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试验旨在研究参与激素调节并调控卵巢功能的可能基因,挑选候选基因G蛋白偶联受体1（G protein-coupled receptor 1）,深入研究其是否参与激素调节。根据转录组测序获得的京海黄鸡GPR1基因的CDS序列设计一对引物,利用实时荧光定量RT-PCR方法,检测GPR1基因在高、低产京海黄鸡卵巢组织中的表达情况,并与生物信息学进行关联,使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GPR1基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因所编码蛋白质的二、三级结构。结果显示,京海黄鸡与GenBank中原鸡、人、牛、野猪、黑猩猩、家兔、马、绵羊、藏羚羊、大鼠、小鼠、斑马鱼的同源性分别为100.0%、69.0%、69.1%、69.3%、68.9%、69.6%、69.2%、68.8%、68.9%、67.5%、69.0%和50.3%;氨基酸分析发现GPR1蛋白为疏水性蛋白,分子质量为40.41 ku,理论等电点为6.91,为7次跨膜蛋白;亚细胞定位显示,该蛋白属于非分泌蛋白;预测该蛋白含有25个潜在的磷酸化位点,1糖基化位点;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构为7次跨膜螺旋结构;组织表达分析显示,GPR1基因在低产组的表达情况极显著高于高产组（P<0.01）。本试验结果将有利于GPR1基因功能的进一步分析,为研究该基因对京海黄鸡产蛋性状的调控机理提供理论依据。 相似文献
2.
【目的】分析2-脱氧-D-核糖-5-磷酸醛缩酶(2-deoxyriboaldolase, DERA)CDS区序列特征及其在静原鸡不同组织和不同生长发育时期的表达水平,为进一步研究DERA基因在静原鸡肌肉中的调控机制提供参考。【方法】以42日龄静原鸡胸肌cDNA为模板,克隆DERA基因完整CDS区,测序并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测DERA基因在静原鸡不同生长发育阶段(7、42、126、180日龄)胸肌、腿肌和42日龄不同组织(心脏、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、胸肌和腿肌)中的表达水平。【结果】静原鸡DERA基因CDS区全长699 bp,编码232个氨基酸,与环颈雉的相似性最高,为99.1%,表明DERA蛋白氨基酸序列在进化过程中保守性较高。DERA属于稳定蛋白,平均亲水系数为0.175,属于疏水性蛋白;存在跨膜结构,没有信号肽,属于跨膜蛋白。蛋白结构域是一种deoC/LacD家族醛缩酶域,二级结构包含α-螺旋、延伸链和无规则卷曲。蛋白互作网络分析表明,DERA蛋白与PGM2、TPI1、TKT等蛋白存在互作关系。DERA基因在静原鸡肾脏、胸肌、腿肌、心脏、肝脏、肺脏、脾... 相似文献
3.
鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只（高产组4只、低产组4只）300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。 相似文献
4.
