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1.
采用PCR产物直接测序法对巴山榧树12个地理种群的叶绿体psb A-trn H序列进行了测定,并从Gen Bank搜索并下载巴山榧树近缘种的psb A-trn H序列,运用Clustal X和MEGA 4.1软件分析和构建系统发育树。结果表明,巴山榧树12个地理种群间的遗传分化程度较低;巴山榧树与云南榧、日本榧树的亲缘关系较近,而与长叶榧、榧树、加州榧和佛罗里达榧的亲缘关系较远。研究结果为进一步探讨巴山榧树分子谱系地理学及榧树属的分子系统发育提供了理论依据。 相似文献
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基于ITS和cpDNA序列的梭梭和白梭梭物种分化 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】基于nrDNA和cpDNA 2种基因,探讨中国同域分布的梭梭和白梭梭的物种分化,分析2种基因的单片段及其片段组合对2种植物的物种鉴别力,并分析生态位分化的程度及其对物种进化的影响,为梭梭和白梭梭的系统发育和谱系地理等研究提供基础数据。【方法】基于2个nrDNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3个cpDNA非编码区序列(trnS-trnG、rps4和trnV),对古尔班通古特沙漠南缘同域分布的梭梭和白梭梭共30个个体进行序列分析;利用距离法(基于Kimura 2-parameter)研究2种植物的遗传分化;基于贝叶斯方法分析个体间的分子系统关系;并利用距离法、系统发育树法、BLAST比对法和诊断特征法评价ITS和cpDNA的单序列及其组合对2种植物的物种鉴别力。在此基础上,利用生态位分析软件ENMTools V1.4定量分析梭梭与白梭梭生态位分化的程度。【结果】1)对于梭梭和白梭梭,2个ITS序列拼接比对的总长均为1 117 bp,G+C含量平均分别为34.74%和34.82%,总的信息位点数分别占片段总长的2.33%和1.43%; 3个cpDNA序列拼接比对的总长均为2 344 bp,G+C含量平均分别为59.62%和59.39%,信息位点数分别占片段总长的0.68%和0.43%。2)基于ITS和cpDNA序列组合构建的贝叶斯系统发育树都表明梭梭和白梭梭各聚为一支。3)基于ITS和cpDNA序列组合计算的2种植物的种间最小遗传距离均大于种内的最大遗传距离,并且种间种内都存在1个明显的距离间隙,表明本研究所用的ITS和cpDNA的序列组合可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列。4)基于4种方法评价的ITS和cpDNA序列对梭梭和白梭梭的物种鉴别力表明:2个ITS的单序列及其序列组合的鉴别率均为100%; cpDNA序列中,rps4的单序列及其与trnS-trnG,trnV的两两序列组合的鉴别率均为0,而trnS-trnG,trnV的单序列及其序列组合,以及trnS-trnG+trnV+rps4组合的鉴别率均为100%。5)生态位参数D值和I值的观察值和一致性检验的模拟值都集中在0.65和0.90左右,表明梭梭和白梭梭的生态位分化不明显。【结论】基于ITS和cpDNA序列组合,梭梭和白梭梭物种间的遗传分化明显,分子系统关系清楚; ITS和cpDNA序列组合都可以作为鉴定梭梭和白梭梭的DNA条形码序列;梭梭和白梭梭的生态位分化不明显,说明生态因素很可能对2种植物的分化与进化没有起到明显的作用,2种植物很可能也具有相近的进化历史。本研究的结论可以为梭梭和白梭梭的系统发育、遗传和进化研究提供重要的理论依据和数据支撑。 相似文献
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[目的]探讨河北驼梁山自然风景区内形态介于花楸树和北京花楸之间的粉色果实花楸的起源。[方法]本研究调查了花楸树、北京花楸和粉色果实花楸的海拔分布格局及生长状况,并通过叶绿体DNA序列分析3个类群的系统发育关系。[结果]北京花楸主要分布在海拔1 300 2 000 m,花楸树分布于1 500 2 200 m,粉果花楸出现在两者重叠分布区内;粉果花楸叶绿体单倍型有70%与北京花楸相同,10%与花楸树相同,其余20%为其特有。[结论]表明:粉色果实花楸是花楸树和北京花楸之间的天然杂交种,是多起源的类群,在自然分类系统中应作为独立的种来处理;花楸树和北京花楸均可作为母本。 相似文献
5.
