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1.
为提取高质量的坛紫菜叶状体总RNA,对常用的几种植物RNA提取方法(CTAB法、SDS法、异硫氰酸胍法)按照去除多糖、多酚的方法进行了改良,并对分离的总RNA根据吸光值、电泳图谱及RT-PCR检测等结果与两种试剂盒(离心柱试剂盒法,RNAiso法)的提取结果进行了比较。结果表明,SDS法、异硫氰酸胍法和RNAiso法3种方法提取的RNA纯度低,质量差,部分RNA已经发生了降解。而改良CTAB法和离心柱试剂盒法提取的总RNA质量可靠,完整性好,纯度高,并且成功去除了可能影响逆转录酶活性的物质,可以进一步应用于cDNA文库构建,基因表达分析等后续实验,但这两种方法各有优缺点,应根据实际情况选用合适方法进行坛紫菜叶状体总RNA的分离。 相似文献
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基于传统的酸性酚—异硫氰酸胍—氯仿一步提取法,比较分析多种优化操作步骤,摸索出一种高质量提取体质量为80~150 g草鱼肠系膜脂肪组织总RNA的改良方法。试验结果显示,相较于肝脏、脾脏、肠道等脏器组织,草鱼肠系膜脂肪组织RNA丰度低,且极易在样品前处理阶段出现顽固性降解问题。探索发现,将取样量增至约30 mg,可提升RNA产量以满足常规试验需求。针对降解难题,改良常规的样品前处理技术流程,采用鲜样液氮速冻,冻样直接放入TRIzol试剂中裂解,并即刻进行长时间机械匀浆,时长约3 min等核心操作步骤,可显著降低脂肪组织样品RNA的降解。Agilent生物分析仪检测结果显示,改良方法提取的草鱼肠系膜脂肪组织RNA完整度高,关键RIN值为8.7~9.0。研究推测,长时间机械匀浆所形成的持续剪切冲击力或许有助于TRIzol试剂中的异硫氰酸胍等成分突破油滴阻碍而有效抑制内源性RNA酶。本方法提取的草鱼脂肪组织总RNA质量可满足高通量转录组测序要求。 相似文献
3.
本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低。测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54%来源于exon,平均4.51%来源于intronic,平均6.95%来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点。研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础。 相似文献
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目的 合理选择病毒快速核酸提取方法。方法 分别采用2种商品化核酸快提取法——Cell-to-cDNA裂解液(A法)和基于磁珠核酸提取方法(InnuPREP MP Basic Kit A,B法),提取羊临床样品中的羊口疮病毒(ORFV)和羊痘病毒(CaPV)核酸，使用实时荧光定量核酸扩增检测系统(qPCR)和重组酶聚合酶扩增结合侧流层析技术(RPA-LFD)方法进行平行检测，并与常规核酸提取方法(宝生物病毒DNA/RNA提取试剂盒，C法)比较。结果 与C法相比，在A法和B法提取的46份疑似orf拭子中，qPCR的ORFV核酸检出率分别为70.8%和87.5%,RPA-LFD的检出率分别为69.5%和82.6%;在A法和B法提取的52份疑似CaP的拭子样品中，qPCR的CaPV核酸检出率分别为77%和90%,RPA-LFD的检出率分别为65.5%和89.7%。对组织样品分析发现：A法不能用于组织样品的核酸提取；在B法提取的52份疑似orf组织样品核酸中，与C法相比，qPCR的ORFV核酸检出率为93.7%,RPA-LFD的检出率93.3%;对B法提取的61份疑似CaP组织样品核酸中，qPC... 相似文献
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采用q PCR与病毒滴度测定观察RNA干扰(RNA interference,RNAi)对大鲵蛙病毒(Chinese giant salamander ranavirus,CGSRV)主要衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)、甲基转移酶(methyltransferases,MTases)、DNA多聚酶(DNA polymerase)基因表达与病毒增殖的影响。结果表明,小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)能推迟鲤鱼上皮瘤细胞(epithelioma papillosum cyprini,EPC)出现病变,且病变程度也较对照组轻。在各功能基因表达量上,NC-FAM对照组与阴性对照组差异不显著(P0.05);而干扰组的干扰率极显著高于阴性对照组,其中siR-DP-1组siRNA对MCP基因的干扰率为79%,极显著高于其余组(P0.01);siR-MT-1、siR-MT-2组siRNA对MTases基因的干扰率为77%,极显著高于其余组(P0.01);siR-DP-1组siRNA对DNA polymerase基因的干扰率为79%,极显著高于其余组(P0.01)。干扰实验组病毒滴度与NC-FAM对照组和阴性对照组相比也有不同程度的降低。阴性对照组lg TCID50为8.362,NC-FAM对照组lg TCID50为7.848,siR-MCP、siR-MT、siR-DP实验组最低lg TCID50分别为5.764、5.317、5.362。证实RNAi能够抑制CGSRV主要功能基因的表达并影响病毒的复制。 相似文献
