共查询到20条相似文献，搜索用时 406 毫秒
1.
《中国兽医学报》2016,(5):756-762
为探讨绵羊肺炎支原体贵州流行株P113蛋白基因分子特征,对Mo Y98标准株和Mo贵州流行株(GZ-CS1株、GZ-QX1株)P113基因进行克隆与测序,应用生物信息学软件对测序序列进行变异性、同源性及系统进化关系分析。结果显示,Mo贵州株(GZ-QX1、GZ-CS1)与Y98标准株P113基因全长分别为3 240、3 141和3 240bp;推导氨基酸序列比较显示Mo GZ-QX1株与Y98株高度相似,仅存在2个位点差异;GZ-CS1株与Y98株相比,P113蛋白存在27个点突变,缺失41个氨基酸;GZ-QX1株和GZ-CS1株相对Y98标准株存在第111位点突变和共同缺失19个氨基酸;Mo贵州流行株(GZ-CS1株、GZ-QX1株)与Y98标准株核苷酸同源性分别为98.4%和99.9%,贵州流行株间核苷酸同源性为98.3%;其与四川SC01株的核苷酸同源性分别为90.2%和89.1%。此外,种间比较显示Mo P113基因与猪肺炎支原体P97基因的相似性较高,同源性均大于61.7%,亲缘关系亦较近;而其与丝状支原体山羊亚种、山羊支原体山羊肺炎亚种之间的同源性较低,都在39.4%以下,其亲缘性也较远。该研究结果为深入探讨绵羊肺炎支原体的遗传变异及其生物学特性关系奠定基础。 相似文献
2.
试验采用SDS—PAGE和免疫印迹分析技术研究了绵羊肺炎支原体标准株Y98与绵羊肺炎支原体分离株HD-1、丝状支原体丝状亚种PG3以及肺炎支原体标准株FH间细胞膜蛋白免疫原性的异同。结果表明：绵羊肺炎支原体标准株Y98同绵羊肺炎支原体分离株HD-1间细胞膜蛋白免疫印迹结果基本一致,而绵羊肺炎支原体标准株Y98与丝状支原体丝状亚种PG3和肺炎支原体标准株FH抗原差异较大,缺乏共同抗原成分。 相似文献
3.
【目的】克隆绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)EF-Tu基因,原核表达获得EF-Tu蛋白,制备抗EF-Tu蛋白的兔源多克隆抗体,为研究肺炎支原体EF-Tu蛋白的结构和功能奠定基础。【方法】采用重叠延伸PCR方法将pET-28a-EF-Tu质粒中EF-Tu基因中间的TGA密码子突变为TGG,并对测序结果与其他支原体参考株进行相似性比对和遗传进化分析,利用在线软件对其推测的蛋白序列进行生物信息学分析。将突变后的重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞进行原核表达,经SDS-PAGE和Western blotting鉴定,利用镍柱亲和层析法纯化,以纯化的EF-Tu融合蛋白免疫家兔制备多克隆抗体,采用间接ELISA和Western blotting检测多克隆抗体效价及免疫反应性。【结果】试验成功突变了EF-Tu基因中TGA位点,并构建了融合表达His标签pET-28a-EF-Tu′原核表达载体。生物信息学分析表明,克隆的EF-Tu基因与绵羊肺炎支原体MoGH3-3菌株相似性最高,亲缘关系最近;编码387个氨基酸,无N-糖基化位点和跨膜区域,存在10... 相似文献
4.
《贵州畜牧兽医》2021,45(4)
为了解绵羊肺炎支原体(Mo)贵州株P30基因的进化情况,通过对Mo贵州分离株(GZQX、GZXS、GZHZ、GZKY)、Mo Y98标准株的P30基因进行体外扩增、克隆以及测序,并对所测序列运用生物信息学软件进行基因变异性、基因同源性以及基因进化树分析。结果:(1)基因同源性:4株Mo贵州分离株与Mo Y98标准株核酸序列相似性在94.9%～99.4%之间。其中GZQX株与标准株同源性最高,达到99.4%。Mo贵州分离株与绵羊肺炎支原体四川分离株(Mo SC01)、猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae)、絮状支原体(Mycoplasma flocculare)的P30基因同源性在70%～80%之间;与其他支原体同源性均在30.0%以下。(2)系统进化树分析显示:4株Mo贵州分离株与Mo Y98标准株的P30基因处于同一进化分支,亲缘关系最近;与牛支原体(Mycoplasma bovoculi)、鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum)亲缘关系次之;与Mo SC01、絮状支原体、猪肺炎支原体、肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae)亲缘关系最远。结论:Mo贵州株P30基因种属特异性好,种内保守,可作为基因工程疫苗的候选靶标基因。 相似文献
5.
