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为了对新疆石河子地区野生熊蜂进行种类鉴定,试验采用形态学鉴定及线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列扩增、测序,并与GenBank登录的熊蜂参考序列进行遗传进化分析等分子生物学鉴定。结果表明:本次采集的石河子地区熊蜂经形态学鉴定为真熊蜂亚属(Bombuss.str.),分子生物学鉴定其为明亮熊蜂,COⅠ基因DNA序列的碱基组成A+T含量(76.45%)较高;石河子地区明亮熊蜂与吉尔吉斯斯坦明亮熊蜂同源性(97.0%～97.8%)最高,与北京地区明亮熊蜂同源性(90.8%～92.4%)最低;石河子地区明亮熊蜂与吉尔吉斯斯坦明亮熊蜂聚为同一支,与德国、英国、瑞士等欧洲明亮熊蜂及蒙古国明亮熊蜂、内蒙古地区明亮熊蜂形成一个大支,与北京地区明亮熊蜂形成一个类群。 相似文献
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为了解内蒙古呼和浩特市摇蚊的分类鉴定与COI基因序列特征。2016年7月在内蒙古自治区呼和浩特市采集摇蚊标本,在体视显微镜下观察摇蚊形态学特征,同时提取虫体基因组DNA,用COI基因特异引物PCR扩增和序列测定,然后采用生物信息学软件进行核苷酸同源性和遗传进化分析。共采集摇蚊标本41只,其中雌蚊38只(92.68%)、雄蚊3只(7.32%)。9只摇蚊具有与Ch.riparius相似形态学特征,32只摇蚊具有与Ch.muratensis相似的形态学特征。序列分析结果显示3只摇蚊COI基因核苷酸同源性在83.3%～99.8%,其中HS1-1-1、HS1-1-2两只蚊虫与Ch.riparius位于同一进化分枝内,核苷酸同源性均为99.8%;HS1-3-2与Ch.muratensis位于同一进化分枝内,核苷酸同源性为99.6%。 相似文献
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鳞翅目昆虫是柞树的重要害虫类群。为了提高柞园鳞翅目害虫早期测报效率和准确度,建立了以线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)为标准基因的DNA条形码物种快速鉴定技术。应用该技术对从柞园采集的11种鳞翅目害虫的卵和蛹基因组DNA样品进行PCR及产物测序,得到了供试鳞翅目昆虫卵和蛹594~708 bp长的DNA条形码标准基因。同一种昆虫卵和蛹的DNA条形码序列存在0~2个碱基差异,序列一致度在99.7%~100%之间。供试鳞翅目昆虫DNA条形码序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为30.7%、38.5%、14.9%和15.9%。获得的DNA条形码序列与Gen Bank数据库中同源序列相似度性最高物种的DNA条形码序列一致度在91.4%~100%之间,差异度在0~8.6%之间,其中有10种鳞翅目昆虫的卵和蛹的样品(编号1~20)与Gen Bank数据库中同源序列的一致度在99%~100%之间,差异度为0~1.0%,只有1种鳞翅目昆虫的卵和蛹样品(编号21、22)与Gen Bank数据库中同源序列的差异度较大,为8.6%。结果表明:应用建立的DNA条形码技术,可以根据天幕毛虫等鳞翅目害虫的卵和蛹基因组DNA快速、准确地对害虫进行种类鉴定。 相似文献
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《中国草地学报》2019,(4)
利用DNA条形码技术对收集到的8种草地螟寄生性天敌昆虫线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA COⅠ)的部分序列进行测定,通过比对分析,以邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建天敌昆虫系统发育树,以Kimura双参数模型计算天敌昆虫种内及种间的遗传距离。结果发现:与Genbank中寄生蝇及寄生蜂序列进行对比、剪切,共得到584bp的寄生蝇条形码基因序列49条、625bp的寄生蜂条形码基因序列45条。其中,49条寄生蝇的平均碱基含量中AT含量为71.1%,大于GC含量;45条寄生蜂的平均碱基含量中AT含量为74.0%,大于GC含量;均表现出AT偏向性。4种寄生蝇种内平均遗传距离为0.0015,种间平均遗传距离为0.1137;4种寄生蜂种内平均遗传距离为0.0015,种间平均遗传距离为0.3010,两类天敌昆虫的种间遗传距离均远大于种内遗传距离;聚类分析显示每一种天敌对应一个分支。说明基于COⅠ基因的条形码技术可以用于草地螟寄生性天敌昆虫的鉴别。 相似文献
