1株H1N1亚型猪流感病毒的全基因组特征及其对小鼠的致病性     

赵玉仲  丁国飞  刘家琪  李莉  李英超  王彬  邵清源  冯剑  郭丽红  刘思当  肖一红 《畜牧兽医学报》2020,51(7):1768-1774

旨在了解河南省猪流感病毒的流行情况及其遗传进化和基因组特征。2018年4月，从河南省某一出现疑似流感症状猪群中采集鼻拭子样品150份用于分离病毒，对分离病毒的全基因组进行序列测定和分析。同时感染6周龄BALB/c小鼠，研究其对小鼠的致病性。结果显示，获得1株H1N1亚型病毒[命名为A/swine/Henan/NY20/2018（H1N1）]。遗传进化表明，其HA和NA基因属于欧亚类禽H1N1分支，PB2、PB1、PA、NP和M基因属于2009甲型H1N1分支，NS基因属于经典H1N1分支。HA蛋白的裂解位点序列为PSIQSR↓GL，具有低致病性流感病毒的分子特征，在小鼠肺和鼻甲有效复制并能引起肺组织病理学变化。本研究分离到1株3源重排H1N1亚型病毒，对小鼠呈现一定致病力，提示应进一步加强对SIV的监测。  相似文献   

1株猪源H9N2亚型流感病毒的分子特征     

赵玉仲  丁国飞  刘家琪  李莉  李英超  王彬  邵清源  冯剑  郭丽红  刘思当  肖一红 《畜牧兽医学报》2020,51(9):2312-2318

旨在进一步了解山东省猪流感的流行情况及其病原特征,笔者于2019年春季,在山东省泰安某屠宰场采集130份猪鼻拭子,进行病毒分离鉴定;并对分离病毒进行全基因组测序和分子特征分析;用禽H9N2亚型标准抗原联合血凝抑制方法检测2018—2019年从山东省8个地区猪场采集的1 527份猪血清样品中的猪流感病毒抗体。结果显示：分离到1株H9N2亚型流感病毒,命名为A/swine/Shandong/TA009/2019（H9N2）。分离病毒与A/environment-air/Kunshan/NIOSH-BL20/2018（H9N2）和A/environment-air/Kunshan/NIOSH-BL25/2018（H9N2）遗传关系最近,其基因片段的核苷酸相似性均在99.5%以上。分离病毒的HA和NA基因属于Y280-like分支,PB2和M基因属于G1-like分支,PB1、PA、NP和NS基因属于SH/F98-like分支。分离病毒HA蛋白裂解位点处的氨基酸序列为“PSRSSR/GL”,符合低致病性禽流感病毒的分子生物学特性。HA蛋白的216位为L,具有结合人源唾液酸α 2,6-Gal的能力。血清学分析结果显示,9份血清中H9N2抗体呈阳性,其总阳性率为0.59%。综上：本研究分离到1株猪源H9N2亚型流感病毒,并在猪血清中检测到H9N2抗体,提示应加强对猪流感的流行情况及其病原特征的持续监测。  相似文献   

四株分离自同一猪场的H3N2亚型猪流感病毒的进化分析     

《畜牧兽医学报》2020,(4)

