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以家蚕胚胎细胞系(Bm E-SWU1)为病毒培养载体,利用中性红染色的方法对家蚕核型多角体病毒(Bm NPV)GD株进行了空斑克隆,经扩大培养,获得了GD株空斑克隆株系。根据Bm NPV CQ1株基因组序列的单核苷酸多态性(SNP)分析,选出其中SNP位点较多的gcn 2(General control nonderepressible 2)基因,用于验证BmNPVGD株空斑克隆株系的纯粹性。分别从BmNPVGD株和空斑克隆株的基因组中扩增gcn2基因,经pMD18-T克隆后测序;将两株病毒的gcn2基因分别进行SNP位点分析,发现GD株gcn2基因的潜在SNP位点有2个,而空斑克隆后的病毒株5条gcn2基因序列比较后均未发现多态性位点,说明空斑克隆株经纯化后,病原基因组的纯粹性获得了提高,病原得到了纯化。 相似文献
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以克隆水稻矮缩病毒(Rice dwarf virts,RDV)基因组片段S11、S12为例,报道一种克隆植物dsRNA病毒基因组的方法.具体过程为:利用T4 RNA连接酶将5′-磷酸、3′-氨基修饰的引物Primer 1连接到RDV病毒基因组第11、12片段dsRNA的3′-OH端,经逆转录、退火、补齐形成全长双链cD-NA,使用单一的互补引物Primer 2进行PCR扩增,扩增产物克隆在pMD 18-T载体上,对重组子进行两次限制性内切酶分析,结合序列测定分离鉴定S11、S12.结果表明,这种方法能同时克隆RDV基因片段S11、S12,是一种有效实用的dsRNA病毒基因组克隆方法. 相似文献
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猪圆环病毒2型HBZX株的全基因组克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
参照GenBank发表的猪圆环病毒2型(Porcine Circovirus type 2,PCV2)序列,设计合成了1对用于扩增PCV2全长基因组的特异性引物,从患断奶后仔猪多系统衰弱综合征(PMWS)的病料中,采用PCR方法克隆了PCV2 HBZX株的全长基因组序列,并进行了序列测定与分析.结果显示,PCV2 HBZX株的基因组全长为1 767nt:同源性比较发现,HBZX株与其他PCV2株的核苷酸同源性为95.0%～98.9%;遗传进化树分析表明,根据PCV2全基因组序列和ORF2编码蛋白的氨基酸序列所绘制的遗传进化树相似度较高;PCV2可分为两个亚型,以中国株为代表的亚洲株和以加拿大株为代表的美洲株分布在亚型1中,以法国株为代表的欧洲株分布在亚型2中.说明PCV2各分离株之间存在较为明显的地理位置上的相关性. 相似文献
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参照GenBank上猪圆环病毒1型（PCV1）全基因组序列设计1对引物,用PCR技术从北京一猪场的临床发病猪病变组织中扩增和克隆获得1株PCV1全基因组序列,并进行序列测定和分析。全基因组序列结果显示,该株PCV1基因组全长为1759bp,与国内外其他各株PCV1的核苷酸同源性为99．4％。主要开放阅读框（ORF）序列结果显示,该分离株与国内外其他PCV1毒株间的ORF1与ORF2的核苷酸同源性分别在97．5％～99．8％和92．7％～100％。虽然各个PCV1分离株之间的全基因组与主要ORF的核苷酸同源性均很高,但仍然呈现出一定的地域相关性。 相似文献
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参考GenBank发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组序列,设计2对引物,通过PCR技术扩增出2株PCV2流行株的全基因,并进行了序列测定分析.结果表明,2个分离株基因组全长分别为1 767 bp和1 768 bp,2个分离株之间的核苷酸相似性为97.3%,与GenBank上已发表的PCV2分离株之间的相似性为93.8%～99.3%.2个分离株的ORF2核苷酸序列相似性分别为91.3%～99.6%和90.6%～98.0%,存在一定的变异. 相似文献