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从猪丹毒疑似病例肺脏中分离到1株革兰阳性小杆菌,编号为YN19071,对其进行形态学、分子生物学鉴定,并研究其致病性、耐药性以及spaA基因遗传进化关系。16S rRNA基因序列在NCBI数据库中进行BLAST比对,结果显示分离株YN19071与猪丹毒杆菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)模式菌株ATCC 19414~T同源性99.9%,对小鼠有较强的致病性。spaA基因进化分析显示,YN19071与10株猪丹毒杆菌中国分离株之间的同源性为98.8%～99.5%,与疫苗株G4T10同源性为99.3%。与疫苗株G4T10相比较,云南分离株YN19071的spaA基因存在3个突变位点T609G、A635G和A671G,对应的氨基酸序列也存在3个突变位点I203M、E212G和E224G。本研究在首次对云南猪丹毒杆菌spaA基因遗传进化分析,对云南猪丹毒杆菌的疫苗免疫防控具有指导意义。 相似文献
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为了对蒙古绵羊Brachyury基因DNA序列进行研究,试验主要利用PCR技术对蒙古绵羊Brachyury基因序列进行扩增并克隆,首次获得了完整的Brachyury 基因序列。利用NCBI网站上的BLAST功能将测序结果同已发表绵羊Brachyury基因序列进行比对,结果显示同源性高达99%,大部分序列完全一致。将该序列与GenBank数据库中登录的牛、人、大鼠、小鼠、山羊、猴和蝾螈等10个不同物种的Brachyury分子序列进行了比对分析。结果显示,蒙古绵羊Brachyury氨基酸序列与牛Brachyury氨基酸序列同源性最高,为96.30%;最低的则是来源于蝾螈的Brachyury氨基酸序列,仅为58.45%。遗传进化分析进一步证实蒙古绵羊与牛的Brachyury亲缘关系较近,与其他物种则遗传距离较远。此外,序列分析发现蒙古绵羊Brachyury基因高度保守,仅个别碱基发生突变。研究结果表明,蒙古绵羊Brachyury基因序列与其他脊椎动物的Brachyury基因序列也具有高度的保守性。 相似文献
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旨在构建我国部分马、驴细胞色素b(CYTB)基因的DNA条形码数据库，并研究其遗传多样性。以全国不同区域的8个马和3个驴品种共计149例样本为研究对象，以CYTB为候选基因，构建DNA条形码数据库，并与前期获得的细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)和16S rRNA(16S)基因的DNA条形码进行对比，对我国部分马、驴品种进行遗传多样性分析。本研究共生成了CYTB DNA条形码1 271条，经分析，CYTB、COⅠ和16S的GC含量范围分别为44.4%～47.0%、38.3%～47.0%和40.9%～42.6%。对比后发现CYTB基因拥有最多的单倍型序列，在3个基因中表现出更多的多态性位点数，且单倍型多样性更高。编码蛋白的CYTB和COⅠ基因的第3位密码子突变率更高，保守性最小，而非编码蛋白16S基因中3位密码子突变率没有显著差异。CYTB和COⅠ蛋白序列的氨基酸含量不同，CYTB中含量最多的3个氨基酸为亮氨酸、异亮氨酸和苏氨酸，COⅠ为亮氨酸、甘氨酸和丙氨酸。在CYTB和16S条形码中，无论是在物种水平上还是在亚种水平上，种内和种间距离都出现重合现象，而马和驴的COⅠDNA条形码在种内/种间遗... 相似文献
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利用RT-PCR技术对3株H5N1亚型高致病性禽流感病毒新疆株的NA基因进行了扩增,分别得到了3个毒株的NA基因,序列分析表明,3个毒株NA的全长核苷酸序列均为1 380 bp.同源性分析表明,3个分离株之间的核苷酸同源性在95.1%～97.9%之间;与来自青海、浙江、广东、东南亚等不同地区水禽禽流感病毒毒株的同源性为90.3%～98.8%;与分离自香港、浙江、越南等地区的流感病毒同源性为86.7%～97.9%. 相似文献
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利用DNA条形编码探讨云南野柞蚕的分类学地位 总被引：7，自引：4，他引：3
2001年在云南曲靖发现的野生柞蚕(云南野柞蚕,A.pernyiwild)拥有一些与放养型柞蚕(A.pernyi)不同的特性。测定了云南野柞蚕线粒体细胞色素酶C亚基I基因5′端的部分片段(658 bp,GenBank:EU532613),并利用该DNA条形编码探讨其分类学地位。基于Kimura-2-Parameter计算的4个放养型柞蚕品种之间的平均遗传距离仅0.003,而云南野柞蚕与放养型柞蚕之间的遗传距离为0.016,小于已确定分类学地位的放养型柞蚕与印度野蚕(A.rolyii)之间的遗传距离(0.028),但与家蚕(B.mori)同其祖先中国野桑蚕(B.mandarinaChina)之间的遗传距离相近(0.015)。NJ树中云南野柞蚕与放养型柞蚕也最先聚在一起,从分子水平证实其仍属于柞蚕种。初步认为,云南野柞蚕可以考虑成为柞蚕种的一个亚种——野柞蚕亚种。 相似文献
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利用DNA条形编码探讨柞蚕饰腹寄蝇的分类学地位 总被引：3，自引：3，他引：0
