果表明，该方法最低可检测至101 copies·μL-1,且与猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒及猪伪狂犬病病毒等常见猪源病原核酸检测无交叉反应。采用RAA-Cas13a检测40份临床样本与RT-qPCR方法阳性符合率为100%,阴性符合率为84.6%,总符合率为95%,Kappa值为0.881。本研究建立的RAA-Cas13... 相似文献
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CRISPR/Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated endonuclease Cas)基因编辑系统在生物体基因功能研究领域发挥着重要作用。CRISPR/Cas9作为典型的CRISPR/Cas基因编辑系统,自建立以来已在多个物种的基因组编辑中得以应用。近年来,Cpf1(也称为Cas12a)、Cas12b(也称为C2c1)、Cas13a(也称为C2c2)等新型Cas蛋白不断被发现和鉴定,进一步拓展了CRISPR/Cas系统的靶向范围,促进了CRISPR/Cas系统的应用。本文阐述新型CRISPR/Cas基因编辑系统与CRISPR/Cas9系统的区别以及利用新型CRISPR/Cas基因编辑系统进行生物体基因组编辑的研究进展,以期较为详细地了解CRISPR/Cpf1和CRISPR/Cas12b等新型CRISPR/Cas系统的特征、作用机制及应用优势,为更加高效地利用CRISPR/Cas系统对家蚕基因组进行编辑提供借鉴。 相似文献
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根据鸭疫里默杆菌(Riemerella anatipestfer,RA)ompA基因设计4条环介导等温扩增(LAMP)特异性引物和1条带有异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate, FITC)标记的DNA探针，利用横向流动试纸条(LFD)检测扩增产物。通过对反应条件包括温度、时间、内、外引物浓度比、Bst DNA 2.0聚合酶浓度、dNTPs浓度及Mg2+浓度等优化后，建立了RA的LAMP-LFD检测方法。结果显示：在64℃下运用LAMP扩增核酸到结果判读只需33 min; LAMP-LFD可特异性检测鸭疫里默杆菌，巴氏杆菌核酸、大肠杆菌核酸、沙门菌核酸、葡萄球菌核酸、鸭瘟病毒均未检测出；LAMP-LFD对pMD19-T-ompA最低检测浓度为1.83×100 copies/μL,其敏感度是PCR的1 000倍。利用PCR和LAMP-LFD检测22份疑似RA临床样本，两者检出符合率为100%。研究建立的LAMP-LFD检测方法能快速、特异地检测RA,可作为早期诊断和检测RA的有效手段。 相似文献
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22个虉草基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用单因素试验方法,对影响PCR扩增体系中dNTP、引物浓度、Taq酶和模板DNA用量4个因素及引物退火温度进行梯度试验,优化得到最佳的ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中分别加入0.3μL Taq DNA聚合酶(5U/μL),2μL 10×PCR Buffer(mg2+plus),1.5μL dNTP(2.5mmol/L),1.5μL引物(10pmol/μL),50ng模板DNA,ddH2O补足体积。以此体系对24条引物进行筛选,最终获得了多态性高,重复性好的引物12条。引物UBC808、809、811、815、818、820、826的适宜退火温度为55℃,引物835,841和842的适宜退火温度为56℃,而引物810和834的适且退火温度分别为52℃和54℃。12条引物共扩增总条带数192条,其中,多态性条带数173条,多态位点百分率89.81%。 相似文献
