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1.
《现代农业科技》2019,(16)
本研究利用18对微卫星对改则县的16头本地牦牛和18头半野血牦牛进行遗传多样性评估。结果显示,18对微卫星的平均等位基因数为7.44,其中TGLA73、BM2113和BGR3012等3个位点的观测杂合度最高,为1.000 0,AGLA293位点的观测杂合度最小,为0.204 9。改则县本地牦牛的期望杂合度(HE±SD=0.700 0±0.042 2)、观测杂合度(HO±SD=0.724 3±0.027 0)、平均等位基因数(NA=6.22±2.86)以及多态信息含量(PIC=0.636)均要高于改则县半野血牦牛(HE±SD=0.686 4±0.039 4,HO±SD=0.694 0±0.026 5,NA=6.06±2.44,PIC=0.622)。2个群体之间的遗传分化指数FST=-0.005 42,同时结合主成分分析,发现2个群体遗传分化不明显。 相似文献
2.
本研究利用MHC基因区域两个遗传标记（BF1和BM1258）对西藏阿里地区改则县的本地牦牛（GZD，16头）和半野血牦牛（GZY，18头）进行遗传多样性评估。研究结果显示：BF1位点的期望杂合度（HE=0.71996）和多态信息含量（PIC=0.66063）以及等位基因数（NA=11）都要高于BM1258位点（HE=0.56773、PIC=0.45553、NA=6），但BF1位点的观测杂合度（HO=0.30331）小于BM1258位点（HO=0.66471）。就群体而言，GZD的期望杂合度为0.6727±0.0934（HE±SD）、观测杂合度为0.5563±0.0892（HO±SD）以及PIC为0.58534，都高于GZY。GZD的近交系数（FIS=0.178）小于GZY（FIS=0.337）。通过两个微卫星位点基因型共构建了17种单倍型，GZD中含有12种单倍型，GZY中存在11 种单倍型。在单倍型水平上，GZD的期望杂合度（HE）为0.8759,观测杂合度为0.8000±0.1033，多态信息含量为0.8323，也略高于GZY相关参数两个群体之间的遗传分化指数在两个水平均显示为差异不显著（FST=-0.01370（位点水平），FST=-0.00300（单倍型水平）。总体而言，该两个牦牛群体的MHC免疫区域遗传多样性丰富暗示其抗病性和适应性遗传基础优秀，其次来那个群体遗传差异不明显，加之半野血牦牛种群近交系数偏高，故建议对该两个群体采取混群合并保种，提高种畜利用率，防止近交系数持续增高。 相似文献
3.
《现代农业科技》2019,(21)
本研究利用MHC基因区域2个遗传标记(BF1和BM1258)对改则县的本地牦牛(GZD,16头)和半野血牦牛(GZY,18头)进行遗传多样性评估。结果表明,BF1位点的期望杂合度(HE=0.719 96)和多态信息含量(PIC=0.660 63)以及等位基因数(NA=11)都要高于BM1258位点(HE=0.567 73、PIC=0.455 53、NA=6),但BF1位点的观测杂合度(HO=0.303 31)小于BM1258位点(HO=0.664 71)。就群体而言,GZD的期望杂合度为0.672 7±0.093 4(HE±SD)、观测杂合度为0.556 3±0.089 2(HO±SD)以及PIC为0.585 34,均高于GZY。GZD的近交系数(FIS=0.178)小于GZY(FIS=0.337)。通过2个微卫星位点基因型共构建了17种单倍型,GZD中含有12种单倍型,GZY中存在11种单倍型。在单倍型水平上,GZD的期望杂合度(HE)为0.875 9,观测杂合度为0.800 0±0.103 3,多态信息含量为0.832 3,也略高于GZY相关参数。2个群体之间的遗传分化指数在2个水平差异不显著,FST=-0.013 70(位点水平),FST=-0.003 00(单倍型水平)。总体而言,2个牦牛群体的MHC免疫区域遗传多样性丰富,暗示其抗病性和适应性遗传基础优秀,2个群体遗传差异不明显,加之半野血牦牛种群近交系数偏高,故建议对2个群体采取混群合并保种,提高种畜利用率,防止近交系数持续增高。 相似文献
4.
