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1.
本研究旨在建立能同时检测猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、坏死梭杆菌(Fn)和副猪嗜血杆菌(Hps)7种猪场常见高致死性流行病原的多重PCR检测方法。利用7种病原体的保守序列设计7对特异性引物,同时合成了Cy-5标记的通用引物。将通用引物分别连接到特异性引物的5′端形成7对特异性嵌合引物。优化反应条件,分别使用7组嵌合引物和通用引物混合,扩增7种病原的混合cDNA/DNA,验证其单重PCR的特异性。利用GeXP多重基因表达遗传分析系统,混合7种嵌合引物和通用引物,扩增单一病原的cDNA/DNA,验证其多重PCR特异性;将其他常见猪病病原的基因组作为干扰的阳性标本,利用7对混合嵌合引物和通用引物进行多重PCR分析,扩增加入了阳性标本的混合模板,验证其多重PCR的抗干扰能力。利用重组质粒和体外转录的RNA进行梯度稀释,确定GeXP多重检测体系的灵敏度。结果表明,7种不同引物分别进行GeXP单重及多重检测,均能检测出特异性目的片段的信号,无明显的干扰片段信号出现;GeXP多重检测抗干扰试验结果显示,在混入3种干扰病原模板后,依然可同时特异性检测出7种病原;GeXP多重检测灵敏度分析显示,在10~3拷贝/μL浓度条件下能检测到7种不同基因的特异性结果。本研究建立的同时检测7种猪场常见高致死性流行病原的GeXP检测方法具有高通量、高特异性和高灵敏度的特点,为快速诊断猪流行性疾病的交叉感染和混合感染提供了新型的检测方法。 相似文献
2.
《畜牧兽医学报》2017,(10)
本研究旨在建立一种可同时检测8种常见牛传染病病原体(口蹄疫病毒、蓝舌病病毒、水疱性口炎病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛轮状病毒、产肠毒大肠杆菌、牛传染性鼻气管炎病毒和小反刍兽疫病毒)的GeXP高通量快速检测方法。将多重PCR技术和毛细管电泳技术有效地结合,根据上述8种病原体的基因保守序列,设计并合成了8对特异性引物,在每对特异性引物的5′端加上一段通用引物,形成特异性嵌合引物。优化反应体系和反应条件,用单一病毒和混合病毒样品来验证所建立的GeXP方法的特异性,用克隆质粒稀释液来测试GeXP方法的灵敏度,检测305份临床样品,进一步验证该方法的可靠性。结果:优化后的GeXP检测体系,可扩增出各病原体对应的特异片段,能在100拷贝·μL~(-1)水平同时并特异地检测出8种牛病病原体核酸。305份临床样品的检测结果与荧光PCR检测结果一致,阳性样品测序结果表明无非特异性扩增的假阳性。结果显示,所建立的GeXP方法具有高通量、特异性好、灵敏度高、方便快速等优点,可用于临床鉴别诊断和流行病学调查,具有较高的临床应用价值。 相似文献
3.
《畜牧兽医学报》2016,(6)
拟建立一种基于GeXP多基因表达分析系统的多重PCR方法,同时检测6种鸡免疫抑制病病毒——鸡马立克病毒、禽白血病病毒(包括A、B和J亚群)、禽网状内皮组织增生症病毒、禽呼肠孤病毒、鸡传染性贫血病毒和传染性法氏囊炎病毒。多重PCR反应使用嵌合引物和通用引物组合的反应体系,经过GeXP多基因表达分析系统进行毛细管电泳,鉴别PCR产物片段;通过调整嵌合引物浓度、Mg~(2+)浓度、Taq酶浓度优化反应体系及调整退火温度和时间优化反应条件。应用建立的多重GeXP-PCR,分别单独和同时检测6种鸡免疫抑制病病毒的8个目的基因,同时以其他常见禽类病毒和鸡组织器官核酸为对照,验证其特异性;检测8个目的基因不同浓度的克隆质粒,验证其敏感性;应用建立的多重PCR检测300份临床样品,并同时用荧光定量PCR和测序验证其检测结果的准确性。结果表明建立的多重GeXP-PCR方法能够分别扩增出6种病毒,8个特异性目的片段,不能扩增其他常见禽类病毒和鸡组织器官的基因;在低至100copies·20μL~(-1)的水平能同时特异性地检测出6种鸡免疫抑制病病毒核酸;检测300份临床病死鸡样品,190份样品显示为阳性,PCR和测序结果与多重GeXP-PCR结果相符。本研究建立的多重GeXP-PCR方法可特异、敏感、高通量地检测6种鸡免疫抑制性病毒,可用于临床鉴别诊断和分子流行病学调查,具有很高的临床应用价值。 相似文献
4.
