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生物性别决定是由一组基因通过级联网络来调控。果蝇sans fille(snf)基因在其性别决定过程中具有重要作用。结合生物信息学与分子生物学实验,成功克隆了家蚕的snf基因(Bm snf基因)。克隆的Bm snfcDNA全长915 bp,ORF长630 bp,编码209个氨基酸。该基因推定蛋白质的预测分子量为24 kD,等电点为9.75。将Bm snf的cDNA与家蚕基因序列进行比对,结果表明该基因具有5个外显子,外显子/内含子边界处均符合GT-AG规则。比较家蚕snf和果蝇snf基因,显示两者编码氨基酸序列相似性为69.9%。通过SMART软件分析,家蚕snf和果蝇snf的RRM很相似。以上结果表明,家蚕snf很可能发挥了类似果蝇snf的作用。 相似文献
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鱼类性别决定及其控制技术的研究进展 总被引：1，自引：0，他引：1
《黑龙江畜牧兽医》2017,(1)
鱼类的性别决定一般有两种决定模式,遗传决定模式和环境决定模式,遗传决定模式主要由染色体上基因决定鱼类性别,环境决定模式主要由温度、p H值和密度等决定鱼类的性别。文章对鱼类的染色体性别决定类型和鱼类性别决定基因Sox基因家族、芳香化酶基因及Dmrt基因家族进行了综述。对鱼类的性别控制技术中性激素诱导技术、性反转技术、雌核发育技术、种间杂交技术、三倍体人工诱导技术进行了分析和探讨,并对鱼类性别决定及性别控制技术进行了展望。 相似文献
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DMRT基因家族是一个与性别决定相关的发育基因家族。以鸡、鹌鹑及其属间杂交种胚胎为试验对象,分别采集孵化72 h的鸡、鹌鹑和杂交种胚胎,以DMRT1b为目的基因进行扩增,对DMRT1b基因原序列、扩增序列分析,应用Ex PASy网站对序列编码蛋白进行蛋白质生物信息学分析,结果发现杂交种DMRT1b基因较其父母本发生部分碱基缺失,预测蛋白质功能存在差异,推测由于基因缺失导致蛋白质不同,这种现象可能与杂交种早期死亡、不育存在相关性。研究结果为鸡与鹌鹑属间杂交种雌性致死与雄性不育的研究奠定基础。 相似文献
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家蚕27、28号染色体基因的生物信息学分析 总被引：2，自引：1，他引：1
利用家蚕基因组精细图分析第27、28号染色体上的基因结构及其编码蛋白的功能结构域,可为在家蚕资源库中鉴定这两条染色体上的突变基因以及发现新的形态标记提供重要线索。基因预测及结构分析显示:家蚕第27和28号染色体是基因数目最少的两条染色体,预测基因数目分别是241个和288个,平均每个基因分别具有7.7和5.3个外显子;蛋白质全长编码区序列(CDS)长度主要分布于400-800 bp之间;CDS的GC含量分别是49.72%和46.54%。蛋白质功能结构域分析发现,家蚕第27、28号染色体上基因所编码的蛋白分别具有76和92种结构域,其中最多的3种结构域分别为Sugar_tr、MFS_1、zf-C2H2和UDPGT、DUF、Serpin。将家蚕第27、28号染色体上的预测基因与果蝇突变基因进行同源检索的结果显示,家蚕第27、28号染色体上分别有16和15个基因具有明显的可能突变表型。 相似文献
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Sox基因家族是在动物中发现的一类重要的转录调控因子。基于生物信息学和RACE策略,从家蚕胚胎中克隆了一个与果蝇E族Sox基因成员同源的基因的全长cDNA,命名为BmSoxE(GenBank登录号:HQ728280)。BmSoxE的cDNA序列全长为1 398 bp,编码222个氨基酸。生物信息学分析显示,BmSoxE蛋白序列含有典型的HMG-box结构域和数个磷酸化位点。组织表达谱分析发现,BmSoxE基因在家蚕生殖腺中高量表达;时期表达谱分析表明,从家蚕的幼虫期一直到成虫期,Bm-SoxE基因的表达维持在较高水平,暗示BmSoxE基因在家蚕性别决定和分化中可能发挥了调控作用。 相似文献
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Atlastin基因是人类遗传性痉挛性截瘫(hereditary spastic paraplegia,HSP)疾病的致病基因之一。Atlastin蛋白具有典型的GTP结合(GBP)结构域和2个相邻的跨膜结构,被定位在高尔基体和内质网膜上,具有运输小囊泡的功能。用人类和果蝇的Atlastin基因序列对家蚕基因组数据库进行同源搜索,鉴定得到4个同源基因,命名为BmATL1-BmATL4。生物信息学分析显示这4个基因编码的蛋白质都有GBP结构域,其中:BmATL1和BmATL2的分子质量约60 kD,有2个相邻的跨膜结构;BmATL3和BmATL4的分子质量约85 kD,没有跨膜结构。表达谱分析表明BmATL1和BmATL2在家蚕5龄第3天幼虫各组织都有低量表达,BmATL3和BmATL4在血细胞中特异高量表达。综合分析提示:BmATL1与人类和果蝇Atlastin的分子质量、结构域和表达谱特征相似。 相似文献
