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1.
试验旨在克隆获得PDK4、FGF10基因,并研究大白猪与从江香猪不同组织中PDK4、FGF10基因mRNA的表达差异。采用RT-PCR分别克隆从江香猪PDK4、FGF10基因并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测PDK4、FGF10基因在大白猪和从江香猪不同组织中mRNA的相对表达量。结果显示,从江香猪PDK4基因的编码区全长1 224 bp,编码407个氨基酸;FGF10基因的编码区全长636 bp,编码211个氨基酸。经BLAST软件进行同源性比对,发现从江香猪PDK4基因与羊、马、人的核苷酸序列同源性分别为93%、92%和91%;FGF10基因与羊、牛、人、鼠的核苷酸序列同源性分别为94%、93%、93%和90%。由PDK4基因系统进化树可知,从江香猪与牛、绵羊亲缘关系较近;由FGF10基因系统进化树可知,从江香猪与绵羊、牛、人、猕猴亲缘关系较近,与小鼠和鸡亲缘关系较远。实时荧光定量PCR结果显示,在从江香猪不同组织中,PDK4基因在肾脏中的表达量最高,在胃和脂肪中表达量较高,FGF10基因在胃中表达量最高,在肾脏和脂肪中表达量较高,两个基因在背最长肌中的表达量均最低;在大白猪的不同组织中,PDK4、FGF10基因在脂肪中的表达量均最高,PDK4基因在背最长肌中的表达量最低,而FGF10基因在心脏中表达量最低。本试验成功克隆了从江香猪PDK4、FGF10基因,并检测了其在大白猪与从江香猪不同组织中的表达,为进一步研究PDK4、FGF10基因在脂质代谢及脂肪沉积等方面的调控作用提供科学依据。 相似文献
2.
为揭示武定鸡促性腺激素抑制激素(GnIH)基因在繁殖调控阶段的分子机理,研究采用RT-PCR法克隆了武定鸡GnIH基因的编码区序列,并利用生物信息学方法对武定鸡GnIH基因编码产物的理化特性及结构与功能进行了初步分析,采用实时荧光定量PCR分析其表达情况。结果显示,获得的武定鸡GnIH基因编码区全长为522 bp,编码173个氨基酸。生物信息学预测显示,武定鸡GnIH含有一个N端信号肽;该蛋白含有5种功能活性位点;二级结构主要由无规则卷曲和α螺旋构成,分别占41.04%和36.99%。氨基酸序列比对显示,武定鸡GnIH与其他禽类的同源性在67.6%以上。荧光定量结果显示,该基因在视神经叶和垂体组织中表达量最高。研究结果为鸡繁殖性能的研究奠定了基础。 相似文献
3.
为了探究努比亚山羊PDK4基因的脂质代谢途径,试验以40～48周龄努比亚山羊为研究对象,取其心脏、肾脏、肝脏、脾脏、背最长肌及皮下脂肪等组织/器官,分别提取总RNA,将其反转录为cDNA,采用PCR方法扩增PDK4基因片段,利用生物信息学软件分析PDK4基因序列,通过实时荧光定量PCR方法检测努比亚山羊不同组织/器官内PDK4基因的表达情况,同时以都安山羊为对照。结果表明：通过克隆成功获得努比亚山羊PDK4基因的CDS片段,其长度为1 224 bp,共编码407个氨基酸残基;PDK4基因核苷酸序列与GenBank中的绵羊、牛、欧亚猪、马、人、小鼠的同源性分别为99.3%、97.6%、93.0%、92.5%、91.0%、85.0%;努比亚山羊PDK4蛋白氨基酸组成中亮氨酸含量较高,占总氨基酸数的10.8%,属于亲水性蛋白;努比亚山羊PDK4蛋白大部分是由α-螺旋和无规则卷曲组成,少部分由延伸链和β-转角组成。此外,努比亚山羊皮下脂肪中PDK4基因相对表达量最高,与其他组织比较差异显著(P<0.05),且心脏中PDK4基因相对表达量最低;努比亚山羊皮下脂肪中的PDK4基因相对表达量显... 相似文献
4.