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为建立小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus, PPRV)可视化快速检测方法,本研究根据PPRV N基因的保守序列设计、合成和筛选出反转录重组聚合酶介导恒温扩增(RT-RAA)特异性引物和CRISPR/Cas12a特异性crRNA。结合侧向流试纸,本研究建立了一种PPRV RT-RAA-CRISPR/Cas12a可视化快速检测方法,并对该方法的性能进行了评估。结果显示,该方法特异性良好,与蓝舌病毒(BTV)、鹿流行性出血热病毒(EHDV)、口蹄疫病毒(FMDV)、羊痘病毒(CaPV)、猪水泡病病毒(SVDV)、伪狂犬病毒(PRV)等病毒核酸无交叉反应;敏感性高,最低可检出4.30×101拷贝/μL的PPRV核酸;应用该方法及国家标准推荐的RT-qPCR方法对60个模拟样品进行平行检测,结果显示Kappa值为0.918,表明两者具有高度一致性。综上表明,本研究建立的PPRV RT-RAA-CRISPR/Cas12a可视化快速检测方法特异性好、敏感性高,且操作简单、无需特殊仪器,可应用于野外或基层农场的PPRV快速筛查检测工作... 相似文献
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Cpf1是2类V型CRISPR-Cas系统的单个RNA引导的核酸内切酶，具有切割DNA的核酸酶活性。该系统由Cpf1核酸酶和CRISPR RNA(crRNA)组成，对于如何提高CRISPR/Cpf1系统的基因编辑效率主要集中在增强crRNA的稳定性、设计对PAM要求更简单的Cpf1变体或者鉴定新型Cpf1核酸内切酶。然而，其是否适用于构建双切刻系统还有待验证。因此，本研究旨在设计3种AsCpf1突变体以及成对的crRNA，进行瞬时转染，利用双荧光素酶报告基因检测评估AsCpf1双切刻系统的编辑效率；同时探究人工改造的crRNA能否提高AsCpf1双切刻系统的编辑效率；以及设计6对具有拓展PAMs序列的crRNA靶向位点，评估HkCpf1双切刻系统在哺乳动物基因组中的编辑效率。结果显示：3种AsCpf1突变体均能不同程度地提高报告基因的相对活性，并具有切割DNA单链的能力。在AsCpf1 crRNA发生突变和延伸后，它们仍然具有引导AsCpf1双切刻系统切割DNA单链的能力。HkCpf1不仅可以用做构建双切刻系统还具有较高的切割活性，并且可以识别5’-YTN和5’-TYYN PAMs序列... 相似文献
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旨在利用6-羧基荧光素(6-FAM)与6-FAM单克隆抗体、生物素与链霉亲和素之间的特异性结合，制备可用于nfo酶切割探针的重组酶聚合酶(RPA)反应产物结果可视化的胶体金侧向免疫层析试纸条(GICS)。通过杂交瘤法和诱生腹水法制备了高亲和力的6-FAM单克隆抗体(亲和力常数为5.38×109 L/mol),再运用高浓度NaCl破坏试验，确定了胶体金与6-FAM抗体的最佳标记pH值为8.0,最佳抗体标记量为12μg/mL,并使用模拟样本确定了最佳检测(T)线包被缓冲液为0.2 mol/L(pH值5.0)。然后使用RPA nfo反应产物作为实际样本，观察条带的深浅，最终确定在层析液为0.1 mol/L PB(pH值7.4)、T线包被1 mg/mL SA、反应液用量5μL及金标抗体用量10μL条件下，能实现试纸条最佳检测性能。自主研发的胶体金侧向免疫层析试纸条在加样5 min后能出现清晰的条带，与目前商品化试纸条的可视化判定结果一致，能替代现有的商品化试纸条，降低检测成本、缩短检测时间，对建立RPA nfo-GICS及RPA-CRISPR Cas12a-GICS检测方... 相似文献
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《云南畜牧兽医》2020,(3)
建立西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)RT-PCR诊断方法。根据云南省新分离到的TIBOV Seg-7片段序列设计1套巢式引物为120S7F1/R1、120S7F2/R2。以TIBOV DH13C120株病毒核酸为模板,优化反应条件,建立巢式RT-PCR检测方法,并对云南省新分离的9株TIBOV进行核酸检测。分别采用外引物(120S7F1/R1)和内引物(120S7F2/R2)对TIBOV DH13C120株进行RT-PCR扩增,退火温度分别为52℃和54℃,外引物扩增出片段大小为1 050 bp条带;内引物扩增出的片段大小为500bp,扩增条带大小与设计预期相一致。而蓝舌病毒(BTV)JCC12-7株和阴性对照两轮扩增均为阴性,采用该方法对云南省新分离的9株TIBOV、2株BTV和1株鹿流行性出血热病毒(EHDV)进行检测,9株TIBOV扩增均为阳性,而BTV、EHDV和阴性对照均为阴性。建立了TIBOV巢式RT-PCR检测方法,该方法可用于云南省目前动物或媒介中流行的TIBOV核酸检测。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2021,(8)