为探究C-C基序趋化因子配体4(C-C motif chemokine ligand 4,CCL4)基因特点及其在藏鸡各组织中表达水平差异情况。以藏鸡作为研究对象,使用RT-PCR技术克隆藏鸡CCL4基因并进行生物信息学分析,然后利用qPCR技术检测CCL4在藏鸡不同日龄不同组织中的表达情况并构建组织表达谱。结果表明:藏鸡CCL4基因长度为633 bp,其中开放阅读框长270 bp,编码89个氨基酸;藏鸡CCL4基因的核苷酸和氨基酸序列与原鸡同源性为100%;CCL4基因在藏鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和腿肌中均有表达,在脾脏中表达量相对较高。该研究为进一步了解CCL4基因的功能和藏鸡的免疫特性提供理论依据。 相似文献
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本文旨在研究云上黑山羊多羔性状相关基因WNT11的分子结构特征，结合该基因在高/低产云上黑山羊群体中表达特性及其组织表达谱，分析该基因在多羔性状中的功能。本研究采集20只云上黑山羊高产（H）/低产（L）组个体卵泡期卵巢、下丘脑、垂体、子宫、输卵管组织和血液，分别提取DNA和RNA，随后将RNA反转录成cDNA，设计WNT11特异性引物进行PCR扩增和测序，获得CDS区序列后运用生物信息学方法对序列结构进行分析；以山羊RPL19基因作为内参，在不同组织中使用实时荧光定量进行组织表达谱分析，并在H和L组卵巢组织中对WNT11基因的表达量进行检测。实验结果显示，WNT11基因CDS区全长1 176 bp，共编码391个氨基酸，该基因编码蛋白的二级结构主要由α-螺旋、β-片层延伸、β-转角及无规则卷曲4种结构组成；同源性分析显示，云上黑山羊WNT11基因与绵羊、牛的相似性最高（分别为100%、98.11%），与其他动物相似性也在92.18%～96.51%；组织表达谱显示，WNT11基因在云上黑山羊子宫中表达量最高。RT-qPCR分析表明，WNT11 mRNA在高产云上黑山羊卵巢组织中的表达量显... 相似文献
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藏鸡KLF15基因克隆、组织表达谱及其表达与肌内脂肪含量相关性的研究 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在获得藏鸡KLF15基因序列,阐明其组织和时序表达谱,并分析该基因表达与肌内脂肪(IMF)含量的关系。本研究选取1、81、119、154、210日龄健康公母藏鸡各5只为试验动物,利用RT-PCR技术克隆KLF15基因,利用生物信息学软件分析基因生物学特征,利用实时荧光定量PCR(fluorescence quantitative PCR,qPCR)检测KLF15基因在藏鸡不同组织、不同发育阶段的表达谱,并分析其表达水平与肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量的相关性。结果显示,克隆得到藏鸡KLF15基因序列长度为1 288bp(GenBank登录号:KY747450),开放阅读框为1 212bp,编码403个氨基酸,是具有3个锌指结构的亲水不稳定碱性蛋白质。藏鸡KLF15基因与原鸡的核苷酸和氨基酸的同源性均为99%。KLF15mRNA在藏鸡各个组织中广泛表达,但在肺组织中表达水平最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。KLF15mRNA在1日龄藏鸡胸肌组织中的表达水平高于其他各日龄段,并随着日龄的增长呈下降趋势;在119日龄腿肌组织中的表达水平最高,且整体表达水平的变化都呈先下降后上升再下降的趋势。藏鸡公鸡154日龄前KLF15基因的表达水平与其对应的IMF含量呈正相关,154日龄以后则呈负相关;藏鸡母鸡在各个日龄段则主要表现为微弱的负相关。上述结果为进一步揭示KLF15基因在藏鸡IMF沉积中的作用提供重要数据。 相似文献
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为了研究鹅FoxO1（forkhead box O1）基因的功能,根据GenBank已收录的鸡（Gallus gallus）、人（Homo sapiens）和小鼠（Mus musculus）等物种FoxO1基因序列的同源保守区域,设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆鹅FoxO1基因cDNA序列,并对基因序列进行了生物信息学分析。结果表明,成功克隆得到了鹅FoxO1基因cDNA序列,通过BLAST比对,鹅FoxO1基因与原鸡、人、小鼠的核苷酸序列同源性分别为97%、83%、82%,FoxO1基因在四川白鹅中表达水平总体表现为：皮脂＞腹脂＞腿肌＞胸肌＞肝脏。因此,FoxO1基因在多个组织中都有表达,且表达差异较大。 相似文献
8.