《黑龙江畜牧兽医》2020,(11)
为了探讨绵羊肺炎支原体NM2010株假定P60样脂蛋白用于制备基因工程亚单位疫苗的可能性,试验运用ExPASy、SignalP 4.0、TMHMM 2.0、SOPMA、 PSORT 6.4、IEDB、BlastP、Hcluster_sg、Muscle等生物信息学软件,对绵羊肺炎支原体NM2010株P60基因编码蛋白的理化性质、跨膜区、信号肽、二级结构、亚细胞定位、B细胞抗原表位、蛋白功能和基因家族进行预测分析。利用人工合成方法获得P60成熟肽编码区基因序列,并克隆到表达载体pET-32a(+)上进行原核表达及Western-blot分析。结果表明:绵羊肺炎支原体NM2010株P60基因编码蛋白的二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主,其结构稳定,可溶性较高;该编码蛋白有信号肽,亚细胞定位在外膜,可能是一种外膜蛋白,具有较好的抗原性;参与绵羊肺炎支原体烟酸和烟酰胺代谢途径,与绵羊肺炎支原体SC01株的GL000100(WP_010321430.1)、猪肺炎支原体7448株的0353(WP_011290189)属于同一家族,均为P60样脂蛋白。P60基因序列中的TGA成功突变为同义密码子TGG,重组蛋白的分子质量为74.0 ku,以可溶形式存在,具有良好的反应原性。说明P60重组蛋白可以作为绵羊支原体性肺炎基因工程亚单位疫苗的候选蛋白。 相似文献
6.
株绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P基因克隆及蛋白序列分析 《畜牧与饲料科学》2022,43(6):1-5
[目的]克隆绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P113基因,比对、分析不同菌株P113蛋白序列,为研究绵羊肺炎支原体P113蛋白的生物学功能提供参考。[方法]设计绵羊肺炎支原体P113基因特异性引物,采用PCR方法扩增9株绵羊肺炎支原体内蒙古分离株的P113基因片段;对获得的9株绵羊肺炎支原体P113基因片段进行测序分析,将DNA序列翻译为氨基酸序列,对不同菌株的P113氨基酸序列进行比对。[结果]不同分离株P113基因片段扩增产物大小不同。氨基酸序列分析显示,C末端序列重复区域长度存在差异,以KKAEGA（S）QNQG为主要重复序列单元。不同菌株重复序列单元数量不同,NM01-MO株和CK-MO株的重复序列单元数量最多,为16个;LK-MO株重复序列单元数量最少,为3个;多数菌株之间重复序列单元数量差异较大。[结论]绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P113氨基酸序列的C末端重复序列单元数量不同,这些不同数量的重复序列影响P113蛋白结构,进而可能影响其生物学功能。 相似文献
7.
根据GenBank报道的绵羊肺炎支原体(MO)基因序列,设计特异性引物,对MO新疆分离株(MO XJ)溶血素TlyC基因进行克隆及测序;并对该基因及其编码蛋白进行分子特征分析,并与其他支原体相应序列进行同源性分析,构建该基因系统进化树。结果表明,TlyC基因全长为1 239bp,编码426个氨基酸,其中第1~23位氨基酸残基为信号肽,编码区含有跨膜结构域和CBS结构域,二级结构以α-螺旋为主。系统发生分析表明,MO与猪肺炎支原体232株和絮状支原体的相应序列亲缘关系较近,而与其他种支原体的亲缘关系较远。研究首次克隆了MOTlyC基因,为了解MOTlyC生物学功能及其致病中的作用奠定了基础。 相似文献
8.
