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1.
猪MHC I类区域基因及其分型研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
猪MHCI类区域的基因可分为Ia，Ib及Ic三类基因，其中Ia共发现7个基因，Ib为3个，Ic为2个，不同类型的基因有着相似的结构，具有不同程度的同源性。对I类基因分型，血清学分型共得到74个单倍型，分子学分型结果变化较大，其中有一个已分为7个血清学型的I类等位基因，经特定酶切后确认得到了7个等位基因的图谱。 相似文献
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《中国预防兽医学报》2017,(11)
为了解人源、牛源及兔源无乳链球菌(S.agalactiae)的基因型差异及分子分型的总体结构特征,本实验对30株2012年~2015年分离于人、牛及兔的S.agalactiae在cfb基因鉴定的基础上,通过荚膜多糖分子血清分型(CPS)、多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行基因型的确定和分子特征差异性比较。CPS结果显示,牛源和兔源S.agalactiae均为Ia血清型,而人源无乳链球菌包括Ia和III型两种血清型,以Ia血清型为主要血清类型;MLST分型获得8个STs序列型(ST7、ST10、ST19、ST61、ST103、ST199、ST486、ST651)和6个克隆群(CC7、CC10、CC19、CC23、CC61、CC103),其中人源S.agalactiae拥有最多的STs和克隆群分型;PFGE聚类分析可以将其分为18个PFGE带型,且不同动物源性S.agalactiae之间基因分型差异性较大。血清分型、STs序列型、PFGE带型与宿主的来源之间无明显的相关性。不同来源菌株可以同属于血清型Ia,且所有Ia血清型菌株可以分布于不同的STs序列型和PFGE带型中。但分型为Ia/ST651的人源S.agalactiae在MLST的克隆分群中是分型为Ia/ST103牛源S.agalactiae的克隆衍生物,同属克隆群CC103,Ia/ST651只是Ia/ST103单一位点变化的产物,从分子水平的相似性推测二者存在交叉感染的可能性。本研究为奶牛乳房炎的有效预防和治疗提供依据。 相似文献
3.
为了明确目前广东省水禽源沙门菌的优势血清型及其分子流行病学动态,采用细菌分离纯化、生化特性鉴定和PCR扩增从316份样品中分离鉴定出188株水禽源沙门菌;采用玻片凝集法将分离株分为4(B、D、C1、E1)个群别8种血清型;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型法对分离株进行分子分型,得到PFGE-XbaⅠ带型62种,菌株间相似度为54.1%~100.0%,分为A^I共9个聚类簇与11个单一基因型。结果表明,广东水禽源沙门菌优势血清型为鼠伤寒沙门菌,PFGE-XbaⅠ带型具多样化,其中11种PFGE-XbaⅠ带型在区域和年份小范围集中流行,32种带型跨区域与跨时间交叉分布呈散在"流行暴发",不同血清型分离株的PFGE-XbaⅠ带型差异较大,相同血清型的分离株PFGE-XbaⅠ带型一般具有相同图谱型或聚类在一起。本研究采用PFGE法进行分子分型分析具有流行病学意义,并探明了本地沙门菌分离株血清型与分子分型的关系。 相似文献
4.
为了解近年来中国罗非鱼主养区无乳链球菌流行特征,本研究通过PCR扩增和测序等方法对2007年~2016年分离纯化得到的263株罗非鱼无乳链球菌进行菌毛岛屿和血清型分型分析。菌毛岛屿分型结果显示:263株罗非鱼无乳链球菌可分为两种菌毛岛屿类型:PI-2b型(40株)和PI-1+PI-2b型(218株),其中PI-1+PI-2b型无乳链球菌是主要的流行菌株,占总数的82.9%。其余5株无乳链球菌的菌毛岛屿基因缺失,不含菌毛岛屿。分子血清型分析结果显示,所有的无乳链球菌分为两种血清型:Ia型258株(98.1%)和Ib型5株(1.9%)。所有Ib型无乳链球菌的菌毛岛屿均有缺失,仅含有2b-AP1基因。进一步分析表明,Ia-(PI-2b)型无乳链球菌是2011年之前主要的流行株型,而Ia-(PI-1+PI-2b)型无乳链球菌为近6年来广泛流行的株型。Ia型是我国罗非鱼无乳链球菌最流行的分子血清型,同时PI-2b是最重要的菌毛岛屿(98.1%)。本研究为罗非鱼无乳链球菌的流行病学和疾病防控提供调查依据。 相似文献
5.