麦洼牦牛群体4个新微卫星位点遗传多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】利用4个新分离的牦牛基因组多态微卫星位点,分析麦洼牦牛的遗传多态性及群体的遗传分化特征。【方法】以130个麦洼牦牛个体基因组DNA为模板,PCR扩增Bogr203、Bogr204、Bogr205和Bogr215 4个微卫星位点序列,通过测序进行基因分型,根据基因型计算各个位点的多态性,并推断麦洼牦牛群体的遗传分化特征。【结果】麦洼牦牛群体在4个微卫星位点具有较高的遗传多态性,平均观察杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.626,0.800和0.751;通过Structure软件能够较明确地将麦洼牦牛群体区分为2个亚群,这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系,但各个亚群的牦牛个体及其分布区域还需要进一步研究。【结论】麦洼牦牛品种具有较高的遗传多态性,并可能分化为至少2个亚群。 相似文献
5.
为分析枫泾猪的遗传多样性,采用ISAG/FAO联合推荐的30个猪微卫星标记,以等位基因数、基因杂合度、多态信息含量、固定指数等遗传参数为指标,评估了枫泾猪群体内的遗传变异情况.结果显示,30个微卫星座位上共检测到128个等位基因,平均观察等位基因数(Na)与平均有效等位基因数(Ne)分别为4.266 7±1.3374和3.012 9±0.875 5;平均观察杂合度(H.)、平均期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.839 5±0.2829、0.635 6±0.1573、0.6291±0.1557;各微卫星座位的多态信息含量(PIC)在0.0200～0.7674之间,平均PIC为0.5684±0.1618;30个微卫星座位中,仅座位S0355和S0068处于统计学意义的Hardy-Weinberg平衡状态(P=1.0000、P=0.2945),其他座位均处于不平衡状态.该研究结果可为枫泾猪的保护利用提供理论依据. 相似文献
6.
[目的]分析北部湾两个野生皮氏叫姑鱼的群体遗传多样性和遗传结构,为其种质资源的合理开发利用提供参考依据.[方法]利用已开发的皮氏叫姑鱼微卫星标记对北部湾临高县西海域(N 20°20′,E 109°40′)和乐东县西海域(N 19°30′,E 107°80′)的两个野生群体进行遗传多样性和遗传结构分析.[结果]筛选出的7个微卫星位点中有4个位点(Jobe50、Jobe45、Jobe24、Jobe13)呈多态性.4个多态位点的等位基因数(No)介于10~13个,平均10.75个,期望杂合度(He)为0.772~0.844,观测杂合度(Ho)为0.827~0.892,多态信息含量(PIC)为0.824~0.847.两个皮氏叫姑鱼群体各多态位点的群体内近交系数(Fis)为-0.114~0.015,总群体近交系数(Fit)为-0.049~0.031,群体内有明显的杂合过剩现象;群体遗传分化系数(Fst)为0.016~0.082,基因流(Nm)为2.804~28.236.[结论]两个北部湾野生皮氏叫姑鱼群体均具有中等遗传多样性,有明显杂合过剩的现象,群体间存在较大的基因流,群体遗传分化水平较低,临东县西海域群体的遗传多样性水平高于乐东县西海域群体. 相似文献
7.
利用微卫星标记分析湖南4个地方鹅品种遗传多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
通过选用31个多态性较好的微卫星标记,检测了湖南4个地方鹅品种的遗传多样性.利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离.结果表明,31个微卫星位点中有25个微卫星位点在4个鹅群体中的多态信息含量均为中度多态,可作为有效的遗传标记用于各鹅品种的遗传多样性和系统发生关系的分析.4个鹅品种中,平均杂合度范围是0.5010 ～ 0.6705,各鹅种的杂合度都较高,最高的是酃县白鹅(0.6705),最低的是武冈铜鹅,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性.对DA遗传距离的计算表明,用UPGMA法进行聚类分析,结果4个鹅品种被聚为3类:道州黑鹅与酃县白鹅聚为第1类;武冈铜鹅自聚为第2类;溆浦鹅自聚为第3类. 相似文献
8.
3 个中华鳖群体遗传多样性的微卫星标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了给武昌湖中华鳖的遗传资源保护和利用提供较为准确的基础数据,利用微卫星标记技术,对中华鳖武昌湖野生群体和2个养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:武昌湖鳖群体、日本鳖群体、黄沙鳖群体的平均等位基因数(Na)分别为11.5、9.1、7.9,平均有效等位基因数(Ne)分别为6.3、3.7、3.1,平均观测杂合度(Ho)分别为0.5667、0.5222、0.4462,平均期望杂合度(He)分别为0.6987、0.5953、0.5648,多态信息含量(PIC)分别为0.6672、0.5551、0.5303,武昌湖群体遗传多样性较高。基于Nei's遗传距离和遗传分化指数显示,目前武昌湖群体中华鳖种质资源保存较好。 相似文献
9.