为了了解贵州地方猪肺炎支原体菌株遗传变异情况,试验对3份贵州省贵阳市某地方猪养殖场疑似感染猪肺炎支原体的病料进行离体培养及PCR鉴定;同时对分离菌株及6株疫苗菌株的主要黏附因子P46基因、P97基因R1区和P146基因高变区进行PCR扩增及测序,并与参考菌株比对分析,挖掘分离菌株与疫苗菌株、参考菌株之间的差异性。结果表明：从疑似病料中培养并鉴定获得1株猪肺炎支原体,命名为GZ株。GZ株P46基因核苷酸序列与疫苗菌株、参考菌株的同源性最高,均在98.3%以上。P146蛋白高变区氨基酸差异主要发生在PQ和PS重复区,GZ株PQ重复区中只缺失2个氨基酸,而PS重复区中缺失7个氨基酸,与疫苗菌株168L株、RM48株和Z株缺失情况一致。GZ株P97基因R1区核苷酸序列与疫苗菌株、参考菌株之间的同源性低,为94.5%～97.4%;各菌株间P97蛋白R1区氨基酸序列中,AAKPV/E重复基元存在不同程度缺失,GZ株在该区域仅存在5个重复基元,且第1个重复序列中的谷氨酸(E)突变为谷氨酰胺(Q)。说明P97蛋白R1区和P146蛋白高变区氨基酸序列的改变导致抗原表位和黏附能力发生变化,对P97基因R1... 相似文献
9.
《中国兽医学报》2018,(12)
为了解我国新出现的基因Ⅻ型新城疫病毒(NDV)的分子特性,分析其基因组遗传演化特征,对2010―2012年我国首次分离到的3株基因Ⅻ型新城疫代表株进行基因组测序和生物信息学分析。结果显示,3株病毒F蛋白裂解位点相同为112 RRQKR/F117,符合强毒株特征。病毒基因组长度均为15 192nt,与早期基因型(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型)毒株相比,其在NP基因5′端非编码区有6个核苷酸插入。3株病毒在F蛋白信号肽、七肽重复区和跨膜区,以及HN蛋白跨膜区、中和抗原表位等功能区有多处氨基酸变异。病毒基因组遗传进化分析结果显示,3株病毒均属于基因Ⅻ型,但与南美地区分离株不同(基因Ⅻa亚型),我国分离株为基因Ⅻb亚型。 相似文献
10.
不同物种肌细胞生成素基因序列结构与功能特性的生物信息学分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨不同物种肌细胞生成素(MyoG)基因的组成结构与功能特性,利用比较基因组学方法,对GenBank中已报道的猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因完整编码区核苷酸及其氨基酸序列的分子结构、理化特性、糖基化位点、信号肽、跨膜区、二级结构、高级结构域以及基于该基因编码氨基酸序列的5个物种之间的进化关系进行了系统的生物信息学分析。结果表明:猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因核苷酸序列组成结构特点及其编码蛋白质的理化特性基本一致,均属于疏水性不稳定蛋白质;猪、牛和绵羊均含有6个潜在的N-糖基化位点,而家兔和家鸡则包括7个不同的N-糖基化位点;均不含信号肽,属于非分泌型蛋白质,不含跨膜结构域;均含有Basic和H-L-H保守结构域;α-螺旋和无规卷曲为myoG多肽链中的主要二级结构元件,三维结构预测均存在2个Helix与1个Loop结构单元;猪与其他4个物种氨基酸序列的同源性分别为96.0%,95.5%,95.5%和72.2%,牛与绵羊myoG基因进化关系最近。本研究为深入探讨myoG基因调控畜禽骨骼肌的生长发育机制提供了理论基础。 相似文献
11.
12.