采用PCR-RFLP技术分析并比较自贡黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊和成都麻羊GoLA-DRB3基因区域第二外显子的遗传多态性,其特异性扩增产物经TaqⅠ、Pst Ⅰ和HaeⅢ限制性内切酶酶切,结果GoLA-DRB3基因的第二外显子的第122、154、168、220、241位碱基均为多态.自贡黑山羊3种酶切共检测到GoLA-DRB3基因的9个等位基因;金堂黑山羊3种酶切共检测到GoLA-DRB3基因的10个等位基因;乐至黑山羊3种酶切共检测到GoLA-DRB3基因的7个等位基因;成都麻羊3种酶切共检测到GoLA-DRB3基因的8个等位基因.聚类表明,金堂黑山羊和成都麻羊的亲缘关系最近,在D=0.282处首先聚为一类,两者再与乐至黑山羊在D=0.351处聚为一类;最后自贡黑山羊与前3个山羊品种在D=0.498处聚为一类. 相似文献
6.
滇南小耳猪与巴马小型猪SLA-DQA基因多态分析 总被引：8，自引：2，他引：8
对滇南小耳猪和巴马小型猪的SLA-DQA基因的部分内含子1、完整的外显子2和部分内含子2共341bp片段进行了PCR-RFLP酶切分型,结果表明：2品种经EcoR Ⅰ酶切后BB基因型频率（0.468 8）高于AB型（0.375 0）,AA型最低（0.156 3）,B为优势基因（0.656 3）,A为劣势基因（0.343 7）.经AluⅠ酶切后,滇南小耳猪MM基因型频率（0.500 0）高于MN型（0.321 4）和NN型（0.178 6）;而巴马猪则以MN基因型频率（0.485 3）高于MM型（0.338 2）和NN型（0.176 5）;2个品种中M等位基因（0.604 2）频率高于N等位基因（0.395 8）.经分析表明,2猪种在两酶切位点上各分型已达Hardy-Weinberg平衡.巴马小型猪和滇南小耳猪中分别存在9种和7种PCR-RFLP组合基因型,其中BBMN为优势组合基因型,AAMN为劣势组合基因型;AAMM组合基因型在2品种间差异显著（P＜0.05）.遗传多态参数分析表明：SLA-DQA基因外显子2的两酶切位点在2猪种间均表现为中度多态,AluⅠ的基因多样性略高于EcoRⅠ,巴马小型猪杂合性略高于滇南小耳猪,2品种间遗传距离为0.000 4. 相似文献
7.
本文旨在研究广东地区Ⅰ型鸭疫里氏杆菌流行分布情况及其分子分型特点。2007—2017年,收集广东地区病死鸭、鹅的脑或肝组织等样品,进行菌株的分离、纯化及PCR鉴定等试验;采用玻片凝集的方法对鸭疫里氏杆菌进行Ⅰ型血清型鉴定,并进一步对血清Ⅰ型菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,用BioNumerics 6.0软件进行聚类分析,比较同源性。结果表明:2007—2017年本实验室共分离保存220株鸭疫里氏杆菌,其中有119株为Ⅰ型血清型,占总分离株的54.09%。PFGE分型得到33种不同的PFGE分型图谱(以相似度≥85%为判断标准),可分为19个簇及14个单一型。血清Ⅰ型是广东地区鸭疫里氏杆菌的优势血清型。Ⅰ型鸭疫里氏杆菌分子型别呈现多样化,菌株之间的同源性差异较高,但存在小范围的克隆传播。 相似文献
8.