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鸡传染性支气管炎腺胃病变型分离株H95免疫原基因的克隆与鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
用反转聚合酶链反应，从纯化的腺胃病变型鸡传染性支气管炎分离株病毒基因组ＲＮＡ扩增出约１．７ｋｂ的ＩＢＶ Ｓ１基因。将该扩增产物于ＨｉｎｄⅢ和ＢａｍＨ Ｉ位点克隆到ｐＵＣ１８质粒载体中，对重组质粒载体进行酶切分析，得到与Ｓ１基因预期大小一致的插入片断。 相似文献
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为测定塞内卡病毒(SVA) GD05/2017株的全基因组序列,并构建其感染性克隆,根据GenBank公布的塞内卡病毒全基因序列设计引物,将分离的塞内卡病毒毒株GD05/2017全基因组划分为4个片段进行PCR扩增,并进行序列测定与分析。利用酶切连接和同源重组的方法,将基因片段依次克隆至pEGFP-C3载体中,构建该毒株的全长cDNA克隆pC3-SVA-GD05。将pC3-SVA-GD05转染BHK-21细胞,拯救病毒。结果表明:该毒株基因组全长7 251 bp,开放阅读框为6 543 bp,编码2 181个氨基酸, 5′和3′非编码区分别为650和58 bp。VP1核苷酸序列的遗传进化树分析表明,该毒株与China/HN16处于同一分支。将pC3-SVA-GD05转染BHK-21细胞, 72 h后收集细胞培养上清,然后将上清接种ST-R细胞,可观察到明显的细胞病变。拯救病毒的间接免疫荧光结果表明成功拯救出具有感染性的SVA。拯救病毒与亲本病毒的生长动力学曲线及空斑试验表明两者具有相似的复制能力和生长特性。这一研究构建了塞内卡病毒的感染性克隆并成功拯救出病毒,为深入研究SVA的致病机制及开发疫苗提供了有效的反向遗传操作平台。 相似文献
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【目的】构建柑橘脉突病毒（citrus vein enation virus,CVEV）侵染性克隆,为从分子水平解析其致病机理打下基础。【方法】利用SMARTer? RACE(rapid amplification of cDNA ends)试剂盒对CVEV的5′序列进行RACE,并依据序列分析结果及CVEV分离株VE-1保守序列,设计CVEV基因组全长cDNA扩增引物。以CVEV毒源植株的总RNA为模板,通过EV25-F/EV5983-R引物扩增CVEV基因组全长cDNA。利用In-Fusion重组连接线性化pXT1和CVEV全长cDNA。通过菌液PCR及测序分析鉴定CVEV基因组全长cDNA克隆。通过农杆菌介导的真空浸润接种摩洛哥酸橙（Citrus aurantium）、邓肯葡萄柚（C. paradisi）、尤力克柠檬（C.limon）、枳柚（C. paradisi×Poncirus trifoliata)、Rusk枳橙（P. trifoliata×C. sinensis）、枣阳小叶枳(P. trifoliata),进一步通过RT-PCR检测、症状观察鉴定所构建CVEV全长cDNA克隆的侵染性。【结果】建立了CVEV的基因组全长RT-PCR扩增体系,获得基于双元载体pXT1的CVEV基因组全长cDNA克隆10个。随机选取的6个全长cDNA克隆CVEV1901—CVEV1906的序列一致性为99.35%。其中,CVEV1901基因组全长5 983 nt,由5个开放阅读框、5′端207 nt和3′端198 nt的两个非翻译区、以及ORF2和ORF3之间122 nt的基因间隔区组成。序列分析结果显示,CVEV1901与浙江分离株XZG及四川SM分离株的序列一致性分别为99.98%和99.11%;与西班牙VE-1分离株、美国加州VE701分离株和日本IBK分离株基因组序列一致性在96.89%—98.61%;与同属中豌豆耳突花叶病毒（pea enation mosaic virus）和紫花苜蓿耳突病毒（alfalfa enamovirus）的序列一致性约90%。通过农杆菌介导的真空浸润将CVEV1901接种至6个不同的柑橘品种,接种后120 d的RT-PCR检测结果表明摩洛哥酸橙、邓肯葡萄柚、尤力克柠檬、枳柚、Rusk枳橙和枣阳小叶枳阳性植株/接种植株（阳性率）分别为16/17（94.12%）、12/14（85.71%）、16/21（76.19%）、15/19（78.95%）、13/14（92.86%）和0/18（0）。其中,部分摩洛哥酸橙出现典型CVEV侵染症状,叶片侧脉和支脉产生耳状小突起,叶背有相应的凹陷;部分邓肯葡萄柚和尤力克柠檬出现叶片皱缩现象。【结论】建立了CVEV的基因组全长RT-PCR扩增体系,获得了CVEV基因组全长cDNA侵染性克隆,通过农杆菌介导的真空浸润接种可引起摩洛哥酸橙、邓肯葡萄柚和尤力克柠檬的CVEV侵染症状。 相似文献
