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1.
为研究布莱凯特黑牛CRTC1、CRTC3基因序列和表达情况及其与生长发育的关系,本实验运用克隆测序方法检测CRTC1、CRTC3基因CDS区,并进行生物信息学分析;运用qRT-PCR技术检测不同组织和不同月龄的mRNA相对表达量;并用免疫组化技术对蛋白进行定位分析。结果显示:克隆测序获得的布莱凯特黑牛CRTC1、CRTC3基因CDS区分别为1773 bp和1725 bp,分别编码590、575个氨基酸;运用生物信息学分析后发现CRTC1、CRTC3结构稳定性差,为亲水性、偏酸性蛋白;进化树显示与牛、瘤牛、山羊和绵羊的同源性高(>80%),蛋白互作网络图显示CRTC1、CRTC3蛋白与FoxO基因家族、AMPK家族等基因相互作用强。qRT-PCR结果显示CRTC1、CRTC3基因分别在睾丸和脂肪中mRNA相对表达量最高(P<0.01),在肌肉组织中亦有表达。在肌肉组织中,CRTC1、CRTC3基因mRNA相对表达量随着年龄的增加逐渐降低;免疫组化显示CRTC1、CRTC3蛋白主要在肌肉组织的肌原纤维中表达。以上结果表明,CRTC1、CRTC3基因调控肌纤维生长发育,进而参与肌肉生长发育相关调节。 相似文献
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《畜牧与兽医》2020,(9)
采用RT-PCR的方法对贵州黑山羊LYRM1基因进行了克隆,并对该基因的编码区序列进行生物信息学分析,利用qRT-PCR的方法检测LYRM1基因在贵州黑山羊不同组织中mRNA的相对表达量以及在不同月龄的时序表达。结果:黑山羊LYRM1基因的编码区全长369 bp,编码122个氨基酸,编码蛋白分子质量为14.4 kDa,理论等电点为9.73,不稳定系数为49.48,为不稳定蛋白;与GenBank数据库中提供的山羊LYRM1基因的编码区序列匹配度为99%,存在2个碱基的突变,分别为第177位和242位;通过LYRM1基因系统进化树得知,黑山羊与牛的进化距离较近,与斑马鱼进化距离较远。qRT-PCR结果显示LYRM1基因在贵州黑山羊7个组织中均有表达,在脂肪组织的表达量最高,背最长肌中的表达量最低;时序表达结果表明,LYRM1基因在黑山羊脂肪组织的整体表达趋势为先增加再减少,6月龄的表达量最高,7日龄最低。本试验成功克隆了黑山羊LYRM1基因编码区并进行了生物信息学分析,且检测了其在黑山羊不同组织中的表达以及在脂肪组织中的时序表达,为深入研究LYRM1基因功能奠定基础。 相似文献
3.
为鉴定牦牛IFITM1基因并分析其在不同生长阶段牦牛5种组织中的转录水平和蛋白表达量.本研究采用根据普通牛IFITM1基因设计的引物,PCR扩增牦牛IFITM1基因并利用生物信息学软件分析其序列,结果显示,获得牦牛546 bp的IFITM1基因cDNA序列,其中编码(CDS)区为375 bp,编码124个氨基酸残基.牦... 相似文献
4.