《畜牧兽医学报》2017,(7)
旨在获得藏鸡FTO基因序列,并分析其生物学特性,阐明其组织及时序表达规律,同时揭示该基因在不同发育阶段肌肉组织中的表达水平与肌内脂肪含量的关系。选取1~210日龄健康藏鸡为试验材料,采集心、肝、脾、肺、肾、胸肌、腿肌和皮下脂肪组织样品,提取组织总RNA,利用RT-PCR方法克隆FTO基因序列,同时利用实时荧光定量PCR检测其在各组织及不同发育阶段的mRNA表达丰度,并将其表达量与肌内脂肪含量进行相关分析。结果表明,获得藏鸡FTO的基因序列长1 585bp(GenBank登陆号:KY366175),其中CDS为1 524bp,5′UTR 35bp和3′UTR 26bp,编码507个氨基酸,具有一个N端结构域和一个C端结构域。藏鸡与原鸡FTO氨基酸相比发生了6个氨基酸突变。FTO基因在藏鸡的各个组织中广泛表达,在脾组织中的表达水平极显著高于其他组织(P0.01),在脂肪组织和肺组织也存在较高水平的表达。时序表达谱显示,FTO基因在藏鸡胸肌和腿肌具有不同的表达模式,在胸肌中的表达水平随生长日龄的增加呈逐渐下降的趋势,而在腿肌中的表达水平随生长日龄的增加呈先上升后下降的趋势。藏鸡在不同发育阶段,不同肌肉组织中FTO基因表达水平与IMF含量具有不同程度的相关性,其中FTO基因表达水平与藏鸡胸肌IMF含量呈负相关,并且在母鸡中的相关性达到显著水平(P0.05)。而公鸡FTO基因表达水平与腿肌IMF含量呈正相关(在119~210日龄阶段r=0.601,P0.05),母鸡则相反。研究结果提示,FTO基因可能在藏鸡生长发育过程中对肌内脂肪沉积起重要调控作用,本试验结果将为藏鸡FTO基因的结构和功能的进一步研究奠定基础。 相似文献
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本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09 Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。 相似文献
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《畜牧与兽医》2020,(11)
旨在研究太行鸡血管活性肠肽受体-1(VIPR-1)基因的分子结构和特征,并结合该基因在高/低产蛋群体中的表达特性及其组织表达谱分析其功能。采集260日龄太行鸡高产(H)/低产(L)组个体血液、卵巢组织和内脏组织,分别提取DNA和RNA,随后将RNA反转录,设计VIPR-1特异性引物进行PCR扩增、克隆、测序,获得CDS区序列后运用生物信息学方法对序列结构进行分析;以鸡GAPDH基因作为内参,在不同组织中使用半定量RT-PCR进行组织表达谱分析;在H和L组卵巢组织中使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对VIPR-1基因的表达量进行检测。结果显示,VIPR-1基因CDS区全长1 341 bp,共编码446个氨基酸,该基因编码蛋白的二级结构主要由α-螺旋、延伸、β-旋折叠及无规则卷曲4种结构组成;同源性分析显示,太行鸡VIPR-1基因与鸭、火鸡的同源性最高(分别为92.24%、90.11%),与其他动物一致性也在64.51%～67.18%之间。组织表达谱显示,VIPR-1基因在太行鸡卵巢中表达量最高;qRT-PCR分析表明,VIPR-1 mRNA在高产太行鸡卵巢组织中的表达量显著高于低产太行鸡(P0.05)。本研究为进一步探讨VIPR-1基因在家禽产蛋性能中的调控作用提供了依据,为后期深入研究蛋鸡产蛋分子机制奠定基础。 相似文献
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ZHANG Xiang-qian DONG Xin-long LING Jiao-jiao HAN Kun-peng ZHANG Tao WANG Jin-yu WANG Yong-juan 《中国畜牧兽医》2016,43(7):1702-1708
HOX genes express in nearly all eukaryotic cells such as yeast and human.To study tissue expression and bioinformatics of HOXC10 gene,the samples of heart,liver,spleen,lung,kidney,chest muscle,leg muscle,hypothalamus and ovary tissues were collected from 6 Jinghai Yellow chicken with 8-week-old to analyze the expression pattern of HOXC10 gene in different tissues by qRT-PCR method,and the different expression level were detected in ovary of 300 days old chickens in high yield group and low