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1.
试验参考鲤鱼γ-2β干扰素(interferon γ-2β,IFNγ-2β)全长cDNA序列,在其两侧非翻译区和外显子设计2对引物,以提取的鲤鱼脾脏基因组DNA为模板进行PCR扩增,获得了IFNγ-2β的全长基因DNA序列。结果表明,获得的基因组DNA全长2084 bp,GenBank登录号为JX181981,序列分析结果显示该基因进化较保守,和其他物种一样都含有4个外显子和3个内含子,各外显子碱基数与哺乳动物中相对应的外显子碱基数基本相同,且外显子、内含子剪接位点均遵守GT-AG规则。 相似文献
2.
花鲈和西伯利亚鲟生长激素/类胰岛素样生长因子-Ⅰ轴相关基因全长cDNA的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆花鲈(Lateolabrax japonicus)和西伯利亚鲟(Acipenser baerii Brandt)生长激素(GH)和生长激素受体(GHR)cDNA全长序列。结果显示:花鲈GH(Gen Bank登录号JQ995145)cDNA全长949bp,开放阅读框615 bp,编码204个氨基酸,预测分子质量为23.06 ku,与其他物种的相似性为36.0%~90.2%;花鲈GHRⅠ(Gen Bank登录号JX402001)cDNA全长3 070 bp,开放阅读框1 911 bp,编码637个氨基酸,预测分子质量为70.79 ku,与其他物种的相似性为32.2%~86.2%;花鲈GHRⅡ(Gen Bank登录号JQ995146)cDNA全长2 926 bp,开放阅读框1 749 bp,编码582个氨基酸,预测分子质量为64.42 ku,与其他物种的相似性为30.8%~81.4%。西伯利亚鲟GH(Gen Bank登录号JX003684)cDNA全长999 bp,开放阅读框645 bp,编码214个氨基酸,预测分子质量为24.14 ku,与其他物种的相似性为38.3%~70.1%;西伯利亚鲟GHR(Gen Bank登录号JX003685)cDNA全长2 283 bp,开放阅读框1 716 bp,编码571个氨基酸,预测分子质量为63.41 ku,与其他物种的相似性为39.5%~49.2%。花鲈和西伯利亚鲟GH和GHR cDNA全长序列的获得为进一步研究鱼类GH/类胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)轴对生长发育的调控机制奠定了科学基础。 相似文献
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野桑蚕钠离子通道蛋白基因Bmmpara的克隆与选择性剪接 总被引：1，自引：0，他引：1
昆虫的钠离子通道蛋白是许多神经毒性药物的作用靶标。根据家蚕钠离子通道蛋白基因(GenBank登录号:EU688970)序列设计引物,分段RT-PCR克隆了野桑蚕钠离子通道蛋白基因Bmmpara(GenBank登录号:EU688972)。序列分析表明,Bmmpara基因的cDNA长5553bp,编码1851个氨基酸,与家蚕基因组序列比对,存在34个外显子,其中第2、22、27外显子存在选择性剪接。根据Bmmpara序列和家蚕基因组序列设计引物,采用PCR方法克隆到3段野桑蚕基因组序列,长度分别为1632、536和3220bp。进一步将Bmmpara编码氨基酸序列与野桑蚕基因组比对,发现有a(ENDLGRTKKKK)、b(GL-KAALCGRCVSS)、c(SLINFVAALCGAGGIQAFKTMRTLRALRPLRAMSRMQGMRV)3个选择性微外元,可能存在6种选择性剪接,构成野桑蚕钠离子通道蛋白不同亚型。 相似文献
4.
通过RT-PCR和RACE方法克隆了山羊Hspb10基因cDNA序列并进行了序列分析。结果表明:山羊Hspb10 cDNA全长1 056 bp,编码区全长780 bp,共编码259个氨基酸,提交至GenBank数据库中,收录号为JX067553。用Clustal W方法比对不同物种氨基酸序列同源性,山羊Hspb10与牛的同源性最高,核苷酸和氨基酸序列相似性分别为93.4%和96.5%;编码氨基酸序列BLAST比对结果也表明,哺乳动物Hspb10氨基酸序列极为保守,与禽类差异较大。获得山羊Hspb10 cDNA序列,可以为分子水平上研究山羊Hspb10的生物学功能奠定基础。 相似文献
5.