为分析西藏巨柏群体的遗传多样性,利用3个叶绿体基因(18S、CP12、CP15)针对8个群体的67份巨柏材料的叶绿体序列进行了测序分析。结果表明:3个序列的长度分别为300 bp、396 bp、1 000 bp,共检测出单倍型(H_1-H_11) 11个,多态性位点4个,简约性信息位点4个。表明巨柏整体遗传多样性的水平较高。同时根据AMOVA分析,发现群体内的变异也较大(85. 8%),因此针对巨柏宜采用就地保护措施。本研究对巨柏遗传资源的保护与有效利用具有重要的理论意义。 相似文献
6.
[目的]研究毛红椿天然群体遗传多样性取样策略,为其种质资源收集、保存和遗传多样性保护等提供参考依据。[方法]利用8对微卫星分子标记进行毛红椿天然群体遗传多样性和空间自相关分析,综合制定其天然群体合理取样策略。[结果]毛红椿天然群体等位基因数平均为7.5个,期望杂合度(H_e)和多态性信息指数(PIC)均值分别为0.643 7和0.636 0,基因分化系数(G_(ST))均值为0.290 7。在遗传多样性取样策略方面,提出了根据毛红椿群体基因分化系数来确定取样群体遗传变异所占总变异比例的运算公式为1-(G_(ST))~(n-1),其中,n为取样群体的数量。当取样群体达到4个时,基本上能包括该树种97.5%的遗传变异;同时确定了目标群体的选择方法,应选择与其它群体间基因分化系数均值较大的4个群体,即贵州册亨(CH)、浙江遂昌(SC)、浙江仙居(XJ)和云南师宗(SZ)。通过构建云南宾川(BC)、云南师宗(SZ)和江西宜丰(YF)群体内取样单株数量与基因多样性和等位基因之间的捕获曲线,确定了群体内取样单株数量应达到15个以上;毛红椿天然群体内300～520 m范围内的单株间存在相似关系,超出此范围个体间差别较大,说明在进行群体内单株取样时,单株间距应大于520 m。[结论]取样群体数量、群体间遗传分化系数、群体内单株数量以及单株间距离等影响了毛红椿取样群体的遗传多样性。毛红椿天然群体遗传多样性取样策略为取样群体4个、每个群体最少取样15个单株,单株间距大于520 m。 相似文献
7.
《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2017,(6)
基于柿属植物Diospyros spp.叶绿体全基因组测序结果,开发cpDNA分子标记,并利用16份柿属材料对其在种间及柿种内的可行性进行验证。结果表明:4个cpDNA标记在16份柿属植物中分别检测到31、27、7、25个变异位点,简约信息位点分别为14、5、2、13个。分别对4个标记进行聚类分析表明:CP1标记可以将11份柿品种与5个柿的近缘种完全分离,且柿与油柿距离最近,表明该标记适用于柿属植物种间资源鉴定和遗传变异分析,但不适用于柿种内;CP2、CP3、CP4标记均不能将柿品种与柿近缘种完全区分,但在11份柿品种间均检测到了多个碱基突变、插入和缺失位点,且多数柿品种发生变异的位点不同,只有‘富有’和‘中柿一号’两个品种未检测到特异的变异位点,故可以考虑用于柿种内的遗传变异研究。 相似文献
8.