应用两类遗传标记方法分析湖羊和同羊的遗传多样性 总被引：1，自引：1，他引：1
随机抽取湖羊 6 3只、同羊 6 5只分别进行 14个结构基因座和 7个微卫星标记的遗传检测 ,比较由两种遗传标记获得的群体基因平均杂合度 (H)、多态信息含量 (PIC)及群体有效等位基因数 (Ne)。结果表明 :由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于由结构基因座获得的 ,且在两群体中变化趋势一致。提示 :结构基因座和微卫星标记是绵羊群体遗传多样性研究的可靠遗传标记 ,而微卫星标记揭示更为丰富的遗传变异 ;两绵羊群体在结构基因座和微卫星DNA两个层次上具相当的遗传多样性 ;微卫星标记可有效用于近缘群体间的遗传分析。 相似文献
10.
利用微卫星技术分析两个肉用绵羊品种级进杂交群体的遗传结构 总被引：1，自引：0，他引：1
利用10个微卫星基因座对陶赛特和萨福克两个肉用绵羊品种及其与新疆细毛羊级进杂交一代和二代羊群进行遗传学检测,计算各个群体的基因频率、有效等位基因数、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)以及级进杂交群体与原始改良品种群体的遗传距离.结果表明,10个微卫星在两个级进杂交群体的等位基因数有5～13个,有效等位基因数在3.529以上,等位基因频率分布不均匀,杂合度(H)大于0.7167,多态信息含量(PIC)大于0.6648,这些遗传参数在级进杂交一代都是最高的.遗传距离分析表明,萨福克(或陶赛特)与本地新疆细毛羊级进杂交一代离萨福克(或陶赛特)较远,而萨福克(或陶赛特)杂交二代离萨福克(或陶赛特)较近. 相似文献
11.
牦牛品种的遗传多样性及其分类研究 总被引：27，自引：5，他引：27
【目的】对中国部分牦牛品种即麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的遗传多样性及其分类进行研究，从而揭示其遗传多样性程度和进行较为合理的类型划分。【方法】用9个微卫星标记对上述牦牛品种的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行合理的聚类分析和分类研究。【结果】（1）9个微卫星标记在所检测的牦牛群体中都表现出较丰富的多态性，均为高度多态位点。每个微卫星标记平均检测到6.8个等位基因（5～9）；9个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6534（0.5037～0.7351），各群体的平均多态信息含量（PIC）差异不显著；全部群体平均杂合度为0.6625，麦洼牦牛（若尔盖群体）平均杂合度最高，为0.6883，而九龙牦牛杂合度最低，为0.6317；各群体平均有效等位基因数为3.2680（3.189～3.4478），其中九龙牦牛最少。这显示牦牛群体的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标有较好的一致性，说明牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）通过各指标的分析可以看出，九龙牦牛与其它牦牛品种的差异比较大，遗传距离和聚类分析结果也表明了这一差异。在遗传距离中九龙牦牛和麦洼牦牛（红原群体）的遗传距离最大，为1.506；麦洼牦牛两个群体之间的遗传距离最小，为1.062。5个牦牛群体被聚为两大类，九龙牦牛单独成一大类，其他牦牛品种聚为一类。麦洼牦牛的两个群体在较近的水平上首先聚在一起，大通牦牛和天祝白牦牛在稍远的距离处聚在一起。该聚类结果与各牦牛品种的地理分布、所处生态条件、育成史及其分化的实际情况是一致的,也同蔡立等的分类结果相同。【结论】（1）中国牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性；（2）本研究中的5个牦牛群体聚为两大类，与蔡立等将中国牦牛划分为横断高山型和青藏高原型的结果基本一致，说明中国牦牛分为两个类型是合理的。 相似文献
12.
基于SSR标记的中国绿豆种质资源遗传多样性研究 总被引：3，自引：1，他引：2
【目的】分析中国栽培绿豆种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传分化,为资源的有效利用、新基因的挖掘和新品种选育奠定基础。【方法】利用40对SSR引物对18个不同地理来源（共272份种质）的绿豆群体进行遗传多样性分析。【结果】共检测到125个等位基因,平均等位基因数（NA）为3.1个,平均有效等位基因数（NE）为1.8个,平均Nei’s基因多样性（H）为0.4233,平均多态性信息含量(PIC)为0.3497,平均期望杂合度（He）为0.4241,平均Shannon信息指数（I）为0.6754,比较发现,河北、山东和安徽是绿豆资源遗传变异较为丰富的地区;平均观测杂合度（Ho）为0.1001,种群内总近交系数（Fis）为0.6759,表明中国绿豆种质间存在一定程度地近交现象;18个参试群体整体水平上的基因流（Nm）值为0.6936,种群间遗传分化系数（Fst）为0.2649,遗传变异水平较高;基于Popgene软件的聚类结果可将272份参试个体聚为2大类,将18个参试群体分为3大类,群体间地理来源越近,亲缘关系也越近。【结论】中国绿豆种质资源遗传多样性较高;地理生态条件等对绿豆种质资源的遗传变异影响很大;群体间遗传分化较大,但同时也存在一定程度地近交现象。 相似文献
13.