《中国家禽》2017,(22)
为了解山东地区零售鸡肉中沙门菌耐药和毒力基因的携带状况以及PFGE分子分型情况,采用PCR方法对分离的25株沙门菌携带的耐药基因和毒力基因进行检测,并运用XbaⅠ酶进行酶切并完成PFGE分析,利用BioNumerics软件对分离菌株的指纹图谱进行聚类分析。结果显示,分离菌株携带耐药基因的携带情况与耐药表型的符合率为95%,其中88%的分离菌株携带酰胺醇类耐药基因(catⅠ)和β-内酰胺类耐药基因(blatem-1/blapsE-1/blaCMY-1/blaoxA-1);所有分离菌株均携带fimAstn、IacP、prgK四种毒力基因,其次是spvr、spva、spvc,携带率均为64%;25株沙门菌共分为10个群,包括16个不同的带型,菌株相似度为60%~100%。 相似文献
9.
根据外膜蛋白基因中间部分的差异,毒素基因和荚膜基因的型特异性,建立3个多重PCR的分型体系,可将App1～12型分成11个模式,除9型和11型外完全区分。此分型体系用于3株野毒株的分型,得出的结果和血清学分型一致。对人工发病猪扁桃体、肺脏、鼻拭子各12份分型结果与已知血清型一致。将该分型系统直接用于临床病料的鉴定并分型,实验从35份临床可疑病料中检测出2份阳性,均为7型,从健康猪扁桃体350份中检测出5份阳性,一份为4型,一份为12型,一份为3型,2份为7型。 相似文献
10.
鸡MHC B-LBⅡ新等位基因检测及多态性研究 总被引：2，自引：2，他引：2
在鸡的基因组中扩增了MHCB-LBⅡ基因第2外显子长度为374bp的片段,通过克隆、测序,发现了20个B-LBⅡ新等位基因。对第2外显子6个限制性酶切位点(AluⅠ、CaiⅠ、CfrⅠ、Hin1Ⅰ、HinfⅠ和RsaⅠ)的PCR-RFLP多态性进行分析,并运用在这6个位点所观测的纯合基因型组合对B-LBⅡ等位基因进行初步检测,结果显示,该方法的等位基因检出率可达65%,等位基因主型检出率为68.75%。对B-LBⅡ基因7个单倍型和20个等位基因第2外显子多态性分析表明,核苷酸的多态变异位点为63个,其中简约性信息位点48个,单变异位点15个;仅在中国地方鸡种所检测到的简约性信息位点13个,单变异位点11个。序列同源性达90.6%~99.5%;核苷酸异义替换率为14.64%±2.67%,高于同义替换率2.92%±0.94%。为鸡B-LBⅡ基因多态性进化机制研究提供了参考资料。 相似文献
11.
为了解上海及周边地区猪源沙门氏菌的血清型分布、毒力基因及分子分型情况,我们对21株临床分离到的猪源沙门氏菌用沙门氏菌属诊断血清鉴定血清型;采用多重聚合酶链式反应,检测17个主要的毒力基因;应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型,探寻21株沙门氏菌之间的亲缘关系。结果显示,21株沙门氏菌中,19株血清型为7∶c∶5,1株为4∶i∶2,1株未鉴定出;21株沙门氏菌的17个毒力基因中检出16个,菌株之间无差别;经PFGE后,每个菌株产生13~18条电泳条带,用Bionumerics软件进行聚类分析表明,21株猪源沙门菌相似度在77%~100%,可分为2种不同的基因型,其中A型有19株、B型2株,亲缘关系较近。本次实验分离的沙门氏菌血清型以7∶c∶5为主,含有16个主要的毒力基因,A型为优势基因型。 相似文献
12.
无乳链球菌及其血清型的PCR方法鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
无乳链球菌(S.agalactiae)是引起奶牛乳房炎和新生儿期侵袭性感染(包括败血症、肺炎和脑膜炎)的重要病原菌.为快速准确地鉴定S.agalactiae及其血清型,本研究对22株从国内不同地区分离的牛源链球菌进行生化鉴定以及针对S.agalactiae保守基因sip进行PCR鉴定,并采用多重PCR技术扩增sip基因阳性菌株的cps基因进行血清分型.结果显示,PCR扩增sip基因阳性17株,其中15株生化试验与PCR结果一致;多重PCR扩增cps基因显示,其中Ia型4株、Ⅱ型11株、Ⅲ型2株.本研究为鉴定S.agalactiae及其血清型提供了参考. 相似文献
13.