《动物营养学报》2015,(9)
本试验采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆花鲈(Lateolabrax japonicus)调控摄食因子雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、核糖体蛋白S6激酶beta-1(S6K1)、神经肽Y前体(NPY precursor)和脑肠肽前体(preproghrelin)cDNA全长序列。结果显示:花鲈mTOR(GenBank登录号KJ746670)cDNA全长8 296bp,开放阅读框7 551bp,编码2 516个氨基酸,预测其分子质量为286.14ku,与其他物种的相似性为62.0%~98.0%;S6 K1(GenBank登录号KJ746671)cDNA全长2 232bp,开放阅读框1 539bp,编码512个氨基酸,预测其分子质量为56.87ku,与其他物种的相似性为80.4%~84.9%;NPY precursor(GenBank登录号KJ850326)cDNA全长676bp,开放阅读框300bp,编码99个氨基酸,预测其分子质量为11.26ku,与其他物种的相似性为53.6%~99.0%;preproghrelin(GenBank登录号KJ850327)cDNA全长1 201bp,开放阅读框324bp,编码107个氨基酸,预测其分子质量为12.03ku,与其他物种的相似性为19.6%~85.0%。花鲈摄食调控因子cDNA全长序列地获得将为进一步研究其摄食调控机理奠定基础。 相似文献
6.
本试验采用简并引物反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆西伯利亚鲟(Acipenser baerii)肝脏糖异生途径关键酶———C型和M型磷酸烯醇式丙酮酸羧基酶(PEPCK-C和PEPCK-M)、果糖-1,6-二磷酸酶(FBPase)和葡萄糖-6-磷酸酶(G6Pase)基因cDNA全长序列。结果显示:西伯利亚鲟PEPCK-C基因(GenBank登录号JQ995143)cDNA全长2 598 bp,开放阅读框1 869 bp,编码622个氨基酸,预测其分子质量为69.62 ku,与其他物种的相似性为77.3%～80.5%;PEPCK-M基因(GenBank登录号JQ995142)cDNA全长3 277 bp,开放阅读框1 935 bp,编码644个氨基酸,预测其分子质量为71.11 ku,与其他物种的相似性为64.6%～78.3%;FBPase基因(GenBank登录号JF834908)cDNA全长1 372 bp,开放阅读框1 017 bp,编码338个氨基酸,预测其分子质量为36.60 ku,与其他物种的相似性为73.4%～88.7%;G6Pase基因(GenBank登录号JF834907)cDNA全长2 625 bp,开放阅读框1 080 bp,编码359个氨基酸,预测其分子质量为40.62 ku,与其他物种的相似性为67.2%～72.7%。西伯利亚鲟糖异生途径关键酶基因全长cDNA序列的获得将为进一步研究其糖异生调控机理,比较其与典型肉食性鱼类和哺乳动物的异同奠定基础。 相似文献
7.