狼尾草属为禾本科1 a生或多年生草本植物,该属植物在饲用、保护生态、观赏等方面均有良好的应用价值。为探讨狼尾草属植物叶绿体基因组的遗传结构及进化特征,基于基因组浅层测序技术获得狼尾草属9种植物叶绿体基因组序列,对其组装与注释后进行生物信息学分析。结果显示：(1)9种狼尾草属植物叶绿体基因组均为典型的四分体结构,其大小在137 929～138 554 bp之间。叶绿体基因组GC含量范围为38.6%～38.7%,其中IR区GC含量最高,为44%～44.1%,各叶绿体基因组结构无明显差异,在IR/SC交界区表现出微小差异。(2)共注释113个基因,包括78个编码蛋白基因、31个tRNA基因和4个rRNA基因。对序列进行简单重复序列检测,共检测到389个SSRs位点,其中单核苷酸重复数量最多,而在非简单序列重复检测中,串联重复所占比例最高。(3)变异位点主要存在于叶绿体LSC和SSC区,筛选出9个差异较大的区域,可作为狼尾草属植物的潜在遗传标记。(4)基于31条狼尾草属植物样本叶绿体基因组序列构建了狼尾草属系统发育树,结果形成两大分支,阐明了狼尾草属植物种间亲缘关系。本研究可为狼尾草属植物的分... 相似文献
9.
《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2020,(6)
【目的】南岭山地的南方红豆杉资源丰富,分布集中,群体类型多样,是研究不同干扰群体遗传变异的理想材料。本研究对南岭山地南方红豆杉群体的遗传变异水平进行探究,比较其天然林群体和人工干扰群体的遗传差异,揭示人类活动对植物群体遗传变异的影响,为制定南岭山地南方红豆杉遗传保护策略提供科学依据。【方法】本研究基于叶绿体基因组标记方法,利用4个非编码区序列分析南岭山地南方红豆杉的遗传变异模式,比较不同干扰程度群体(天然林和人工干扰林)的遗传变异特征及其遗传分化。【结果】在种的水平,8个南方红豆杉群体中共检测出4个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.552,核苷酸多样性(Pi)为0.000 23。基因遗传分化系数分别为NST=0.190,GST=0.158,且NST (0.190)大于GST (0.158)(P 0.01)。不同干扰程度群体遗传变异检测结果表明,天然林群体中检测到4个单倍型,包含2个私有单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.603,核苷酸多样性(Pi)为0.000 27;而人工干扰群体仅检测到2个共享单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.508,核苷酸多样性(Pi)为0.000 20。【结论】南岭山地的南方红豆杉群体存在明显的谱系地理结构,分子方差分析(AMOVA)结果显示遗传变异主要来自群体内,遗传分化高。天然林群体的遗传多样性高于人工干扰群体,天然林和人工干扰林两组群间存在明显的遗传变异。研究结果可为南岭山地南方红豆杉资源的保护和可持续利用提供参考。 相似文献
10.
[目的 ]基于REF6与BRR2a基因，探讨中国山杨不同群体遗传多样性分布格局、迁移路线，以及群体遗传变异与环境变化的关系。[方法 ]获取REF6与BRR2a基因的CDS序列，计算不同CDS序列的分子多样性指数，构建单倍型网络图以及系统发育树。[结果 ]在西南群体中，REF6基因和BRR2a基因3种中性检验的平均值均为负值，核苷酸多态性均低于北方和中部群体。中国山杨群体系统发育树与单倍型网络图结果显示外类群首先与中国山杨北方群体聚集在一起，西南群体往往聚集在末端，且两种基因的单倍型在北方与中部多样性较为丰富，西南群体中单倍型种类相对单一。[结论 ]中国山杨从北方迁移到南方，为了适应云贵高原独特的气候环境，位于西南地区的群体经历了强烈的自然选择，发生了局部适应。 相似文献
11.
[目的]研究广西国有东门林场25年生大花序桉种源生长与形质性状的遗传变异,筛选优良种源及单株,为大花序桉良种繁育及中大径材培育提供优质遗传材料。[方法]采用方差分析、构建性状选择指数方程综合分析等方法,对11个大花序桉种源进行生长与形质性状遗传变异分析及选择。[结果]表明:大花序桉胸径(DBH)、树高(H)、单株材积(V)、树干通直度(ST)和树干圆满度(SF)在种源间呈极显著差异;上述5个主要性状的种源遗传力(H2)为0.634 0.895,单株遗传力(h2)为0.136 0.342;以DBH、H、V、ST和SF 5个性状指标构建大花序桉种源/单株选择指数方程,按标准选择出4个优良种源和13株优良单株,优良种源平均材积遗传增益达11.2%,优良单株平均材积遗传增益达29.7%,选择效果尚好。[结论]大花序桉5个主要性状遗传变异在种源水平受中度至较强遗传控制,在单株水平受弱度遗传控制。优良种源D47、S14127、B47和S12195生长材性兼优,可用作培育优质中大径材。 相似文献
12.
