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本研究将基于线粒体COⅠ部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以鳀科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stem-loop)及自身二聚体结构(Homodimers)的探针,再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交,共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合.利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种,虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7％,但鉴定准确率可达100％.因此,基于COⅠ基因的DNA芯片技术对鳀科鱼类物种鉴定有一定的实用价值,但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间,通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键. 相似文献
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为探讨石斑鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化水平的变化,本研究采用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism, MSAP)技术检测云纹石斑鱼(Epinephelus moara)、鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)及云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F1 3个群体的基因组DNA甲基化水平,分析杂交F1与亲本基因组DNA甲基化水平的差异。结果显示,云纹石斑鱼和鞍带石斑鱼的基因组DNA属于甲基化程度较高的类群;云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及其杂交F1的DNA总甲基化率分别为60.62%、59.38%和55.78%,DNA全甲基化率分别为31.37%、30.67%和29.27%,DNA半甲基化率分别为29.25%、28.71%和26.51%;杂交F1的DNA总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率均低于双亲,并存在极显著差异(P<0.01),3个群体的全甲基化率均大于半甲基化率。研究表明,云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F1 DNA甲基化水平与杂种优势呈负相关,杂交F1 DNA甲基化水平的降低可能是形成快速生长等杂种优势的原因之一。 相似文献
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《渔业科学进展》2019,(6)
为探讨石斑鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化水平的变化,本研究采用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitiveamplificationpolymorphism,MSAP)技术检测云纹石斑鱼(Epinephelus moara)、鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)及云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F_13个群体的基因组DNA甲基化水平,分析杂交F_1与亲本基因组DNA甲基化水平的差异。结果显示,云纹石斑鱼和鞍带石斑鱼的基因组DNA属于甲基化程度较高的类群;云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及其杂交F_1的DNA总甲基化率分别为60.62%、59.38%和55.78%,DNA全甲基化率分别为31.37%、30.67%和29.27%,DNA半甲基化率分别为29.25%、28.71%和26.51%;杂交F_1的DNA总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率均低于双亲,并存在极显著差异(P0.01),3个群体的全甲基化率均大于半甲基化率。研究表明,云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F_1DNA甲基化水平与杂种优势呈负相关,杂交F_1 DNA甲基化水平的降低可能是形成快速生长等杂种优势的原因之一。 相似文献
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2006～2007年进行了犬齿牙鲆Paralichthys dentatus(♂)×褐牙鲆P.olivaceus(♀)杂交,获得杂交子代苗种养殖至全长27～33cm时随机取样,测定形态学特征。与父、母本相同规格成鱼相比,杂交子代的有眼侧体色和花纹与父、母本都存在较大差异,是区分杂交子代最突出的特征。杂交子代的多数可比、可量性状同父、母本相近,但在体长/总高比等方面表现出较明显的杂交优势。聚类分析表明,杂交子代的表型与犬齿牙鲆更为接近。尾静脉采血,使用流式细胞仪检测杂交子代和父、母本外周血红细胞的DNA含量,发现杂交子代、犬齿牙鲆和褐牙鲆的DNA含量分别为1.51±0.02、1.50±0.04、1.43±0.16pg,杂交子代的DNA含量与犬齿牙鲆接近,较褐牙鲆略高,表明杂交子代为二倍体。 相似文献
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雄性三倍体虹鳟(Oncorhyncus mykiss)可以发育至生理成熟并表现出较强的雄性副性征,性腺发育基本正常;雌性三倍体虹鳟性腺几乎不发育,并且存在着类雄性化的发育趋势.本研究拟通过对虹鳟杂交胚胎(2n♀×3n♂)发育状况及其DNA倍性的分析,进而确认三倍体虹鳟是否具有与二倍体虹鳟类似的生育能力并分析其原因.选取经两个世代家系选育的虹鳟优良品系二倍体雌性虹鳟作为母本,以热休克方法人工诱导的优质雄性三倍体虹鳟为父本,常规人工采集精卵授精,获得三倍体雄性与二倍体雌性杂交胚胎,观察杂交胚胎的发育进程,通过流式细胞仪检测杂交胚胎的DNA含量,进而与二倍体雌雄交配获得的胚胎对照确定杂交胚胎的倍性.结果表明,杂交胚胎的受精率、发眼率和孵化率均显著地低于对照组,杂交胚胎多数在发眼期之前死亡,破膜的胚胎在仔鱼期上浮前全部死亡.杂交胚胎的DNA含量分布范围较大,大致可以分为两个水平,接近84％的胚胎的DNA含量介于二倍体与三倍体之间,约为对照组DNA含量的2.5倍;约有16％的胚胎的DNA含量在三倍体和四倍体之间.本研究认为,染色体非整倍体化可能会引起杂交胚胎细胞核质不相容,进而导致基因表达调控紊乱,从而使杂交胚胎不能正常发育,无法完成由母体卵黄供给的内源营养向外源营养的转换,成为导致杂交胚胎发育过程中大量死亡,以及杂交仔鱼在破膜之后开始进食之前全部死亡的一个重要原因. 相似文献