为建立可用于临床检测猪胸膜肺炎放线杆菌(App)的方法,本研究根据App apxIVA基因3'末端保守区,设计CRISPR/Cas12a特异性gRNA,在gRNA序列与靶序列结合位点的上下游区域内,利用Primer Premier 5.0设计重组酶聚合酶扩增(RPA)引物,利用RPA引物扩增靶基因apxIVA,通过gRNA识别特异性靶基因序列,激活Cas12a蛋白单链DNA酶的切割活性,根据免疫层析试纸条检测原理设计单链DNA报告分子,使用免疫层析试纸条检测体系内报告分子是否被切割进而实现对靶基因的检测。并通过各反应条件的优化建立了一种针对APP的检测方法。反应条件优化结果显示,最佳单链DNA报告分子浓度及gRNA浓度分别为500 nmol/L、100 nmol/L;最佳孵育缓冲液为10%聚乙二醇,最佳反应时间为30 min。该方法仅对App的检测为阳性,而对副猪嗜血杆菌、猪链球菌、沙门氏菌、猪圆环病毒、猪伪狂犬病毒、猪流行性腹泻病毒的检测结果均为阴性,特异性较强;敏感性试验结果显示该方法对App重组质粒标准品的检测下限可达10拷贝/μL,比普通PCR方法敏感性高1 000倍;重复性试验结果显示,该方法对3个不同稀释度重组质粒标准品的批内和批间重复性试验检测结果均一致,重复性较好。对40份小鼠的肺脏病料样品进行检测,结果显示本研究建立的方法检出27份阳性样品,且通过试纸条即可直接观察结果。常规PCR方法检出25份阳性样品,二者的符合率为95%。本研究所建立的方法具有操作简单、快捷、结果直观,无需昂贵设备等优点,为现地快速检测该病原提供了一种切实可行的技术手段。 相似文献
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应用AFLP分子标记对6个家蚕品种的鉴定 总被引：14，自引：3，他引：11
利用AFLP分子标记技术对浙江省生产上应用的 6个家蚕品种 (包括正反交 )进行了DNA指纹分析 ,筛选出E AAC/M CTT、E ACA/M CAA、E ACC/M CTT、E AGG/M CAA及E AGG/M CTT 5对引物。这 5对引物在 6个家蚕品种中共扩增出 15 7条带 (平均每对引物扩增 31 4条带 ) ,其中有多态性带 5 4条 (平均每对引物扩增多态性带 10 8条 ) ,多态性比例为 34 4 %。通过这些多态性条带的不同组合 ,可明确将供试的 6个家蚕品种加以区分 ,并作为 6个家蚕品种鉴定的依据。 相似文献
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新疆南疆某规模奶牛场部分犊牛出生后1周左右出现严重腹泻,严重地影响了犊牛健康。为查明该牛场犊牛腹泻是否存在牛轮状病毒感染以及病毒基因类型,以及更好地防治犊牛腹泻发生。试验采集了部分腹泻犊牛的粪便样本,提取粪样病毒核酸、设计病毒特异性扩增引物,采用RT-PCR法、基因测序、核苷酸同源性分析及构建遗传进化树。结果显示,待检样本通过VP7特异性引物(VP7-1/VP7/2)和基因分型鉴定引物(VP7-1/G10-2)的RT-PCR扩增得到大小1 062 bp、715 bp目的片段,经测序及核苷酸同源性比对分析,确定该样本为轮状病毒A群G10型,结合临床诊断、病理变化确定该牛场疑似患牛存在牛轮状病毒感染,为该病防控提供了重要的理论依据。 相似文献
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采用逆转录-重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)和成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)检测系统，建立一种快速、高灵敏度和高特异性的禽流感病毒(AIV)H5亚型核酸检测新方法。通过分析342条禽流感病毒H5亚型的HA基因序列，选取保守性区域设计具有强特异性的CRISPR RNA(crRNA)序列以及RT-RAA引物，并对检测体系中的主要成分LwaCas13a蛋白、crRNA、TaqMan探针、T7 RNA Polymerase、NTP Buffer Mix含量进行优化，建立了基于RT-RAA的AIV H5亚型核酸CRISPR-Cas13a检测方法。取105～1 copies·μL-1含有目的基因的质粒标准品和其他亚型禽流感病毒以及其他禽病病毒分别验证和评价该方法的灵敏性和特异性。结果表明，本文设计的RT-RAA引物与crRNA特异且灵敏，其最佳反应体系中主要成分用量分别为LwaCas13a蛋白(60μg·mL-1)2.0μL、crRNA(100μmol·L-1)3.2μL、TaqMan... 相似文献