《畜牧兽医学报》2016,(12)
旨在建立一种能够同时鉴别H5、H7和H9亚型禽流感病毒、基因A型鸭甲肝病毒、鸭坦布苏病毒、鸭瘟病毒、减蛋综合征病毒、新城疫病毒、鸭圆环病毒、番鸭呼肠孤病毒和番鸭细小病毒9种常见鸭病毒病的GeXP多重PCR检测方法。根据这些病原体在GenBank上公布的保守基因序列,设计合成了12对特异性GeXP引物。用单一病毒或混合病毒样品的cDNA/DNA模板优化反应条件,同时以其他常见鸭病病原体及鸭组织器官核酸为对照,验证所建立的GeXP方法的特异性和准确性。以106至101拷贝·μL-1梯度稀释的克隆质粒或体外转录RNA来检测GeXP方法的敏感性。随机选取不同浓度的模板(103和107拷贝·μL-1)进行干扰性试验,并与单一病原体为模板的GeXP多重PCR的检测结果比较。最后用该方法检测150份临床样品,与普通PCR方法的结果作比较,所有阳性结果样品均进行测序,进一步验证所建立的GeXP检测方法的可靠性。结果显示,单重或多重模板的GeXP检测均能特异性扩增出相应片段,不能扩增其他常见鸭病病原体,并且可在103拷贝·μL-1水平上同时特异地检测出9种鸭病原体。GeXP干扰性试验结果显示,当3种不同浓度的模板组合时,本试验所建立的方法依然可同时检测出所有病原体,与单重检测比较,未影响其检出。比较GeXP多重PCR方法和普通PCR方法对150份临床样品的检测结果,结果显示GeXP方法更为敏感与准确。笔者建立的同时鉴别9种鸭病毒病的GeXP多重PCR检测方法,具有高通量、特异性强和灵敏度高的特点,为混合感染的鸭病毒病临床样品提供了快速分子诊断新方法。 相似文献
5.
检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒的cDNA芯片的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
《畜牧兽医学报》2015,(12)
猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)是三种常见的仔猪病毒性腹泻病原,作者拟构建可同时检测三种病原的cDNA基因芯片。分别根据PEDV基因(S、M)、TGEV基因(S、N)、PoRV基因(VP7、NSP4)的保守区设计引物扩增靶基因,进行PEDV-TGEV-PoRV的cDNA阵列设计,建立了扩增标记探针的多重PCR方法,并对所构建cDNA芯片的特异性、灵敏性、重复性进行了评价。确定了该cDNA芯片的阳性判断标准:SNR大于或等于2.0(或信号强度中位值大于等于1 500)。PEDV-TGEV-PoRV诊断cDNA芯片具有良好的特异性,该芯片不与猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪乙型脑炎病毒、猪伪狂犬病病毒发生交叉反应;芯片的最低检测质量浓度为20pg·μL-1;同一张芯片可重复使用至少7次。本研究为鉴别三种仔猪病毒性病的鉴别诊断提供了新的高通量检测技术。 相似文献
6.
猪群中7种高发传染病多重PCR诊断方法的建立 总被引：4，自引：0，他引：4
[目的]建立猪瘟、蓝耳病(又称猪繁殖与呼吸综合征)、圆环病毒2型感染、猪链球菌病、副猪嗜血杆菌病、猪多杀性巴氏杆菌感染和猪支原体感染7种猪病的多重PCR诊断方法.[方法]根据GenBank发表的核苷酸序列设计了分别针对猪瘟、蓝耳病、圆环病毒2型感染、猪链球菌病、副猪嗜血杆菌病、猪多杀性巴氏杆菌感染和猪支原体感染的2套多重PCR特异性引物,优化多重PCR反应条件后进行敏感性与特异性评价.[结果]建立的2套多重PCR诊断方法对其他常见猪病痛原的基因组无特异性扩增,检测病原基因组最低浓度可达到pg级.[结论]该研究建立的2套多重PCR诊断方法可以用于猪群中上述7种猪病痛原的单一感染或混合感染的鉴别诊断. 相似文献
7.