本研究旨在克隆白介素1β(IL-1β)全长cDNA,为深入研究其生物学功能提供全长cDNA信息和试验材料.本试验利用前人构建的布鲁氏菌强、弱毒株感染小尾寒羊白细胞层抑制性差减杂交(SSH)cDNA文库,获得小尾寒羊IL-1β部分cDNA序列信息,利用cDNA末端快速扩增技术(RACE),克隆小尾寒羊IL-1β全长cDNA,并申请GenBank登录号KC425612.2.该cDNA全长1494 bp,含有801 bp开放阅读框(ORF),可编码266个氨基酸残基,预测其编码蛋白分子质量为30.622 ku,与林麝、牛、海豚、虎鲸的IL-1β一致性较高,亲缘关系较近. 相似文献
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结缕草肌动蛋白基因全长cDNA的克隆及序列分析 总被引：6，自引：0，他引：6
根据植物肌动蛋白(Actin)基因编码区的保守序列设计引物,提取结缕草叶片的总RNA,进行RT-PCR。并采用RACE技术扩增出1560bp的Actin基因全长cDNA序列。序列分析表明,该基因的开放阅读框(ORF)为1134bp,编码377个氨基酸,5′非编码区117bp,3′非编码区309bp。所得序列与GenBank中收录的其他植物肌动蛋白核苷酸序列的一致性均在85%以上,氨基酸序列的一致性高达97%以上。将其命名为ZjACT,GenBank登录号为GU290545。根据高等植物肌动蛋白相似性构建的系统进化树显示,结缕草肌动蛋白与大麦和圆锥小麦肌动蛋白之间的亲缘关系最为密切,在进化中分化时间最为接近。进一步分离克隆了结缕草Actin基因的基因组DNA序列(登录号GU290546),它由4个外显子和3个内含子组成。本研究有助于揭示植物Actin基因家族的进化历史,为研究植物Actin基因家族功能和进化上的多样性奠定理论基础,同时也为开展草坪草和牧草Actin基因的功能分析和利用研究提供参考。 相似文献
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《中国家禽》2016,(12)
研究采用RT-PCR和克隆的方法获得鹅黑素亲和素(MLPH)基因的cDNA和基因组DNA序列,采用半定量RT-PCR的方法检测MLPH基因在鹅组织中的表达,并利用DNA池的方法扫描MLPH基因的多态位点。结果显示:鹅MLPH基因cDNA长2 147 bp(GenBank登录号:KU904428),包括17 bp的5′非翻译区、1 992 bp的开放阅读框和138 bp的3′非翻译区。生物信息学分析表明,鹅MLPH基因开放阅读框编码663个氨基酸残基,其分子量为74.62 ku,理论等电点为5.94。推导的MLPH氨基酸序列具有4个卷曲螺旋结构、1个锌指结构域和1个RAB结合域。鹅MLPH基因组DNA长20 540 bp(GenBank登录号:KU904431),按照"GT-AG"剪接法则,划分为16个外显子和15个内含子。进化树结果分析表明,鹅MLPH与家禽有密切的亲缘关系,特别是与绿头鸭的亲缘关系密切。半定量RT-PCR结果表明,鹅MLPH mRNA在不同的色素沉着组织中表达,如眼睛、背部皮肤、腹部皮肤和脚蹼,而在其他组织中未检测到表达。同时,鹅MLPH基因在外显子11上存在2个碱基突变(c.1506CT、c.1542AG),且分别导致编码的氨基酸改变(p.497ProSer、p.509LysGlu)。该研究结果为鹅MLPH基因的研究奠定基础,为鹅羽毛颜色形成的研究提供参考。 相似文献
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在对家蚕蛹cDNA文库的测序中发现了脂多糖诱导肿瘤坏死因子α的转录激活因子(lipopolysaccharide-induced tumor necrosis factor-α factor,LITAF)的EST序列(GenBank登录号AADK01016184)。经过比对发现BmLI-TAF全长为981 bp,由97 bp的5′端非翻译区序列(5′UTR)、390 bp的开放读码框(ORF)和494 bp的3′端非翻译区序列(3′UTR)组成。用电子克隆方法对BmLITAF进行基因结构分析发现,此基因由3个外显子和2个内含子组成,编码129个氨基酸。对BmLITAF蛋白进行疏水性、跨膜结构和信号肽分析的结果显示,BmLITAF具有跨膜结构域。根据BmLITAF的电子克隆序列由家蚕基因组PCR扩增获得BmLITAF基因,将其克隆到pGEM-T-easy载体中,测序验证与电子克隆结果一致。 相似文献