猪作为流感病毒异源毒株间发生基因重组的"混合容器",其呼吸道上皮细胞上同时存在着能够感染人(SAα-2,6-Gal)和禽(SAα-2,3-Gal)两种流感病毒的受体,具备产生新型流感病毒的潜力。在我们的前期研究中,连续两年(2013年和2014年)从南宁地区某个规模化养猪场当中分离获得了2株新型甲型流感病毒重配的H3N2亚型猪流感病毒(swine influenza viruses,SIVs)。为了解SIVs在同一地方的遗传进化规律,我们在2018年至2019年间对该猪场进行了持续的监测,并于2019年再次成功分离获得了2株H3N2亚型的三源重组毒株,命名为A/swine/Guangxi/JG13/2019(简称JG13/2019)和A/swine/Guangxi/JG20/2019(简称JG20/2019)。遗传进化分析表明其基因重配形式与2013年分离株A/swine/Guangxi/JGB4/2013(简称JGB4/2013)和2014年分离株A/swine/Guangxi/JG1/2014(简称JG1/2014)相同,表面基因HA和NA来源于类人H3N2谱系,内部基因NP、M、PA、PB1和PB2来源于2009年甲型H1N1大流感谱系(pdm/09H1N1),NS基因来源于古典型H1N1谱系。此外,新分离株JG13/2019和JG20/2019同早期分离株JGB4/2013和JG1/2014 HA和NA基因的核苷酸相似性分别为95.3%～97.4%和93.9%～97.0%,内部基因(NP、M、PA、PB1和PB2)的核苷酸相似性为96.2%～98.1%,NS基因的核苷酸相似性为97.1%～97.6%。通过分析比较这些年代不同毒株之间的关键氨基酸位点差异,结果发现JG20/2019和JG13/2019的HA蛋白仍旧保持了与人型受体结合的分子特征(190D、226I和228S),却也出现了V223I或P227S的新变化,JG13/2019的PA蛋白(R356K)和PB2蛋白(I588T)也与之前的毒株有所不同。这些位点上的氨基酸改变是否影响到病毒的致病能力、复制能力以及跨种间传播能力,有待今后进一步研究。历经6年,携带有pdm/09 H1N1多种内部基因片段(PB2、PB1、PA、M、NP)和类人表面基因(HA和NA)的H3N2亚型SIVs依旧在同一个猪场的猪群中流行,虽然其关键的功能区域出现了基因突变,但是仍然保持着能够感染人的受体结合特性。因此,加强对SIVs流行情况的监测,将为今后防控人类流感大暴发提供预警。  相似文献   

2株云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因序列分析     

李佳佳  李素华  宋建领  黄景军  缪渊  陈曦  季佳 《中国畜牧兽医》2020,47(3):873-883

在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HA和NA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支（Y280-like）,ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%~98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%~97.5%和93.7%~94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合（HB）位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。  相似文献   

1株H6N6亚型禽流感病毒贵州分离株HA和NA基因克隆与序列分析     

陈佳琪  嵇辛勤  段志强  文明  阮涌  雷云  侯萍 《中国畜牧兽医》2016,43(2):296-303

为了解 H6亚型禽流感病毒(AIV)在贵州地区的流行情况,本研究对2014年从贵州省三穗鸭体内分离鉴定出的1株H6N6亚型AIV (A/duck/Guizhou/013/2014) HA和NA基因进行了克隆和序列分析。结果显示,A/duck/Guizhou/013/2014的HA基因与华东地区2009年鸭源H6N6亚型AIV同源性最高,达97.5%,HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为P-Q-I-E-T-R-G,符合低致病性AIV的分子特征;而NA基因则与福建2007年鸭源H6N6亚型AIV同源性最高,达98.2%;由遗传进化树分析结果可知,HA和NA基因在遗传进化关系上,与湖南毒株位于同一分支,而与2007年贵州分离的3株H6N6亚型AIV不处于同一分支,说明A/duck/Guizhou/013/2014与本地区的H6N6亚型AIV亲缘关系较远。本研究结果表明当前贵州地区H6N6亚型AIV存在明显的遗传多样性。  相似文献   

3株H3N2亚型禽流感病毒的基因组特征与演化分析     

崔明仙  王星博  黄彦铭  卞希一  冯梦珂  颜焰  董伟仁  周继勇 《畜牧兽医学报》2022,53(11):4116-4122

旨在了解浙江地区家禽H3N2亚型禽流感病毒（AIV）的流行变异情况,采用RT-PCR技术对2021年浙江923份样品进行检测,对AIV分离株进行分子特征及遗传演化分析。结果表明,AIV样品阳性率为7.69%（71/923）;共分离到2株鸡源和1株鸭源H3N2亚型AIVs,其HA和NA基因相似性分别为93.4%～100%和94.0%～99.9%,分离株内部基因片段来源复杂,与H1N2、H1N4、H10N7等亚型亲缘关系密切;遗传进化分析显示,H3N2亚型AIV主要流行于华东地区,鸭是其主要宿主,3株H3N2亚型分离株 HA和NA基因均属于禽源进化分支;分离株HA蛋白裂解位点均为PEKQTR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒特征,HA蛋白与受体结合相关位点为226Q和228G,PB2蛋白与哺乳动物适应性相关的氨基酸位点为627E,均不同于人流感病毒对应蛋白的相关位点（226L、228S和627K）,推测其跨种传播至人的潜力较低;分离株PB1蛋白的66位氨基酸突变为S,提示其对哺乳动物的致病性可能增强。综上所述,本研究分离的H3N2亚型AIV符合低致病性禽流感病毒特征,基因片段来源复杂,跨种传播至人的潜力较低,但是否影响对宿主的致病性仍需进一步探究。  相似文献   

