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1.
为了解贵大白香猪的遗传多样性及其遗传背景,本文采用PCR测序技术测定了30个个体线粒体DNAD-loop全序列。检测到3种单倍型,包括4个多态位点,其中2次T/C转换、2次A/G转换,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为32.9%、24.8%、15.7%和26.6%,A＋T含量（57.7%）明显高于G＋C含量（42.3%）。D-loop区核苷酸多样性（Pi）为0.00155,平均核苷酸差异数（k）为1.949。与GenBank上收录的其它猪种线粒体DNAD-loop序列比对,未发现共享单倍型,证明贵大白香猪具有独立的母系遗传。 相似文献
2.
贵州瑶山鸡线粒体DNA D-loop区序列的多态性 总被引：1，自引：0，他引：1
《贵州农业科学》2015,(7)
为从母系遗传角度探明贵州瑶山鸡的群体遗传背景,采用PCR产物直接测序技术对124只贵州瑶山鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行分析。结果表明:所分析的D-loop区部分序列(570bp)中,A、G、C、T核苷酸平均含量分别为30.1%、13.5%、29.5%和26.9%;有26个核苷酸多态位点,其中转换位点24个,颠换位点1个,转换和颠换同时存在位点1个;核苷酸多样度(Pi)平均为0.013 5;核苷酸平均差异数(k)为6.457;单倍型21种,多样度(Hd)平均为0.793。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵州瑶山鸡起源于红原鸡。 相似文献
3.
《江苏农业科学》2019,(22)
旨在探究4个绵羊品种的多胎性状分子遗传机制,以高山美利奴羊、青海细毛羊、中国美利奴羊和敖汉细毛羊为研究对象,通过分析全基因组测序结果对4个绵羊品种FSHR基因外显子单核苷酸多态性进行筛选,利用专门软件预测单核苷酸多态性对FSHR基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。研究发现,高山美利奴羊、中国美利奴羊、敖汉细毛羊FSHR基因在外显子上分别存在3个SNPs(T904G、C975T、G1572A)、7个SNPs(G149A、G813A、T817C、T904G、C975T、T1234C、G1572A)、6个SNPs(G813A、T817C、T904G、C975T、T1234C、G1572A),青海细毛羊FSHR基因在外显子上不存在突变位点。生物信息学分析发现,试验所检测到的7个SNPs中T817C、T904G、T1234C导致mRNA的二级结构和最小自由能发生改变,G813A引起最小自由能改变,而未引起mRNA二级结构发生改变,G149A、C975T与G1572A未引起最小自由能与mRNA的二级结构发生改变。5个错义突变位点(G149A、G813A、T904G、C975T、G1572A)均导致编码蛋白质二级结构与三级结构发生改变。 相似文献
4.
利用威宁绵羊和贵州半细毛羊构建DNA池,设计11对引物扩增其Fec B基因外显子和部分内含子的序列,对纯化后的PCR产物双向测序,分析确定多态性位点。然后利用生物信息学软件分析SNPs位点对Fec B基因RNA二级结构、Fec B蛋白结构的影响。结果显示,在扩增的Fec B基因中筛选到10个SNPs,其中exon5-A39G、exon9-C37A、exon11-C87A、intron2-A62G、intron4-A1023G、intron10-G24A突变为威宁绵羊和贵州半细毛羊中所共有,而exon9-A8G和intron1-G243A突变为威宁绵羊所特有,intron3-G177A和exon8-T86C突变为贵州半细毛羊所特有。上述的SNPs中,exon5-A39G和exon9-A8G为错义突变,exon5-A39G突变导致编码的异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val),exon9-A8G突变导致编码的天冬酰胺(Asn)变为天冬氨酸(Asp);exon9-C37A和exon11-C87A多态位点均未改变氨基酸的编码,为同义突变。 相似文献
5.