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利用酵母同源重组系统快速构建柑橘叶斑驳病毒的侵染性克隆 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】构建柑橘叶斑驳病毒（Citrus leaf blotch virus,CLBV）中国分离株的侵染性克隆,为从分子水平解析其致病机理打下基础。【方法】以GeneArt® pYES1L Vector为模板,PYES2117F、PYES2117R为引物扩增含有酵母相关复制起始位点的片段pYES1L-2117,利用限制性内切酶Sac II单酶切双元载体DK1317-2并回收其大片段,利用In-Fusion HD Cloning Kit重组连接双元载体DK1317-2骨架和片段pYES1L-2117,得到可以在酵母-农杆菌-大肠杆菌中复制的三元穿梭载体pCY。以马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)全长cDNA侵染性克隆为模板,pCY-PVX-F、pCY-PVX-R为引物扩增PVX全长,采用限制性内切酶Stu I、Sma I酶切质粒pCY,采用醋酸锂转化法将获得的PVX基因组全长cDNA与线性化的pCY载体共转化酵母菌YPH501,通过同源重组获得PVX基因组全长cDNA克隆。通过农杆菌介导接种本生烟验证所构建克隆的侵染性,从而建立基于酵母同源重组的病毒侵染性克隆快速构建体系。在此基础上,以CLBV中国分离物（CLBV-HBYD）全长cDNA为模板,分段扩增其基因组,得到片段CLBV-1、CLBV-2;利用所建体系对CLBV-1、CLBV-2及pCY载体片段进行同源重组。得到重组质粒pCY-CLBV后,经农杆菌介导接种本生烟和锦橙幼苗,并利用RT-PCR和Northern blot检测其侵染性。【结果】建立了酵母-大肠杆菌-农杆菌的三元穿梭载体PCY,该载体全长10 347 bp,含有酵母、农杆菌、大肠杆菌的复制位点,能在酵母-农杆菌-大肠杆菌稳定复制,可用于在酵母中通过同源重组快速构建病毒基因组全长cDNA克隆,也可用于通过农杆菌介导直接接种植物寄主。利用该体系获得了CLBV中国分离株的基因组全长cDNA克隆16个。随机选取1个克隆进行了序列测定（GenBank登录号：MG572236）,其基因组全长8 747 nt,包含3个开放阅读框(open reading frame,ORF),ORF1为5 889 nt、ORF2为1 089 nt、ORF3为1 092 nt。全基因组序列比对显示,CLBV-HBYD与已登录的9个CLBV分离物的核酸序列一致性为79％-98％,其中与柑橘来源的EU857540一致性最高,为98%,与猕猴桃来源的JN983454、JN983455、JN983456和JN900477的一致性均为79%。在利用MEGA6 软件构建的系统发育树上,CLBV-HBYD与柑橘来源的CLBV分离株聚为一簇,而猕猴桃来源的CLBV分离株聚为另一簇。将所获16个CLBV全长cDNA克隆转化农杆菌,以pCY空载体为阴性对照注射接种本生烟。接种20 d后,抽提RNA进行RT-PCR检测,结果表明11个克隆的接种植株检测出CLBV特异性条带;随机选取5个阳性克隆进一步进行了Northern blot杂交,结果显示pCY-CLBV 1、2、3、14、15接种的本生烟可以检测到CLBV特异性条带,而对照样本未检测到任何条带,表明这些克隆均为侵染性克隆。【结论】构建了基于三元穿梭载体pCY的酵母重组克隆体系,利用该体系获得了中国CLBV分离株的适于农杆菌介导接种的基因组全长cDNA侵染性克隆。 相似文献
