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1.
【目的】为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析。【结果】61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍。鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙。ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致。系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支。南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起。沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系。在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41%的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考。 相似文献
2.
应用ITS2条形码序列片段对我国市场药用植物栝楼与其混淆品共8份材料进行分子鉴定.对所有材料根部进行DNA提取纯化、PCR扩增并双向测序得到ITS2序列,将所得8条序列与Genbank中7条序列用Clustal X软件进行比对,BioEdit软件人工校正;利用MEGA5.0软件计算种内、种间遗传距离,并采用K2P距离法构建NJ和ML树,评价序列的鉴定效果.中药材植物各物种内遗传距离变异区间为0~0.077 9,平均为0.019,物种间遗传距离变异区间为0.004~0.594,平均0.436,种间距离明显大于种内距离;构建药用植物栝楼各物种NJ和ML系统进化树,二者结果一致,各物种均聚为一支,形成单系类群,支持率均在50%以上.ITS2条形码序列能够快速准确地从种的水平鉴定药用植物栝楼真伪. 相似文献
3.
【目的】比较分析20种溪蟹的线粒体COI基因序列,并基于COI基因序列构建溪蟹科系统发育进化树分析不同种类间的亲缘关系,探究COI基因作为分子标记在溪蟹物种鉴定中的适用性,同时为溪蟹科的物种鉴定及系统发育研究提供理论依据。【方法】测定2种龙溪蟹属（Longpotamon）代表种的线粒体COI基因全序列,结合GenBank中已公布的18种溪蟹科COI基因全序列,利用MEGA X计算其碱基组成、保守位点和遗传距离,采用MatGAT 2.02进行多序列相似性比较分析,并以PhyloSuite构建贝叶斯树（BI）和最大似然树（ML）,探究溪蟹科物种内部的亲缘关系。【结果】20种溪蟹的COI基因序列全长1534~1539 bp,连续编码511~512个氨基酸残基,所有物种均以ATG为起始密码子;碱基含量略有不同,分别为35.9%~40.7%（T）、16.4%~20.2%（C）、26.8%~28.9%（A）和14.7%~17.2%（G）,呈明显的AT偏向性。COI基因核苷酸序列及其推导氨基酸序列比较分析结果显示分别有577和98个变异位点,表明密码子存在简并性。20种溪蟹的线粒体COI基因遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均显示,长安龙溪蟹（Longpotamon changanense）与龙溪蟹未定种（Longpotamon sp.）的亲缘关系最近。虽然采用不同方法基于不同数据集构建的系统发育进化树在拓扑结构上有所不同,但所有树型均显示龙溪蟹属（Longpotamon）的小龙溪蟹（L.parvum）并未与该属其他物种聚类在一起,华溪蟹属（Sinolapotamon）、近溪蟹属（Potamiscus）和小石蟹属（Tenuilapotamon）物种也散布在系统发育进化树不同分支中,暗示这些物种在分类鉴定上为非单系群,还需进一步研究确定。【结论】20种溪蟹的线粒体COI基因序列平均种间遗传距离为0.173,均具有区别于其他种类的特异位点,即线粒体COI基因序列可作为溪蟹科物种鉴定的分子标记。 相似文献
4.
通过对菱蜡蝉科Cixiidae菱蜡蝉亚科Cixiinae 9属17种昆虫的mt DNA COI基因序列进行研究,探讨DNA条形码在菱蜡蝉亚科昆虫中快速识别和准确鉴定的可行性.采用MEGA 5对序列进行比对和遗传距离分析,基于COI基因序列构建ML、MP、NJ、ME系统发育树.结果显示：属间平均遗传距离为0.133,介于0.102 ～0.147之间;属内种间平均遗传距离为0.047,介于0.025～ 0.079之间;地理种群间平均遗传距离为0.039;介于0.024～0.064之间.系统发育树显示：同属物种聚为一小支,分支置信度高达97％ ～ 100％;同一地理类群聚为一支,分支置信度高达98％ ～100％.结果表明应用基于COI基因片段的DNA条形码对菱蜡蝉亚科昆虫分类鉴定是可行的. 相似文献
5.
本研究以线粒体COI基因全序列为分子标记分析了台湾光唇鱼(Acrossocheilus paradoxus)和武夷光唇鱼(A. wuyiensis)的物种有效性。光唇鱼属6个种76尾样本的COI基因全序列共获得21个单倍型,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明,台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%,远小于COI条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此,闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种,武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。 相似文献
6.