2012~2015年H9N2亚型AIV分离株HA基因的克隆及序列分析     

叶贺佳  梁昭平  彭特  仇微红  许利娜 《中国畜牧兽医》2016,43(5):1148-1155

为了解近年来中国部分地区H9N2亚型禽流感病毒流行特点及遗传进化情况,利用RT-PCR方法扩增2012~2015年分离的17株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因片段,并进行序列测定和遗传进化分析,同时对HA蛋白的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型禽流感病毒HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为87%~100%和75%~100%,均属于Y280-like亚系毒株。HA基因裂解位点均为非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA基因受体结合位点149、198、234和235位氨基酸存在变异,其中,16株分离毒株的234位氨基酸由Q突变为L,表现出人流感病毒受体结合特征。潜在糖基化位点分析结果显示,11株病毒在218位氨基酸处缺失1个糖基化位点,4株病毒在492位氨基酸处缺失1个糖基化位点,17株病毒在313位氨基酸处增加1个糖基化位点。研究结果表明,应加强对H9N2亚型AIV的流行病学监测,关注疫苗毒株与流行毒株的差异。  相似文献   

一株H9亚型禽流感病毒的分离鉴定及生物特性研究     

陈春丽  王强  李群芳  严洁珍  黄文科 《中国畜牧兽医》2015,42(10):2619-2624

2013年中国吉林某养鸡场发生疑似H9亚型禽流感疫情,采集该发病鸡场病料接种9日龄SPF鸡胚,分离得到一株病毒。经血凝(HA)试验、血凝抑制(HI)试验、测序分析,鉴定该毒株为H9亚型禽流感病毒(AIV)。对本试验分离株HA基因进行测序及序列分析,结果显示分离株HA基因的裂解位点为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的基因特征;HA肽链具有9个潜在糖基化位点,与近些年H9亚型AIV分离株的潜在糖基化位点相同;具有8个受体结合位点,其中234位受体结合位点由谷氨酰胺(Q)变异成苏氨酸(T);HA基因系统进化树结果显示本试验分离株属于欧亚进化分支,与中国最早分离株A/Chicken/Beijing/1/94(H9N2)亲缘关系较远,与2007年后中国H9亚型AIV主要流行分支的代表株A/Chicken/Guangxi/55/2005(H9N2)亲缘关系较近。将该毒株制成油乳剂灭活疫苗免疫SPF鸡,免疫后第21天免疫鸡血清抗体高达10log2,表明本试验分离株具有很好的免疫原性。  相似文献   

猪流感病毒广东株分离鉴定及遗传进化分析     

黄良宗  颜广智  邓汝森  陈盛楠  张海龙  顾万军 《中国畜牧兽医》2020,47(8):2625-2633

本研究从广东省某猪场采集37份疑似猪流感症状的猪鼻拭子样品,接种于9日龄SPF鸡胚并收集尿囊液,通过血凝试验、血凝抑制试验和RT-PCR鉴定,分离得到一株猪流感病毒,经RT-PCR分别扩增8个基因片段,进行基因测序及序列分析,与GenBank收录的参考毒株比对并构建进化树。结果显示,分离毒株为H1N1亚型猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/2/2018（H1N1）。遗传进化分析显示,分离株8个片段的核酸序列与A/swine/Guangdong/L3/2009（H1N1）对应序列的同源性均达99%以上,与经典型H1N1亚型猪流感病毒处于同一分支。分离毒株HA的裂解位点为PSIQSR↓GL,符合低致病性流感病毒分子特征。HA基因受体位点为190D、225G和226Q,表明本毒株既可以结合SAα-2,6-Gal型人类流感病毒SA受体,也有结合SAα-2,3-Gal型禽类流感病毒SA受体的可能,在28、40、104、304、498、557位氨基酸处有6个潜在糖基化位点;NA蛋白在50、58、63、68、98、146、235位氨基酸处有6个潜在糖基化位点,NA蛋白氨基酸序列活性中心位点为119E、199D、223I、275H、293R、295N,氨基酸分析位点未出现突变,表明本分离株对神经氨酸酶抑制剂类药物的敏感性较高,但在M2蛋白中,31位氨基酸由敏感型的（S）突变为抗药的（N）,提示可能对金刚烷胺类药物产生耐药性。开展猪流感病毒分离鉴定与遗传进化分析将为广东地区的猪流感流行和变异情况提供重要信息。  相似文献   