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【目的】建立高效鸡传染性法氏囊病病毒（IBDV）拯救平台，为深入研究该病毒基因组的结构与功能奠定基础。【方法】在IBDV Gt株全基因组中引入分子标签（A节段：EcoR V酶切位点；B节段：PstI酶切位点）。在基因组两端分别引入锤头状核酶结构（HamRz）和丁肝病毒核酶结构（HdvRz)。将带有分子标签和核酶结构的IBDV基因组插入载体pCAGGS的β肌动蛋白启动子下游，构建IBDV感染性克隆pCAGGmGtAHRT和pCAGGmGtBHRT，LipofectamineTM2000介导共转染DFI细胞，进行病毒拯救研究。 【结果】 构建的IBDV感染性克隆可在DFI、Vero/E6、Vero/P12等3种细胞上高效拯救出病毒。RT-PCR、间接免疫荧光、电镜等均检测到了拯救的IBDV，且存在分子标签。拯救毒在CEF上能产生特有的砂砾状CPE，且TCID50与亲本毒差异不显著，具有相似的生物学特征。【结论】构建的RNA聚合酶ⅢBDV拯救系统高效、稳定、简便、经济，且具有良好的细胞普适性。 相似文献
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根据GenBank中已发表的猪Ⅱ型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对特异性引物。将PCV2新疆分离株(PCV2-XJ)用PK15细胞培养数代,从细胞培养物中提取病毒总DNA,并取其作为模板,PCR扩增出病毒全基因和结构基因(ORF2)。将PCR回收产物克隆到pMD18-T载体,成功构建了重组质粒pMD18-TPCV2和pMD18-T-ORF2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。应用序列分析软件对测序结果分析可知,克隆得到的PCV2-XJ基因组全长1 768 bp。通过序列分析结果显示,PCV2-XJ与国内外PCV1、PCV2参考毒株的核苷酸同源性分别为99.5%～99.7%和68.7%;与HuB08(FJ041151)参考株核苷酸同源性最高(99.7%)。PCV2-XJ株ORF2基因与参考株核苷酸和氨基酸同源性分别高达99.3%和98.8%。 相似文献
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传染性法氏囊病病毒河北分离株(HB-bp)基因组A节段全长cDNA的克隆和序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用RT-PCR技术,以传染性法氏囊病病毒河北分离株(HB-bp)基因组RNA为模板,扩增并克隆了IBDVHB-bp株基因组A节段全长cDNA。结果表明:克隆的A节段全长共3142个核苷酸,包括5′、3′端非编码区(NCRs)和2个部分重叠的开放阅读框(ORF1和ORF2),与其它血清Ⅰ型毒株相比,HB-bp株在核苷酸水平上有32～146个核苷酸的差异,同源性为95 4%～98 8%;在氨基酸水平上有5～35个氨基酸的替代,同源性为96 9%～99 5%,与血清Ⅱ型毒株同源性为89 8%～90 8%。与其他超强毒株的同源性最高,具有超强毒株的特征性氨基酸,因此HB-bp株为中国的一个超强毒株。 相似文献
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为明确猪巨细胞病毒福建株(PCMV-FJ01)的gB基因特征,根据其序列特征,设计特异性引物对其进行分段扩增,并对目的片段进行克隆测序。结果发现,PCMV-FJ01株gB基因全长为2 580bp,编码859个氨基酸;其和GenBank数据库中的PCMV分离株的gB基因的核苷酸和氨基酸同源性分别均在98.3%和97.9%以上。此外,本研究还发现部分(约50%)PCMV代表株的gB基因存在ACA三核苷酸缺失(436位氨基酸存在谷氨酰胺Q的缺失)。除ZZ株外,PCMV不同分离株的gB基因是否存在基因缺失和其遗传进化正相关。 相似文献