本试验旨在扩增抗纤维连接蛋白Ⅲ型结构域蛋白5(Fibronectin Type Ⅲ Domain Containing Protein 5,FNDC 5)基因的编码序列(Coding Sequence,CDS),通过生物信息学软件分析FNDC5的特性,并分析该基因在晋汾白猪不同组织中的表达情况。选取1日龄晋汾白猪,以背最长肌cDNA为模板克隆FDNC5基因的CDS序列,利用生物信息学方法分析FNDC5的结构和功能,采用qRT-PCR检测FDNC5基因在晋汾白猪不同组织中的表达水平。结果表明,猪FDNC5基因的CDS序列有843bp,共编码280个氨基酸。生物信息学预测,FNDC5为亲水性蛋白,二级结构中α螺旋、β转角、延伸链和无规则卷曲分别占31.79%、4.64%、20.36%和43.21%。qRT-PCR结果显示,FDNC5基因在肌肉、肝脏和心脏中高表达,在其他组织中的表达量较少。本研究结果为进一步探讨猪FDNC5基因的功能提供了参考依据。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2016,(11)
为了探讨S100A11基因在苏博美利奴羊中不同类型细度的细毛羊中的表达模式,试验以苏博美利奴羊为研究对象,克隆了钙囊素S100A11基因,采用生物信息学方法进行遗传进化分析,对S100A11蛋白的理化性质进行分析,并对其二级蛋白结构进行预测,且通过RT-PCR相对定量方法检测S100A11基因在不同绵羊个体中的表达规律。结果表明:绵羊S100A11基因的CDS全长序列为866 bp,编码了105个氨基酸,与绵羊、山羊、牛、猪、鼠、兔、鸡、狗和斑马鱼的CDS同源性分别为96%、96%、96%、87%、24%、44%、70%、70%、60%;分别在1 bp、220~336 bp、415~864 bp有3个开放式阅读框(ORF);S100A11基因全长为4 798 bp。S100A11蛋白含有1个信号肽、19个磷酸化位点;同时S100A11基因在超细型细毛羊皮肤组织表达量极显著高于细型细毛羊的表达量(P0.01),差异倍数为2.048。 相似文献
6.
【目的】克隆大长杂交猪DJ-1基因CDS区并进行生物信息学分析,探讨DJ-1基因在猪脂肪组织中的表达规律,为后续探究该基因在猪脂肪沉积中的功能奠定基础。【方法】以大长杂交猪腹股沟皮下脂肪组织cDNA为模板,PCR扩增DJ-1基因CDS区,利用在线工具对DJ-1蛋白进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR检测DJ-1基因在大长杂交猪、大白猪（瘦肉型猪）和莱芜猪（脂肪型猪）脂肪组织中的表达量,并比较表达差异。【结果】大长杂交猪DJ-1基因CDS区全长570 bp,编码189个氨基酸。系统进化树分析表明,大长杂交猪和牛亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。DJ-1蛋白分子质量为19.94 ku,是一种稳定的酸性、亲水性蛋白,且含有1个GAT_1超家族成员Thij结构域;无信号肽和跨膜结构域,具有21个磷酸化位点、4个N-糖基化修饰位点和1个O-糖基化修饰位点。DJ-1蛋白二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角、无规则卷曲组成,占比分别为42.86%、17.99%、7.94%和31.22%,三级结构预测结果与其一致。蛋白互作分析发现,DJ-1蛋白可能与SOD2、NDUFV2、SNCA、BCL2L1和MAP3K等蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR结果表明,DJ-1基因在大长杂交猪背膘、腹股沟脂肪和肾周脂肪组织中均有表达,但无显著差异（P>0.05）;且在大白猪脂肪组织中的表达量显著或极显著低于莱芜猪（P<0.05;P<0.01）。【结论】本研究成功克隆了大长杂交猪DJ-1基因CDS区,其编码蛋白属稳定的酸性、亲水性蛋白,在莱芜猪脂肪组织中的表达量显著或极显著高于大白猪。本试验结果为进一步研究猪DJ-1基因功能提供理论参考。 相似文献
7.