yield group.The bioinformatics of HOXC10 gene were analyzed by a variety of online softwares of Gallus gallus.The result showed that the expression level of HOXC10 gene in leg muscle was extremely significantly higher than that in other tissues of Jinghai Yellow chicken (P < 0.01);And it's expression level in low yield group was significantly higher than that in high yield group (P < 0.05);HOXC10 gene of Gallus gallus shared 77.4%,94.8%,98.6%,68.3%,67.9%,66.0%,59.0%,68.1% and 79.4% with Meleagris gallopavo,Columba,Anas platyrhynchos,Homo sapiens,Mus musculus,Bos taurus,Sus scrofa,Capra aegagrus hircus and Xenopus laevis,respectively;HOXC10 gene encoded 354 amino acids in which serine was the most abundant;There were 24 potential phosphorylation sites and a HD in 280 to 342 position of amino acid sequence;The subcellular of the encoding protein was mainly located in the cell nucleus,and it had no cross membrane structure.HOXC10 gene might play an important role in regulation network of growth and reproduction in Jinghai Yellow chicken. 相似文献
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本试验根据GenBank中公布的原鸡肌细胞生成素（myogenin,MyoG）基因序列设计1对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆MyoG基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析MyoG 基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构和三级结构。最终获得了包括编码区在内的长754 bp的MyoG基因序列,生物信息学分析显示,京海黄鸡MyoG基因的保守性较低,与GenBank中原鸡、火鸡、鹌鹑、马、人、野猪、牛、山羊、大鼠、绵羊的同源性分别为99.7％、94.4％、92.0％、70.0％、70.0％、73.3％、69.0％、67.9％、67.8％、73.5％;氨基酸分析发现,MyoG蛋白为水溶性蛋白,分子质量为25854 u,理论等电点为5.46,不属于跨膜蛋白;亚细胞定位显示,大部分蛋白位于细胞质内,不属于分泌蛋白;预测含有6个潜在的磷酸化位点,1段碱性序列,1段HLH序列,1段低复杂度序列;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构显示MyoG蛋白的结构域呈螺旋状。 相似文献
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肌肉生长抑制素(MSTN)是骨骼肌发育的负性调控因子,本研究用RT-PCR方法克隆藏鸡MSTN编码基因,用半定量RT-PCR方法检测MSTN mRNA在藏鸡腿肌等10个组织的表达情况.结果显示,藏鸡MSTN DNA长1128 bp,编码375个氨基酸.藏鸡与原鸡氨基酸序列一致率为99.7％,有6个同义突变和1个非同义突变的氨基酸差异.MSTN mRNA在腿肌、胸肌、心脏、肾脏、睾丸、卵巢、胃中均检测到表达,脂肪、肝脏、肺中未检测到MSTN mRNA表达.MSTN mRNA表达水平由高到低的顺序为:腿肌、胸肌、心脏、肾脏、睾丸、卵巢和胃. 相似文献