Phylogenetic relationships ofArundinaria and related genera (Pleioblastus, Pseudosasa, Oligostachyum, Bashania, Clavinodum, etc.) were assessed by analyzing the sequences of the nrDNA internal transcribed spacer (ITS) and the cpDNAtrnL-F intergenic spacer (IGS). Comparison withtrnL-F IGS sequence, the ITS region provided the higher number of parsimony informative characters, and the interspecific variation
of the ITS sequence was higher than that of thetrnL-FIGS sequence. The tree obtained by combining both sets of data showed that the species sampled inArundinaria and the related genera were monophyletic and divided into two clades. The relationships and positioning of all the taxa surveryed
(includingA. oleosa, A. hsienchuensis, A. chino, A. amara, A. yixingensis, A. amabilis, A. fortunei, A. pygmaea, A. gramineus, A. fargesii,
A. faberi, A. hupehense, Pseudosasa japonica cv. Tsutsumiana, P. japonica andBrachystachyum densiflorum) were also discussed. The results from the sequences were broadly consistent with morphological characters, appearing all
these taxa sampled belong to the genus ofArundinaria. The topologies of the trees generated from individual data and the combined data were similar.
Foundation item: This study was supported by National Natural Science Foundation of China (No. 30170788)
Biography: ZHUGE Qiang (1959-), male, professor in Laboratory of Forest Genetics and Gene Engineering, Nanjing Forestry University,
Nanjing 210037, P.R. China.
Responsible editor: Song Funan 相似文献
13.
【目的】通过测序法分析兰考泡桐与白花泡桐和毛泡桐在叶绿体rps16序列上的遗传差异,旨在分析三者之间在叶绿体基因上的变化特点和规律,探讨其种间的遗传关系。【方法】选取兰考泡桐、白花泡桐和毛泡桐各15个样本,对其提取的DNA用PCR扩增获得特异片段,并将其纯化与测序。利用软件Clustal X 2.0对所得序列进行排序;运行MEGA 4软件,进行多序列比对,分析其序列特征,并计算出K2P遗传距离。【结果】(1)对获得的rps16序列进行测定分析,得兰考泡桐序列长度分别为932 933 bp;白花泡桐序列长度为932 bp;毛泡桐序列长度分别为916918 bp。对所得rps16序列进行排序后的长度为938 bp,平均GC含量为34.31%。3个种所代表的个体之间共有10个变异位点,占整个序列长度的1.07%。其中有9个变异位点属于碱基插入或缺失类型,占变异位点总数的90%,占整个序列长度的0.96%。有1个变异位点属于碱基替换类型,占整个变异位点总数的10%,占整个序列长度的0.11%。(2)整个rps16片段的序列共有10个变异位点,其中兰考泡桐与白花泡桐在总的变异位点上,具有一致的碱基位点9个,占总变异的90%。而兰考泡桐与毛泡桐相比,没有相同的碱基。【结论】根据三种泡桐的rps16序列的序列特征和变异位点的分析,表明在叶绿体遗传方面,兰考泡桐具有与白花泡桐更多相似的遗传物质,其亲缘关系较近。综上所述,推测兰考泡桐与白花泡桐可能来自同一母系遗传。 相似文献
14.
[目的]研究南方皂荚的遗传多样性和遗传结构现状,为制定有效的保护策略和育种策略提供理论依据。[方法]采用扩增片段长度多态性技术对供试的215份皂荚的遗传多样性及遗传距离进行分析。[结果]表明:检测到1 782个位点,其中,有1 389个为多态性位点,多态位点百分率为77.94%;皂荚各群体Shannon’s信息指数平均为0.256;Nei’s多样性指数平均为0.168,表明皂荚群体的遗传多样性偏低,皂荚群体间存在着一定的遗传分化;根据遗传距离UPGMA聚类分析,将10个群体划分为4大类。由遗传分化系数和分子方差分析结果发现,群体内的变异是皂荚遗传变异的主体,74.79%的变异来自群体内。[结论]皂荚群体的遗传多样性与遗传结构的形成不仅与其分布广泛、种子特性及生活史有关,而且与人为的砍伐、引种、生境片段化等因素有重要关系。基于上述结果提出了皂荚的保护策略。 相似文献
15.
