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1.
《动物医学进展》2020,(7)
为调查猫白血病病毒(FeLV)在青岛地区的流行情况,对2018年—2019年在青岛地区动物医院采集的25份临床疑似患有猫白血病的病料进行FeLV的RT-PCR检测,并对阳性样品的PCR产物进行了测序和遗传进化分析。结果表明,25份样品中14份检测为FeLV阳性,检出率为56%,检出率较高。同源性分析表明,除4株毒株同源性为100%外,其余各毒株间同源性差异较大,在85.5%～99.6%之间,各毒株间发生了一定变异。遗传进化分析表明,13株毒株独自形成一个分支,与来自中国台湾的FeLV-TWK30毒株遗传进化关系较远。可见猫白血病病毒在青岛地区的感染已较为严重,加强监测及防疫已经刻不容缓。 相似文献
2.
3.
为探究贵州省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传进化情况,对2017—2022年贵州省不同地区13份PEDV阳性腹泻样本进行ORF3全基因扩增、克隆、测序,使用DNAstar、MEGA 7.0软件,对所得序列核苷酸和氨基酸同源性以及突变和遗传进化情况进行分析。结果显示：13份PEDV阳性样品的ORF3基因序列全长均为675 bp,编码224个氨基酸;13条克隆序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.1%～100%和96.4%～100%;13条克隆序列与经典毒株CV777株ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为95.9%～97.3%和94.7%～96.4%,同源性较低;与经典毒株CV777株相比,13条克隆序列在G160A、C243T、C274T、G301A、C450T、A497G存在相同的核苷酸突变,存在4个相同的氨基酸位点突变(V21A、V54I、A101T、N166S);13条克隆序列所在毒株在遗传进化上全部属于GⅡ型,其中GZ220514、GZ342、GZ224、GZ219、GZ423隶属于GⅡb亚型,GZ210112、GZ210129、GZ210220、GZ210714、... 相似文献
4.
为了解2020—2021年湖南省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,试验从10个暴发仔猪腹泻的猪场采集40份样品进行PEDV核酸检测,统计阳性率,并对部分阳性样品的S1基因进行扩增、测序,并进行序列同源性分析和遗传进化分析。结果表明：场阳性率为60.0%,40份组织样品中有21份为PEDV阳性,阳性率为52.5%;6个阳性猪场随机挑选的6份样品PEDV毒株S1基因扩增得到大小均为1 700 bp左右的目的条带,其核苷酸和对应推导的氨基酸序列相似性分别为97.2%～99.8%和95.4%～99.5%,与国内外流行的PEDV变异株(G2型)对应核苷酸序列相似性分别为96.8%～99.2%和95.0%～98.7%;与PEDV疫苗株(CV777株,G1型)对应核苷酸序列相似性分别为91.2%～92.3%和88.9%～90.8%。进一步遗传进化分析结果发现,获得的6个PEDV毒株均属于G2亚群,与我国流行的PEDV变异株所属分支相隔很近。说明PEDV是导致湖南省部分地区仔猪腹泻的常见病原,且均为PEDV变异株。 相似文献
5.
《黑龙江畜牧兽医》2020,(13)
为了了解鸭源微RNA病毒的一个新病毒种Duck Megrivirus(DMV)在重庆市鸭群中的感染及变异情况,试验采用RT-PCR技术,应用DMV基因组3CD序列特异性引物,对重庆市6个地区的活禽粪便样品进行分子检测,并使用CLUSTAL W、MEGA 5.0软件对阳性样品序列进行同源性分析和遗传进化树的构建。结果表明:从60份活禽粪便样品中检出17份阳性样品,阳性率为28%(17/60),17份阳性样品的扩增产物均为DMV的283 bp 3CD序列。基于序列同源性分析,可将17株DMV分为3类,其中A类有15株病毒,与已知的DMV核苷酸序列同源性为96%～100%;B类有1株病毒(DMV-2/CN/Chongqing-8/2016),与已知的DMV核苷酸序列同源性为88%; C类有1株病毒(DMV-3/CN/Chongqing-10/2016),与已知的DMV核苷酸序列同源性为86%。对B类和C类这2株新型DMV(DMV-2/CN/Chongqing-8/2016和DMV-3/CN/Chongqing-10/2016)的氨基酸序列进行遗传进化分析, 2株DMV均聚在Megrivirus属,与鸭源Megrivirus和鹅源Megrivirus形成一个分支,这个分支与Megrivirus属其他4个种存在差异。说明重庆市鸭群中存在DMV感染,且检测出2株新型DMV,属于DMV-2型和DMV-3型。 相似文献
6.
