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为了进一步利用现有木薯 EST-SSR 资源.笔者从 NCBI 公共数据库下栽了 38411 条木薯 EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为 4.16×103kb 的无冗余序列5401条.在无冗余序列中发现含有 SSR 的 EST 序列595条.共691个SSR,平均相隔 6.02 kb 出现一个 SSR.这些 SSR 的出现频率和平均长度分别是 11.02%和 18.89 bp.在 1～6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%).出现较多的重复基元是 A/T(29.23%),其次是 AG/CT(24.75%).结果说明,木薯的 EST-SSR 出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值. 相似文献
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《湖南农业大学学报(自然科学版)》2010,(2)
从NCBI公共数据库下载获得27904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6198092bp的11224条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58bp,平均距离为6.31kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%). 相似文献
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从NCBI公共数据库下载获得27 904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6 198 092 bp的11 224 条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58 bp,平均距离为6.31 kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%). 相似文献
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为了开发丹参表达序列标签微卫星(EST-SSR)功能性分子标记,从公共数据库GenBank中下载获得丹参EST序列10288条,在剔除低质量和冗余的序列后,得到全长为292.561 kb的无冗余EST序列5073条.在这些序列中共发掘出628个SSR,分布在528条EST中,出现频率是10.4%,平均长度为14.47 bp,平均分布频率为每0.47 kb分布一个SSR位点,其中含SSR位点的EST长度主要分布于401～600 bp与601～800 bp之间.在检索出的SSRs中,二核苷酸是主要重复类型,占SSR总数的72.45%;其次是三核苷酸,占SSR总数的26.75%.二核苷酸类型(AG)n、(AT)n和(AC)n和三核苷酸类型(AAG)n、(AGC)n基元是SSR的主要重复类型.本研究为丹参EST-SSR标记的开发和进一步应用提供参考. 相似文献
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牡丹EST资源的SSR信息分析 总被引：1，自引：0，他引：1
首先对NCBI数据库下载获得的2204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004bp出现1个SSR.在牡丹EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复.A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%.牡丹EST-SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31bp. 相似文献
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荔枝EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发 总被引：7，自引：0，他引：7
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene（惟一序列）中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这些EST-SSR的平均长度为18.43 bp,平均分布频率1/4.42 kb。在1—6 bp的重复基元中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,共占总SSR的69.09%,二者出现的频率分别为37.27%和31.82%。共观察到72种重复基元,出现频率最高的是GA/TC（16.82%）;其次是AG/CT、A/T、AT/TA及GAA/TTC,频率分别为14.55%、11.82%、5.00%和3.64%。不同核苷酸数目的重复基元的重复次数差异很大。设计、合成150对EST-SSR引物,122对（81.33%）引物在荔枝中获得有效扩增,100对引物具有多态性。【结论】荔枝EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR 标记开发效率较高。本研究为利用EST-SSR标记开展荔枝遗传研究提供了100 对EST-SSR引物,并为进一步开发荔枝EST-SSR标记提供了含SSR位点的候选序列。 相似文献
7.
采用生物信息学方法对栲属Castanopsis(D.Don)Spach EST序列中微卫星DNA的含量、分布、碱基组成和频率等进行了分析。通过搜索,在3354条栲属EST序列中共查找到802个SSR位点,平均1.733 kb核苷酸序列分布一个SSR位点,其中有74.56%的SSR位点分布于长度为500~799 bp的EST序列。栲属EST-SSR的主要重复类型为二核苷酸,占SSR总数的42.39%。此外,A/T(97%)、AG/CT(80%)、AAG/CTT(30%)分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元。现有栲属EST-SSR的长度分布于10-224 bp之间,重复数总平均为9.11次,其中有29.30%的EST-SSR长度大于20 bp。研究结果表明,栲属EST-SSR具有丰富的多态性,可利用栲属EST-SSR序列开发一批具有应用价值的SSR分子标记供遗传多样性研究所用。 相似文献
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《中国农业信息》2015,(9)
首先对NCBI数据库下载获得的4596条蛹虫草EST序列进行比对,去冗余后得到1363条蛹虫草EST序列,然后利用sequence Seiners 1.2软件对这些序列进行筛查,结果在1088条EST序列中发掘出1117个SSR,出现频率为81.95%,在蛹虫草EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(68.31%);其次是三核苷酸重复(6.75%)和四核苷酸重复(3.6%),二核苷酸重复、五核苷酸和六核苷酸重复分布极少。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的82.36%。蛹虫草EST-SSR基元类型的重复次数主要集中在3~40次,其基元长度主要集中在12~40 bp。 相似文献
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摘 要：基因组SSR标记开发成本高,难度大,费时费力,采用公共数据库登录的表达序列标签(expressed sequence tag, EST)开发SSR是一种相对简便、经济的途径．本文首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列经比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00 %,平均分布距离为1 004 bp．在牡丹EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复．A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76 %,在所有的SSR中,重复次数在8-30 bp的占85.15%．长度为26-31bp的占49.86%． 相似文献
