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《畜牧与兽医》2017,(6):15-19
应用MHC-B区域复合微卫星位点LEI0258研究麒麟鸡的遗传多样性与进化,40份麒麟鸡样品用于等位基因与核苷酸多态性分析与构建中介网络图。共检测到12个等位基因,长度范围为193~489 bp,其中6个为麒麟鸡所特有。观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为0.800、0.840和0.811。5个等位基因与11种已知MHC血清型相对应。联合已发表的序列,基于侧翼区变异信息的中介网络图将等位基因分为5个进化枝,麒麟鸡在这些进化枝均有分布,A、B和E进化枝同样存在于红原鸡中。结果表明麒麟鸡保持着较高的遗传多样性水平,提示可能存在多起源,其祖先为红原鸡。 相似文献
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华南家鸡MHC-B区域复合微卫星位点LEI0258的遗传多样性与进化研究 总被引：1，自引：0，他引：1
《畜牧兽医学报》2016,(11)
旨在应用MHC-B区域复合微卫星位点LEI0258研究华南家鸡的遗传多样性与进化历史。以华南地区和邻省家鸡及商品鸡为试验材料,对微卫星位点LEI0258进行基因分型和测序,分析其遗传多样性和构建中介网络图。结果表明,580份样品共检测到LEI0258的62个等位基因,长度范围为182~501bp,其中37个为首次发现。华南家鸡LEI0258保持着较高的遗传多样性水平,观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为0.813、0.960和0.957。中山沙栏鸡、文昌鸡和五华三黄鸡的遗传多样性水平明显高于广西三黄鸡。LEI0258的28个等位基因与27种已知MHC血清型相对应。基于LEI0258侧翼区变异信息的中介网络图将62个等位基因分为8条进化枝,其中3条进化枝同样存在于红原鸡中,提示华南家鸡主要起源于红原鸡。部分等位基因存在于特定鸡品种中,可作为品种鉴定的参考依据。结果提示,微卫星位点LEI0258适用于地方鸡群体遗传多样性、血清型鉴定、品种鉴定和进化研究。 相似文献
3.
《中国畜牧杂志》2017,(2)
以岭南黄鸡为参照,利用微卫星位点检测贵妃鸡和麒麟鸡的遗传多样性,评估群体遗传资源现状。结果表明:26个微卫星位点在30个贵妃鸡、40个麒麟鸡和30个岭南黄鸡个体中共检测到197个等位基因,每个位点的等位基因范围为3个(MCW0037、MCW0165、MCW0098)~19个(LEI0234),平均7.58;总体平均期望杂合度为0.6816,平均观察杂合度0.5625,平均多态信息含量0.6327;岭南黄鸡的遗传多样性最高,麒麟鸡次之,贵妃鸡最低;3个群体均偏离了哈迪-温伯格平衡;贵妃鸡和麒麟鸡的群体内近交系数高于岭南黄鸡,表明前者的近亲交配事件较频繁;麒麟鸡群体内的遗传分化系数(均值0.2433)和岭南黄鸡(0.2281)大于贵妃鸡(0.0359),表明后者的有效群体较小。在后续的品种选育工作中应当加强亲本亲缘关系的评估,提高选育群体的有效数量,尽量减少近亲交配。 相似文献
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运用微卫星标记对淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡和五华鸡3个地方品种遗传多样性进行了分析。在5个座位中,共检测到23个等位基因数,平均有效等位基因数为1.5396,杂合度为0.2920,多态信息含量为0.4156。3个地方品种中,淮南麻黄鸡遗传多样性最低,五华鸡遗传多样性最高。根据5个微卫星座位等位基因频率计算群体遗传一致度和标准遗传距离并构建系统发生树,五华鸡与皖南三黄鸡遗传关系最近,皖南三黄鸡与淮南麻黄鸡最远。研究结果与这些地方品种的地理分布、育成历史相一致,同时也佐证了微卫星标记是研究鸡群体遗传关系的一个有用工具。 相似文献
6.
为了分析沂蒙地区饲养的家禽品种资源分类进化、种群遗传结构,试验对14个微卫星位点进行分析,检测琅琊鸡、济宁百日鸡、清远麻鸡、莱芜黑鸡及沂蒙草鸡的遗传多样性。结果表明:沂蒙草鸡的平均观察杂合度和多态信息含量(PIC)最高,分别为0.546,0.504,平均等位基因数为5.23;而琅琊鸡的平均观察杂合度和PIC最低,分别为0.434,0.311,平均等位基因数为3.45。各微卫星位点等位基因数在不同品系中差异不显著,品种间遗传距离范围为0.122～0.589,差异程度较大。沂蒙草鸡和琅琊鸡遗传距离最近,为0.122;清远麻鸡与其他品种鸡的遗传距离均较远,为0.442～0.589。相关分析结果表明,沂蒙草鸡与其他4个品种鸡呈现中度差异。 相似文献
7.
江西7个地方鸡品种遗传多样性的微卫星分析 总被引：5，自引：1，他引：5
选用30个多态性较好的微卫星标记．检测了丝毛鸟骨鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡、余干乌骨鸡、瓦灰鸡、崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡等江西省7个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（h）、多态信息含量（PIC）、群体间的Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离。结果表明．30个微卫星位点中有24个微卫星位点在7个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态．可作为有效的遗传标记用于鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析；在7个品种中．杂合度最低的是余干乌骨鸡．为0．6155．杂合度最高的是崇仁麻鸡．为0．6525，各地方鸡品种的杂合度都偏高，反映了群体的遗传多样性非常丰富；7个鸡品种间的DA、Ds遗传距离远近关系一致．但DA距离均比Ds距离大；用UPGMA法对DA和Ds的聚类结果相同．7个鸡品种被聚为3类．余干乌骨鸡、瓦灰鸡、康乐鸡、宁都三黄鸡聚为一类．崇仁麻鸡、东乡绿壳蛋鸡聚为一类．丝毛乌骨鸡独自为一类。 相似文献
8.