《畜牧与兽医》2020,(11)
旨在研究太行鸡血管活性肠肽受体-1(VIPR-1)基因的分子结构和特征,并结合该基因在高/低产蛋群体中的表达特性及其组织表达谱分析其功能。采集260日龄太行鸡高产(H)/低产(L)组个体血液、卵巢组织和内脏组织,分别提取DNA和RNA,随后将RNA反转录,设计VIPR-1特异性引物进行PCR扩增、克隆、测序,获得CDS区序列后运用生物信息学方法对序列结构进行分析;以鸡GAPDH基因作为内参,在不同组织中使用半定量RT-PCR进行组织表达谱分析;在H和L组卵巢组织中使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对VIPR-1基因的表达量进行检测。结果显示,VIPR-1基因CDS区全长1 341 bp,共编码446个氨基酸,该基因编码蛋白的二级结构主要由α-螺旋、延伸、β-旋折叠及无规则卷曲4种结构组成;同源性分析显示,太行鸡VIPR-1基因与鸭、火鸡的同源性最高(分别为92.24%、90.11%),与其他动物一致性也在64.51%～67.18%之间。组织表达谱显示,VIPR-1基因在太行鸡卵巢中表达量最高;qRT-PCR分析表明,VIPR-1 mRNA在高产太行鸡卵巢组织中的表达量显著高于低产太行鸡(P0.05)。本研究为进一步探讨VIPR-1基因在家禽产蛋性能中的调控作用提供了依据,为后期深入研究蛋鸡产蛋分子机制奠定基础。 相似文献
5.
本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。 相似文献
6.
试验旨在克隆鸡Smad4基因，并对其进行生物信息学和组织表达分析。以苏禽3号优质黄羽肉鸡为试验对象，使用RACE技术扩增并克隆了鸡Smad4基因全长序列，对其进行生物信息学分析，构建系统进化树，并利用实时荧光定量PCR检测了Smad4基因在鸡各组织中的表达情况。结果显示，鸡Smad4基因全长序列包含17 bp的5'UTR、1 842 bp的开放阅读框和466 bp的3'UTR，有11个外显子和10个内含子，mRNA序列全长2 325 bp，可编码613个氨基酸。系统进化树显示，鸡Smad4与其他鸟类聚为一类。生物信息学分析显示，Smad4蛋白分子质量为65.43 ku，理论等电点为10.04，为亲水蛋白；含有2个保守结构域：MH1和MH2；二级结构由α-螺旋（18.11%）、延伸链（17.29%）和无规则卷曲（64.60%）组成。组织表达分析表明，Smad4基因在鸡的心脏、肝脏、空肠、卵巢中均有较高表达，而在胸肌中不表达。本试验成功获得了鸡Smad4基因全长序列，并初步研究了其组织表达规律，为进一步研究Smad4基因在鸡繁殖活动中的分子机制提供了理论依据。 相似文献
7.
《中国畜牧兽医》2020,(8)
试验旨在了解陆川猪丙酮酸脱氢激酶4(pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4)基因CDS区序列信息及其所编码蛋白的结构和功能,构建PDK4基因的真核表达载体,分析PDK4基因在陆川猪不同组织中的表达情况,以期为阐明PDK4基因在陆川猪生长发育过程中的分子机制奠定基础。采用RT-PCR技术扩增陆川猪皮下脂肪PDK4基因CDS区,利用生物信息学软件预测分析其结构与功能,并利用常规分子克隆技术将其插入真核表达载体中获得pEGFP-N1-PDK4,用脂质体法将重组质粒转染3T3-L1细胞并观察荧光,用实时荧光定量PCR检测PDK4基因mRNA在陆川猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、皮下脂肪中的表达情况。结果显示,陆川猪PDK4基因CDS区全长1 224 bp,编码407个氨基酸,与NCBI上公布的野猪PDK4基因CDS区同源性达99.8%。对陆川猪PDK4基因所编码的蛋白进行生物信息学分析发现,其分子质量约为46.144 ku,原子总数为6 509个,理论等电点(pI)为7.21,带正电荷和负电荷的氨基酸数均为42个。PDK4蛋白可能有2个N-糖基化位点、33个磷酸化位点。亚细胞定位结果发现,PDK4蛋白有34.8%存在于线粒体,30.4%存在于细胞质,26.1%存在于细胞核,质膜和液泡膜各占4.3%。细胞试验发现,对照组和试验组均发出荧光,相较于对照组,试验组中PDK4表达量极显著升高(P0.01),PDK4基因在皮下脂肪中表达丰度最高,随之为肝脏、肺脏、心脏、脾脏和肾脏,在背最长肌中表达量最低,而且在皮下脂肪中的表达量极显著高于背最长肌(P0.01)。本试验成功扩增出PDK4基因CDS区并构建了真核表达载体,成功对其结构和功能进行预测分析,为研究陆川猪皮下脂肪沉积的遗传改良提供了参考依据。 相似文献
8.