【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因（NA）3.99个,平均有效等位基因（NE）为2.12,平均Nei's基因多样性（H）为0.59,平均观测杂合度（Ho）为0.32,平均期望杂合度（He）为0.46,平均多态性信息含量（PIC）为0.56。广东茶树资源遗传多样性的上述6个参数均小于广西茶树资源。广东白毛茶NA和H低于广东茶,NE、He、Ho和PIC与茶较为接近;广西白毛茶NA大于广西茶,但是NE、He和H低于茶。F-统计量分析表明白毛茶与茶种群内近交系数（Fis）、种群间近交系数（Fit）和种群遗传分化（Fst）都较低,基因流（Nm）都较高。广东白毛茶与广西白毛茶Fst为0.04,基因交流相对较低为6.26。AMOVA分析显示组群间遗传变异为3.09%,组群内种群间遗传变异为2.22%,种群内遗传变异为94.69%。群体遗传结构显示105份茶树资源可分为3个类群,类群Ⅰ由6份选育品种组成;类群Ⅱ由43份广东资源和16份广西资源组成;类群Ⅲ包括广西36份和广东4份资源。【结论】广东茶树资源遗传多样性程度低于广西。广东白毛茶遗传多样性比广东茶丰富,种群遗传分化低,存在较频繁的基因交流。广东白毛茶遗传多样性低于广西白毛茶,遗传分化相对较高,基因流较低。AMOVA分析显示遗传变异主要分布于广东、广西茶树资源群体内。 相似文献
14.
利用8个微卫星座位对洪山鸡的提纯选育效果进行分析,分别计算了群体有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、遗传相似系数和近交系数等相关参数.结果表明:在零世代基础群和五世代洪山鸡群体中共检测到129个等位基因,片段长度在120～300 bp之间;2个世代的遗传多样性指标大多表现为高度多态,零世代基础群和五世代平均多态信息含量分别为0.861 4和0.649 9,平均观察杂合度分别为0.490 0和0.343 8,平均期望杂合度分别为0.8662和0.826 5;五世代的群体平均遗传相似系数为0.775 9,较零世代基础群体有显著提高(0.673 0);2个世代间的近交系数均值为0.047 7. 相似文献
15.
利用微卫星标记分析云南省6个东方蜜蜂(Apis cerena)群体遗传多样性及遗传分化 总被引：2，自引：0，他引：2
利用21对微卫星标记对来自于腾冲、无量山、迪庆、武定、泸水、西双版纳6个云南东方蜜蜂Apis cerana群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各东方蜜蜂群体遗传多样性和各群体间遗传分化.各座位的等位基因数为4(AP313)至18(AT003).除迪庆群体外,其余群体均显示较高水平的期望杂合度,其中,武定群体最高,为0.696;迪庆群体最低,为0.367.各东方蜜蜂群体间存在极显著的遗传分化,平均分化系数Fst为0.264.云南6个东方蜜蜂群体的遗传分化显著,除迪庆群体外,其余5个群体遗传多样性较高;分析遗传分化与地理距离的关系发现,云南6个东方蜜蜂群体间的遗传分化与地理距离不存在显著相关. 相似文献
16.
对万载黑兔、皖系长毛兔和比利时兔进行遗传多样性检测。利用13个微卫星位点,进行哈代 温伯格平衡（Hardy Weinberg equilibrium,HWE）检验,统计3个种群的基因频率、观察杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F值和遗传距离。研究结果表明：万载黑兔、比利时兔、皖系长毛兔各存在3个不平衡位点,说明群体遗传多样性较丰富。3个群体多态信息含量（PIC）平均值分别为0.35,0.48,0.31。3个群体的He平均值分别为0.40,0.54,0.37;Ho平均值分别为0.39,0.51,0.35。群体间遗传分化系数（Fst）平均为0.120 1,万载黑兔与比利时兔的遗传距离最近,为0.145 2;皖系长毛兔与万载黑兔的遗传距离最远,为0.200 0。 相似文献
17.