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从养殖锦鲤各种组织中提取完整的RNA, 是分子生物学研究锦鲤应激表达、体色变异、生长发育等功能基因表达的关键实验。在不伤害养殖锦鲤个体健康的情况下, 取用鱼体的鳍条、鳞片、鳃丝、血液4种保护性组织,可以最大程度地减少对珍贵锦鲤个体的损伤, 并达到研究相关基因表达的目的。本研究利用TR izo l法提取RNA, 获得的各样品RNA条带完整、纯度高。结果表明, 4 种保护性组织提取的RNA 经过逆转录反应, 得到了高质量的CDNA。内标基因( B- actin)、热激蛋白基因( hsp70)、金属硫蛋白基因(MT)扩增得到清晰的条带, 通过NCB I数据上的BLAST比对证明, 各序列的同源性在95%以上。利用本研究的方法, 可以充分保护养殖锦鲤个体的完好性, 用于进一步的分子生物学研究。 相似文献
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从养殖锦鲤各种组织中提取完整的RNA,是分子生物学研究锦鲤应激表达、体色变异、生长发育等功能基因表达的关键实验.在不伤害养殖锦鲤个体健康的情况下,取用鱼体的鳍条、鳞片、鳃丝、血液4种保护性组织,可以最大程度地减少对珍贵锦鲤个体的损伤,并达到研究相关基因表达的目的.本研究利用TRizol法提取RNA,获得的各样品RNA条带完整、纯度高.结果表明,4种保护性组织提取的RNA经过逆转录反应,得到了高质量的CDNA.内标基因(β-actin)、热激蛋白基因(hsp 70)、金属硫蛋白基因(MT)扩增得到清晰的条带,通过NCBI数据上的BLAST比对证明,各序列的同源性在95%以上.利用本研究的方法,可以充分保护养殖锦鲤个体的完好性,用于进一步的分子生物学研究. 相似文献
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获得高质量的RNA是逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、Northern blot以及转录组测序(RNA-Seq)等分子生物学研究的基础,由于草鱼脂肪细胞中油脂含量较高,从中提取高质量RNA存在困难。本研究以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)成熟脂肪细胞为材料,通过增加离心和抽提次数等方式对传统总RNA提取方法进行优化,采用琼脂糖凝胶电泳、核酸定量分析及基因扩增等方法验证所得RNA的完整性、纯度及质量。结果表明,经此方法提取的草鱼成熟脂肪细胞总RNA的A260 nm/A280 nm比值在1.95到2.00之间,28S和18S条带完整,草鱼LPL和β-actin基因扩增条带清晰。认为采用本方法获得的草鱼脂肪细胞RNA样品质量较高,能够用于后续分子生物学研究。 相似文献
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山东沿海褶牡蛎与太平洋牡蛎等位基因酶的遗传变异 总被引：27，自引：2，他引：25
采用水平淀粉凝胶电泳技术研究了山东沿海莱州 (LZ)、俚岛 (LD)和青岛 (QD)三地褶牡蛎自然群体以及荣成的太平洋牡蛎 (TP)养殖群体的等位基因酶遗传变异。进行测试的 9种酶中共检测到 2 0个位点。LZ与QD群体的多态位点比例为 6 0 .0 % ,其余两群体均为 5 5 .0 %。LZ、LD、TP和QD各位点平均有效等位基因数分别为 1.42 2± 0 .16 5、1.2 38± 0 .0 85、1.2 0 7± 0 .0 86和 1.32 6± 0 .119。平均杂合度观察值分别为 0 .2 16± 0 .0 5 0、0 .16 5± 0 .0 36、0 .139± 0 .0 34和 0 .195± 0 .0 42。结果表明 ,LZ和QD群体的遗传变异水平高于LD和TP群体。同时 ,各群体中普遍存在杂合子缺失现象。太平洋牡蛎群体与其它三个褶牡蛎群体的遗传距离很小 ,甚至小于莱州和青岛的两个褶牡蛎群体间的遗传距离 0 .0 5 0 0 ,尤其是与俚岛褶牡蛎群体遗传相似度最大 ,遗传距离小于其它各群体之间的距离 ,仅为 0 .0 0 99。 相似文献
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研究了PH胁迫对日本对虾血清非特异性免疫因子及对虾肌肉RNA/DNA比值的影响.结果表明,低pH胁迫组(pH 7.2)和高pH胁迫组(PH 9.2)总一氧化氮合成酶(TNOS)活力分别在3、12 h时达到最大;而诱导型一氧化氮合成酶(INOS)活力在3 h时达到最大值,随着胁迫时间的延长,酶活力逐渐降低,至72 h趋于稳定,并表现出高PH变化免疫适应能力较差的现象.两pH胁迫组酚氧化酶(PO)活力呈现峰值变化,在12 h时达到最大值,之后逐渐降低,至72 h后趋于稳定.溶茵酶(LZM)、超氧化物歧化酶(SOD)及谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)活力随着pH胁迫时间的增加而降低,同样表现出高PH变化免疫适应能力较差的现象.另外,PH胁迫条件下日本对虾的肌肉RNA/DNA比值显著低于正常对照组日本对虾肌肉的RNA/DNA比值,这可能是由于pH胁迫影响了对虾体内的物质代谢所致. 相似文献
