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本研究于2011年8月从山东省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行病毒致鸡胚矮小化试验、RT-PCR、动物回归试验等方法证实分离到鸡传染性支气管炎病毒(AIBV),命名为SDLVS株。根据GenBank上发表的AIBV的S1基因序列,用Oligo6.0设计引物,对分离株SDLVS株S1基因进行序列扩增,测序及序列分析。将分离的AIBV毒株与中国常用疫苗毒株、其他血清型参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析。SDLVS S1基因由1611个核苷酸组成,编码含537个氨基酸残基的多肽。SDLVS株与55株参考毒株的同源性比较,核苷酸同源性在72.4%～99.6%之间,推导氨基酸序列同源性在71.2%～99.3%之间。从进化树分析中SDLVS株与Mass型参考毒株核苷酸同源性最高,特别是与H120核苷酸同源性最高为99.6%,进化亲缘关系最近,提示这2株毒株的存在可能与长期使用Mass血清型AIBV疫苗,从而产生疫苗的免疫压力有关。 相似文献
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为了解狂犬病病毒(RV)的变异情况,本研究对广西不同地区的22个RV分离株的L基因3'端片段进行克隆和测序,与国内外发表的RV街毒、固定毒株及类RV株相应部分的多态性进行了比较分析.结果表明.所测定的22个广西RV野毒分离株属于基因I型,可分为3个群即I群、Ⅱ群和Ⅲ群.其中13株属于I群,其核苷酸同源性为96.9%～100.0%,氨基酸同源性为98.2%～100.0%;8株属于Ⅱ群,株核苷酸同源性为96.5%～99.7%.氨基酸同源性为97.8%～100.0%.仅1株属于Ⅲ群.22个RV分离株与RV固定毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为79.5%～86.9%和85.8%～96.5%,与类RV核苷酸和氨基酸的同源性分别为65.7%～70.3%和70.4%～76.5%. 相似文献
3.
为了解贵阳地区犬细小病毒(CPV)非结构蛋白NS1的遗传变异进化状况,试验采用PCR检测、分子克隆、测序及生物信息学软件对分离自贵阳的8株CPV的NS1基因进行序列分析。结果表明:成功扩增并克隆测序得到8株CPV NS1基因,全长为2 007 bp,共编码668个氨基酸;分离株间NS1基因核苷酸序列的同源性为98.4%～99.8%,与10株犬类参考毒株CPV NS1基因序列的同源性为98.3%～99.6%,与其他11株非犬类参考毒株NS1基因核苷酸的同源性为39.4%～99.1%。说明CPV NS1基因具有一定的种属特异性,其亲缘关系越近同源性越高。 相似文献
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本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
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羊口疮病毒疫苗株与野毒株VIL-10基因的比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
试验旨在比较分析羊口疮病毒(orf virus,ORFV)VIL-10基因在疫苗株和野毒株之间的差异特征。参照GenBank中公布的ORFV NZ2株的VIL-10基因序列设计并合成1对特异性引物,分别以疫苗株和野毒株提取的基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增ORFV的VIL-10基因全序列并进行测序,应用生物信息学相关软件分析基因的核苷酸、氨基酸变异情况及蛋白结构。结果显示,本试验测定的疫苗株和野毒株VIL-10基因核苷酸序列同源性为94.4%,差异主要是单个碱基的突变,其中疫苗株在132~134bp核苷酸序列出现缺失;氨基酸序列同源性为92.5%,出现了15个氨基酸位点的突变,其中疫苗株第42位氨基酸天冬酰胺出现缺失;蛋白质在一级结构及理化性质、二级结构、三级结构、抗原表位参数及有无信号肽之间均存在一定程度的差异,而疫苗株和野毒株编码的蛋白质均无跨膜结构域。系统进化树分析结果表明,本试验测定的野毒株与疫苗株属于不同分支,遗传关系较远。研究结果提示,野毒株与疫苗株的VIL-10基因发生较明显的变异,这些变异可能与ORFV疫苗株的毒力致弱有关。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒S1和N基因遗传变异的相关性 总被引：3，自引：0，他引：3