本试验旨在了解绵羊肺炎支原体（Mo）标准Y98株Hsp70基因生物学特性,以期利用该基因表达蛋白建立ELISA方法。本研究应用DNAStar、Bioedit 7.0、ClustalX 3.0、Mega 4.0软件与Protparam、TMpred、IEDB在线工具对Hsp70蛋白的理化参数、跨膜结构、信号肽、二级结构、B细胞表位及与其他支原体Hsp70蛋白进化关系进行了比对分析。结果显示,Mo Y98株Hsp70蛋白理论分子质量为66.14 ku,pI值为5.08,为稳定的可溶性蛋白。该蛋白无跨膜结构,不分泌信号肽,存在多处具有免疫原性的肽段,具有形成抗原表位的优势结构,是建立免疫学方法较为理想的靶蛋白。与多种支原体Hsp70基因进化关系分析结果表明,该蛋白与Mo进化关系最近,与丝状支原体簇成员亲缘关系较远,为进一步分析Mo致病机理提供了理论依据。 相似文献
13.
IBV-SD04(以下简称SD04株)为一株临床分离的鸡肾型传染性支气管炎病毒.通过RT-PCR技术扩增出该毒株的M基因片段,并将其克隆到pMD-18T载体中进行序列测定与分析,结果表明该分离株M基因长度为678 bp,编码225个氨基酸,与国内外主要的疫苗毒株和国内分离株核苷酸同源性为86.6％～99.9％;通过DNAStar软件对M蛋白进行二级结构预测,结果表明M蛋白的N端前98位氨基酸具有良好的亲水性、抗原性指数以及表面可能性;通过在线软件TMHMM Server v.2.0对M蛋白进行跨膜区分析,结果显示SD04株M蛋白跨膜3次,跨膜区分别位于23 ～40、47～69和79～98肽段区;应用在线软件NetNGlyc 1.0和NetOGlyc 3.1对M蛋白进行糖基化位点分析,结果表明SD04株M蛋白无氧连糖基化位点,存在2个氮连糖基化位点.综合以上信息,SD04株可作为疫苗候选株进行研究. 相似文献
14.
从典型猪肺炎支原体病变肺组织传代分离到一株支原体,经培养特性、血清学鉴定、生化鉴定、PCR检测及测序分析证明其为猪肺炎支原体,纯化后命名为S株。将S株P46基因和P97基因R1区的氨基酸序列与其他菌种的相应序列进行同源性分析,该菌株P46基因氨基酸序列与其他菌种同源高达99%以上,P97基因R1区的氨基酸重复数为11个,不同于其他菌株;免疫原性试验结果表明该菌株具有良好的免疫原性。 相似文献
15.
16.
《中国畜牧杂志》2017,(4)
本研究应用RT-PCR、5'-RACE、TA克隆技术获得绵羊Lpin2基因CDS区,并进行相关生物信息学分析,为其遗传特性及编码蛋白功能机制的研究提供基础数据。结果获得绵羊Lpin2基因2 754 bp,包括84 bp的5'UTR和2 670 bp的CDS区,编码889个氨基酸。生物信息学分析编码蛋白lipin2属不稳定的中性亲水脂溶性蛋白,存在跨膜域、2个O-糖基化位点和89个磷酸化位点,没有信号肽,定位于细胞质或细胞器中。存在由细胞质活性氧(ROS)主导的氧化还原机制形成的二硫键。二级结构包含高比例的环(80.54%)。蛋白N-末端和C-末端分别含有保守结构域Lipin_N和LSN2。绵羊与山羊、家牛、羊驼、猪、家犬、灵长类与啮齿类动物以及原鸡lipin2氨基酸序列同源,系统进化与其亲缘关系远近一致,Lpin2基因编码区进化保守。绵羊lipin2与lipin1氨基酸序列相似性相对较低(66%),可能与其有差异的功能活性有关。 相似文献
17.
为了解猪圆环病毒2型（PCV2）当前流行分离株的基因型和进化特征,本研究对PCV2阳性临床样品进行分离鉴定,并对分离毒株进行全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析,利用MegAlign7.0和DNAstar软件对分离株ORF2基因编码的Cap蛋白进行氨基酸变异分析和抗原指数预测分析。测序结果显示,PCV2分离株（SMU-2022）的全基因组序列长度为1 767 nt。全基因组和Cap蛋白的遗传进化树结果均显示分离株属于PCV2d基因型,与国内外46株参考毒株的相似性在91.8%～99.1%之间,其中与QZ1410毒株的相似性最高,亲缘关系最接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有2个氨基酸特异性突变位点,分别是V30L和T232K。抗原指数分析发现,分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第20-30、40-75、90-100、130-140、195-205、210-220位氨基酸这6个区域。 相似文献
18.