新疆地区4种猪病多重PCR检测方法的建立与初步应用 总被引：1，自引：0，他引：1
本试验旨在建立一种可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病病毒(porcine pseudorabies virus,PRV)、猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae,Mh)的多重PCR检测方法。参考相关文献合成PRRSV、PCV2、PRV、Mh的特异性引物,通过对反应条件优化、特异性、敏感性测定,建立了可同时检测以上4种猪多发传染病的PCR诊断方法。扩增的片段长度分别为424 bp (PRRSV)、490 bp (PCV2)、298 bp (PRV)和360 bp (Mh),对其他常见猪病病原无特异性扩增,采用Multiplex PCR Master Mix对PRRSV、PCV2、PRV、Mh的核酸最低检出量为3个拷贝。采用多重PCR方法对60份临床样本反复检测,与单重PCR相比,4种病原符合率均为100%。结果表明,建立的多重PCR诊断方法可用于猪群中上述4种病原的单一或混合感染的快速鉴别诊断和流行病学调查。 相似文献
8.
H5和H7亚型禽流感病毒多重反转录聚合酶链反应快速检测及鉴别方法的建立 总被引：7，自引：0，他引：7
参考禽流感病毒(AIV)M基因和HA基因序列设计了3对引物，其中1对为针对不同HA亚型AIV的通用引物，另外2对为分别针对AIVH5和H7亚型的特异性引物。这些引物所扩增的cDNA片段大小分别为244、860和634bp。利用这3对引物，通过对多重RT—PCR扩增条件的优化，成功建立了快速检测鉴别AIVH5、H7亚型的多重RT—PCR技术。特异性和敏感性试验结果表明，该技术对AIV H5亚型同时扩增出2条大小分别为244bp和860bp的cDNA片段；对AIV H7亚型同时扩增出2条大小分别为244bp和634bp的cDNA片段；对AIV H5和H7亚型混合样品能同时扩增出3条大小分别为244、860和634bp的cDNA片段；对其他AIV HA亚型只扩增出1条244bp的cDNA片段；对其他常见禽病病原扩增均为阴性；该多重RT-PCR对AIV RNA、AIV H5和AIV H7亚型RNA的最低检出量分别为10、100和100Pg。 相似文献
9.
旨在建立一种可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪细小病毒(PPV)和猪巨细胞病毒(PCMV)的多重PCR检测方法。参考相关文献及序列比对结果设计6对特异性引物,建立了可同时检测以上6种病毒的多重PCR方法并应用此方法对临床病例进行了检测。结果表明,所建立的多重PCR方法灵敏度高,对6种病毒的最低核酸检测量分别为12.8pg(PRRSV)、46pg(CSFV)、16pg(PRV)、23.5pg(PCV-2)、72pg(PPV)、8.6pg(PCMV),对猪流感病毒(SIV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)无特异性扩增。应用该方法对临床145份样品进行检测,总阳性率为83.45%,2种以上病毒混合感染阳性率为69.66%。说明所建立的多重PCR检测方法敏感,可用于猪群中上述6种猪病病原的单一感染或混合感染的鉴别诊断。 相似文献
10.
《中国预防兽医学报》2019,(8)
为建立同时检测7种常见猪病毒的毛细管凝胶电泳方法,本研究针对猪伪狂犬病病毒、猪乙型脑炎病毒、猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒及非洲猪瘟病毒保守基因,设计7对特异引物,并在引物的5'端加入一段非同源性标签序列,再设计一对可识别标签序列的通用引物。经反应条件优化,建立了一种基于QIAxcel毛细管凝胶电泳分析系统的7种猪常见病毒多重PCR检测方法。该方法与O型猪口蹄疫病毒(FMDV-O)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)等均无交叉反应,特异性强;所建立方法对7种病毒质粒标准品的检测下限分别为4.56×103拷贝/μL、6.35×103拷贝/μL、1.98×103拷贝/μL、1.32×104拷贝/μL、3.21×103拷贝/μL、4.51×103拷贝/μL、3.37×103拷贝/μL,敏感性较高;重复性试验结果显示各靶条带数值间的变异系数均小于1%,该方法稳定,重复性高。该方法对65份临床样本检测结果与国标或行标单一PCR检测方法相比,二者对单一病原和混合病原检测的一致性分别为94.3%(33/35)、77.7%(14/18)。本研究建立的方法为毛细管凝胶电泳技术在动物疾病病原检测中的应用提供一定的参考。 相似文献
11.