我国地方蛋鸭品种遗传结构及遗传分化 总被引：1，自引：0，他引：1
应用16对多态性较好的微卫星标记,结合PCR片段分析技术,对我国10个地方蛋鸭品种和1个引入蛋鸭品种进行了遗传结构和遗传分化检测。16个微卫星位点在11个蛋鸭品种中显示高度多态性。等位基因数、遗传杂合度和多态信息含量等参数表明:我国地方蛋鸭的遗传多样性较为丰富。Structure程序在预先未标明品种起源的条件下准确推断出11个蛋鸭种群个体所属类别,并计算各个群体所属类别的基因组分数。Structure聚类图在K=3时将11个品种分为亚群Ⅰ(包括:荆江麻鸭、恩施麻鸭、三穗鸭、金定鸭和山麻鸭),亚群Ⅱ(包括:连城白鸭、绍兴鸭、微山麻鸭、莆田黑鸭和攸县麻鸭)和亚群Ⅲ(康贝尔鸭),这与11个蛋鸭品种的地理分布及形成历史相吻合。11个蛋鸭品种群体中均存在具有复杂遗传基础的个体,迁移个体只分布在恩施麻鸭、山麻鸭和攸县麻鸭群体中。 相似文献
18.
五指山猪3个近交家系内微卫星等位基因的遗传变化 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】探索五指山猪近交3个不同家系F14-F18等位基因的遗传学规律,为大型动物近交系培育提供依据。【方法】利用14对微卫星DNA引物,以五指山小型猪（Wuzhishan Miniature pig,WZSP）F13-F18世代的3个近交家系为研究对象,通过估算基因杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和等位基因数（N）等参数,检测近交3个家系微卫星等位基因的纯合度,以及随近交代数的推进每个星座上等位基因的变化规律。【结果】WZSP近交系Ⅰ系F14-F16的14个微卫星座平均每个位点等位基因数为2个、平均杂合度为0.40、多态信息含量为0.26;Ⅱ系F15-F18的平均等位基因数为1.92,平均杂合度分别为0.32,多态信息含量为0.25;Ⅲ系F14-F17的平均等位基因数为2.17,平均杂合度为0.44,平均多态信息含量为0.32。【结论】随近交代数的推进,每个星座上等位基因数越来越少,基因的纯合度越来越高,但WZSP近交系微卫星等位基因的纯合度有一定的限度,与近交鼠有所不同;在近交系3个家系各个世代中有少数几个基因座,如Sw874和Sw936等一直处于高度杂合状态,这可能与WZSP近交家系的种质特异性有关,推测与这些基因座处于同一连锁群的某些功能基因在维持极高近交水平下WZSP的基本生存能力中起着关键作用。3个近交群体间的分化系数在0.07以上,已各自成为独立家系;3个家系的近交程度不完全一致,基因的纯合度亦不同,Ⅱ系最高、14个微卫星座中7个纯合,其次为Ⅰ系和Ⅲ系。 相似文献
19.
用8个微卫星标记对福建黄兔的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄兔群体中都表现出较丰富的多态性,在6个群体微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6622(0.5723~0.7222),各群体的PIC差异不显著;全部群体平均杂合度为0.6857(0.5904~0.7267)。这显示黄兔群体的多态信息含量、杂合度等指标有较好的一致性,说明福建黄兔品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）根据奈氏标准遗传距离,并进行UPGMA聚类分析,结果显示6个群体间的遗传变异不大。福建黄兔地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;从遗传距离及聚类分析结果表明这些群体黄兔属于同一个地方品种。 相似文献
20.
微卫星标记对高原小型蕨麻猪遗传变异的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
用9个微卫星DNA标记对蕨麻猪的等位基因变异、多态信息含量(PIC)、群体杂合度(H)进行了分析.在5个群体中共检测出148个等位基因,蕨麻猪的等位基因数最少,为55个,平均观察杂合度(Ho)为0.836 6,平均期望杂合度(HE)为0.861 5,PIC平均值为0.824 8.结果显示:蕨麻猪群体的杂合度和多态信息含量与兰州、临洮、青海和武威4种猪相比低,但Ho>0.7,HE>0.8,PIC>0.7,仍然比较高,受野猪血缘影响的可能性很大.表明蕨麻猪的杂合程度比较高,遗传变异大,遗传多态性丰富,适应高寒恶劣环境的能力较强,比其它地方猪品种具有更丰富的基因资源. 相似文献