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为了探讨大黄鱼(♀)与鮸状黄姑鱼(♂)远缘杂交的可行性,构建了2个杂交家系(LN1和LN2),检测了杂交F1的倍性,并利用10个微卫星标记对杂交亲本及F1进行遗传分析。结果表明,大黄鱼(♀)与鮸状黄姑鱼(♂)可以成功杂交产生形态正常后代,45日龄成活率达到30%,但杂交受精率(29.0%、32.6%)与孵化率(75.0%、76.7%)要显著低于大黄鱼自繁(P<0.05)。杂交幼鱼体型修长,头为尖钝型,体侧布满黑褐色斑点;DNA相对含量测定和微卫星标记分析结果显示,90%以上杂交后代是杂交二倍体,另外有少量的杂交三倍体和雌核发育二倍体;杂交幼鱼形态兼具有双亲的特征,与大黄鱼明显不同;至45日龄为止,杂交二倍体和三倍体生长速度均慢于大黄鱼。研究结果为大黄鱼(♀)和鮸状黄姑鱼(♂)杂交F1的开发利用及管理提供了参考依据。 相似文献
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Prasanna K. R. Allu B. Chakraborty Madhusudan Das Nitish R. Mahapatra Sajalendu Ghosh 《Aquaculture International》2014,22(2):775-782
High consumer preference together with its polyculture potential has undoubtedly driven Rohu (Labeo rohita) and Catla (Catla catla) to top the list of the most preferred fishes among the Indian major carps. Commonly found in these fishes are hybrids that can be natural or man-made. Increasing emphasis on biodiversity issues has necessitated proper stock management of these through molecular genetics techniques. Also with few morphological differences that can be used to differentiate wild types and hybrids properly, the problem demands a straightforward molecular approach. Here, we report a simple PCR-based technique that can differentiate the hybrid variety from wild types easily using three different microsatellite markers. Three sets of primers were used to amplify three different microsatellite markers from the genomic DNA isolated from pectoral fins. When the PCR products using all three primer sets were analyzed, ‘hybrid–Rohu’ could be distinguished from wild types. Whereas the hybrid–Rohu DNA yielded specific PCR products with all three primer pairs, only two PCR products were obtained either from wild-type Catla DNA (by primer sets 1 and 2) or from wild-type Rohu DNA (by primer sets 1 and 3). This study clearly demonstrates that a simple PCR-based technique will help the fish breeders and hatcheries to identify and differentiate suspected hybrid–Rohu carp from the wild types within a few hours. 相似文献
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本文采用Ucdcg153、157、202微卫星分子标记对福建漳浦从广东饶平引人的太平洋牡蛎育苗亲贝进行等位基因比较.两组样品(Cg♀和cg♂)携带的等位基因在微卫星重复区间及其附近存在高度相似的变异特征.这些特征区间分别是:Ucdcg153 23～40位碱基区间,Ucdcg157 73～100位碱基区间,Ucd-cg2... 相似文献
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在生物有机体中,一个细胞核中所含的DNA总量对于某种类有机体是一定的。利用流式细胞仪(FCM)测量细胞中的DNA含量,可以用来鉴别有机体的倍性。本研究分别取杂交鲍[即皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)×盘鲍(Haliotis.discus discus)]的一小块触手、足肌,设计不同的振荡时间、不同的DAPI染色时间、不同的取样部位,制备成不同的细胞悬液检查样品;用PA-Ⅱ型倍体分析仪测定其倍性,以探讨其对倍性检测效果的影响。试验结果表明:振荡的最适时间为1.5～2.0 min,染色的最适时间为4.0～5.0 min;取材部位的不同对检测结果无显著影响。 相似文献