为了探讨ADRB3基因变异及其与高原绵羊适应性进化关系,研究以‘甘肃高山细毛羊’‘藏绵羊’及‘滩羊’3个绵羊品种为观测对象,采用PCR-SSCP方法检测ADRB3基因部分内含子序列的遗传多态性,同时基于DA遗传距离用NJ法进行系统聚类分析,明确3个绵羊品种与不同物种群体间的遗传进化关系.结果表明:3个绵羊品种共检测到5种等位基因(A,B,C,D和E),构成了7种基因型(AA,AD,BD,BE,CC,CD和DD),存在6个突变位点(T/C,C/T,A/G/C,T/C,A/C和T/C),‘滩羊’中未检测到等位基因A和基因型AA与AD,优势等位基因与基因型在不同群体间各不相同;聚类结果显示,不同物种总体上分为2大类,其中绵羊、山羊和家牛等聚为一支,且‘藏绵羊’与‘甘肃高山细毛羊’之间的遗传距离最小,‘滩羊’次之;而大猩猩、人和小家鼠聚为一支.研究发现,ADRB3基因在3个绵羊群体中存在丰富的多态性,且存在群体间差异.ADRB3基因多态性丰富的绵羊品种在高海拔地区适应性能力较强,ADRB3基因可能在绵羊适应性进化中具有一定功能. 相似文献
6.
西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析* 总被引：2，自引：0，他引：2
为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明：在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.01452±0.00098;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。 相似文献
7.
[目的]利用线粒体DNA D-loop区序列分析和田羊遗传多样性.[方法]采用测序法获得和田羊线粒体DNA D-loop区核苷酸序列,比对分析和田羊与Genbank中收录的藏绵羊、蒙古羊、哈萨克羊、巴什拜羊的绵羊线粒体DNA D-loop区序列.[结果]和田羊mtDNA D-loop区序列为1 184 bp,均含有4个75 bp重复序列,A+T含量62.50;,G+C含量37.50;.和田羊与藏绵羊遗传距离最近为0.001,与哈萨克羊遗传距离最远为0.004,同源性分析结果与遗传距离分析结果相同.[结论]和田羊与藏绵羊遗传距离近、同源性高的结果与两个品种在地理分布上可能存在一定关系. 相似文献
8.
对兰州、上海、北京和武汉4个封闭群共98只金黄地鼠线粒体DNA(mtDNA)D-环进行分析.结果表明:实验用封闭群金黄地鼠mtDNA D-环序列中,T、C、A、G碱基含量分别为30.9%2、5.2%、29.5%、14.4%,其中A+T为60.4%、G+C为39.6%,G+C含量明显低于A+T;发现的167个多态位点中,113个转换、52个颠换、2个位点既有转换也有颠换,分别占多态位点数的67.7%、31.1%1、.2%,没有插入/缺失同时出现的位点,表明我国实验用封闭群金黄地鼠个体间多态性丰富,群体间无明显变异. 相似文献
9.
为了进一步了解山东省绵羊起源、群体遗传结构、群体遗传关系,利用线粒体DNA(mtDNA)分析了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊3个地方绵羊品种(群体)的遗传多样性和起源进化。通过PCR和测序技术测定了3个绵羊群体82个个体的线粒体D-loop 1182 bp全序列,采用DnaSP 5.0进行多态性分析,并利用MEGA 5.05的邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示,3个绵羊群体mtDNA D-loop碱基组成:A、T、G、C平均含量分别为32.88%、29.33%1、8.28%、19.50%,A+T含量明显高于G+C含量;碱基突变以转换为主,说明绵羊线粒体碱基替换存在转换偏倚现象。mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为0.03240、0.02455和0.03172;单倍型多样度分别为0.9710、.728和0.932,表明小尾寒羊和洼地绵羊mtDNA D-loop区具有较高的多态性,遗传资源相当丰富,大尾寒羊相对较低,需要加强资源保护。构建的NJ系统发育树表明3,个绵羊品种内、品种间存在基因交流,品种间存在共同的起源。 相似文献
10.
《云南农业大学学报(自然科学版)》2021,(1)
【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2%、29.8%、27.3%和12.6%,序列A+T平均含量为57.6%;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35%,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换。在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(π值)为0.016 41±0.000 28,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004。系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G 5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00%、20.83%、15.28%、30.56%和8.33%。【结论】揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化。 相似文献
11.
为了解陕北地区黄牛的遗传多样性及遗传背景,采用直接测序技术对55头饲养在陕北榆林地区的秦川牛及其多个杂交后代群体的线粒体DNA D-loop区826bp序列进行测定。结果表明,榆林地区黄牛D-loop区序列A+T平均含量为61.5%,G+C含量38.5%;共检测到33种单倍型和84个变异位点,核苷酸多样度(π)为0.021 43,单倍型多样度(h)为0.970,表明陕北榆林地区的黄牛具有丰富的遗传多样性。NJ法聚类结果显示,该地区的黄牛品种或群体有2个母系起源。 相似文献
12.