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本试验根据GenBank公布的原鸡（Gallus gallus）促性腺激素释放激素1(gonadotropin releasing hormone 1,GnRH1)基因mRNA序列设计1对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡下丘脑组织克隆GnRH1基因编码区序列,对其进行生物信息学分析,并构建原核表达载体pET32a-GnRH1,在大肠杆菌BL21感受态细胞中表达。最终获得了包括编码区、大部分启动子区和部分3′区域在内的长度为352 bp京海黄鸡GnRH1基因序列,该核酸序列与火鸡、鸽子、人、牛、野猪、山羊、绵羊、藏羚羊、马和大鼠的GnRH1基因序列同源性分别为93%、81%、54%、58%、61%、76%、76%、59%、76%和66%。酶切测序鉴定结果显示,成功构建了原核表达载体pET32a-GnRH1;SDS-PAGE检测结果显示,构建的重组质粒在大肠杆菌BL21感受态细胞中成功表达,分子质量为25～28 ku,且上清表达量高于沉淀;Western blotting检测结果显示,在大肠杆菌BL21感受态细胞中表达的蛋白为目的蛋白,且主要为可溶性表达。结果表明,成功克隆了京海黄鸡GnRH1基因,构建了GnRH1原核表达体系,并成功表达目的蛋白,为后续相关研究打下了基础。 相似文献
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本研究旨在寻找甲状腺激素应答蛋白Spot14α(thyroid hormone responsive Spot14α,THRSPα)基因的多态位点,并分析其对京海黄鸡屠体和腹脂性状产生的影响。针对THRSPα基因外显子区,利用PCR-SSCP结合测序技术对379只140日龄京海黄鸡进行SNP检测,结果发现,该基因第1外显子区存在9 bp插入缺失多态位点,形成3种基因型：AA、AB和BB,2种等位基因：A、B,基因频率分别为0.4485、0.5515。相关分析结果表明,该位点对京海黄鸡140日龄活重、屠体性状（包括屠体重、头重、脚重、翅重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重）和腹脂性状均没有显著影响(P>0.05)。因此推断该多态位点在京海黄鸡分子辅助标记育种中不能作为屠体和腹脂性状筛选的候选分子辅助标记。 相似文献
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研究采用DNA池直接测序法寻找边鸡催乳素基因外显子5区域的多态位点。用PCR-RFLP技术检测发现的Taq I位点在边鸡以及3个对照鸡品种(京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡)中的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行相关性分析。结果表明:在外显子5区域检测到3个突变位点(C5749T、T5821C、C5956T)。T5821C位点经Taq I酶切显示3种基因型(AA、AB和BB)。在4个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析表明,边鸡3种基因型个体的繁殖性状无显著差异(P>0.05)。 相似文献
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本试验通过比较原鸡（♂）与文昌鸡（♀）杂交F1和F2代肉质性状,探讨原鸡与文昌鸡杂交改良肉质的效果。选用健康、体重相近的1日龄原鸡（♂）与文昌鸡（♀）杂交F1代和杂交F1代（♂）与文昌鸡（♀）杂交F2代肉鸡各60只,随机分为2组,每组3个重复,每个重复20只鸡。饲喂相同日粮,试验第90、120 天时,每个重复随机取10只鸡进行屠宰,取胸肌和腿肌样本测定肉质性状相关指标。结果表明,除90日龄F1和F2代胸肌和腿肌pH、胸肌剪切力及120日龄F1和F2代胸肌和腿肌24 h的滴水损失、剪切力和腿肌pH24 h差异不显著外（P＞0.05）,其他肉质物理性状指标均差异显著（P＜0.05）;而对肌肉组织学而言,除120日龄F1和F2代腿肌的肌纤维直径和肌纤维密度差异不显著外（P>0.05）,其他处理间均差异显著（P＜0.05）,F2代肌纤维密度高于F1代,尤其母鸡杂交优势更明显;在肌肉化学方面,除120日龄腿肌粗脂肪含量各杂交后代差异显著外（P＜0.05）,90和120日龄杂交后代胸肌和腿肌的干物质、粗蛋白质、粗脂肪和胆固醇含量均无显著差异（P＞0.05）,无显著杂交优势。提示,原鸡与文昌鸡杂交F2代更适合作为优质肉鸡开发利用,120日龄出栏较适宜。 相似文献
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根据鸡MC4R mRNA和看家基因β-actin mRNA序列,分别设计1对引物,以半定量RT-PCR法研究不同品种鸡肾上腺中MC4R基因mRNA表达水平,并分析了其与屠宰性状间的相关关系。结果表明,京海黄鸡公鸡MC4R基因在肾上腺中的表达水平显著高于尤溪麻鸡公鸡（P＜0.05）;京海黄鸡公鸡的胴体重、胸肌重、腿肌重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在极显著相关（P＜0.01）;尤溪麻鸡公鸡的胴体重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在极显著相关（P＜0.01）,胸肌重、腿肌重与MC4R基因在肾上腺中表达水平存在显著相关（P＜0.05）。 相似文献