为了研究我国东北三省部分地区猫细小病毒(Feline parvovirus, FPV)基因的遗传进化情况,试验用PCR方法对我国东北地区25份猫肛拭子进行检测,并对检测结果呈阳性的猫进行细小病毒VP2基因克隆测序,然后进行遗传进化分析。结果表明:经PCR扩增有10份为FPV阳性,其VP2基因序列与标准株M38246和疫苗株EU498681及EU498680的相似性达99.1%以上,有9株属于G1群,1株属于G2群。说明东北地区FPV基因型主要以G1群为主。 相似文献
7.
为了解2011年~2012年四川地区J亚型禽白血病病毒(ALV-J)流行情况及流行病毒株的分子特征,本研究采集四川地区疑似禽白血病的病料样品784份(血液样品700份,组织样品84份)进行PCR检测,并对部分样品的gp85基因进行序列测定和分析。血液样品和组织样品ALV-J检出率分别为3.1%(22/700)和14.3%(12/84)。核苷酸序列比对结果表明,18个阳性样品的gp85基因核苷酸同源性为87.7%~99.8%,与ALV-J株HPRS-103的核苷酸同源性为87.3%~98.2%,与以前分离的J亚群四川株SCGS-1的核苷酸序列同源性为87.9%~94.4%。遗传进化分析表明,18个样品分别属于不同的分支,其中来自石棉的样品SM与其他样品的遗传距离最远。该调查结果显示四川地区鸡场的ALV-J感染比较普遍,其gp85基因存在明显的遗传多样性,引种是导致这种遗传多样性的重要原因。 相似文献
8.
2019～2020年从广东肇庆地区的部份鹅场中收集到12份疑似小鹅瘟病例,对疑似小鹅瘟病例进行病原核酸鉴定,对阳性病例进行病毒分离和VP1基因的序列扩增和遗传进化分析.结果表明,12份疑似小鹅瘟病例中,共检测到7份阳性样品,阳性检测率为58.3％.从阳性病例样本中分离获得7株小鹅瘟病毒毒株,其中1株与Ⅰa亚群毒株核苷酸... 相似文献
9.
我国部分省份猪流行性腹泻病毒M基因的克隆测序及遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解我国部分省份猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化情况,试验采用RT-PCR方法对2014—2017年采集的源自河南、河北、山西、山东、甘肃、湖北、江西等地区不同猪场的98份腹泻样品进行了PEDV检测,并对25份PEDV阳性样品进行M基因的克隆与测序和遗传进化分析。结果表明:25株M基因序列长度均为618 bp;25株M基因序列间核苷酸同源性为98.2%~100%,其编码的氨基酸序列同源性为97.8%~99.6%,与经典毒株CV777及国内外流行毒株核苷酸同源性为97.7%~98.6%,氨基酸序列的同源性分别为97.8%~98.7%;25株M基因序列与国内外早期分离株(如CV777、CH/S等代表毒株)不在一个进化分支上,与近年来分离株处在一个进化分支上。说明PEDV M基因一直处于变异进化过程中。 相似文献
10.
《中国兽医学报》2019,(9):1703-1709
为了解阿卡斑病毒在云南师宗的流行情况及病毒的遗传特征,本研究在云南师宗设立哨兵动物,2014年5～11月每周1次连续采集血清、血液样品,血清用做AKAV抗体检测,血液在C6/36、BHK-21、MDBK和Vero细胞上进行病毒分离工作,用S基因特异引物对阳性分离物进行鉴定及序列分析。结果显示,15头哨兵动物共采集到28批420份血清、420份血液样品,其中有3头牛和1只羊感染AKAV,从这些样品中分离获得2株AKAV(编号09312D和09312H),它们在BHK-21和MDBK细胞上48 h产生明显CPE。2株新分离AKAV的S片段序列核苷酸同源性为100%,氨基酸同源性为100%,与所引用的9株其他不同地区分离的AKAV的S片段序列核苷酸同源性在83.8%～97.7%之间,氨基酸同源性在90.6%～99.6%之间,且新分离毒株处于同一进化小分支,具有高度亲缘性,形成了一个独立的次级分支,同时与其他2株中国AKAV分离株处于同一进化簇。结果表明,云南省师宗县为AKAV流行地区,病毒在当地活动频繁,新分离得到的2株病毒与其他AKAV毒株具有较高的核苷酸同源性和氨基酸同源性,提示亚洲太平洋地区AKAV病毒长期流行且关系密切,同时其氨基酸同源性高于核苷酸同源性也提示了AKAV S片段良好的氨基酸遗传稳定性。 相似文献
11.
为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。 相似文献
12.