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本文通过设计特异引物，克隆到全长为5774bp的蜜蜂（Apis mellifera）腺苷酸转移载体基因（ant）基因组序列（GenBank登录号为AY568009）。利用GeneFinder软件分析发现，蜜蜂ant基因组序列内有3个内含子，分别位于第1717-3078位、第3341-3442位和第3678-3760位，且剪切位置均符合“GT—AG法则”。大小分别为1362bp、102bp和83bp；4个外显子分别位于第1525-1716位、第3079-3340位、第3443～3677位和第3761-4322位，大小分别为192bp、261bp、235bp和562bp，其ORF横跨全部4个外显子。分析蜜蜂ant基因ORF上游1553bp基因组DNA序列的启动子区域，结果发现存在2个启动子，分别位于第1076～1126位和第1242～1292位。 相似文献
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采用cDNA末端扩增(RACE)方法及简并引物克隆了柞蚕溶菌酶(Antheraea pernyilysozyme)基因(Gen-Bank登录号:DQ353869)。该基因cDNA序列全长675 bp,由3个外显子和2个内含子组成,其开放读码框(ORF)长420 bp,编码140个氨基酸。生物信息学分析表明,该基因编码蛋白的1-20位氨基酸为信号肽序列,21-140位氨基酸为柞蚕溶菌酶成熟蛋白(分子质量14 kD,等电点8.46)。柞蚕溶菌酶氨基酸序列中含有c型溶菌酶分子所特有的活性中心Glu32、Asp50以及8个半胱氨酸残基,与鳞翅目昆虫溶菌酶的氨基酸序列同源性较高,属非钙结合型c型溶菌酶。柞蚕溶菌酶的模拟三级结构与印度柞蚕(Antheraea mylitta)溶菌酶的三级结构十分相似。 相似文献
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用cDNA末端扩增法克隆柞蚕攻击素(attacin)基因及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
利用cDNA末端扩增(RLM-RACE)方法,克隆了柞蚕攻击素(attac in)基因cDNA序列(GenBank登陆号:AY960680)。柞蚕攻击素基因cDNA序列全长912 bp,其中699 bp的蛋白质编码区可编码233个氨基酸。预测蛋白质分子量为25 kD,等电点(pI)为7.54。柞蚕攻击素基因中包含2个内含子。S ignal P 3.0 Server程序分析结果显示,柞蚕攻击素第1-17位氨基酸为信号肽序列。蛋白质功能区分析预测,柞蚕攻击素在第47-112氨基酸之间为攻击素-N(attac in-N)功能区,第113-233位氨基酸之间为攻击素-C(attac in-C)功能区。以邻接法(ne igh-bor-join ing,NJ)建立了与其它昆虫攻击素的系统关系图。 相似文献
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在家蚕丝腺cDNA文库测序过程中,发现一个编码家蚕泛素结合酶的EST序列,利用3′RACE方法克隆了一个新的家蚕泛素结合酶基因cDNA全长序列,命名为BmUCE2 I(GenBank登录号为DQ219874)。家蚕BmUCE2 I基因全长cDNA由465 bp的开放阅读框序列(ORF)、97 bp的5′端非翻译区序列(5-′UTR)和237 bp的3′端非编码区序列(3-′UTR)组成,其编码的154个氨基酸与其他真核生物间具有较高的同源性。利用BmUCE2 I的EST片断作探针,通过筛选家蚕噬菌体基因组文库,获得了家蚕BmUCE2 I基因组序列和5′调控序列。BmUCE2 I基因由4个外显子和3个内含子组成,在5′端上游调控区域没有类似TATA盒元件,但在-219~-268 bp的区域存在一个50bp的启动子序列,此外还存在CF2-Ⅱ、FTZ、DFD、BRCZ2、DL、STAT、PRD-HD等多个转录因子结合位点。家蚕泛素结合酶新基因的克隆、基因结构及5′调控区的分析为进一步研究泛素蛋白水解酶复合通路相关基因的调控规律提供了重要依据。 相似文献
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本试验以鲤鱼外周血白细胞肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptor-associated factor 6,TRAF6)EST序列为基础,经地高辛标记后作为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,从重组噬菌体中经过两轮筛选获得阳性克隆。序列分析结果显示,该序列包含有5'-非编码区(5'-UTR) 25 bp;3'-非编码区(3'-UTR) 535 bp,存在2个mRNA不稳定基序ATTTA;开放阅读框ORF长1632 bp,编码543个氨基酸。预测蛋白质等电点为5.88,分子质量大小为61.773 ku。序列同源性比对结果表明,所获得的序列与GenBank上登录的鲤鱼TRAF6a基因同源性达99%。蛋白质序列分析结果发现,其具有TRAF家族的典型序列特征。 相似文献