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利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量(PIC)变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。 相似文献
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黄瓜EST-SSR位点信息 总被引：2，自引：0，他引：2
从NCBI网站下载6344条黄瓜EST,通过前处理得到全长为2．91×10^6bp的无冗余EST6033条。利用SSRHunt-er软件从这些序列中搜寻到729个SSR,分布于667条EST中,出现频率为12．08％,分布频率为1／3．99kb。单、二和三核苷酸重复是主导类型,三者共占总数的89．71％。A／T、AG／CT和AAG／CTT分别是单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占总数的29．77％、21．12％和14．95％。黄瓜EST-SSR以4～10次重复为主,基序长度主要集中于12～20bp。最后对这些EST-SSR的多态性潜能进行了评价。 相似文献
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苦荞转录组EST-SSR发掘及多态性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
利用Misa软件对苦荞种子转录组高通量测序获得的45 699条EST序列进行了SSR位点扫描,共得到2 700个SSR位点,分布于2 624条EST序列中,SSR位点平均距离为1/1.73 kb。随着EST序列长度的增加,含SSR位点序列的比例也随之升高,800 bp以上EST序列含SSR的比例明显高于800 bp以下序列。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复是苦荞EST-SSR主导类型,分别占总SSR的52.11%、13.33%和30.63%,其中(A)n、(AG)n和(AAG)n是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基序,分别占总SSR的51.85%、7.11%和8.93%。设计合成了150对 EST-SSR 引物,其中91对引物（60.67%）在40份苦荞种质中获得有效扩增,30对引物（32.97%）具有多态性。平均每对引物能检测到3.53个等位变异;多态信息含量（PIC）在 0.10~0.71之间,平均达0.40。以上结果说明,从苦荞转录组EST序列中大规模开发SSR标记是一条简便而可行的途径。 相似文献
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牙鲆EST资源的SSR信息分析 总被引：4，自引：0，他引：4
应用生物信息学方法,对牙鲆EST-SSRs的分布频率及碱基重复特点进行了归纳与分析。结果表明,5 927条牙鲆非冗余EST序列通过在线搜索共检索出471个SSRs,分布于390条EST中,出现频率为7.95%,平均分布距离为7.9 kb。包括了112种重复基元,其中二核苷酸重复基元占主导地位,占总SSR的59.02%。AC是二核苷酸中的优势基元,占二核苷酸重复类型的16.91%。三核苷酸重复基元、四核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元分布比较分散,三核苷酸重复基元中GAG数量最多,但仅占三核苷酸重复类型的7.26%。研究结果为牙鲆EST-SSR标记的开发及应用奠定了理论基础。 相似文献
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基于NCBI数据库中刺叶苏铁的21 997条EST序列,统计分析了其EST-SSR的组成与分布特点。经过剔除冗余和低质量序列后,得到长度为7 926 783 bp的无冗余EST序列13 640条。在这些序列中共搜索出了875条EST序列含有1 176个SSR,出现频率为8.6%。这些SSR的主要重复基序有A/T,C/G,AC/GT,AG/CT,AT/AT,CG/CG,AAC/GTT,AAG/CTT,AAT/ATT,ACC/GGT,ACG/CGT,AGC/CTG,AGG/CCT,ATC/ATG,AAAT/ATTT,AAGG/CCTT,AATT/AATT,ACAT/ATGT和AAACCC/GGGTTT。一、二、三核苷酸重复类型是主体,三者共占总数的99.1%。A/T、AT/AT、AG/CT、AAG/CTT和AAT/ATT分别是其优势重复基元,分别占总数的41.7%、11.5%、11.9%、2.6%和2.5%。该研究为刺叶苏铁EST-SSR标记的开发与应用奠定了基础。 相似文献
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以光皮桦茎叶组织为材料,构建了cDNA文库。初级文库滴度为1.5×106pfu/mL,重组率达97.3%,插入片段大小在0.5～3.0 kb之间,平均长度约为1.3 kb,表明所构建的文库质量较高,可用于后续基因克隆及基因表达谱的研究。利用微卫星查找软件对获得的224条EST序列进行微卫星位点搜寻及其丰度、分布比较,发现47条序列含微卫星位点60个,占全部EST序列的26.80%;在所有SSRs中二碱基重复最多,为42个,占总数的70.00%,含三、四碱基重复分别占总数的28.30%和1.70%。通过对光皮桦EST序列中微卫星位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST SSR引物、进行遗传多样性分析奠定了基础。 相似文献
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通过对GenBank上发布的55 848条辣椒疫霉EST的鉴定,在328条EST中发现331个SSR.在筛选的EST序列中SSR平均密度为每23.7 kb含有1个SSR.在鉴定的SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占鉴定总数的59.5%;其次为二核苷酸乖复基元的SSR类型,为39.3%;四核苷酸重复基元的SSR类型最少,为1.2%.设计40对SSR引物对5个辣椒疫霉菌株基因组DNA进行PCR扩增,有27对引物扩增出SSR特征条带,其中有18对引物在5个辣椒疫霉菌株间扩增出多态性条带25条.基于SSR标记进行聚类分析,可将5个检测大豆疫霉菌菌株划分为3类.该研究是辣椒疫霉的SSR标记开发的首次报道,为辣椒疫霉的遗传变异和分子作图等分析提供了一种有效的分子标记系统. 相似文献
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从国际公共生物数据库检索获得绵羊皮肤组织EST中筛选SSR,搜索到含有SSR的196条EST,共209个SSR位点,占整个绵羊皮肤组织EST数据库的6.3%,其中双碱基重复最多,占总SSR的71.8%,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,占双碱基微卫星序列总数的67%。根据筛选到的SSR设计并合成引物22对,其中18对在中国美利奴羊上有目的扩增条带。选用重复性好、多态性高的5对引物在中国美利奴羊、多浪羊和罗姆尼羊三个群体内进行PCR扩增,共检测到25个等位基因,位点多态信息含量变化范围为0.5030～0.7583,多态信息丰富;三个群体内等位基因类型、频率分布差异较大,发现了半细毛和细毛羊群体特有的3个等位基因;群体聚类结果表明,罗姆尼羊和多浪羊遗传距离最小。 相似文献