柞蚕饰腹寄蝇(Blepharipa tibialis Chao)是柞蚕的主要寄生性害虫之一。测定了柞蚕饰腹寄蝇的线粒体细胞色素酶C亚基I(COI)基因5′端的部分片段(657bp,GenBank登录号EU433559),并利用该DNA条形编码探讨了其分类学地位。将GenBank数据库登载的寄蝇科11个属的15个代表种的序列组成数据集,基于Kimura-2-Parameter计算了序列间的遗传距离,采用邻近距离法(Neighbour-Joining)构建了系统树。Blast检索表明这段序列可以作为DNA条形编码用于柞蚕饰腹寄蝇的鉴定。柞蚕饰腹寄蝇与饰腹寄蝇属内5个种间的平均遗传距离(0.122)是饰腹寄蝇属内种间平均遗传距离(0.063)的2倍,而11个形态学属间的平均遗传距离(0.122)则与柞蚕饰腹寄蝇和这11个形态学属之间的平均遗传距离(0.124)基本一致;柞蚕饰腹寄蝇在构建的NJ树中也没有与饰腹寄蝇属的种类聚在一起。基于上述结果,建议将柞蚕饰腹寄蝇从饰腹寄蝇属划分出来,单独作为一个新的属。 相似文献
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In order to understand the genetic evolution of Penton protein of fowl adenovirus(FAdV),the specific primers of Penton were designed on the basis of published sequences of different genotypes on GenBank.Then Penton gene of 12 serotypes were amplified by PCR and constructed into pEASY-Blunt Simple Cloning Vector for sequencing.The nucleotide sequences of Penton protein of 12 serotypes were analyzed and compared with the nucleotide sequences of standard strains published on NCBI by ClustalW method to draw a genetic phylogenetic tree.The results showed that the nucleotide sequences of Penton protein of 12 serotypes had more than 99.2% homology with their respective standard strain,among which the homology of FAdV-1,FAdV-2,FAdV-3,FAdV-4,FAdV-6,FAdV-7,FAdV-8a,FAdV-8b,FAdV-10 and FAdV-11 were as high as 100%.This further confirmed the consistency between the laboratory preserved strains and the world standard strains.However,although Penton protein was highly conserved,there were still significant differences among different species.The nucleotide homology between FAdV-A1 and other species was 70.6%-73.3%,while that of FAdV-B5 was 70.6%-77.9%.The nucleotide homology between FAdV-C strains of different serotypes was 99.6%,while homology between FAdV-C4 and other species was 71.2%-73.4%.The nucleotide homology between FAdV-D strains of different serotypes was 95.6%-98.7%,while the highest homology between FAdV-D and other species was 85.3%.The nucleotide homology between FAdV-E strains of different serotypes was 98.2%-99.4%,while the highest homology between FAdV-E and other species was 85.3%.In conclusion,the homology difference between strains of the same species was small,and that of different species was significant.FAdV could be divided into A,B,C,D and E species according to nucleotide sequence of Penton protein.This study successfully cloned 12 serotypes Penton gene of FAdV and performed genetic evolution analysis,which laid the foundation for the diagnosis,monitoring and identification of FAdV in the future. 相似文献