旨在克隆血管紧张素转换酶2（angiotensin converting enzyme 2,ACE2）基因,分析其结构特性和表达特征。本试验以45和90日龄的健康雪山草鸡为研究对象,利用PCR技术扩增ACE2基因的编码区序列;运用生物信息学方法对其结构特征进行分析;通过TA克隆构建黄羽肉鸡ACE2编码区序列质粒标准品,使用绝对定量方法测定ACE2基因在45和90日龄雪山草鸡公母鸡各组织中的表达特性。结果,克隆得到2 427 bp的编码区序列,共编码808个氨基酸,与白羽肉鸡一致,但是在黄羽肉鸡序列中存在大量突变位点造成编码氨基酸发生变化。同源性比较发现,其与红色原鸡的同源性为99%,其次为绿头鸭88%,与其它动物的同源性为73%~76%。生物信息学分析发现,ACE2属于I型跨膜蛋白,即分泌型蛋白,信号肽位于1~17 aa,含有46个蛋白质磷酸化位点。定量结果发现,小肠中ACE2表达量显著高于其它组织。法氏囊、气管、胆囊和脾中ACE2表达量较低,脾中表达量最低。母鸡空肠、盲肠、脾和肺中ACE2基因表达量显著高于公鸡。公鸡肾和心中ACE2基因表达量显著高于母鸡。90日龄雪山草鸡的十二指肠、空肠、肺、脾和回肠组织ACE2基因表达量均显著低于45日龄雪山草鸡,在法氏囊和肾组织中结果呈相反趋势。通过克隆获得了雪山草鸡ACE2基因编码区序列,生物信息学分析发现,雪山草鸡ACE2基因在家禽中较为保守;ACE2基因表达规律呈现出在雪山草鸡肠道组织中高于其他组织,母鸡中高于公鸡,随着时间表达水平呈下降趋势。研究结果为开展ACE2基因在黄羽肉鸡肠道中的功能研究奠定了理论基础。 相似文献
9.
《中国畜牧兽医》2019,(12)
试验旨在对牦牛催乳素释放激素受体(prolactin releasing hormone receptor,PRLHR)基因进行克隆、序列分析及组织表达研究。采集5头母牦牛和5头母黄牛的下丘脑、脑垂体前叶、卵巢、输卵管和子宫组织,采用RT-PCR技术扩增得到PRLHR基因cDNA全长,通过生物信息学方法分析该基因编码蛋白的生物信息学特征,利用实时荧光定量PCR技术测定PRLHR基因在牦牛及黄牛各组织中的表达量。结果显示,牦牛PRLHR基因序列长1 625 bp,其中CDS区1 113 bp、5′-UTR 22 bp和3′-UTR 490 bp,编码370个氨基酸,与黄牛、水牛、绵羊、猪和人的核苷酸序列有较高的同源性,在进化过程中十分保守;牦牛PRLHR为不稳定疏水蛋白,无信号肽,存在7个跨膜结构域;有13个丝氨酸磷酸化位点、6个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点;有3个N-糖基化位点和10个O-糖基化位点;蛋白二级结构中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角分别为49.19%、31.89%、15.68%和3.24%;蛋白质三级结构预测显示,牦牛PRLHR蛋白具有GPCRs超级家族中PrRP家族的典型结构域。实时荧光定量PCR结果表明,PRLHR基因在牦牛输卵管组织中的表达量显著高于其他组织(P0.05);在牦牛下丘脑、脑垂体前叶、子宫和输卵管组织中的表达量极显著高于黄牛(P0.01)。试验成功克隆得到牦牛PRLHR基因序列,并对其进行了生物信息学和组织表达特性分析,为进一步研究PRLHR基因在牦牛繁殖活动中的调控作用奠定了基础。 相似文献
10.