本研究旨在探索作为先天免疫相关分子的BCL10蛋白对山羊的免疫调控。实验采用RT-PCR、3'RACE和5'RACE克隆方法,以NCBI中山羊BCL10预测基因序列为模板,克隆初生羔羊脾脏组织BCL10基因cDNA序列,并进行生物信息学分析;采用qRT-PCR技术检测羔羊BCL10基因各免疫相关组织转录表达谱;鉴定p EGFP-N1-BCL10重组质粒在细胞的真核表达效果。结果表明:克隆得到BCL10基因cDNA全长1 023 bp,其中CDS为693 bp,编码230个氨基酸;生物信息学分析结果发现山羊BCL10蛋白是一种N端存在CARD结构域、非分泌、非膜结合的胞内蛋白,氨基酸序列与水牛、绵羊的亲缘关系最为接近;颌下腺中BCL10基因表达量显著高于肺脏、肝脏、脾脏、肾脏及血液(P0.05),胸腺中BCL10基因表达量显著高于血液(P0.05),血液表达最少;成功构建了BCL10基因完整CDS序列的p EGFP-N1-BCL10重组载体,并在HEK293T真核细胞正常表达。本研究首次克隆出羊BCL10基因cDNA全长序列,检测了基因表达分布情况,构建了重组载体,为进一步探索山羊BCL10基因功能及蛋白免疫机制提供理论基础。 相似文献
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《中国畜牧杂志》2020,(6)
本研究旨在克隆长白猪诱导细胞凋亡DFF45样效应因子C(CIDEC)基因及其转录起始位点前约2000bp启动子区域,并检测其在长白猪不同组织中的表达水平,从而为研究CIDEC在猪中的作用及表达调控机制提供依据。选择8头6月龄去势长白猪,提取肝脏RNA,利用RT-PCR技术扩增CIDEC基因的CDS序列,使用生物信息学相关软件分析其结构和功能;屠宰后采集长白猪心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、胃、皮下脂肪、腿肌、颈阔肌、肱二头肌、小肠、空肠等组织样品,分别提取各样品的总RNA,利用qRT-PCR检测CIDEC在各组织中的mRNA表达量;提取长白猪肝脏总DNA,采用降落PCR方法获得CIDEC启动子序列,利用Methprimer在线软件对CpG岛区域进行预测。结果表明:克隆得到的长白猪CIDEC基因CDS序列长度为747bp,编码238个氨基酸,进化关系分析发现猪与羊、牛的亲缘性较近。CIDEC基因在长白猪的各个组织均有表达,其中在皮下脂肪组织表达量最高,在肾脏中表达量最低。对CpG岛区域预测结果显示CIDEC基因CDS序列不存在典型的CpG岛。 相似文献
9.
旨在克隆民猪hnRNPUL1基因全长编码区（complete coding sequence，CDS）序列并进行可变剪接分析，研究其组织表达和亚细胞定位情况。本研究以3头3月龄民猪为试验材料，利用RT-PCR技术克隆hnRNPUL1基因CDS及可变剪接体，应用qRT-PCR检测其在心、肝、脾、肺、肾、胃、大肠、小肠、背肌、腿肌等组织中的表达情况，同时，在生物信息学预测的基础上，通过融合表达绿色荧光蛋白的方法鉴定核定位序列。研究结果表明，猪hnRNPUL1基因（GenBank accession No.：MN399154）CDS全长2 580 bp，预期编码的多肽链存在着hnRNPs家族的特征性结构域——SAP、SPRY和AAA；猪hnRNPUL1普遍表达于所检测的各组织中，其中在脾脏中表达量最高，在腿肌中表达量最低；核定位序列（NLS）位于多肽链的133~430 aa处，与生物学信息学预测的结果存在着偏差；同时获得了2个变异剪接体和11种可变剪接片段。本研究结果对进一步揭示猪hnRNPUL1基因功能及转录调控机制提供了基础。 相似文献
10.