【目的】 了解目前广东省猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV2）分离株的基因型和进化特征,为广东省PCV2防控及疫苗株的筛选提供参考依据。【方法】 运用PCR方法将4份鉴定为PCV2阳性样品进行PCV2全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析;利用MegAlign软件对4株PCV2广东分离株ORF2氨基酸序列与国内外参考毒株进行关键位点氨基酸变异分析;应用DNAStar中Protean软件的Jameson-Wolf方法对4株PCV2广东分离株ORF2基因编码的Cap蛋白与4株疫苗株进行抗原指数预测分析。【结果】 测序结果表明,4株PCV2广东分离株序列长度均为1 767 bp。遗传进化树结果表明,4株分离株均属于PCV2d基因型,且核苷酸相似性在97.7%~99.1%之间,与国内外54株参考毒株相似性在91.7%~99.8%之间,其中与PhuTho/G40312/2018株（Viet Nam,登录号：LC602996）、QZ1410株（江苏,登录号：MG732832）、GXBB1501211株（广西,登录号：MH756609）亲缘关系最为接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有8个氨基酸特异性突变位点,分别是Y3C、F8Y、T56S、R116K、V123I、K164E、R169G及T216A。抗原指数分析发现,广东省分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第7－12、47－53、80－90、160－170和205－213位氨基酸这5个区域。【结论】 从广东省部分地区分离的4株PCV2均为2d亚型,其Cap蛋白氨基酸序列存在多个突变位点,抗原指数与疫苗株差异较大,提示广东省PCV2的流行趋势逐渐以2d亚型为主。 相似文献
19.
为探索兰坪乌骨绵羊乌质性状的分子遗传基础,根据NCBI收录的绵羊WWOX(WW Domain ContainingOxidoreductase)基因设计9对外显子特异性引物,扩增测序后拼接序列,编码区翻译后得到的蛋白质序列进行空间结构预测。兰坪乌骨绵羊WWOX基因位于14号染色体,WWOX蛋白由1 436个碱基编码414个氨基酸。WWOX是一种主要定位于细胞质中的亲水性非跨膜蛋白,其碱基序列与普通绵羊同源性对比为99.57%,氨基酸序列同源性对比为100%,发现有7个同义突变位点,蛋白结构预测显示WWOX空间结构主要由α螺旋、无规则卷曲构成。本实验进一步探索兰坪乌骨绵羊WWOX基因空间结构与“乌质”性状形成机制间的联系并提供理论支撑。 相似文献
20.
试验旨在分析牛支原体新疆分离株oppD/F基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中PG45菌株oppD/F基因序列（登录号：AF130119.1）设计1对引物,应用PCR技术扩增获得分离株oppD/F基因,将oppD/F基因片段克隆至pMD19-T载体中进行测序,在采用生物信息学方法分析其核苷酸序列的基础上对其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、可溶性、信号肽、跨膜域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构和功能等进行分析和预测。结果显示,牛支原体新疆分离株oppD/F基因序列全长1 617 bp,与Mb PG45株和Mb JF4278株的同源性均为100%,处于同一分支;该基因编码蛋白是由539个氨基酸残基组成,不存在信号肽及跨膜结构,是一种稳定的亲水性蛋白质;oppD/F蛋白存在1个AAA家族结构域,50个潜在的磷酸化位点和3个糖基化位点,其二级结构是混合型,其中α-螺旋所占比例最高（61.78%）,无规则卷曲次之（20.78%）。功能预测结果显示,oppD/F蛋白在信号传导、受体、结构蛋白、离子通道、免疫应答和胁迫应答等方面的几率均较高。本研究结果为进一步分析牛支原体oppD/F基因的功能提供了一定的理论依据。 相似文献