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本实验用苔黑酚法对白鲢早期胚胎发育过程中核酸含量的变化进行了分析。由受精卵至卵裂完毕,RNA含量迅速下降,囊胚早期至原肠早期RNA含量又逐渐升高,原肠晚期至神经胚期RNA含量又缓慢上升。 相似文献
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海水养殖与低盐养殖凡纳滨对虾生长性能、酶活及RNA/DNA比值的差异 总被引：1，自引：0，他引：1
以初始体重为4.04d:O.14 g的凡纳滨对虾为研究对象,分别在盐度1.5和30的水体中用同一种配合饲料喂养50d,探讨海水养殖和低盐养殖对凡纳滨对虾生长性能、碱性磷酸酶及酸性磷酸酶和RNA/DNA比值的影响.结果显示,海水养殖凡纳滨对虾的成活率、特殊增长率(SGR)高于低盐养殖对虾(P＜O.05);海水养殖凡纳滨对虾的饲料系数(FCR)明显低于低盐养殖对虾(P＜O.05);海水养殖凡纳滨对虾肝胰脏碱性磷酸酶和酸性磷酸酶活性均明显高于低盐养殖对虾(P＜O.05);海水养殖凡纳滨对虾肌肉RNA/DNA比值明显高于低盐养殖凡纳滨对虾(P＜O.05). 相似文献
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本实验分析RNA干扰MSTN基因鲤(以下简称RNA干扰鲤,体质量为116.2g和110.3g)的染色体,测定该鲤肌肉中的肌纤维密度。结果表明:(1)三组实验鱼的肌纤维密度分别为163.7根/mm~2、171.9根/mm~2和162根/mm~2,对照鱼的普通鲤(Common carp)为142根/mm~2,实验鱼高于对照鱼。单因素方差分析表明:实验鱼组间肌纤维密度差异不显著(F=0.83,P=0.440.05),而与对照鱼差异显著(F=5.24,P=0.0340.05)。(2)PHA和秋水仙素体内注射法分析核型表明,实验鱼的染色体数为2n=100,核型公式为:2n=30m+24sm+28st+18t,臂比(NF)156,对照鱼染色体数为2n=100,核型公式为:2n=30m+26sm+28st+16t,臂比(NF)156。结果说明RNA干扰基因的插入并未影响鲤染色体组成。 相似文献
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S D Hwang N Midorikawa P Punnarak Y Kikuchi H Kondo I Hirono T Aoki 《Journal of fish diseases》2012,35(12):927-934
RNA aptamers are artificial nucleic acids that specifically bind to a wide variety of targets. They are an effective tool for pharmaceutical research and development of antiviral agents. Here, we describe four Hirame rhabdovirus (HIRRV)‐RNA aptamers (H1, H2, H3 and H4) that we obtained from an in vitro process called the systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX). The HIRRV‐RNA aptamers specifically bind to HIRRV. Hirame natural embryo (HINAE) cells treated with virus and the RNA aptamer showed a decrease in appearance of cytopathic effect when compared with control (treated only with virus). Rhodovulum sulfidophilum was transformed with genes for the RNA aptamers, and the aptamers were detected in the culture medium, indicating that they were secreted from the cells. Thus, the recombinant R. sulfidophilum might be a powerful tool for the prevention of HIRRV in aquaculture. 相似文献