为了克隆家兔过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferative activated receptor gamma, PPARγ)基因蛋白质编码区(CDS)序列,并研究其生物学功能、组织表达规律及与肌内脂肪(IMF)含量的关系,试验克隆了家兔PPARγ基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析;采集70日龄新西兰白兔心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、子宫、胃、腿肌、腹肌、背最长肌,0,35日龄新西兰白兔背最长肌,70日龄豫丰黄兔腿肌、腹肌、背最长肌,通过qRT-PCR扩增检测了PPARγ基因在不同组织/器官中的相对表达量;测定了70日龄新西兰白兔和豫丰黄兔腿肌及背最长肌的IMF含量,并对PPARγ基因相对表达量与IMF含量进行相关性分析。结果表明：家兔PPARγ基因CDS序列长1 428 bp,共编码475个氨基酸,其核苷酸序列与GenBank上公布的人、鼠、猪、绵羊、牛、马、犬及鸡等物种的氨基酸序列相似性分别为91.0%、90.5%、90.5%、90.2%、90.1%、90.0%、89.9%和80.5%,与小鼠的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。PPARγ基因在70... 相似文献
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《畜牧兽医学报》2020,(3)
旨在克隆民猪hnRNPUL1基因全长编码区(complete coding sequence, CDS)序列并进行可变剪接分析,研究其组织表达和亚细胞定位情况。本研究以3头3月龄民猪为试验材料,利用RT-PCR技术克隆hnRNPUL1基因CDS及可变剪接体,应用qRT-PCR检测其在心、肝、脾、肺、肾、胃、大肠、小肠、背肌、腿肌等组织中的表达情况,同时,在生物信息学预测的基础上,通过融合表达绿色荧光蛋白的方法鉴定核定位序列。研究结果表明,猪hnRNPUL1基因(GenBank accession No.:MN399154) CDS全长2 580 bp,预期编码的多肽链存在着hnRNPs家族的特征性结构域——SAP、SPRY和AAA;猪hnRNPUL1普遍表达于所检测的各组织中,其中在脾脏中表达量最高,在腿肌中表达量最低;核定位序列(NLS)位于多肽链的133～430 aa处,与生物学信息学预测的结果存在着偏差;同时获得了2个变异剪接体和11种可变剪接片段。本研究结果对进一步揭示猪hnRNPUL1基因功能及转录调控机制提供了基础。 相似文献
12.
为探究猪BLM解旋酶N端、C端的结构功能及其在不同组织和疾病中的相对表达量，本研究采用RT-PCR技术扩增从江香猪BLM基因N端和C端，利用生物信息学软件对克隆所获序列进行分析，同时采用实时荧光定量PCR技术分析BLM基因在猪不同组织及病样中的表达差异。结果显示，试验成功克隆了从江香猪BLM基因N端1 025 bp和C端1 300 bp序列，与GenBank中猪BLM基因序列（登录号：NM_001123084.1）同源性为100%；生物信息学软件预测显示，猪BLM基因序列长度为4 316 bp，包含4 280 bp的开放阅读框，编码一个由1 426个氨基酸组成的多肽链；氨基酸序列比对发现，猪BLM基因氨基酸序列与牛的同源性最高（85%）；结构域预测表明，猪BLM基因有DEXDc、HELICc、RQC和HRDC 4个结构域；系统进化树分析表明，猪BLM基因与牛亲缘关系最近；实时荧光定量PCR结果显示，以心脏为对照，BLM基因在从江香猪各组织中均有表达，其中在睾丸中的相对表达量最高，其次为肺脏、肝脏、脾脏、心脏、肾脏、小肠和大肠，在睾丸和肺脏中的表达量均极显著高于其他组织（P<0.01）；BLM基因在患繁殖与呼吸道综合征猪肺脏、患白血病鸡肝脏和患鸭瘟鸭肝脏中的表达水平均极显著或显著高于正常组织（P<0.01；P<0.05），提示BLM基因的变化可能也会导致动物疾病的发生。本试验结果可为后续畜禽BLM解旋酶原核表达载体的构建及其在重大疾病的发生和预防等研究提供理论依据。 相似文献
13.
14.
本研究旨在对三黄鸡ST3Gal6基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考三黄鸡ST3Gal6基因序列设计引物,采用PCR技术克隆三黄鸡ST3Gal6基因序列,并利用半定量RT-PCR进行组织表达谱分析;同时对其进行生物信息学分析。结果表明,克隆的三黄鸡ST3Gal6基因全长1169 bp,含有1059 bp的完整CDS编码区,编码352个氨基酸。其CDS编码区的核苷酸序列与人、黑猩猩、牛、大鼠、蟾ST3Gal6基因对应序列的同源性分别为62%、62%、61.9%、59%、54.4%。组织表达谱分析表明,ST3Gal6基因在各组织均不同程度地表达,其中在大脑表达量很高,肺脏中最低。生物信息学预测ST3Gal6蛋白结构发现,三黄鸡的ST3Gal6蛋白存在2个跨膜螺旋结构域,同时预测ST3Gal6存在22个磷酸化位点和1个特异性蛋白激酶磷酸化位点。 相似文献
15.