人参属植物种类繁多,多数具有重要的生物学及药用价值。采用植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段鉴定人参属药用植物。结果表明,ITS2基因区通用性强,序列在人参属物种间差异较大,属内变异位点为41个,保守位点189个,种内遗传距离为0~0.004,种间遗传距离为0.006~0.098,平均遗传距离为0.044。基于K2P模型构建的系统发育树(NJ树)显示,同一物种均聚为一类。因此,ITS2作为DNA条形码能够有效地区别人参属物种,为人参属药材及其伪混品的鉴定提供基础。 相似文献
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卵形鲳鲹线粒体COI基因全长序列的克隆与分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在C0I基因上下游保守区域设计一对通用引物COF/COR.以卵形鲳鲹肌肉总DNA为模板,PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体COI基因完整编码区1551bp.对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹COI基因DNA序列在钦州湾种群个体间至少存在7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型.将卵形鲳鲹种内不同个体及鲹科其他物种的COI核酸序列进行比较分析,根据比对结果构建鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,(师)亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)的分类系统.通过COI基因遗传距离计算发现,卵形鲳鲹种内不同地理种群个体间遗传距离为0.001 ～0.005,显著低于Hebert等所推荐的物种鉴定最小种间遗传距离2％,而鲹科不同物种间遗传距离大于0.044,与形态学分类一致,说明COI作为卵形鲳鲹DNA条形码应用是可行的. 相似文献
8.
为构建蚱总科昆虫的系统发育关系,探讨蚱总科传统分类和分子系统发育关系的异同,扩增并测定了16种蚱类昆虫COI基因部分序列,结合NCBI记录,对蚱总科6科17属41种蚱的COI基因597bp序列,分别采用邻接法(NJ)、最简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建蚱总科的系统发育关系。结果表明:蚱总科为一单系类群,其中蚱科较为进化,其次为刺翼蚱科,其余各科在蚱总科中的位置不确定,枝背蚱科、刺翼蚱科、短翼蚱科、蚱科均不是单系类群;在属的水平上,股沟蚱属、优角蚱属、瘤蚱属是单系类群,瘤蚱属与优角蚱属形成姐妹群,其他属不是单系类群,拟后蚱属应归入蚱科;在种的水平上,细庭蚱Hedotettix gracilis、粗体蚱Tetrix grossus、日本蚱Tetrix japonica种内分化明显。 相似文献
9.
本研究旨在利用DNA条形码鉴定菜蝽属Eurydema内疑难种E.sp.,并通过DNA条形码研究菜蝽E.dominulus的种内色斑变异。通过扩增菜蝽E.dominulus(Scopoli,1763)、横纹菜蝽E.gebleri Kolenati,1846、新疆菜蝽E.maracandica Oshanin,1871、疑难种E.sp.和茶翅蝽Halyomorpha halys(Stl,1855)共计15条COI序列(633bp),分析碱基组成,计算种内、种间遗传距离,并采用最大似然法(ML)、邻接法(NJ)和贝叶斯法(BI)构建系统发育树。结果表明:(1)E.sp.与菜蝽E.dominulus之间的遗传距离为0.1%~1.0%,与新疆菜蝽之间的遗传距离为6.3%,与横纹菜蝽之间的遗传距离为4.1%,与茶翅蝽之间的遗传距离为17.0%;(2)所扩增的COI序列共计有8个单倍型,其中E.sp.与菜蝽E.dominulus具有共享单倍型"Hap5";色斑不同的菜蝽E.dominulus有共享单倍型。(3)基于ML、NJ和BI构建系统发育树的结果基本一致(NJ和BI系统发育树的结果完全一致),E.sp.与新疆菜蝽明显分开,与不同色斑的菜蝽E.dominulus聚为一大支,支持率均较高(BP74,PP=1.00)。根据遗传距离和系统发育树可看出:色斑不同的菜蝽E.dominulus个体之间遗传分化很小,属于种内变异范畴;腹部色斑与新疆菜蝽相似的E.sp.实为菜蝽;表明DNA条形码可以辅助传统分类学快速鉴定物种。 相似文献
10.