本研究旨在建立一种能够同时鉴别包括大肠杆菌O157：H7、沙门菌、空肠弯曲菌、单核细胞增生李斯特菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌和金黄色葡萄球菌7种常见食源性致病菌的GeXP多重PCR检测方法。根据这些致病菌在GenBank上公布的保守基因序列,设计合成了7对特异性GeXP引物。用单一或混合细菌样品的DNA模板优化反应条件,设置对照组,构建重组质粒,随机组合不同浓度的样品,验证所建立的GeXP方法的特异性、敏感性和准确性。最后用该方法检测120份临床样品,进一步验证所建立的GeXP检测方法的准确性和可靠性。结果显示,单一或混合模板的GeXP检测均能特异性出现相应清晰峰值,可在103拷贝·μL-1水平上同时特异地检测出7种细菌病原体,不同浓度模板混合时,本试验所建立的方法依然可检测出对应病原体。检测120份临床样品,GeXP多重PCR阳性率为2.50%（3/120）~15.83%（19/120）,普通PCR阳性率为2.50%（3/120）~15.00%（18/120）,GeXP多重PCR多检出8份阳性,表明GeXP方法更为敏感与准确。本研究建立的同时鉴别7种食源性致病菌的GeXP多重PCR检测方法,具有高通量、特异性强和敏感性高的特点,为食源性常见致病菌感染或混合感染提供了快速分子诊断方法。 相似文献
12.
ZHANG Yanfang XIE Zhixun ZENG Tingting LIU Jiabo XIE Liji DENG Xianwen XIE Zhiqin LUO Sisi HUANG Jiaoling WANG Sheng 《畜牧兽医学报》1956,51(10):2536-2546
This experiment was developed to simultaneously detect the seven common foodborne pathogenic bacterias include E. coli O157:H7, Salmonella, V. cholera, L. monocytogenes, C. jejuni, V. Parahemolyticus and S. aureus. Seven pairs of specific primers were designed according to the conserved sequences of the genes from each pathogen available in the GenBank database. Single and mixed pathogen DNA templates were used to evaluate the specificity of the GeXP-multiplex assay. Control group was set up, recombinant plasmids were constructed, and samples of different DNA concentrations were randomly combined to verify the sensitivity, specificity, accuracy and anti-interference of the established GeXP method. To certify the accuracy and reliability of the GeXP assay, it was evaluated using 120 clinical specimens that were compared with the single PCR. The obtained results showed that the corresponding specific fragments of genes were amplified by the single and the multiplex GeXP PCR assay. The detection limit of GeXP was 103 copies·μL-1 when all of seven bacterial pathogens were detected. The results of the interference assay showed the presence of specific amplification peaks when different templates. The detection rate of the GeXP multiplex PCR method was 2.50% (3/120)-15.83% (19/120) while the conventional PCR was 2.50% (3/120)-15.00% (18/120), and GeXP multiple PCR detected 8 more positive cases, which means that, the GeXP was more sensitive and accurate in the detection of the clinical samples. In conclusion, this GeXP-based multiplex PCR is a high-throughput, specific and sensitive test to detect seven common foodborne pathogenic bacterias. This assay provides a method in rapid molecular diagnosis for mix clinical seven common foodborne pathogenic bacterias. 相似文献
13.
Simultaneous detection of three porcine viruses by multiplex PCR 总被引：2，自引：0，他引：2
Specific oligonucleotide primers were selected and combined in a multiplex arrangement, in order to detect simultaneously three economically important porcine viruses by polymerase chain reaction (PCR). The pathogen panel was comprised of viruses that cause reproductive failure in infected herds: Aujeszky's disease virus (ADV), porcine parvovirus (PPV) and porcine respiratory and reproductive syndrome virus (PRRSV). In order to reduce the time required for the detection of the pathogens, the assay was optimised to a RapidCycler PCR instrument. The multiplex PCR assay was shown to be specific, sensitive and rapid, because the results were read in less than 60 min after sample preparation. Due to its speed, efficiency and sensitivity, the described rapid multiplex PCR assay serves as a useful novel tool in the veterinary diagnostic laboratories for the quick and complex detection of these important porcine pathogens. 相似文献
14.
5种猪病多重PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
To establish a method for simultaneous detection of classical swine fever virus (CSFV), porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV), pseudorabies virus (PRV), porcine circovirus type 2 (PCV2) and porcine parvovirus (PPV), a multiplex PCR was developed with a set of specific primers designed based on the conserved sequences of CSFV, PRRSV, PRV, PCV2 and PPV. Under the optimized conditions of multiplex PCR,five special fragments of 167 (CSFV),433 (PRRSV),305 (PRV), 559 (PCV2) and 882 bp (PPV) were amplified with a detection limit of 220, 1.6, 72, 400 and 370 pg, respectively. But the multiplex PCR amplification results of swine influenza virus （SIV）, Japanese encephalitis virus （JEV）, Streptococcus suis （SS） and porcine epidemic diarrhea virus （PEDV） were negative．The results showed that the multiplex PCR method was capable of CSFV, PRV, PRRSV, PCV2, PPV infection of single or mixed clinical samples for rapid diagnosis. 相似文献
15.