H9亚型禽流感病毒HF株的分离鉴定和免疫原性评价     

程艺  田辉  张亚  薛景景  盛东北  刘武杰  王婉冰  张盼涛  田克恭 《中国畜牧兽医》2020,47(9):2945-2952

2015年,从安徽合肥某养鸡场分离出一株H9N2亚型禽流感病毒（AIV）,命名为HF株。该毒株鸡胚半数感染量（EID₅₀）为10^9.17/0.1 mL,最小致死量的平均死亡时间（MDT）为87 h。对其HA基因分析发现,其氨基酸裂解位点为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV特征;HA基因的遗传进化分析结果表明,该分离株属于h9.4.2.5谱系,符合当前毒株流行趋势。将HF株与2006-2018年分离自全国各地的10株H9N2亚型AIV分离株同时制备灭活疫苗,免疫SPF鸡,制备阳性血清,通过交叉血凝抑制试验分析病毒抗原性,结果显示HF株与2014年之前毒株抗原相关性介于0.50~0.56之间,与2014年及之后毒株抗原相关性介于0.89~1.00之间,表明该分离株与2014年之后的流行毒株具有良好的抗原相关性。用0.2%甲醛灭活HF株病毒液,其HA效价在灭活前后未发生变化;用灭活抗原制备油乳剂灭活疫苗免疫SPF鸡,免疫后21 d HI抗体效价几何平均值达到9.0log2以上,可使免疫鸡完全抵抗H9亚型AIV的感染,提供100%的攻毒保护。研究结果表明,HF株具有良好的免疫原性,可作为疫苗候选株用于H9N2亚型禽流感疫苗的研制。  相似文献   

Molecular Characterization of a H9N2 Subtype Swine Influenza Virus     

ZHAO Yuzhong  DING Guofei  LIU Jiaqi  LI Li  LI Yingchao  WANG Bin  SHAO Qingyuan  FENG Jian  GUO Lihong  LIU Sidang  XIAO Yihong 《畜牧兽医学报》1956,51(9):2312-2318

The objective of this study was to explore the epidemic situation and pathogenic characteristics of swine influenza virus (SIV) in Shandong Province. In the spring of 2019, 130 swine nasal swab samples were collected from a slaughterhouse in Tai'an city, Shandong Province for virus isolation and identification. The whole genome of isolated virus was sequenced and analyzed. Meanwhile, 1 527 swine serum samples were collected from swine farms in 8 regions of Shandong province and their anti-SIV antibody were detected by HI assay using standard avian H9N2 antigen. The results showed that a H9N2 subtype influenza virus strain was isolated and named as A/swine/Shandong/TA009/2019(H9N2). The homology analysis showed that the isolated virus had close genetic relationship with A/environment-air/Kunshan/NIOSH-BL20/2018(H9N2) and A/environment-air/Kunshan/NIOSH-BL25/2018(H9N2), and the nucleotide homology of the gene fragments were above 99.5%. Phylogenetic analysis results demonstrated that HA and NA genes of the isolated virus belong to the Y280-like lineage, PB2 and M genes belong to the G1-like lineage, and PB1, PA, NP and NS genes belong to the SH/F98-like lineage. The cleavage site in HA protein is “PSRSSR/GL”, which was in accordance with the molecular biological characteristics of low pathogenic avian influenza virus.The position 216 of HA protein is L, and it has the ability to bind human-derived sialic acid α 2,6-Gal. The results of HI showed that 9 among 1 527 serum samples were positive with a positive rate of 0.59%. The isolated virus was swine-derived H9N2 virus, and serological investigations revealed that H9N2 subtype virus infection was present in swine herds in Shandong Province. The results of this study suggest that continuous surveillance of the SIV epidemiological situation and its pathogenic characteristics should be strengthened.  相似文献   