《江苏农业科学》2017,(6)
为探讨DNA条形码在中华鳖不同地理群体鉴定上的可行性,以中华鳖COⅠ基因全长序列为对象设计通用引物,对中华鳖6个地理群体及鳖科不同属间进行了遗传多样性分析。结果发现,不同地理群体中华鳖的遗传距离在0.020 3~0.041 7之间,群体内平均遗传距离在0.011 3~0.033 8之间,种间与种内的遗传距离没有形成有效的条形码间隙,在基于个体遗传距离的NJ树上,各群体间的个体并没有形成有效的分支。在对鳖科不同属进行分析时发现属间及属内遗传距离形成了明显的差异间隙,在NJ树上,不同鳖按照属的特性分别进行聚类,并具有较高的节点支持率,聚类分析可信度高。因此,COⅠ基因作为DNA条形码,能够有效地用于区分鳖科动物的不同属,但不适用于中华鳖地理群体的分离鉴定。 相似文献
11.
对稻弄蝶属Parnara4种20个样本的线粒体COI基因序列(1380 bp)的特征、遗传距离进行了分析,并以2种谷弄蝶Pelopidas为外群,采用最大简约法(MP)和贝叶斯法(BI)构建系统树.结果表明:种间最小序列差异为3.3%,种内个体间最大序列差异为0.9%;系统树显示挂墩稻弄蝶Parnara batta与直纹稻弄蝶Parnara guttata是2个明显不同的分支;其种间的平均遗传距离为3.5%.综合地理分布与形态差异,挂墩稻弄蝶应该是一个独立的种. 相似文献
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采用PCR扩增和序列测定技术,对内蒙古毛乌素沙地切叶蜂科的8种野生蜂线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)基因片段进行了研究。结果表明:扩增得到658bp的基因片段长度,碱基组成的A+T为75.8%,含量显著高于G+C(24.2%)含量。共检测到203个变异位点,占总位点的30.9%。变异位点转化数明显少于巅换数,巅换主要以A-T之间为主。采用邻接法(NJ)、最大似然法(MP)和UPGMA法构建系统进化树,结果显示:海切叶蜂Megachile maritima和大和切叶蜂M.japonica亲缘关系最近;北方切叶蜂M.manchuriana、双斑切叶蜂M.leachella和凹足切叶蜂Megachile sp.聚为一类;戎拟孔蜂Hoplitis princeps和花黄斑蜂Anthidiumflorentinum与其他6个种间的遗传差异最大,亲缘关系最远。研究结果与传统分类一致,对利用COI序列建立快速、准确野生蜂的分子鉴定具有一定参考价值。 相似文献
13.
为确定危害黑龙江地区红松(Pinus koraiensis)、樟子松(P.sylvestris var.mongolica)树干及侧枝的梢斑螟属(Dioryctria)昆虫种类,通过比对幼虫毛序、成虫外部形态及外生殖器特征对其进行鉴定。同时,利用分子生物学技术辅助鉴定,依据线粒体COI基因计算样本与其他梢斑螟种类间的遗传距离,分别构建ML树和NJ树,以确定其系统发育关系。结果显示:样本的形态特征与赤松梢斑螟(D.sylvestrella)相同;样本的COI基因序列相似度较高,且种群间存在共享单倍型(Hap3);样本与在GenBank记载的赤松梢斑螟间的遗传距离(0.004)处于种内遗传距离范围(0~0.005),且在系统发育树中与赤松梢斑螟聚为一支。因此,可以确定所鉴定的样本均为赤松梢斑螟。依据COI基因序列的分析结果,能够有效确定物种及分类地位,并且与传统划分结果相吻合,说明COI基因适用于梢斑螟属昆虫的鉴定和系统发育的研究。 相似文献
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【目的】比较大眼蟹科物种线粒体COI基因序列差异,探究COI基因作为大眼蟹科物种鉴定分子标记的可行性;同时基于COI基因序列构建目前最全面的大眼蟹科系统发育树,为大眼蟹科系统发育研究提供理论依据。【方法】测定拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹3种大眼蟹的线粒体COI基因全序列,结合GenBank已公布的18种大眼蟹科COI基因部分序列,采用MatGAT 2.02进行多序列比对分析,并以三疣梭子蟹和红星梭子蟹为外类群,通过MEGA X中的最大似然法（ML）和最大简约法（MP）分别构建系统发育进化树。【结果】拉氏大眼蟹、日本大眼蟹和太平大眼蟹线粒体COI基因全序列长均为1534 bp,编码511个氨基酸残基,且均以ATG作为起始密码子及T作为不完全终止密码子。用于多序列比对的序列长度为657 bp,连续编码219个氨基酸残基,不存在碱基插入或缺失现象,碱基含量为28.9%~35.9% T、18.9%~27.2% C、25.3%~29.7% A及16.6%~19.0% G。核苷酸序列和氨基酸序列比对分别发现267和20个变异位点,且绝大多数变异位点出现在第3位密码子,而第2位密码子非常保守,即均表现出遗传密码的简并性.遗传距离、序列相似性及系统发育进化分析结果均表明,日本大眼蟹与万岁大眼蟹的亲缘关系最近、太平大眼蟹与绒毛大眼蟹的亲缘关系最近,而拉氏大眼蟹的进化地位及大眼蟹属是否为单系群还需进一步研究。【结论】 21种大眼蟹线粒体COI基因序列均有区别于其他种类的特异位点,可考虑作为物种鉴定的分子标记;但用于多序列比对的COI基因部分序列包含有效信息位点有限,在解析某些物种间的亲缘关系上仍显不足,部分种类间的亲缘关系可信度较低,因此后续研究应基于更多基因序列及更多物种数以解决这一问题。 相似文献