对国内1992—2005年分离的IBV毒株的纤突蛋白(S1)和核衣壳蛋白(N)基因分别进行克隆测序,结合在GenBank中发表的IBV S1和N基因的序列,对其不同毒株的S1或N基因片段和全长、S1和N基因全长分别进行遗传变异的研究,利用统计学软件SPSS11.5进行同源性相关分析。结果表明:不同IBV毒株N或S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关,核苷酸r≥0.892,氨基酸0.854≤r≤0.968;但S1与N基因全长之间核苷酸的遗传变异相关性相对较低一些,而且有些毒株间S1基因同源性很低(r=0.645),但N基因同源性仍很高,显示每个基因变异的独立性。国内IBV疫苗株之间S1和N基因核苷酸高度同源(S1≥97.3%;N≥90.7%),而野毒株与疫苗株相比S1和N基因同源性均较低(S1≤84.3%;N≤87.1%),这也可能与常规疫苗对IBV野毒株不能有效保护有关。 相似文献
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为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。 相似文献
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首次对犬冠状病毒(CCV)V1株和DXMV株小膜蛋白(SM)基因进行了克隆和序列测定.用RT-PCR对分离的CCV V1和DXMV野毒株SM基因进行了扩增,并将其克隆到pMD18-T中进行核苷酸序列测定.结果两毒株SM基因ORF全长均为246bp,编码82个氨基酸;与GenBank中CCV标准毒株Insavc-1 SM基因相比,核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为100%、92.1%和100%、90.9%.DXMV株与Insavc-1株SM基因相比有9个碱基发生了改变,导致4个氨基酸发生变化.对冠状病毒科中不同的冠状病毒SM基因及其推导的氨基酸序列聚类分析表明,冠状病毒可分为4个群,群内不同冠状病毒SM基因及其蛋白显示出很高的同源性,而不同群之间的同源性却较低. 相似文献
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为了解云南蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV) 1型M6基因流行株的遗传变异及其与国内外流行病毒的遗传进化关系,试验从细胞培养物中分别提取4株云南分离株BTV-1 (Y863、SZ120169、6-12和7-12) RNA,用M6基因特异引物进行RT-PCR扩增和测序,采用生物信息学软件对获得的M6基因编码区序列进行核苷酸、氨基酸同源性比对及遗传进化分析.结果表明,分别获得4株云南分离株BTV-1 M6基因1 763 bp序列;4株云南分离株BTV-1核苷酸同源性在95.2%~99.9%之间,氨基酸同源性在97.6%~99.8%之间,1979年师宗分离的Y863病毒毒株与2012年师宗(SZ120169)、2013年江城(6-12、7-12)分离的3株病毒毒株核苷酸同源性分别为95.5%、95.2%和95.2%,氨基酸同源性分别为97.6%、98.4%和98.2%,而近两年(2012、2013)分离病毒核苷酸和氨基酸同源性较高,分别在96.9%~99.9%和99.1%~99.8%之间;遗传进化分析发现,4株云南分离株BTV-1为Eastern基因群病毒,它们之间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.2%~99.9%和97.6%~99.8%;进一步分析发现4株云南分离株BTV-1与希腊及澳大利亚 BTV-1型毒株亲缘关系较近,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.4%~95.6%和95.1%~99.1%,而与地中海国家(意大利、法国、阿尔及利亚、摩洛哥和突尼斯)和南非毒株关系较远,核苷酸和氨基酸同源性分别在83.8%和95.7%以下.4株云南分离株BTV-1属于Eastern基因群病毒,云南分离株BTV-1 M6基因在自然进化中发生遗传变异缓慢,该基因可以用来进行BTV-1基因群分布及毒株的地理区域来源相关的研究. 相似文献
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为了建立区分疫苗株与广西分离株的检测方法,根据GenBank上的山羊痘病毒序列设计1对引物,用来扩增山羊痘病毒P32基因,通过对国内疫苗株及6株广西分离株的P32基因进行克隆、测序比较发现,所有广西分离株核苷酸651位的碱基全部由T变为C,647位~652位核苷酸构成由TGTATA变异为TGTACA,多了1个限制性内切酶Bsp1407Ⅰ位点,因此用特异性引物扩增出739 bp的目的片段后,再用限制性内切酶Bsp1407Ⅰ进行酶切分析,疫苗株可以切成135 bp和604 bp 3个片段,广西分离株可以切成135、226、378 bp 3个片段。结果表明,所建立的PCR-RFLP方法可以区分疫苗株和广西分离株。 相似文献