本研究旨在克隆绵羊TPT1基因序列,通过生物信息学分析探究其序列特征及编码蛋白的结构与功能,通过实时荧光定量PCR检测TPT1基因在绵羊不同组织中的空间表达规律。以小尾寒羊为研究对象,PCR扩增获得TPT1的完整编码区(CDS)区并进行测序,对所得序列进行生物信息学分析。结果显示:绵羊TPT1基因CDS为660 bp,编码219个氨基酸,核酸序列与山羊的同源性最高。TPT1蛋白为亲水性蛋白,主要分布在线粒体,存在16个磷酸化位点;二级结构主要包含α-螺旋和无规则卷曲,与预测的三级结构相似。定量PCR结果显示TPT1基因在肾中表达量最高,其次是肌肉、肝、脂肪和肺,在心和脾中表达量最低。结果表明,TPT1基因在生物进化中是保守的,但其表达的蛋白质结构不稳定,在绵羊不同组织中均有表达。 相似文献
11.
为探究猪BLM解旋酶N端、C端的结构功能及其在不同组织和疾病中的相对表达量,本研究采用RT-PCR技术扩增从江香猪BLM基因N端和C端,利用生物信息学软件对克隆所获序列进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术分析BLM基因在猪不同组织及病样中的表达差异。结果显示,试验成功克隆了从江香猪BLM基因N端1 025bp和C端1 300bp序列,与GenBank中猪BLM基因序列(登录号:NM_001123084.1)同源性为100%;生物信息学软件预测显示,猪BLM基因序列长度为4 316bp,包含4 280bp的开放阅读框,编码一个由1 426个氨基酸组成的多肽链;氨基酸序列比对发现,猪BLM基因氨基酸序列与牛的同源性最高(85%);结构域预测表明,猪BLM基因有DEXDc、HELICc、RQC和HRDC 4个结构域;系统进化树分析表明,猪BLM基因与牛亲缘关系最近;实时荧光定量PCR结果显示,以心脏为对照,BLM基因在从江香猪各组织中均有表达,其中在睾丸中的相对表达量最高,其次为肺脏、肝脏、脾脏、心脏、肾脏、小肠和大肠,在睾丸和肺脏中的表达量均极显著高于其他组织(P0.01);BLM基因在患繁殖与呼吸道综合征猪肺脏、患白血病鸡肝脏和患鸭瘟鸭肝脏中的表达水平均极显著或显著高于正常组织(P0.01;P0.05),提示BLM基因的变化可能也会导致动物疾病的发生。本试验结果可为后续畜禽BLM解旋酶原核表达载体的构建及其在重大疾病的发生和预防等研究提供理论依据。 相似文献
12.