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Doublesex是昆虫性别决定级联通路上的关键基因,其在控制昆虫性别分化中起着重要的作用。本研究旨在克隆、鉴定美洲锥虫病重要媒介红带锥蝽（Triatoma rubrofasciata）的性别决定基因doublesex(Trdsx),分析其不同发育时期的表达谱。基于红带锥蝽基因组数据库,比对Trdsx相关片段,分别以雌雄红带锥蝽cDNA为模板,采用PCR方法克隆Trdsx基因,利用生物信息软件对所得序列进行结构域预测、氨基酸序列比对和进化树分析。根据Trdsx特异性表达引物,利用real time RT-PCR方法研究其在红带锥蝽不同发育时期及雌雄个体的表达谱。从红带锥蝽雌、雄成虫中克隆获得一个雌、雄共有的Trdsx cDNA全长开放性读码框序列,命名为TrdsxB。TrdsxB长度为948 nt,编码315个氨基酸。结构域分析发现TrdsxB包含锌离子结合序列、具有保守的锌螯合残基C2H2C4的DM结构域和参与泛素介导的蛋白水解序列的UBA结构域。TrdsxB在卵中高表达,随后逐渐减少,在四期若虫降至最低,之后再次升高。TrdsxB雌、雄锥蝽中存在表达差异。本研究获得了红带锥蝽性别决... 相似文献
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为了明确猪TGF-β基因家族的功能和进化关系,运用HMMER并结合BLAST对猪的TGF-β基因家族成员进行鉴定,运用多种生物信息学方法对序列进行分析,运用转录组数据分析TGF-β基因家族的组织表达规律,并对TGF-β基因家族进行功能富集分析。结果表明：猪TGF-β基因家族共有36个成员,编码蛋白质的氨基酸数量在153～719,相对分子质量在16.44～79.41 kDa,等电点在4.93～11.78,均为亲水性蛋白。二级结构以无规则卷曲为主,其次是α-螺旋。系统进化树分析表明TGF-β基因家族分为三大亚类,猪TGF-β基因家族成员与人和小鼠的TGF-β基因家族成员分别聚集,说明其进化关系较近。基因结构和结构域中同一类群的不同TGF-β基因家族成员具有较高的相似度。转录组数据显示大多数TGF-β基因家族成员在成年公猪和母猪27种不同组织和外周血单核细胞中均有表达,其中GDF1和TGFB2基因在成年猪所有组织中高表达。功能富集分析发现TGF-β基因家族参与众多的生物学过程和病理过程。研究结果为深入解析猪TGF-β基因家族的生物学功能奠定基础。 相似文献
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家蚕亲环蛋白基因家族(CyPs)在全基因组水平由18条相似序列组成,与人CyPA在氨基酸序列上具有较高的同源性。结构域分析显示家蚕CyP基因家族可分为单一结构域(SD)和多结构域(MD)两类,无根进化树将18个家族基因分为两枝。本论文根据功能元件相似性预测了家蚕CyP单一结构域(SD)和多结构域(MD)基因的功能,并通过序列氨基酸位点的置换、缺失和插入分析推测位于胞质Cyclophilin基因的功能差异,这些功能差异使蛋白质在三维结构上发生或小或大的变化导致与底物结合的特异性。 相似文献
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淀粉酶在生物体内的碳水化合物代谢中起重要作用。根据预测的基因序列设计引物,克隆了一个家蚕淀粉酶基因(Bmamy2),获得完整的编码区序列(全长1 752 bp,编码583个aa)。用推导的氨基酸序列与其它物种的淀粉酶基因作相似性比较和系统发育分析,发现所克隆的Bmamy2基因是一个起源很早的拷贝,在细菌、果蝇、非洲蟾蜍、人和鸡等多种生物中存在与之同源的基因。该基因编码蛋白的功能结构域预测有2个起催化作用的关键氨基酸发生突变,推测该基因可能失去了催化水解碳水化合物的功能。RT-PCR和基因芯片检测结果表明,该基因在家蚕5龄第3天幼虫的中肠和脂肪体中表达,且在中肠中的表达丰度较高。 相似文献
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昆虫特有基因对于维持昆虫特有的形态、行为及生活习性起关键作用,同时也是防治有害昆虫的靶标基因。基于家蚕基因组数据,对昆虫特有基因Osiris(Osi)家族进行了分析。通过同源比对,发现家蚕的Osi家族含有22个成员,其中21个基因串联分布在26号染色体,1个基因位于4号染色体。共线性分析发现,家蚕与黑腹果蝇有18个Osi基因表现为共线性关系。系统进化分析表明Osi基因家族是在昆虫物种分化前已形成的多基因家族,家蚕与果蝇的Osi家族亲缘关系相对较近。家蚕的4个Osi基因(BmOsi9-1、BmOsi9-3、BmOsi9-4和BmOsi9-5)聚成一个进化枝,且在基因组上呈串联分布,暗示其是在物种分化后通过基因复制产生的,属特有基因。结构域分析发现,家蚕Osi蛋白均含有一个功能未知的结构域DUF1676,是Osi基因家族的典型特征。组织芯片分析表明,BmOsi20和BmOsi17分别在家蚕5龄幼虫的中肠和精巢中特异性高量表达,BmO-si18和BmOsi9-1分别在马氏管和丝腺中特异表达。 相似文献