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为了解鸡腺病毒（fowl adenovirus,FAdV）Penton基因的遗传进化规律,试验根据GenBank中已公布的各基因型序列设计特异性引物,通过PCR技术分别扩增12个血清型毒株的Penton基因,连接至pEASY-Blunt Simple Cloning Vector上进行序列测定,并将12个血清型毒株Penton蛋白的核苷酸序列与NCBI上已公布的标准毒株的核苷酸序列使用ClustalW法进行分析比对,绘制遗传进化树。结果显示,12种血清型Penton蛋白核苷酸序列与各血清型标准毒株同源性均在99.2%以上,其中FAdV-1、FAdV-2、FAdV-3、FAdV-4、FAdV-6、FAdV-7、FAdV-8a、FAdV-8b、FAdV-10、FAdV-11与对应标准株同源性高达100%,这进一步证实了实验室保存毒株与世界相应标准毒株的一致性。Penton蛋白虽然保守性较高,但不同种之间仍存在明显差异。FAdV-A1与其他种毒株同源性为70.6%~73.3%;FAdV-B5与其他种毒株同源性为70.6%~77.9%;FAdV-C同种不同血清型之间核苷酸同源性为99.6%,FAdV-C4与其他种之间同源性71.2%~73.4%;FAdV-D同种不同血清型之间核苷酸同源性为95.6%~98.7%,与其他种之间最高为85.3%;FAdV-E同种不同血清型之间核苷酸同源性为98.2%~99.4%,不同种间最高为85.3%。即相同种毒株之间差异较小,不同种毒株之间差异较大。依据Penton蛋白的核苷酸序列同样可以将FAdV分为A、B、C、D、E 5个种。本研究通过成功克隆FAdV 12种血清型Penton基因,并进行遗传进化分析,为今后对FAdV诊断、监测及毒株鉴定提供了参考。 相似文献
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试验旨在探讨以猪的细胞色素氧化酶Ⅰ（cytochrome C oxidase subunitⅠ,COXⅠ）基因的特定区段作为DNA条形码识别海南特种野猪与其他品种的可行性和有效性。以海南特种野猪、海南野猪、屯昌猪、五指山猪及长白猪为研究对象,测定其COXⅠ基因,同时在NCBI中下载已发表的具有地方代表性的13个猪品种的COXⅠ基因序列,分析海南特种野猪与其他品种的遗传多样性、遗传距离,并构建系统进化树。结果发现,猪COXⅠ基因序列长1 419 bp,5个猪品种45个个体COXⅠ基因共检测到67个变异位点,占分析位点的4.7%,其中简约信息位点22个;5个猪品种的种内遗传距离为0.001~0.019,其中海南特种野猪的种内遗传最大,为0.019;5个猪品种的种间遗传距离为0.009~0.123,其中海南特种野猪与长白猪的遗传距离最大,为0.123;海南特种野猪杂交情况比较明显,与海南本地品种五指山猪、屯昌猪和海南野猪都有聚类,与武夷黑猪、三都黑猪、陆川猪位于一个分支,另一部分与大花白猪位于一个分支,与长白猪没有聚类。本试验结果为海南特种野猪的进一步选育提供了参考依据。 相似文献
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The early detection and correct identification of polydorid polychaete species is essential as they are often encountered as invasive alien pests in aquaculture facilities or the intertidal where they may modify the ecosystem. Accurate identification is, however, often hampered by high levels of morphological similarity among species. This taxon will therefore benefit from the development of a library of sequences, such as COI barcodes, to aid identification. However, the universal primers for the cytochrome c oxidase I (COI) DNA barcoding marker has failed to consistently amplify this gene for polydorids, greatly hampering the development of such a library. We