《中国畜牧兽医》2020,(7)
本研究旨在克隆西农萨能奶山羊SERPINA1基因的CDS区,采用生物软件和在线预测工具进行生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR技术检测SERPINA1基因在西农萨能奶山羊各组织间mRNA的表达水平。根据GenBank中山羊SERPINA1基因CDS区序列(登录号:XM_018066209.1),利用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物,RT-PCR扩增目的基因,构建原核表达载体测序后对序列进行生物信息学分析;采集西农萨能奶山羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、乳腺、肾脏、肌肉、瘤胃和小肠组织,提取组织RNA,反转录为cDNA模板,设计特异性定量引物,进行实时荧光定量PCR,检测SERPINA1基因在不同组织中的表达差异。结果显示,西农萨能奶山羊SERPINA1基因CDS区全长1 326 bp,编码441个氨基酸;同源性比对分析显示,西农萨能奶山羊与山羊、绵羊、牛和小鼠SERPINA1基因核苷酸序列同源性分别为100%、98.6%、95.7%和71.6%,与山羊亲缘关系最近,其次是绵羊。SERPINA1蛋白分子质量为48.71 ku,等电点为5.71,为跨膜亲水蛋白;SERPINA1氨基酸序列分别有62个磷酸化位点,3个跨膜区结构。组织表达分析显示,SERPINA1基因在西农萨能奶山羊肝脏组织中显著高表达(P0.05),其次是乳腺组织,在肺脏组织中表达量最低。研究结果为进一步探究SERPINA1基因在奶山羊乳蛋白合成代谢中的作用提供理论依据。 相似文献
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本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5（FK506 binding protein 5,FKBP5）基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形（valgus-varus deformity,VVD）组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1 350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼（鱼类）亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点（pI）为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸（Met）,不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶（FKBP-type peptidylprolyl isomerases）、3个四肽重复（TPR）序列,主要包含α-螺旋（46.77%）、延伸链（12.47%）和无规则卷曲（40.76%）,且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著（P<0.05）,在脾脏中表达量差异极显著（P<0.01）。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。 相似文献
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以籽鹅为实验材料,根据鸡生长激素受体(GHR)基因mRNA序列设计并合成引物,通过PCR技术克隆了鹅GHR基因,并利用TaqMan实时荧光定量PCR方法检测籽鹅出壳到90日龄GHRmRNA在部分组织中的表达量变化。结果表明:鹅与鸡和鸭的GHR基因核苷酸序列同源性为97.1%和99.1%,氨基酸同源性均为99.1%。籽鹅肝组织中GHRmRNA表达水平在10到90日龄都较高,显著高于1日龄,以30日龄的表达量最高。30日龄GHRmRNA在肝脏等检测的组织中都有表达,但在肝脏和骨骼肌中的表达量高。肝组织中GHRmRNA表达量与日增重呈显著正相关(r=0.9116)。本实验结果揭示了生长期籽鹅组织中GHRmRNA表达水平的差异,为进一步研究生长轴相关基因对鹅生长及繁殖的调控作用奠定基础。 相似文献