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已知卵巢肿瘤基因(ovarian tumor gene,otu)在果蝇(Drosophila melanogaster)卵巢发育过程中发挥极其重要的作用,该基因突变会扰乱卵子形成的正常过程。为探究家蚕(Bombyx mori)是否具有类似果蝇生殖发育相关基因otu的同源基因,以及基因存在的可变剪接形式,在电子克隆的基础上,应用RT-PCR从家蚕精巢组织中获得了4条不同长度的Bmotu cDNA片段(GenBank登录号:HQ831341,HQ831342,HQ999998,HQ831343),其中3条由于无义突变导致翻译提前终止;而从卵巢组织中仅获得了1条Bmotu cDNA片段,该片段序列与精巢中扩增的登录号为HQ831343片段序列的5'端相同。结果表明Bmotu基因存在可变剪接,且雌、雄之间的剪接方式可能存在差异。生物信息学分析发现Bmotu基因编码蛋白与果蝇Otu的结构类似,含有半胱氨酸蛋白酶结构域(Otu结构域)、Tudor结构域、脯氨酸基序。研究结果有助于进一步探讨家蚕生殖发育机制。 相似文献
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众所周知，在哺乳动物中，Y染色体对雄性发育起着决定作用，在20世纪90年代，发现了性别决定区Y连锁基因SKY(Sex-determining region Y-linked gene)，到目前为止，已在大多数哺乳动物Y染色体发现了SRY基因，从而将睾丸决定因子研究引入微观领域。性别决定可能是SKY基因为主导，X、Y连锁的基因参与的常染色体编码的蛋白质联级反应，从而使个体向雄性发育，但是SKY基因只能在哺乳动物的性 相似文献
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Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道.为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析.研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL(Dicers),13个AGO(Argonautes),4个RDRs.系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支.同一家族基因成员具有共同的保守结构域.虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高.本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据. 相似文献
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Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases, RDRs)是RNA干扰(RNA interference, RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道。为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析。研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL (Dicers),13个AGO (Argonautes),4个RDRs。系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支。同一家族基因成员具有共同的保守结构域。虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高。本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据。 相似文献
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最近研究人员发现 ,果蝇中一个单基因的表达改变可以使果蝇的寿命增加 1倍 ,而对其繁殖力和正常生理活动无影响。这个基因被称为 Indy(for I'm not dead yet) ,其编码一种与哺乳动物二羧酸共转运蛋白 (一种转运三羧酸循环代谢中间物的跨细胞膜蛋白 )同源的蛋白质。基于该基因在果蝇中的表达及其与哺乳动物这一转运蛋白的同源性 ,研究人员认为 ,该基因可能通过改变细胞吸附和利用代谢物而创造一种与热量限制 (caloric restriction)相似的代谢状态来影响寿命。哺乳动物这一转运蛋白广泛存在于消化道、胎盘、肝脏、肾脏和脑等组织中。对这一基… 相似文献