野生天山马鹿哈密种群微卫星遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解野生天山马鹿哈密种群的微卫星多态性,本文选用5对微卫星标记引物,利用粪便DNA分析法、PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率（JP）、有效等位基因数（M）、群体杂合度（1te）、多态信息含量（PIC）和遗传距离,对冬季采集的201份天山马鹿粪便进行了研究,评价了其遗传多样性和系统进化分析。结果表明：成功提取I）NA的194份粪便分属140个体;种群平均等位基因4．200±0．837;平均有效等位基因数3．2167±0．0236;平均多态信息含量0．6332±0．0017;平均期望杂合度0．694±0．035;平均观察杂合度0．792±O．063。整个种群没显著偏离Hardy—Weinberg平衡,种群剧定系数Fis为一0．238。从此可见,野生天山马鹿哈密种群具有比较丰富的遗传多样性. 相似文献
9.
为了研究重庆地方鸡品种的遗传多样性,试验采用将微卫星标记与荧光标记引物测序相结合的技术进行基因分型,计算各群体在每个位点上的等位基因频率,以及各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:在12个微卫星位点中共检测到88个等位基因,Ne在3.158 5～8.480 6之间,位点平均杂合度在0.416 7～0.875 0之间,品种平均杂合度在0.587 3～0.722 5之间,平均杂合度最高的是南川鸡,最低的是城口山地鸡;3个鸡品种在12个微卫星位点上的基因频率存在明显差异,H为0.659 9,PIC为0.741 2;聚类分析显示,南川鸡和大宁河鸡聚为一类,城口山地鸡独自聚为一类。 相似文献
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HUANG Xun-he ZHANG Jin-feng CHEN Jie-bo YE Wei-qing LI Wei-na ZHONG Fu-sheng DU Bing-wang 《中国畜牧兽医》2016,43(12):3300-3305
The aim of this study was to evaluate the polymorphism and evolution in royal chicken using the tandem repeat microsatellite LEI0258 located within the chicken major histocompatibility complex B region (MHC-B). Genomic DNA was extracted from forty blood samples of royal chicken and used to be genotyped and sequenced. Combining the published sequences,the analysis of allele and nucleotide polymorphism and median-joining network were carried out. A total of nine alleles ranging from 193 to 297 bp in 40 samples were found,five of which was novel for royal chicken. The observed heterozygosity,expected heterozygosity and polymorphic information content were 0.625,0.716 and 0.666,respectively. Three alleles were corresponding to six available serotypes. Alleles were classified into five clusters,based on the SNPs and indels found within the sequences flanking the repeats. The alleles of royal chicken existed in clades A and B,both of which were also found in Red junglefowl. The results suggested that royal chicken had a middle or high level of genetic diversity in microsatellite LEI0258,and that might originate from Red junglefowl. 相似文献
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利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性 总被引：2，自引：0，他引：2
利用30个微卫星DNA标记对3个江苏地方鸡品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数和遗传距离，评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关。结果表明：江苏的3个品种在30个微卫星上共发现196个等位基因，其中96个等位基因为三个品种共有，47个等位基因为各品种所特有；3个地方鸡品种的平均杂合度：狼山鸡为0．655，鹿苑鸡为0．681，溧阳鸡为0．687；狼山鸡与溧阳鸡的遗传距离较小，而两鸡与鹿苑鸡的遗传距离较远。 相似文献
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应用微卫星标记对12个中国地方乌骨鸡品种遗传多样性的研究 总被引：9，自引：11，他引：9
利用27个微卫星DNA标记对12个地方乌骨鸡品种进行遗传多样性分析，通过计算等位基因频率、多态信息含量、杂合度、有效等位基因数和遗传距离，评估各品种内遗传变异和各品种间遗传相关，并根据遗传距离对12个鸡品种进行了聚类分析。结果表明，各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富，并具有较高的选择潜力。平均杂合度最高的是竹乡鸡，为0．670；最低的是江山乌骨鸡，为0．581。27个微卫星标记中4个为中度多态座位，1个低度多态座位，22个为高度多态座位；LEI0234与LEI0192分别检测到了10．3与12．2个等位基因。以标准遗传距离为准，遗传距离最近的为沐川乌骨鸡与略阳鸡，为0．1002，而乌蒙乌骨鸡与略阳鸡最远，为0．2546。通过UPG—MA法聚类后，略阳鸡、沐川乌骨鸡、兴文乌骨鸡、盐津乌骨鸡、竹乡鸡首先聚为1类，江山乌骨鸡、郧阳白羽乌鸡、余干乌骨鸡聚为1类；金湖乌凤鸡、丝绒乌骨鸡和丝毛乌骨鸡聚为第3类；乌蒙乌骨鸡独为一类。 相似文献
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部分地方鸡种微卫星DNA指纹分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用20个微卫星标记对我国19个地方鸡种保种群进行了遗传检测,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明:20个微卫星标记在19个地方鸡种保种群共检测到184个等位基因,平均为9.2个,基因频率分布在0.013-0.838之间。19个地方鸡种平均杂合度在0.5824-0.7432之间。其中藏鸡最高,白耳鸡最低。平均多态信息含量在0.5238-0.7023之间,均大于0.5,表现为高度多态性;19个鸡种聚为6类。各鸡种的遗传距离及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的,从而表明用该方法分析品种间的亲缘关系是可行的。 相似文献