Cloning and Sequence Analysis of HA and NA Genes of One Strain of H6N6 Subtype Avian Influenza Virus Isolated from Guizhou Province     

CHEN Jia-qi  JI Xin-qin  DUAN Zhi-qiang  WEN Ming  RUAN Yong  LEI Yun  HOU Ping 《中国畜牧兽医》2016,43(2):296-303

To investigate the epidemic situation of H6N6 subtype avian influenza virus (AIV) in Guizhou province,A/duck/Guizhou/013/2014 was isolated from Sansui duck in live poultry market of Guizhou in 2014,the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of DK/GZ/14 were subjected to clone and sequence analysis.The results showed that HA gene had the highest nucleotide homologies (97.5%) with the duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Eastern China in 2009,and the strains of HA gene proteolytic cleavage sites was P-Q-I-E-T-R-G,which accordeol with the molecular characteristic of low pathogenic AIV (LPAIV).However,NA gene of A/duck/Guizhou/013/2014 had the highest nucleotide homologies (98.2%) with the duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Fujian in 2007.The phylogenetic tree showed that A/duck/Guizhou/013/2014 and Hunan strains located in the same branch,while three duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Guizhou in 2007 and A/duck/Guizhou/013/2014 located in the different branch for HA and NA genes in genetic evolution,which suggested that A/duck/Guizhou/013/2014 was far with the local H6N6 subtype.The results also clearly indicated that duck-origin H6N6 subtype AIV had genetic diversity in duck population in Guizhou.  相似文献   

2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析     

熊陈勇  尹彦文  施开创  李军  郑敏  韦显凯  冯淑萍  龙凤  屈素洁  陆文俊  周洪槿  黄海莲  谢守玉  黎宗强 《中国畜牧兽医》2022,49(8):3099-3111

【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10 992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10^-3和1.30×10^-3替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。  相似文献   

Novel H1N2 swine influenza reassortant strain in pigs derived from the pandemic H1N1/2009 virus     

Moreno A  Di Trani L  Faccini S  Vaccari G  Nigrelli D  Boniotti MB  Falcone E  Boni A  Chiapponi C  Sozzi E  Cordioli P 《Veterinary microbiology》2011,149(3-4):472-477

Swine influenza monitoring programs have been in place in Italy since the 1990 s and from 2009 testing for the pandemic H1N1/2009 virus (H1N1pdm) was also performed on all the swine samples positive for type A influenza. This paper reports the isolation and genomic characterization of a novel H1N2 swine influenza reassortant strain from pigs in Italy that was derived from the H1N1pdm virus. In May 2010, mild respiratory symptoms were observed in around 10% of the pigs raised on a fattening farm in Italy. Lung homogenate taken from one pig showing respiratory distress was tested for influenza type A and H1N1pdm by two real time RT-PCR assays. Virus isolation was achieved by inoculation of lung homogenate into specific pathogen free chicken embryonated eggs (SPF CEE) and applied onto Caco-2 cells and then the complete genome sequencing and phylogenetic analysis was performed from the CEE isolate. The lung homogenate proved to be positive for both influenza type A (gene M) and H1N1pdm real time RT-PCRs. Virus isolation (A/Sw/It/116114/2010) was obtained from both SPF CEE and Caco-2 cells. Phylogenetic analysis showed that all of the genes of A/Sw/It/116114/2010, with the exception of neuraminidase (NA), belonged to the H1N1pdm cluster. The NA was closely related to two H1N2 double reassortant swine influenza viruses (SIVs), previously isolated in Sweden and Italy. NA sequences for these three strains were clustering with H3N2 SIVs. The emergence of a novel reassortant H1N2 strain derived from H1N1pdm in swine in Italy raises further concerns about whether these viruses will become established in pigs. The new reassortant not only represents a pandemic (zoonotic) threat but also has unknown livestock implications for the European swine industry.  相似文献