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试验旨在克隆天柱番鸭神经肽Y(neuropeptide Y,NPY)基因,并分析其在天柱番鸭不同组织中的转录水平。以天柱番鸭产蛋期组织混合cDNA为模板,通过RT-PCR扩增天柱番鸭NPY基因的完整CDS区进行克隆测序,并结合生物信息学分析工具分析其同源性及遗传进化关系,同时进行NPY蛋白理化特性、亚细胞定位、信号肽、糖基化与磷酸化位点、二级结构、三级结构等预测,并对NPY基因在天柱番鸭不同组织中的转录水平进行检测。结果表明,天柱番鸭NPY基因CDS区全长294 bp,编码97个氨基酸,核苷酸序列与氨基酸序列同源性比对显示,NPY基因在不同物种间具有一定的遗传多样性,与绿头鸭亲缘关系最近;NPY蛋白为酸性不稳定蛋白,存在1个信号肽(第1-28位氨基酸),亚细胞定位为100%位于细胞外;存在1个功能结构域PAH,同时含有2个O-糖基化和丰富的磷酸化位点,空间结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。实时荧光定量PCR结果表明,NPY基因mRNA在天柱番鸭各组织中均有分布,在大脑中表达水平相对较高,在胰腺、腺胃中表达量次之,与其他组织间差异极显著(P<0.01),在肌胃中表达量最低。本试验结果为进一步研究NPY基因在调控家禽能量平衡、生长发育、脂肪沉积、繁殖性能等多种生理功能提供了参考。 相似文献
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试验旨在克隆天柱番鸭神经肽Y(neuropeptide Y,NPY)基因,并分析其在天柱番鸭不同组织中的转录水平。以天柱番鸭产蛋期组织混合cDNA为模板,通过RT-PCR扩增天柱番鸭NPY基因的完整CDS区进行克隆测序,并结合生物信息学分析工具分析其同源性及遗传进化关系,同时进行NPY蛋白理化特性、亚细胞定位、信号肽、糖基化与磷酸化位点、二级结构、三级结构等预测,并对NPY基因在天柱番鸭不同组织中的转录水平进行检测。结果表明,天柱番鸭NPY基因CDS区全长294 bp,编码97个氨基酸,核苷酸序列与氨基酸序列同源性比对显示,NPY基因在不同物种间具有一定的遗传多样性,与绿头鸭亲缘关系最近;NPY蛋白为酸性不稳定蛋白,存在1个信号肽(第1-28位氨基酸),亚细胞定位为100%位于细胞外;存在1个功能结构域PAH,同时含有2个O-糖基化和丰富的磷酸化位点,空间结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。实时荧光定量PCR结果表明,NPY基因mRNA在天柱番鸭各组织中均有分布,在大脑中表达水平相对较高,在胰腺、腺胃中表达量次之,与其他组织间差异极显著(P0.01),在肌胃中表达量最低。本试验结果为进一步研究NPY基因在调控家禽能量平衡、生长发育、脂肪沉积、繁殖性能等多种生理功能提供了参考。 相似文献
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本研究旨在探究信号素蛋白4G(SEMA4G)基因序列特征及其在山羊性腺组织中的表达特性。以云上黑山羊为研究对象，利用PCR技术克隆山羊SEMA4G基因CDS区，并对其结构和功能进行生物信息学分析，结果显示：山羊SEMA4G基因CDS区全长2 535 bp，共编码844个氨基酸；核苷酸序列同源性比对发现，山羊与绵羊同源性最高，为97.1%，与其他物种的同源性均在82%以上，说明SEMA4G基因在进化过程中表现出高度保守性；生物信息学分析结果显示SEMA4G为亲水性蛋白，存在O-糖基化潜在位点22个、潜在的磷酸化位点83个、N-糖基化潜在位点4个以及二硫键位点10个，且该蛋白存在信号肽。预测SEMA4G蛋白高级结构发现其为混合型蛋白，主要由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规卷曲组成，其中以无规卷曲为主。利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测SEMA4G基因在山羊不同性腺组织中的表达特征。性腺轴组织表达谱分析显示，山羊SEMA4G基因在卵巢中的表达量最高。高低产云上黑山羊卵巢组织定量分析则显示，SEMA4G在高产卵巢表达量显著高于低产卵巢。综上所述，山羊SEMA4G基因在不同物种中高... 相似文献
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草原红牛ACSL3基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织表达研究 总被引：1，自引：1，他引：0