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通过观察疫苗免疫后鸡群的生长情况和临床症状,检测免疫后不同时期鸡群的ELISA抗体水平和攻毒保护率以及对鸡新城疫（ND）疫苗免疫后不同时间鸡群的HI抗体水平,评价和检测鸡传染性法氏囊病活疫苗（B87株 CA株 CF株）在石家庄地区临床应用的安全性、免疫效果、免疫持续期以及是否会产生免疫抑制。结果表明,试验疫苗接种蛋鸡和肉鸡后,均没有观察到因疫苗引起的不良反应,对蛋鸡和肉鸡均安全。疫苗接种蛋鸡后14 d、28 d、42 d、60 d和90 d,接种肉鸡后14 d、21 d、36 d攻毒保护率均达80%以上;商品蛋鸡接种疫苗后90 d其ELISA抗体水平仍高达6500以上。ND HI抗体检测结果表明,试验疫苗接种后对ND疫苗的免疫应答无显著影响,不引起免疫抑制。结论：试验疫苗安全、有效,质量稳定,适用于预防鸡传染性法氏囊病。 相似文献
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为了比较堆型艾美耳球虫（E．acervulina）早熟株与强毒株的致病性和繁殖力情况,通过测定接种 E．acervulina 早熟株与强毒株后鸡只的精神状态、临床症状、增重、病变记分和卵囊产量,表明早熟株的排卵囊高峰出现在第5天,比强毒株提前1 d,早熟株的繁殖力是强毒株的85．8％;早熟株感染后对鸡只增重的影响较小,接种剂量在2．40×104个卵囊／羽之内时,相对增重率均大于90．0％,早熟株组鸡的肠道病变记分显著低于同剂量的强毒株组的肠道病变记分（P ＜0．05）。由此认为,该早熟株符合球虫早熟株的低致病性特性,可用于鸡球虫病早熟苗的制备。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒TJ9602、HN9604、BJ9601分离株特性的研究 总被引：3，自引：1，他引：3
从天津、河南、北京的鸡场分别分离到TJ9602、HN9604、BJ9601鸡传染性支气管炎病毒毒株,对其进行了动物回归、生物学特性、理化特性、血清学试验、抗原定位,对分离株的S1基因进行了RT-PCR扩增、核酸序列分析等研究.确定3株分离毒株为致肾病变的IBV,亲嗜器官为肾脏.HN9604和BJ9601与M41和H120均有较强的中和抗原交叉反应性,S1基因同源性分析,HN9604和BJ9601 S1基因与H120毒株的同源性最高,与H120毒株同属于A分支,均属于Ⅰ群.U9602与H120、M41等参考毒株的中和抗原交叉反应均较低,S1基因同源性分析,属于Ⅱ群. 相似文献
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在Ⅰ型马立克病病毒(MDV)基因组中针对132 bp串联重复序列的两侧合成一对引物,应用PCR技术对临床病例采集的疑似马立克病肿瘤病变鸡肝组织和1日龄接种CVI988弱毒疫苗的健康雏鸡羽髓样本进行检测。结果表明,从临床病例采集的10份肝脏组织,7份扩增出一条314 bp的条带,相当于2个拷贝数的132 bp串联重复序列;在接种疫苗健康雏鸡的羽髓样本中,扩增出与CVI988弱毒一致的PCR图谱,相当于6个~8个或更多拷贝数的132 bp串联重复序列。根据PCR图谱的差异即可鉴别MDV强毒株与CVI988疫苗弱毒株。 相似文献
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本实验旨在研究A-FABP基因在脂肪型和瘦肉型北京鸭不同组织的m RNA表达情况及在脂肪组织不同时期的m RNA表达差异。分别采集6周龄心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肌胃、十二指肠、胸肌、腿肌组织样品,另外分别采集2、4、6、8周龄脂肪型和瘦肉型北京鸭的皮脂、腹脂样品,用荧光定量PCR方法检测该基因的m RNA表达情况。结果表明:鸭A-FABP基因主要在脂肪组织中表达,皮脂和腹脂中的表达量远远高于其他组织(P0.05),6周龄瘦肉型北京鸭A-FABP基因在不同组织中表达量顺序为皮脂腹脂肌胃十二指肠心脏腿肌胸肌脾肝肾,而脂肪型北京鸭顺序为皮脂、腹脂肌胃十二指肠心脏、腿肌胸肌、脾肝肾;且脂肪型北京鸭A-FABP基因在皮脂和腹脂中表达量显著低于瘦肉型北京鸭(P0.05);A-FABP基因在皮脂和腹脂中的表达量随着周龄的增加呈现增加的趋势。 相似文献