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根据已发表的牛传染性鼻气管炎病毒( GenBank NC_001847) gD基因序列设计1对特异性引物,采用PCR方法扩增出内蒙古分离株gD基因的cDNA,重组到PMD19 -T载体中,并进行克隆及序列测定.经限制性内切酶谱分析和序列分析,证明所克隆的cDNA为gD基因.该基因片段长1 559bp,包含1个由1 251bp组成的完整开放阅读框(ORF),共编码417个氨基酸.序列比较和系统进化树分析结果显示:内蒙古分离株gD基因与GenBank上已发表的其它分离株相比,核苷酸同源性在99.1％～99.9％之间,其推导的氨基酸同源性在90..6％～99.8％之间,在系统进化树中内蒙分离株与AJ004801株亲缘关系较近,属于同1个分支.生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白具有亲水性,有很强的抗原性,有3个潜在糖基化位点,可能存在2个蛋白激酶C磷酸化位点,存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点. 相似文献
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[目的]对日本乙型脑炎病毒分离株E基因进行克隆及序列分析。[方法]根据乙型脑炎病毒SA14和SA14-14-2株序列,设计并合成一对E基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增出JEV分离株E基因片段,将其与pMD19-T载体连接,应用DNAStar、Clustal_1.81和Mega序列分析软件进行同源性比较。[结果]分离株E基因的cDNA长1 500 bp,可编码500个氨基酸;分离株E基因与VN50/Viet Nam/1989/Hu-man brain株、SA14株、Whe株、Benjing 1株、P3株、KV1889株J、aGAr01株和SA14-14-2株的核苷酸同源性为88.0%～99.1%,氨基酸同源性为97.8%～99.8%;分离株为乙型脑炎病毒强毒株。[结论]该研究为乙脑病毒基因工程疫苗的研发奠定了一定的基础。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒N基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank上已公布的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)N基因序列经多重比较设计一对特异性引物扩增大庆分离株DQ1株的N基因,RT-PCR产物经纯化回收后,克隆到pMD18-T载体上,转化大肠杆菌TG1感受态细胞,筛选出阳性质粒进行序列测定,经与已发表的IBV N基因序列进行序列比较与分析,表明DQ1株的N基因与现有疫苗株存在一定差异. 相似文献
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水貂株犬瘟热病毒融合蛋白基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
以犬瘟热病毒水貂分离株RNA为模板,经RT-PCR反应,扩增出融合蛋白基因的1053bp DNA片段,通过T-A克隆技术,成功构建克隆载体PMD-18T/F。序列分析表明:分离株与01-2689株、2544-Han95株、A75-17株、DOGDK91C株、00-2601株、ONP株、PDV-2株核苷酸序列同源性分别为94.3%、93.5%、94.4%、93.6%9、5.3%、97.3%和94.5%;氨基酸序列同源性分别为97.2%、96.6%、97.4%、97.4%、97.4%、97.2%和98.0%。抗原指数分析表明分离株与疫苗ONP株、强毒A75-17株在40-50位氨基酸间存在明显差异。 相似文献
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为了有效提高Vero细胞对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的易感性,采用有限稀释法将Vero细胞进行克隆,通过荧光定量RT-PCR方法筛选对PEDV敏感的克隆细胞。结果获得了1株对PEDV高度易感的细胞Vero-S,该细胞株接种PEDVGZ株后培养3d,收获的病毒RNA拷贝数为2.1×109copies/μL,明显高于Vero母细胞(3.5×107copies/μL)。将此Vero-S细胞用于PEDV临床样品的分离获得3株PEDV毒株。构建的PEDV敏感复制的Vero-S细胞株比Vero母细胞更适合PEDV的培养。 相似文献