《中国兽医学报》2016,(7)
为了解广东省水禽源大肠杆菌中Ⅰ型整合子基因盒流行情况,本试验对251株广东地区水禽源大肠杆菌的Ⅰ型整合子进行了检测分析。采用PCR方法扩增Ⅰ型整合酶基因和Ⅰ型整合子基因盒,经限制性内切酶酶切和测序鉴定基因盒插入区。结果显示:98%水禽大肠杆菌检测到Ⅰ型整合酶基因,但只有67.7%大肠杆菌扩增出Ⅰ型整合子基因盒。携带Ⅰ型整合子的大肠杆菌共扩增出8类(A、B、C、D、E、F、G和H)不同的基因盒插入区,其中C类(插入基因为dfrA1-aadA1)检出率最高,高达57.1%(97/170),而A类和H类检出率最低,仅1.15%(2/170)。52株大肠杆菌扩增出2个基因盒,2株大肠杆菌扩增出3个基因盒,分别占携带Ⅰ型整合子大肠杆菌的30.6%和1.15%。结果表明:大肠杆菌Ⅰ型整合子插入的耐药基因盒较多,结构较复杂,促进细菌多重耐药菌株的进化。 相似文献
14.
成熟的基因扩增及测序技术,结合比较发达的网络与信息技术,给我们提供了以DNA为基础的系统分类方法.一种新的DNA分类方法--DNA条形编码(DNA Barcoding)技术应运而生.本研究以线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase Ⅰ,CD Ⅰ)基因的特定序列作为DNA条形码,对我国7个地方鸡种进行分子评估.研究结果表明:选择的这段CO Ⅰ基因序列有22个突变位点,为13个单倍型,其中11个单倍型为各品种所特有;6个鸡种有其特异位点,这些特异单倍型和特异位点作为DNA条形码可以对其进行分子评估,并可以作为辅助各品种鉴定的依据.7个品种间Kimura双参数遗传距离为0.017～0.389.7个品种的DNA分类和形态学分类基本一致,该基因可以探讨地方鸡种分类问题. 相似文献
15.
猪MHCⅠ类区域基因及其分型研究进展(续完) 总被引：1，自引：0，他引：1
血清学分型由来已久,人们大多采用SIAⅠ类抗血清来研究SLA Ⅰ类区域的特征。尽管目前分子技术无所不在,但实际上分析MHC Ⅰ类基因时,采用传统的同种抗SIA试剂即SLA Ⅰ类抗血清进行检测,仍不失为一种针对大量个体的快速有效且便宜的分析工具． 相似文献
16.
猪胸膜肺炎放线杆菌血清型研究进展 总被引：11，自引：0，他引：11
猪传染性胸膜肺炎是当前养猪业的主要呼吸系统传染病之一 ,其病原菌是胸膜肺炎放线杆菌 ,血清型多。准确区分此病原菌的不同血清型是研制预防有效疫苗的前提。根据 NAD依赖性 ,本菌可以分为生物 I型和生物 II型 ;采用传统的血清学方法 ,本菌又分为 1 5个血清型。各种血清学方法仍是现阶段对胸膜肺炎放线杆菌开展血清型鉴定的主要手段 ,但不足之处是存在一定程度的交叉反应以及不能对新分离的病原菌进行分型。采用聚合酶链式反应对不同基因进行扩增 ,根据扩增结果进行血清型鉴定的基因分型方法 ,具有准确和特异的优点 ,并可以克服传统血清学方法的不足 ,已经逐渐成为胸膜肺炎放线杆菌研究中的新的分型方法 相似文献
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狂犬病毒(RV)糖蛋白(G)、尾随序列、聚合酶、G-L间隔区决定了其神经侵袭力,并且G基因、G-L间隔区携带病毒遗传差异性及流行病学信息.为研究云南省RV的分子差异和进化关系、探索同一毒株不同基因片段是否发生重组,本研究选择云南省2006年～2011年来自不同地州的18份RV阳性样品,对G基因、G-L间隔区进行克隆、测序,并与参考序列进行比对及系统发育分析.实验表明云南RV血清Ⅰ型和基因Ⅰ型病毒株存在2个遗传谱系(China-Ⅰ和Thailand),其中China-Ⅰ可进一步划分为3个遗传亚谱系(China Ⅰ-1～China Ⅰ-3).3个病毒样品(YNYL2010、YNQJ07、YNRL022011)G基因、G-L间隔区分析结果存在差异,在G基因系统发育分析中,YNYL2010、YNQJ07、YNRL022011分别属于遗传亚谱系China Ⅰ-1、China Ⅰ-2、Thailand,而在G-L间隔区分析中,则分别位于China Ⅰ-2、China Ⅰ-3、China Ⅰ-1.结果表明云南省RV G基因和G-L间隔区基因序列具有遗传差异,相同遗传(亚)谱系的病毒株间可能存在不同的来源. 相似文献
18.