试验旨在克隆草原红牛长链酰基辅酶A合成酶3(long-chain acyl-CoA synthetase 3,ACSL3)基因编码区并对其进行生物信息学分析,同时在mRNA和蛋白质水平上分析ACSL3基因在草原红牛不同组织中的表达差异。利用RT-PCR技术和TA克隆的方法获得草原红牛ACSL3基因CDS序列;利用在线软件对ACSL3基因进行生物信息学分析,分析ACSL3基因与其他物种的同源性并构建系统进化树,分析ACSL3基因编码蛋白质的基本理化性质、潜在磷酸化位点、O-糖基化位点、N-糖基化位点、信号肽、二硫键、跨膜区结构、亚细胞定位及该基因编码蛋白的二级结构、三级结构;通过实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测ACSL3基因在草原红牛各组织间的mRNA和蛋白表达水平。结果显示,试验成功克隆了草原红牛ACSL3基因CDS区,全长2 163 bp,编码720个氨基酸,蛋白分子质量为80.28 ku,理论等电点为8.74,属于亲水性蛋白。通过NCBI中BLAST比对发现,草原红牛与牛、绵羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡的ACSL3基因核苷酸序列同源性分别为99%、97%、93%、91%、88%、88%和78%;系统进化树结果表明,草原红牛与牛、绵羊的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。该蛋白序列有7个二硫键,66个磷酸化位点,9个O-糖基化位点,3个N-糖基化位点,不存在信号肽,但存在1个跨膜区。二级结构和三级结构分析结果表明,ACSL3蛋白通过无规则卷曲连接,蛋白质结构以α-螺旋和β-转角为主,为混合型蛋白。mRNA和蛋白表达量检测结果显示,ACSL3基因在肾脏和肌肉组织中表达量较高,显著高于其他组织(P<0.05);在胃、肝脏和心脏中中度表达,显著高于脾脏、肺脏、肠和脂肪(P<0.05);在脾脏、肺脏、肠和脂肪中相对低表达,说明草原红牛ACSL3基因可能与体内脂肪沉积和脂质代谢等调控功能有关。本试验结果为进一步研究ACSL3基因在草原红牛中脂质代谢及脂肪沉积等方面的调控作用提供了基础材料。 相似文献
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草原红牛ACSL3基因CDS区克隆、生物信息学分析及组织表达研究 总被引：1，自引：0，他引：1
试验旨在克隆草原红牛长链酰基辅酶A合成酶3(long-chain acyl-CoA synthetase 3,ACSL3)基因编码区并对其进行生物信息学分析,同时在mRNA和蛋白质水平上分析ACSL3基因在草原红牛不同组织中的表达差异。利用RT-PCR技术和TA克隆的方法获得草原红牛ACSL3基因CDS序列;利用在线软件对ACSL3基因进行生物信息学分析,分析ACSL3基因与其他物种的同源性并构建系统进化树,分析ACSL3基因编码蛋白质的基本理化性质、潜在磷酸化位点、O-糖基化位点、N-糖基化位点、信号肽、二硫键、跨膜区结构、亚细胞定位及该基因编码蛋白的二级结构、三级结构;通过实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测ACSL3基因在草原红牛各组织间的mRNA和蛋白表达水平。结果显示,试验成功克隆了草原红牛ACSL3基因CDS区,全长2 163 bp,编码720个氨基酸,蛋白分子质量为80.28 ku,理论等电点为8.74,属于亲水性蛋白。通过NCBI中BLAST比对发现,草原红牛与牛、绵羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡的ACSL3基因核苷酸序列同源性分别为99%、97%、93%、91%、88%、88%和78%;系统进化树结果表明,草原红牛与牛、绵羊的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。该蛋白序列有7个二硫键,66个磷酸化位点,9个O-糖基化位点,3个N-糖基化位点,不存在信号肽,但存在1个跨膜区。二级结构和三级结构分析结果表明,ACSL3蛋白通过无规则卷曲连接,蛋白质结构以α-螺旋和β-转角为主,为混合型蛋白。mRNA和蛋白表达量检测结果显示,ACSL3基因在肾脏和肌肉组织中表达量较高,显著高于其他组织(P0.05);在胃、肝脏和心脏中中度表达,显著高于脾脏、肺脏、肠和脂肪(P0.05);在脾脏、肺脏、肠和脂肪中相对低表达,说明草原红牛ACSL3基因可能与体内脂肪沉积和脂质代谢等调控功能有关。本试验结果为进一步研究ACSL3基因在草原红牛中脂质代谢及脂肪沉积等方面的调控作用提供了基础材料。 相似文献
20.
《中国家禽》2021,(11)
为研究影响太行鸡不同羽色性状的重要候选基因MC1R的表达及生物信息学特性,试验以太行鸡麻、白两种羽色为研究对象,采用PCR克隆、实时荧光定量PCR技术和生物信息学分析进行探讨。测序结果显示:太行鸡MC1R基因CDS序列为945 bp,编码蛋白为314个氨基酸;蛋白理化性质分析发现,MC1R蛋白存在7个跨膜区,为跨膜受体;CDS区序列比对发现,太行鸡MC1R基因存在c.637CT的突变,突变造成编码氨基酸mRNA二级结构和编码蛋白空间结构发生改变;实时荧光定量PCR检测发现,太行鸡麻羽品系毛囊中MC1R的表达量极显著高于白羽品系(P0.01)。研究结果表明:MC1R基因的c.637CT突变显著影响太行鸡的羽色,可以作为太行鸡羽色选育的候选分子标记。 相似文献