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在云南省的流行及遗传进化情况,2020年10—12月收集云南省部分猪场疑似病料共24份,采用PCR方法进行PCV3病原检测;选取PCV3阳性扩增产物进行克隆测序,并将测序结果与16株国内外参考毒株进行ORF2核苷酸序列同源性分析。结果显示:24份病料样品中检出阳性5份,阳性检出率为20.8%;克隆出的阳性扩增产物(YNJS-2020)ORF2核苷酸序列和国内外参考毒株的同源性较高,为97.4%～98.9%,其中与西班牙毒株MF80572000同源性最高,与安徽14-201611毒株同源性最低。结果表明,云南省存在PCV3流行,且流行毒株与国内外其他毒株遗传关系较近,但也有一定差异。结果提示,云南省应加强对PCV3的监测及其流行的控制,避免PCV3大面积流行。本研究为云南省PCV3基因型分析和疫苗研究提供了一定的数据基础。 相似文献
13.
为调查云南省禽流感病毒、新城疫病毒与免疫抑制性病毒混合感染的情况,对云南省2007年1月～2009年10月期间145份禽流感阳性及30份新城疫阳性样品进行禽网状内皮增生病病毒(REV)、J亚群禽白血病病毒(ALV-J)及鸡传染性贫血病毒(CIAV)的检测。禽流感阳性样品中ALV-J的感染阳性率为15.9%,REV的感染阳性率为22.8%,CIAV的感染阳性率为26.9%;新城疫阳性样品中ALV-J的感染阳性率为13.3%,REV的感染阳性率为23.3%,CIAV的感染阳性率为26.7%;共有30份样品发生多重感染,多重感染率为17.1%。对不同区域的4份禽白血病病毒阳性样品、10份禽网状内皮增生病病毒阳性样品、10份禽传染性贫血病毒阳性样品进行了序列比对和系统发育分析。结果表明,云南ALV-J毒株gp85基因与国内外毒株核苷酸及氨基酸同源性分别介于80.4%～96.7%、85.2%～94.5%;REV毒株env基因核苷酸及氨基酸之间的同源性为98.8%～99.8%、97.7%～99.5%;CIAV毒株vp2基因核苷酸及氨基酸之间的同源性为92.4%～100.0%、93.7%～100.0%。 相似文献
14.
《中国兽医学报》2018,(11)
近年来在我国多个省份检测出新型猪圆环病毒3型(porcine circovirus 3,PCV3),为确定贵州省是否也存在该病毒,本试验对92个规模化养殖场2016—2017年所送检的308份样品采用PCR技术进行PCV3筛查,并对部分阳性样品中的ORF2进行PCR扩增、克隆及测序,将测序结果与GenBank上公布的26株ORF2序列进行遗传进化树构建、核苷酸和氨基酸比对。结果首次证实贵州省PCV3的存在,在15份PCV3阳性病料中有13份存在与其他病原共同感染现象,且多以腹泻为临床表现;株间核苷酸同源性为98.0%～100.0%,与参考毒株同源性为96.3%～99.8%,与参考株氨基酸比对相似性为97.2%～100%,遗传进化关系相对较复杂。本试验为我国PCV3的流行状况研究提供了一定的数据依据。 相似文献
15.
为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况，于2020-2021年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织，利用RT-PCR方法对PEDV进行检测，选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序，并对其序列、遗传进化和抗原表位进行分析。结果显示，326份样品中共有152份样品为PEDV阳性，阳性率为46.6%。选取的11份阳性样品中的PEDV S基因核苷酸(氨基酸)同源性为99.0%～100%(98.2%～99.9%),与GenBank中登录的PEDV参考毒株核苷酸(氨基酸)同源性为92.6%～98.0%(91.2%～97.7%),与经典株CV777核苷酸(氨基酸)同源性为93.1%～93.4%(92.3%～92.7%)。遗传进化分析显示，11份阳性样品均位于GIIa亚群，与中国疫苗株CV777处于不同的分群，说明新疆部分地区PEDV流行株与疫苗毒株CV777亲缘关系较远。序列比对结果显示，11份阳性样品中的PEDV S蛋白均存在氨基酸的插入和缺失，中和表位的COE区域变异较大，这可能会降低常规疫苗的免疫保护作用。结果表明，从分子水平明确了2020... 相似文献
16.
为了解湖南省猪圆环病毒3型(PCV3)的遗传变异情况,以25份PCV3阳性样品DNA为模板,使用PCR方法分两段扩增PCV3全基因序列并进行拼接。结果获得7株PCV3分离株全基因组,3株PCV3 ORF2序列。7株PCV3全基因组的核苷酸序列同源性为98.8%～99.7%,10株ORF2的核苷酸序列同源性为97.8%～99.8%。根据系统发育树,PCV3可分为3个分支,所有分离株的遗传关系均较近。ORF2氨基酸序列突变少,发现2个在其他参考毒株中未出现的突变位点。研究获得的PCV3毒株序列与国内外PCV3毒株序列其遗传关系较近,无特殊突变,较为稳定。 相似文献
17.