为探究猪BLM解旋酶N端、C端的结构功能及其在不同组织和疾病中的相对表达量,本研究采用RT-PCR技术扩增从江香猪BLM基因N端和C端,利用生物信息学软件对克隆所获序列进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术分析BLM基因在猪不同组织及病样中的表达差异。结果显示,试验成功克隆了从江香猪BLM基因N端1 025bp和C端1 300bp序列,与GenBank中猪BLM基因序列(登录号:NM_001123084.1)同源性为100%;生物信息学软件预测显示,猪BLM基因序列长度为4 316bp,包含4 280bp的开放阅读框,编码一个由1 426个氨基酸组成的多肽链;氨基酸序列比对发现,猪BLM基因氨基酸序列与牛的同源性最高(85%);结构域预测表明,猪BLM基因有DEXDc、HELICc、RQC和HRDC 4个结构域;系统进化树分析表明,猪BLM基因与牛亲缘关系最近;实时荧光定量PCR结果显示,以心脏为对照,BLM基因在从江香猪各组织中均有表达,其中在睾丸中的相对表达量最高,其次为肺脏、肝脏、脾脏、心脏、肾脏、小肠和大肠,在睾丸和肺脏中的表达量均极显著高于其他组织(P0.01);BLM基因在患繁殖与呼吸道综合征猪肺脏、患白血病鸡肝脏和患鸭瘟鸭肝脏中的表达水平均极显著或显著高于正常组织(P0.01;P0.05),提示BLM基因的变化可能也会导致动物疾病的发生。本试验结果可为后续畜禽BLM解旋酶原核表达载体的构建及其在重大疾病的发生和预防等研究提供理论依据。 相似文献
16.
旨在对山羊脂肪酸转运蛋白2(fatty acid transport protein 2,FATP2)基因进行克隆及生物信息学分析，检测FATP2基因在山羊不同组织中的表达差异，并进一步揭示干扰FATP2基因对山羊肌内前体脂肪细胞脂质代谢的影响。本试验以10月龄健康简州大耳羊(n=12)为试验动物。采用RT-PCR法扩增并克隆山羊FATP2基因，进行序列对比、系统发育树构建及生物信息学分析；利用实时荧光定量PCR检测FATP2基因在山羊不同组织中及在山羊肌内前体脂肪细胞不同分化时期的相对表达水平，合成SI-RNA干扰序列并转染至山羊肌内前体脂肪细胞；使用RT-qPCR检测FATP2干扰效率及脂质代谢相关基因的表达情况；通过Bodipy染色法观察干扰FATP2对脂滴形成的影响，利用GPO-Trinder酶学反应检测甘油三酯含量。结果显示，获得山羊FATP2基因序列全长2 335 bp, CDS区1 863 bp, 5′UTR 188 bp, 3′UTR 284 bp;共编码621个氨基酸，山羊FATP2基因在肝脏表达量最高；RT-qPCR检测结果显示，FATP2表达在细胞中被显著干扰；B... 相似文献
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旨在研究程序性细胞死亡因子4(PDCD4)基因与奶山羊乳腺发育的关系。应用RT-PCR技术克隆PDCD4基因编码区(CDS)序列，并进行生物信息学分析，运用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测不同组织mRNA相对表达量。结果表明：克隆获得的关中奶山羊PDCD4基因CDS序列长1 410 bp,编码469个氨基酸，分子质量为51.8 ku,分子式为C2245H3606N636O730S19,理论等电点为5.03;编码蛋白含有4个N-糖基化位点、6个O-糖基化位点及53个潜在的磷酸化位点；PDCD4蛋白为亲水性酸性蛋白质，无信号肽，无跨膜结构域；系统进化树显示PDCD4蛋白的氨基酸序列在不同物种间相似度较高，奶山羊与绵羊、牛、猫、猪、弯角大羚羊、美洲白尾鹿等同源性均在90%以上，其中与绵羊的亲缘关系最近；蛋白互作分析显示PDCD4蛋白能与EIF4A1、EIF4G1、PTEN、EIF4A2、EIF4B、RECK、GMPS、EEF1G等蛋白相互作用；qRT-PCR结果显示PDCD4... 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2014,(1)