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禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)主要感染鸡和火鸡，引起关节炎、腱鞘炎等症状。为满足疾病早期快速诊断的需求，建立一套应用重组聚合酶核酸等温扩增技术(recombinase polymerase amplification,RPA)检测ARV的方法，使用侧向流动免疫试纸条(lateral flow dipstick,LFD)观测结果。首先针对ARV较为保守的片段M1基因设计数套引物，使用普通RT-PCR筛选出一套无非特异条带、敏感性优良的引物组建立ARV RT-RPA-LFD反应体系，优化探针浓度和反应温度，使用建立的反应体系进行特异性和敏感性试验，最后以最低检测模板浓度优化反应时间。结果显示，建立的ARV RT-RPA-LFD反应体系在探针工作浓度为0.12 mmol/L,37℃条件下反应20 min，可最低检测到1.5×101 copies/反应的ARV RNA，并且不与其他常见禽病原体核酸发生反应。使用建立的方法检测40份临床病料，发现有3份ARV阳性，与之前本实验室建立的二重qRT-PCR检测结果一致。结果表明，本研究建立的ARV RT-R... 相似文献
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为建立能同时检测牛诺瓦病毒(bovine norovirus, BNoV)和牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)的重组酶辅助扩增-侧流层析试纸条(recombinase aided amplification-lateral flow dipstick, RAA-LFD)快速检测方法。本试验按照RAA引物探针设计原则,分别针对BNoV RdRp基因和BRV VP7基因的保守区设计引物和探针,制备标准重组质粒,建立并优化RAA-LFD反应体系,同时对该检测方法进行特异性、敏感性及重复性评估,用建立的RAA-LFD法与PCR法、qPCR法分别对采集的168份腹泻犊牛的临床样本进行平行检测。结果显示,该方法可在20 min, 39℃的条件下扩增目标片段,对BNoV和BRV敏感度均为103 copies·μL-1,与PCR的检测结果基本一致,且与牛冠状病毒(bovine coronavirus, BCoV)、牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus, BVDV)和牛传染性鼻气管炎病毒(infecti... 相似文献
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为了快速、准确和简便地检测鸡传染性贫血病毒(chicken infectious anemia virus, CIAV),本研究参照GenBank中CIAV的VP2基因设计了特异的RPA引物和用于LwCas13a反应系统的crRNA,通过优化反应条件建立了检测CIAV的CRISPR/Cas13a方法，并验证了该方法的特异性、敏感性和复合性。结果显示，该法对感染鸡的其他常见病毒的检测均为阴性，特异性良好无交叉反应；灵敏度为50 copies/μL;与PCR的检测结果有很好的符合率。本研究建立的CRISPR/Cas13a检测方法配合试纸条显色在1.5 h内可对CIAV进行快速的鉴别诊断，为该病的诊断及防控净化提供了强有力的技术支撑。 相似文献