为探究江苏省内猪场猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行和遗传变异情况,采集江苏省13个地级市规模猪场和屠宰场健康猪群的鼻拭子和肛拭子样品,通过RT-PCR方法检测PEDV,并对部分阳性样品进行S基因序列扩增、测序及遗传进化分析。结果显示：259份猪鼻拭子样品中,PEDV阳性检出率为10.42%(27/259);178份猪肛拭子样品中,PEDV阳性检出率为9.55%(17/178)。选取的8株PEDV代表株的核苷酸序列同源性在99.2%～100%之间,氨基酸序列同源性在95.2%～97.1%之间,与国内流行毒株SD-M、JS2008的同源性最高,核苷酸序列同源性达到97%以上;遗传进化分析显示,8株PEDV代表株属于同一群,与经典毒株CV777、DR13亲缘关系较近。本研究初步明确了江苏地区健康猪群中猪流行性腹泻流行状况和PEDV遗传演化特点,为有效防控猪流行性腹泻提供参考。 相似文献
18.
《中国预防兽医学报》2020,(9)
为了解我国两广地区猪非典型瘟病毒(APPV)的流行及变异情况,本研究于2017年～2018年从该地区的两个规模化养殖场采集了10份患先天性震颤仔猪的各组织病料样品,利用RT-PCR进行APPV检测,挑选3份阳性样品进行该病毒的开放阅读框(ORF)基因序列的RT-PCR扩增、测序,并对ORF基因、该基因包含的E2和P7基因进行核苷酸和氨基酸序列同源性分析及该3种基因的遗传进化分析。结果显示,10份病料样品均为APPV阳性,采用RT-PCR分段扩增获得3株APPV的ORF基因全长序列。ORF基因序列分析显示,3株APPV之间的核苷酸同源性为81.6%～99.8%,与41株中国株的同源性为80.8%～99.3%,与19株国外参考株的同源性为81.3%～91.1%;E2和P7基因的同源性分析结果与ORF基因同源性分析结果一致。ORF、E2和P7基因的遗传进化树显示,广西猪场分离的GX-GL1株和GX-GL67株属于基因1型,而广东猪场分离的GD-CT4株属于基因3型。上述结果表明3株APPV与中国株的亲缘关系更近,两广地区的APPV基因型呈现地域差异性,本研究有助于了解APPV在中国的流行情况。 相似文献
19.
《云南畜牧兽医》2020,(3)
为了解云南省师宗县五龙乡和高良乡的蚊虫携带版纳病毒(BAV)情况。2013年7月在师宗县五龙乡和高良乡牛圈、猪圈、羊圈采集蚊虫标本,共采集库蚊、按蚊、伊蚊、Lufzia和阿蚊等5个属的7种蚊虫3 705只,分为88批进行研磨,从蚊虫悬液中提取总RNA,反转录合成CDNA,采用版纳病毒12节段特异引物进行检测,其中1批蚊虫样本(SZ32)版纳病毒RT-PCR扩增阳性,扩增阳性产物进行测序,获得849个核苷酸(nt)序列。采用生物信息学软件进行同源性和遗传进化分析,结果显示从SZ32批蚊虫样本获得的序列与云南省和越南分离的版纳病毒位于A1基因亚型的进化分支内,核苷酸和氨基酸同源性分别在93.7%～98.4%、95.6%～98.7%,而与中国北方地区分离的版纳病毒(A2基因亚型病毒)和印度尼西亚分离的版纳病毒(B基因型)位于不同进化分支内,核苷酸同源性低于91.3%,氨基酸同源性低于93.4%,提示SZ32批蚊虫中检测到版纳病毒。表明在云南省师宗县的蚊虫存在A1基因亚型版纳病毒流行,其遗传进化关系与云南省边境地区流行的版纳病毒株较密切。 相似文献
20.
为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在北京市不同区县猪场中的流行情况,研究建立PCR检测方法,对来自北京市8个区县56个养殖场的1177份临床样品进行检测,并对获得的部分ORF2全基因序列进行遗传进化分析。结果显示,PCV3总体阳性率为1.0%(12/1177),猪场阳性率为8.9%(5/56)。对PCV3阳性样本进行ORF2基因测序及同源性比对,共测得12株PCV3 ORF2全长基因序列,其中包括6株不同的ORF2全长基因序列。结果显示,该6株序列之间的核苷酸相似性为97.7%～99.5%,推导氨基酸序列的相似性为97.2%～100%;与参考毒株之间的核苷酸同源性为96.0%～99.5%,推导氨基酸同源性为92.1%～100.0%;进化树显示北京毒株属于PCV3b基因型。试验表明,PCV3在北京多个猪场呈现一定的流行趋势,流行毒株以PCV3b基因型为主。 相似文献