【目的】明确绵羊A-FABP(adipocyte fatty-acid binding protein,A-FABP)基因的变异和单倍型特征.【方法】基于Ensemble数据库中绵羊A-FABP基因全序列,对7个绵羊品种共20个样本的A-FABP基因全序列进行测序分析.【结果】PCR扩增获得绵羊A-FABP基因全长6474bp,A、T、G、C 4种碱基的比例分别为31.48%、33.02%、17.21%和18.29%,A+T平均含量为64.50%,G+C平均含量为35.50%;共发现48处单碱基变异位点和2处微卫星位点M1((TG)n)和M2((TA)n),单一变异位点、2核苷酸变异位点和3核苷酸变异位点比例分别为28.85%、40.4%和0.02%;共发现转换、颠换、插入和缺失4种变异类型,其占变异位点总数的比例分别为45.83%、31.25%、2.08%及20.83%;共发现19种单倍型,单倍型多样度为0.995.【结论】A-FABP基因19个单倍型序列的NJ树分化为2个聚类簇,表明A-FABP基因单倍型最初由2个主要单倍型衍化形成. 相似文献
13.
对常年发情的山羊品种济宁青山羊和季节性发情的山羊品种辽宁绒山羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A,MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析.结果表明,济宁青山羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的山羊序列(GenBank登录号AF419334)完全相同.济宁青山羊与辽宁绒山羊MTNR1A基因外显子2的差异由11个核苷酸变化(A52G、T232C、T253C、A256G、T358G、T410A、A414T、C424T、A554G、T559C和C589A)组成,核苷酸同源性为98.7%.济宁青山羊与绵羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠、鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.5%～98.4%,氨基酸序列同源性为79.2%～98.5%. 相似文献
14.
中国绵羊群体mtDNA D-Loop的遗传多样性分析 总被引：12，自引：5，他引：12
为了研究中国家养绵羊的起源和遗传多样性,通过对143只绵羊(9个群体)的线粒体DNA(mtDNA)D-环的部分序列进行PCR扩增,测序获得1个长度为723bp的序列(含5个75bp的重复单元),137个长度为648bp的序列(含4个75bp的重复单元)。5个长度为573bp的序列(含3个75bp的重复单元),因此认为含有4个重复单元是家养绵羊mtDNAD-环的特征,mtDNA序列长度的变异主要是由于重复区重复单元次数的不同造成。对137个含有4个重复单元的序列进行分析,发现157个变异位点,占研究位点的24.22%。A、T、G、C含量分别为35.67%、27.85%、13.84%和22.64%。137个序列共发现96个单倍型,单倍型比例为70.07%,说明中国家养绵羊具有丰富的mtDNAD-环序列多态性。96个单倍型序列的系统发育树呈现出3个明显的分支,网络分析也分为明显的三支,因此认为中国家养绵羊有3个母系起源。从Genebank获得的91个绵羊D-环序列和中国的96个绵羊D-环单倍型序列研究表明,摩佛伦(Mouflon)与单倍型B聚为一类,说明摩佛伦与中国家养绵羊具有很近的亲缘关系。没有发现羱羊(Ovisammonargali)、盘羊(O.vigneibochariensis)和东方盘羊(O.ammonnigrimontana)对中国和蒙古家养绵羊起源有贡献的证据。 相似文献
15.
对贵州麻羊13个个体线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行直接测序比对。结果表明,山羊线粒体细胞色素b基因全长为1140bp,T、C、A和G碱基的平均含量分别为26．8％、28．2％、31．9％和13．1％,碱基组成的百分比中显示出G的相对缺乏,A＋T含量（58．7％）比G＋C（41．3％）含量高;总共发现6个变异位点,分别为174、576、594、721、852、1068;观察到3种单倍型;构建了16个山羊个体的N-J树,显示贵州黔北麻羊存在2个母系起源。 相似文献
16.