利用随机引物AP-7,建立引物随机多态性扩增(RAPD)体系对71株引起内蒙古和贵州地区奶牛乳房炎的金黄色葡萄球菌分离株进行基因分型研究。结果表明,71株金黄色葡萄球菌均得到清晰的RAPD指纹图谱,扩增产物为2～9条带,产物大小为240～4 500bp。菌株共分为6个基因型,其中Ⅰ型17株(占23.9%)、Ⅱ型3株(占4.2%)、Ⅲ型33株(占46.5%)、Ⅳ型15株(占21.1%)、Ⅴ型2株(占2.8%)、Ⅵ型2株(占2.8%)。Ⅰ型为内蒙古地区的流行优势菌群,Ⅲ型为贵州地区的流行优势菌群。两地区各基因型菌株比例有明显差异,这可能与奶牛养殖业水平和环境差异有关。 相似文献
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基于RT-PCR方法，扩增了用于马传染性贫血病毒（Equine infectious anemia virus，EIAV）减毒疫苗株CTL表位研究的5匹马的编码经典MHC—I类分子的大部分基因，具体包括编码肽结合区大部分区域、α3区、穿膜区及胞浆区蛋白的基因，并进行了PCR产物的克隆和测序。试验马匹外周血单个核细胞（Peripheral blood mononuclear cells，PBMC）的总RNA提取物经RT-PCR扩增，并将所得产物进行T-A克隆。从每匹马的所有克隆中，分别随机挑取鉴定为阳性重组质粒的21～23个克隆用于测序分析。研究结果表明，5匹试验马匹各自具有3～5个等位基因，由于MHC-Ⅰ分子等位基因表达的共显性特征，可以推测马的基因组内可能存在2～3个基因座对应于这些等位基因，这与国外已有研究结论基本一致。另外，不同马匹PBMC表达的MHC-Ⅰ类分子的差别水平不一致。除了6号与7号和10号马之间MHC-Ⅰ类分子的差异较大，无相同或高度相近的经典MHC-Ⅰ类分子序列外，各马匹间均表达具有1个或1个以上的相同或高度同源的对应经典的MHC-Ⅰ类分子的mRNA。以上研究结果既可作为正在开展的EIAV减毒疫苗株CTL表位研究的基础性、支持性数据，又可进一步丰富国内马的经典MHC-Ⅰ分子多态性方面的相关研究。 相似文献
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为了解我国鸡源致病性大肠杆菌的分子流行病学状况,利用PFGE分子分型方法,对2017年分离自山东、吉林、新疆、西藏等7个代表性区域的130株大肠杆菌分离株进行了分子分型研究。结果显示:130株大肠杆菌共分为105个带型,其中33株菌株的图谱相似度在90%以上;不同来源菌株的PFGE带型差别较明显,即使是相同来源菌株,PFGE带型差异同样显著,显示了分离株菌株的遗传多样性。本研究为指导我国鸡群大肠杆菌病防控以及鸡源致病性大肠杆菌引发疾病或食品安全突发事件的追踪溯源提供了依据。 相似文献