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为快速检测猪圆环病毒4型(PCV4),本研究根据PCV4的Cap基因片段保守区设计引物和探针,建立了PCV4重组酶介导核酸等温扩增荧光法(RAA),并应用该方法对40份猪组织样品进行检测。结果表明,该方法可在20 min内,42℃恒温条件下特异性检测出PCV4,以猪圆环病毒2型(PCV2)、猪圆环病毒3型(PCV3)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)等病毒核酸为模板进行反应的扩增结果均为阴性;最低检出限至7.42×101拷贝/μL,灵敏度较高。利用建立的RAA检测方法和常规PCR法分别对猪组织样本进行检测,均未检出,表明当前猪场流行率较低。综上所述,本研究建立的PCV4实时荧光RAA检测方法快速简便、特异性强、灵敏度较高,可应用于PCV4的临床筛查与流行病学研究。 相似文献
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鸭疫里氏杆菌鸭源致病性大肠埃希氏菌和鸭沙门菌的RAPD研究 总被引：5，自引：0，他引：5
以4株不同血清型的鸭疫里氏杆菌、5株不同血清型的鸭源致病性大肠埃希氏菌和5株同一血清型的鸭沙门为研究对象，分别提取基因组DNA，利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对其基因组DNA进行了分析。结果，从20条随机引物中筛选出了38条能在这3种菌中有较好多态性的随机引物，8个有效引物共扩增出了102个DNA片段，其中14个菌株共有的谱带仅有1条，显示多态性的片段有101个，占99．0％；对RA的4个菌株扩增出的谱带数为51条，共同片段有12条，多态性片段39条，占76．5％；对沙门菌的5个菌株扩增出的条带数为46条，共同片段为13条，多态性片段33条，占71．79／6；对大肠埃希氏菌的5个菌株扩增出的条带数为48条，共同片段4条，多态性片段44条，占91．7％。在8条引物中进一步筛选出1条引物G12，其图谱中535bp的条带为鸭疫里氏杆菌所特有，330bp的条带为沙门菌所特有，1227bp的条带为大肠埃希氏所特有，表明G12可作为分子标记用来鉴别这3种细菌。 相似文献
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为建立兔多杀性巴氏杆菌(Pm)和兔出血症病毒(RHDV)的双重PCR检测方法，本研究根据Pm kmt1基因和RHDV VP60基因保守区域，设计2对特异性引物，经PCR分别扩增Pm kmt1基因和RHDV VP60基因保守区域，构建重组质粒p MD-Pm和p MD-RHDV，并经菌液PCR和测序鉴定后作为重组质粒标准品。经各反应条件优化后初步建立了检测Pm和RHDV的双重PCR方法。反应条件优化结果显示，该方法的最适退火温度为59℃，扩增kmt1和VP60基因的最优引物浓度均为0.5μL (10μmol/L)。对Pm和RHDV及其他病原包括兔源支气管败血波氏杆菌、产气荚膜梭菌等20种相关病原的特异性试验结果显示，除Pm和RHDV有特异性扩增条带外，其余相关病原均无扩增条带，特异性较强。将两种重组质粒标准品分别10倍倍比稀释并等体积混合后作为模板，经该双重PCR方法扩增。结果显示，该方法对p MD-Pm的检测限为17.9拷贝/μL，对p MD-RHDV的检测限为1 260拷贝/μL，敏感性较高；对两种病原的DNA和cDNA混合物的批内和批间重复性试验结果均一致，重复性较好。对100份临床... 相似文献
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《中国预防兽医学报》2020,(3)
为建立一种简便、快捷的现地检测鲤浮肿病毒(CEV)的方法,本研究联合重组酶介导扩增(RAA)和侧向流试纸条(LFD)技术,在优选的RAA下游引物和探针的5'端分别进行Biotin和FAM标记,通过RAA反应时间和温度等条件的优化,建立了可用于CEV现地检测的RAA-LFD方法。该检测方法在34℃～40℃恒温反应10 min即可实现对CEV目的基因片段的有效扩增;与其它常见水生动物疫病病原DNA无交叉反应;RAA扩增产物可以直接对LFD经肉眼观察结果,该方法对标准质粒pEASY-CEVP4a的最低检测限为6拷贝/μL,与荧光定量PCR灵敏度相当;组内和组间重复性试验表明该方法具有良好的重复性和稳定性;采用该方法和荧光定量PCR对60份临床样本同时进行检测,二者的阳性符合率为96.08%。本研究建立的RAA-LFD检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好、操作方便,可用于CEV的临床快速检测。 相似文献