ZHANG Xun WU Peng LI Shi-zhen FU Yin-feng XU Zhui LIANG Tian YANG Su-fang CHEN Xin-kai QI Ya-yin SHENG Jin-liang 《中国畜牧兽医》2015,42(10):2612-2618
The aim of this study was to establish a multiplex PCR method for simultaneously detecting porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV),porcine circovirus type 2 (PCV2),porcine pseudorabies virus (PRV) and Mycoplasma hyopneumoniae (Mh).Four pairs of primers were synthesized according to the reference.The multiplex PCR method was developed by optimizing the reaction condition,specificity and sensitivity detection.Four different amplicons with size of 424,490,298 and 360 bp for PRRSV,PCV2,PRV and Mh,respectively,were yielded.The sensitivity of multiplex PCR indicated that the detection limit was 3 copies by using Multiplex PCR Master Mix,and other common pathogens were not amplified.A total of 60 specimens from piglets were tested by multiplex PCR method.The positive accordance rate between simple and multiplex PCR was 100%.This study indicated that multiplex PCR might be a useful tool for rapid and sensitive etiological diagnosis and provided an effective technical support for pathogenic molecular epidemiology investigation. 相似文献
16.
Hyoung-Joon Moon Seong-Jun Park Hye-Kwon Kim Soo-Kyung Ann Semi Rho Hyun-Ok Keum Bong-Kyun Park 《Journal of veterinary science (Suw?n-si, Korea)》2010,11(3):269-271
The purpose of this study was to develop a multiplex PCR that can detect porcine endogenous retrovirus (PERV) proviral genes (pol, envA, envB, envC) and porcine mitochondrial DNA, using a dual priming oligonucleotide (DPO) system. The primer specifically detected the PERV proviral genes pol, envA, envB, envC, and porcine mitochondrial DNA only in samples of pig origin. The sensitivity of the primer was demonstrated by simultaneous amplification of all 5 target genes in as little as 10 pg of pig DNA containing PERV proviral genes and mitochondrial DNA. The multiplex PCR, when applied to field samples, simultaneously and successfully amplified PERV proviral genes from liver, blood and hair root samples. Thus, the multiplex PCR developed in the current study using DPO-based primers is a rapid, sensitive and specific assay for the detection and subtyping of PERV proviral genes. 相似文献
17.
旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒（PEDV）的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件进行优化,建立了一种应用于猪场筛查PEDV的qPCR方法,并对筛查出的阳性样品S基因扩增测序后进行遗传进化分析。结果显示：该方法的特异性强,与猪圆环病毒2型（PCV2）、猪瘟病毒（CSFV）及传染型胃肠炎病毒（TGEV）等猪病常见病原均无交叉反应;建立的检测方法对pMD19T-PEDV标准品的最低检测下限为1.09×101拷贝·μL-1,比普通PCR灵敏约100倍,敏感性高;组内和组间的变异系数均小于1%,重复性良好。基于S全基因成功克隆出的9条序列分布于GⅡ的两个亚群,克隆的9条序列的核苷酸相似性为96.6%～99.1%;氨基酸的相似性为94.6%～98.7%。结果表明：本研究得到的PEDV流行株与近年来国内分离株的关系较为密切,而与中国目前使用的疫苗株以及欧洲株亲缘关系较远,这表明河北部分地区PEDV当前流行毒株比较复杂且有变异的趋势,提示持续检测PEDV流行毒株变异动态的必要性。本研究不仅为PEDV的临床诊断提供了技术支持,更为进一步掌握PEDV遗传进化规律提供了参考依据。 相似文献
18.
Two viral pathogens, namely, porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) and foot and mouth disease virus
(FMDV), were selected as models for multiple pathogen detection in a cDNA microarray. Two signature regions selected from
ORF2 (around 500 bp) and ORF5 (around 600 bp) of PRRVS (America serotype), and one signature region from structural genes
VP1 (around 500 bp) of FMDV type O were designed and spotted on a nylon membrane. For PCR sensitivity study, the cloned FMDV–VP1
template could be diluted to near one copy and its PCR product was still detectable in gel electrophoresis. In the microarray
detection, the labelling FMDV probes (3 mg/ml) could be diluted 320 times and still maintained a visible colour when hybridized
with the chip. Using the mixing primers, the microarray chip demonstrated rapid and accurate detection of the specific genes.
To our knowledge, this preliminary study is the first example reported applying the long signature sequences to the multiple
pathogen detection in cDNA microarray. 相似文献