为了研究SLC36A1基因的功能及其与梅山猪毛色等表现的关系,试验以梅山猪皮肤组织cDNA为模板,PCR扩增SLC36A1基因完整CDS序列,利用生物信息学方法分析SLC36A1基因CDS序列及其编码的氨基酸序列,用RT-PCR方法检测SLC36A1基因在梅山猪各组织中的相对表达量。结果表明:SLC36A1基因CDS全长为1 431 bp,编码476个氨基酸,属于跨膜疏水性蛋白,具有转运功能,是比较保守的基因;RT-PCR检测该基因在梅山猪雄性生殖系统及肾脏中有较高的表达量,在肝脏、肌肉、子宫、输卵管等组织中表达量很低,并且首次发现该基因在尿道球腺中有最高的表达量。 相似文献
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为了获得广西巴马香猪β-防御素-2(pBD-2)基因编码区序列(CDS),并研究热应激条件下pBD-2基因mRNA在巴马香猪不同组织中表达规律,试验从巴马香猪心脏、肝脏、肾脏、胰腺、肌肉、十二指肠、结肠中提取总RNA,利用基因克隆技术扩增pBD-2基因CDS,通过生物分析软件对扩增出的序列进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR技术检测正常条件和热应激条件下pBD-2基因的表达量。结果表明:试验成功克隆得到巴马香猪pBD-2基因CDS区,全长210 bp,与GenBank中登录的野猪pBD-2基因CDS的同源性达到100%;通过碱基同源性建立的系统进化树上巴马香猪与野猪的遗传距离最近,聚为一支。巴马香猪pBD-2氨基酸组成中亮氨酸含量最高,占氨基酸总数的17.4%,进一步分析发现pBD-2蛋白具有较强的疏水性。热应激条件下巴马香猪心脏、肝脏、十二指肠、结肠及肌肉中pBD-2基因的表达量极显著高于正常条件下(P0.01)。说明在热应激条件下,巴马香猪心脏、肝脏、十二指肠、结肠和肌肉中pBD-2基因表达量升高,这有利于增强猪机体的抗病能力。 相似文献
20.
《家畜生态学报》2021,42(8)
为了克隆马身猪CD63基因的CDS区,检测其在不同组织中的表达规律,预测编码蛋白的结构与功能,该研究对山西省地方品种马身猪CD63基因CDS区进行扩增和克隆,采用qRT-PCR技术检测CD63基因在心脏、肝脏、脾脏、肾脏、腰大肌、背部皮下脂肪等组织中的表达规律,采用生物信息学方法分析CD63蛋白的生物学特性。结果表明,该研究成功克隆出猪CD63基因的CDS区,全长714 bp,已上传NCBI数据库,登录号为MN082631。该基因在所检测的组织中均有表达,且在不同组织中的表达量有显著差异(P0.05),脂肪组织中表达量最高,其次是肝脏、肌肉、脾脏,肾脏中的表达量最低。经生物信息学预测,该基因编码的蛋白质含237个氨基酸,属于中性稳定四跨膜蛋白,有3个可能的N-糖基化位点,其中2个位点位于第3个与第4个跨膜结构域之间的胞外区内,另一个在第1个与第2个跨膜结构域之间的胞外区内;可能存在Ser磷酸化位点6个,Thr磷酸化位点4个,Tyr磷酸化位点1个;CD63蛋白为疏水性蛋白,α-螺旋、延伸、β-折叠和无规则卷曲分别占58.23%、11.39%、5.49%和24.89%。猪CD63蛋白氨基酸序列与野骆驼的相似性最高,其次是羊驼、长江江豚和抹香鲸,同时与骆驼科的野骆驼和羊驼的遗传距离最近,符合生物进化规律。该试验成功克隆了马身猪CD63基因CDS区,并进行了生物信息学分析,为深入探讨CD63基因生物学功能提供参考。 相似文献