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在优化RAPD检测条件的基础上，从100个随机引物中筛选出60个扩增较好的引物对异源四倍体鲫鲤及其原始亲本红鲫和湘江野鲤相互间扩增DNA片段的异同性进行比较研究。结果显示，60个引物共产生1554条带，单一引物扩增的DNA片段数在6～20条之间，片段大小在200～3500bp之间。遗传相似率分析表明，异源四倍体鲫鲤与其原始母本红鲫的相似率为69．41％，与其原始父本野鲤的相似率为64．47％，说明异源四倍体鲫鲤接受原始母本红鲫的遗传物质要多一些；而红鲫和野鲤之间的相似率为42．18％，说明两者的基因组成有较大的相似性，从分子水平证实了红鲫和野鲤的远缘杂交具有较大的亲和性。在分析中，还发现异源四倍体鲫鲤有4条非亲本带，非亲本带谱率达0．72％，这些非亲本带可以作为异源四倍体鲫鲤特异性的分子标记。 相似文献
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莫荷罗非鱼“广福1号”与其亲本间DNA甲基化的差异分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了探讨罗非鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化模式的变化,运用甲基化敏感扩增多态技术(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析橙色莫桑比克罗非鱼、荷那龙罗非鱼及其杂交种莫荷罗非鱼"广福1号"的皮肤、肌肉和鳃等11种组织的DNA甲基化水平差异。采用16对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳带型分析结果显示:莫荷罗非鱼"广福1号"及其亲本在不同组织间的甲基化水平存在组织特异性,相同组织不同亲、子代罗非鱼间的甲基化程度亦不同;橙色莫桑比克罗非鱼、荷那龙罗非鱼以及"广福1号"各组织平均总甲基化水平分别为32.21%、38.03%和29.77%,莫荷罗非鱼"广福1号"的甲基化水平低于双亲;与亲本相比,莫荷罗非鱼"广福1号"的甲基化模式除了大多数保持稳定遗传(A、B、C类型分别为19.67%、29.99%、25.42%)之外,24.92%胞嘧啶位点发生去甲基化和超甲基化,且去甲基化位点(E类型,15.73%)多于超甲基化位点(D类型,9.19%)。研究表明,莫荷罗非鱼"广福1号"基因组DNA的低甲基化特征和甲基化模式的重调可能与耐盐杂种优势有关。 相似文献
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微卫星 DNA 是分布于基因组的1～6个碱基组成的串联重复序列,或简单序列重复。微卫星 DNA 具有多态性高、数量丰富、共显性遗传和分析简单等特点,应用越来越广泛,已成为最受青睐的分子标记之一。微卫星分子标记的获得首次必须从实验生物中分离。分离微卫星 DNA 位点的方法有多种。文章对几种微卫星 DNA 位点分离技术进行介绍和分析比较,为选择合适的分离方法提供参考。 相似文献
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杂交鳢(乌鳢♂×斑鳢♀)及其亲本血液指标的比较分析 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究采用血细胞分析仪、流式细胞仪和血涂片制作方法,对杂交鳢及其亲本血液指标进行了比较分析。结果显示,杂交鳢(Channa argus♂×C.maculata♀)与其亲本相比,表现出明显杂种优势:在血液红细胞数目、白细胞数目、血红蛋白含量和血细胞比容上,杂交鳢都比亲本高,差异显著(P<0.05);在红细胞体积上,杂交鳢均比亲本小,差异显著(P<0.05);杂交鳢及其亲本血液中都含有较少比例的DNA合成期(S期)细胞,但彼此差异不显著(P>0.05)。 相似文献
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Ten microsatellite loci were tested on Mendelian segregation in the bester – hybrid of beluga, Huso huso L. and sterlet, Acipenser ruthenus L. in the fourth generation. All studied loci showed disomic inheritance and Mendelian segregation of their alleles. The molecular approach by microsatellite DNA analysis represents a reliable tool for interspecific characterization of sturgeons and their hybrids (different alleles of several loci are present in sturgeon fishes, and interspecific hybrids posesses both maternal and paternal specific alleles). This is the first report of the Mendelian segregation testing in interspecific hybrid of acipenserid fishes using microsatellite DNA markers. 相似文献
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中国对虾皮下及造血组织坏死杆状病毒（HHNBV）DNA探针的制备及应用 总被引：5，自引：2，他引：5
ＨＨＮＢＶ是１９９３年中国对虾暴发性流行病的主要病原之一。从纯化的病毒中提取ＤＮＡ，用ＥｃｏＲｌ限制性内切酶酶切成ＤＮＡ片段，与ＰＵＣ１８体外重组，建立ＨＨＮＢＶＤＮＡ文库。从中筛选出三个重组质粒（５＃、８＃、９＃），它们所插入的片段大小分别为：２．８Ｋｂ、０．８Ｋｂ、１．６Ｋｂ，它们分别用光敏生物素标记成探针，与感染ＨＨＮＢＶ的病虾ＤＮＡ呈阳性反应，以此利用制备的ＨＨＮＢＶＤＮＡ探针的高敏感性和特异性来检测虾病。 相似文献
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单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）是基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,是继限制性片段长度多态性、微卫星标记之后的第三代分子标记。最初SNPs主要应用在人类重要疾病的关联性研究中,随着检测技术不断提高以及各种生物SNP数据库的不断完善,其逐渐被应用于遗传图谱的构建、群体遗传学、亲缘关系、关联分析和基因功能分析等方面。文章主要介绍了SNPs的发生、特点及常用检测方法,综述了SNPs在海洋生物遗传学中的研究进展,以期将SNPs更好地应用到海洋经济动物遗传育种中。 相似文献