describe the development of unique PCR primers for the COI gene that work across four genera and nine species of polydorids. We also compared its efficacy with sequence data for mitochondrial cytochrome b and nuclear 18S rRNA, and a concatenated dataset consisting of all three markers. The nuclear 18S rRNA gene showed the least variation both intra- (0.0–1.2%) and interspecifically (0.6–4.3%), and was the most accurate for species identifications among the three markers. Although COI was characterised by higher intraspecific variation compared with Cyt b (0.0–14.5% and 0.0–4.2%, respectively), Cyt b showed considerably higher levels of interspecific variation (16.6–30.2%) compared with COI (2.2–20.7%). Of the two mitochondrial DNA markers, COI was actually less accurate for species identifications, having suggested two species within Boccardia pseudonatrix that was not supported by the other markers. Overall, the concatenated dataset yielded the most consistent intraspecific groupings, suggesting that this is the most accurate means of identifying polydorids using DNA sequence data. Thus, there may not be a quick and easy way to identify these species accurately using only molecular data. 相似文献
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新疆野兔DNA条形码筛选 总被引：4，自引：4，他引：0
旨在筛选一种用于快速鉴定新疆兔属物种的DNA条形码。本研究以新疆4种野兔共计40例样本为研究对象，以CO1、ND4、16S rRNA和ITS2为候选基因，经PCR扩增和测序后，综合分析比较候选序列在种水平上的鉴定能力。结果表明，ITS2候选片段因未获得达到测序要求的PCR扩增产物最先被排除。相较于16S rRNA，CO1和ND4在序列特征、变异特征参数和秩和检验结果上均表现出更强的变异水平，遗传频率分布图有着更宽的gap，系统聚类树的鉴定结果有着更高的鉴定准确率。而从种间变异特征、种间秩和检验结果及遗传频率分布图来看，ND4均略优于CO1。本试验综合分析得到的最优DNA条形码为ND4，候补DNA条形码为CO1。该结论可为新疆兔属物种的分类分布研究和珍稀野兔资源的保护利用等提供一定的参考依据。 相似文献
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橡实象虫(Curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体COⅠ基因5'端长度约556 bp的片段(GenBank登录号:JN258957,JN258958,JN258959),并与鞘翅目、鳞翅目、双翅目共24种昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析。序列分析结果显示:橡实象虫与其它24种昆虫的COⅠ基因序列呈现丰富的遗传多样性,碱基位点的变异率为48.2%,序列平均差异为19.7%;COⅠ基因序列的AT含量(69.9%)明显高于GC含量(30.1%),存在显著的AT使用倾向性;碱基替换模式颠换大于转换,碱基替换数与物种两两遗传距离呈明显的线性关系;COⅠ基因序列的碱基变异速率较快的位点主要集中在序列中间区域的210～390 bp。基于COⅠ基因序列构建的NJ、ME和MP系统进化树均显示橡实象虫与鞘翅目象甲科(Curculionidae)昆虫的进化关系最近,聚在一起形成一个分支,鳞翅目等其它昆虫聚在一起形成另外一个分支;橡实象虫与鞘翅目象甲科Kyklioacalles属昆虫间遗传距离最小,与鳞翅目丝角蝶科Macrosoma sp.属昆虫间的遗传距离最大。根据COⅠ基因序列的多样性,能将橡实象虫明显地与其它昆虫区分开。 相似文献