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为开发能有效鉴定广东地方鹅（Ａｎｓｅｒｃｙｇｎｏｉｄｅｓｄｏｍｅｓｔｉｃｕｓ）种的分子技术,通过线粒体细胞色素Ｃ氧化酶亚基Ⅰ（ＣＯＩ）基因序列特征识别,研究了ＤＮＡ条形码在马岗鹅、狮头鹅和乌鬃鹅识别和鉴定中的可行性．结果显示,所选ＣＯＩ基因序列有１５个变异位点,共７个单倍型,乌鬃鹅、马岗鹅和狮头鹅的单倍型多样度分别为０.７３３３、０.３１０４和０.０６９０,核苷酸多样度（Ｐｉ）分别为０.００２９２、０.０００５５和０.０００１１．种内平均遗传距离为０～０.００３０,种间平均遗传距离为０～０.０２２,种间遗传距离明显大于种内遗传距离．３个鹅种的进化树表现为马岗鹅与狮头鹅相互混淆,而乌鬃鹅单独聚为一类．结果表明,获得ＤＮＡ条形码可从分子水平识别乌鬃鹅． 相似文献
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为从分子水平分析我国裸颊鲷属(Lethrinus)鱼类系统分类关系，同时探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因作为分子标记在裸颊鲷属鱼类物种鉴定和亲缘关系的可信性.本研究通过PCR扩增及测序获得了我国南海10种裸颊鲷COⅠ基因部分序列，结合GenBank下载的2种裸颊鲷最后共12种37个个体线粒体COⅠ基因序列，利用MEGA5.0计算序列的系统进化位点，基于最大似然法构建分子系统进化树．结果表明：12种裸颊鲷种内遗传距离为0.000~0.005，平均遗传距离为0.002，远低于物种鉴定最小种间遗传距离0.020(2%)；种间遗传距离为0.074~0.210，平均遗传距离为0.155，种间遗传距离是种内遗传距离77.5倍，表明COⅠ基因可作为裸颊鲷鱼类物种鉴定条形码基因．构建的进化树上，12种裸颊鲷属鱼类主要形成4个分支，长吻裸颊鲷最先分化，单独形成一支(分支Ⅳ)，位于进化树基部. 其次是红鳍裸颊鲷也单独形成一支(分支Ⅲ). 剩下的裸颊鲷主要聚为两支：分支I包含5种裸颊鲷，该分支裸颊鲷大部分体型较低，牙齿为犬牙状齿；分支II包含5种裸颊鲷，该分支裸颊鲷体型较高，牙齿为臼状齿，与前人研究将裸颊鲷基本分为高体型臼状齿，低体型犬牙状齿两个类群结果一致.也支持前人推断认为裸颊鲷祖先先形成高体型犬牙状齿特征，后期进化过程中逐渐分化出高体型臼状齿及低体型圆锥状齿的类群的观点. 相似文献
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蚁科5个属蚂蚁的分子系统学研究(英文) 总被引：1，自引：0，他引：1
[Objective] The aim of this study was to explore the taxonomic status and genetic relationship of ants at molecular level.[Method]Applying cyt b gene as a molecular marker,molecular phylogenetic analysis of 14 ant species of 5 genera(Camponotus,Formica,Polyrhachis,Pheidole and Crematogaster)in Formicidae was conducted.Partial sequences of cyt b gene in 14 ant species were analyzed with software MEGA,Clustal X and PAUP,and phylogenetic trees were constructed by Neighbor-Joining method(NJ)and Maximum-Parsimony method(MP).[Result]NJ tree and MP tree showed that the 14 ant species could be clustered into 5 branches.[Conclusion]The results of molecular phylogenetic analysis coincided with the views of traditional morphological taxonomy. 相似文献
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利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究. 相似文献