【目的】分析贵州境内月鳢自然群体间的遗传关系及其遗传背景,为贵州土著鱼类资源的保护和开发利用提供理论依据。【方法】以贵州境内长江流域(乌江、清水江)和珠江流域(都柳江、猫营河)的4个月鳢群体(共130尾月鳢样本)为研究对象,采用PCR技术扩增月鳢线粒体Cyt b编码区,分析月鳢自然群体的遗传结构。【结果】贵州月鳢Cyt b基因946 bp序列的A+T含量为53.7%,高于G+C含量(46.3%),其碱基组成表现为C的含量最高、G的含量最低,呈较强的反G偏倚性;130个月鳢样本定义6种单倍型,总体核苷酸多样性指数为0.001 98,单倍型多样性指数为0.734;群体间平均遗传距离为0.002 29,猫营河-都柳江群体的遗传距离最大(0.003 08),乌江-猫营河群体的最小(0.001 31)。【结论】贵州月鳢整体遗传多样性水平低,群体间存在一定的遗传分化。 相似文献
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基于线粒体DNA D-loop 序列的五华三黄鸡遗传多样性及其品种起源研究 总被引：1，自引：0，他引：1
通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核苷酸多样性和核苷酸差异均数分别为0.01298±0.00051和6.750。共检测到33个突变位点,均为转换突变,包括23个TC转换和10个AG转换,占分析位点的6.35%。定义了32种单倍型,其中独享型单倍型19个,单倍型多样性为0.913±0.012,遗传距离为0.013±0.003。单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,其中B为优势单倍型类群。系统进化分析和进化枝地理分布特征表明,五华三黄鸡有4个母系来源,可能受北方家鸡南迁的影响。 相似文献
18.
对大鲵(Andrias davidianus)2个驯化种群的核DNA进行PCR扩增,获得大鲵核DNA上编码核糖体5.8S rRNA和28S rRNA基因的部分序列和完整的ITS2序列(606 bp)。运用DNA分析软件对大鲵2个驯养种群(重庆水产研究所长寿湖珍稀鱼类繁育中心及广汉珍稀鱼类养殖公司)进行了遗传多样性分析。结果显示,该序列平均T、C、A、G含量分别为15.6%、36.5%、12.5%和35.4%,其中G、C的含量C+G(平均为71.9%)显著高于A、T含量A+T(平均为28.1%)。所测序列中有271个碱基发生颠换,112个碱基发生转换,转换与颠换比值(Si/Sv)为0.41,颠换大于转换。10个体均为单倍型,单倍型多样度(H)均为1.000 0±0.126 0,平均核苷酸差异系数(K)为5.932 1±0.861 4,核苷酸多样性(Pi)为0.631 9±0.013 9。种群遗传分化度(Fst)为0.030 5,中性检验及聚类分析表明2个群体没有分化成单一的群体,2个驯养种群遗传多样性好。 相似文献
19.
为调查下司犬种群的遗传资源,采用PCR扩增和测序方法获得10只下司犬线粒体D-loop序列,发现其D-loop 5' 端高变区Ⅰ 582bp碱基序列的A+T含量明显高于G+C含量,表现出强烈的反G偏倚.并于下司犬高变区Ⅰ序列检测到11个多态位点,构成7种单倍型,单倍型多样性为0.867,说明下司犬线粒体D-loop的单倍型类型丰富,但其高变区Ⅰ的核苷酸多样性(Pi=0.00519)和平均核苷酸差异(k=3.002)却提示,下司犬的遗传多样性较低.聚类分析结果显示,中国家犬有3个母系来源,下司犬起源于Clade Ⅰ并与藏獒的亲缘关系最近,因此藏獒可用于对下司犬的选育和复壮. 相似文献
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[目的]研究分析了贵州黑山羊mtDNACytb基因的遗传多样性,为贵州黑山羊遗传资源的保护、开发及利用奠定分子遗传学方面的基础。[方法]测定贵州黑山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列,分析其碱基组成和序列间碱基的变异。[结果]在该品种(群体)中观察到6次T-C间发生碱基转换,其中有5个碱基替换发生在密码子第3位点,有1个碱基替换发生在密码子第1位点,且所有的变异均为同义突变;观察到4种单倍型。单倍型多样度(H)为0.442,核苷酸多样度(π值)为0.145%+0.159%。以绵羊为外群构建分子系统发生树,结果初步提示,贵州黑山羊有两个母系起源,其中支系A占81.25%(13/16),支系B占18.75%(3/16)。[结论]贵州黑山羊有两个母系起源(支系A和支系B),且该品种线粒体DNA多态度较为贫乏。 相似文献