[目的]通过对思茅松自由授粉子代测试林的生长与形质性状遗传参数的估计,进行优良家系选择,为建立思茅松高世代种子园及培育优良无性系苗木提供种质资源。[方法]采用随机区组试验设计,在214个思茅松自由授粉家系子代测试林中选择胸径、地径、树高、枝下高、冠幅、通直度、树干圆满度、树冠圆满度、材积及地上生物量等生长与形质性状,利用线性混合模型进行遗传参数的估计,进行优良家系筛选。[结果]思茅松自由授粉子代测试林生长与形质性状的遗传参数在家系间差异极显著。各性状的家系遗传力较高,其中,地径的家系遗传力最大(1.105)。材积的预期遗传增益高于地上生物量,利用家系/家系内选择方法进行优良家系的筛选,材积的预期遗传增益为60.75%,入选家系为60个;地上生物量的预期遗传增益为44.22%,入选家系为66个。轮盘数、通直度和树干圆满度对材积和地上生物量都有显著影响。[结论]在早期选择中,形质性状的遗传变异对思茅松自由授粉优良家系的选择有重要参考作用,4年生思茅松自由授粉家系子代测试林中各性状存在着丰富的遗传变异,在早期选择中可以筛选出适合不同培育目标的优良家系,最大限度挖掘其遗传潜力。 相似文献
16.
[目的]对香椿无性系的苗期生长进行分析,筛选优良香椿无性系,奠定遗传改良的基础。[方法]以49个香椿无性系为对象,分别于2015、2016、2017年测量其1、2、3 a生株高、胸径,计算材积,对表型性状及其增长量进行方差分析和遗传参数估算,采用独立淘汰法筛选排名前20%的无性系为优良,对中选无性系进行遗传增益等参数估算,并将试验地不同年份特征气象因子与无性系表型性状进行相关分析。[结果]株高、胸径及材积的生长连续3 a在无性系间存在显著差异,且生长性状的遗传变异系数、表型变异系数逐年减小,而变异幅度、重复力逐年增大;3 a生时,株高、胸径及材积的无性系重复力分别为0.55、0.50、0.67,重复力高。2015—2017年,49个香椿无性系之间胸径、材积增长量分别呈显著、极显著差异,3 a生材积与材积、胸径增长量呈高度正相关关系。以3 a生香椿无性系材积及其增长量为2组指标,独立筛选出优良无性系10个,中选无性系群体平均材积大于0.010 4 m~3·株~(-1),增长量大于0.009 7 m~3·株~(-1)。3 a生材积的遗传增益为17.38%,中选香椿无性系的稳定性系数b值均大于1,对年份环境敏感。气象因子-表型性状相关性分析显示,材积与年总降水量、日均降水量有显著正相关关系。[结论]参试香椿无性系间材积差异极显著,选择潜力大;中选的优良香椿无性系遗传增益超过15%,但其在不同年份差异大且稳定性差,这可能与年份降水量有关。 相似文献
17.
DNA sequences of the chloroplast spacer region between thetrnP andtrnW genes (234 bps) were determined for two Japanese fir species,Abies firma Sieb. et Zucc. andA. homolepis Sieb. et Zucc., using four individuals from each species. No intraspecific variation was found in either species, but interspecific
sequence polymorphism was detected between the two species. The interspecific variation was three nucleotide changes, from
the 148th to 150th nucleotide position. These three nucleotides were TAC inA. firma and GTA inA. homolepis, which were inverted. In order to identify the cpDNA haplotypes between the two species, this inversion polymorphism was
utilized to develop a new marker. Species-specific primers were designed so that the 3′ ends of the primers would anneal to
the mutation site, in order for the two haplotypes to be easily identified by a polymerase chain reaction (PCR). 相似文献
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[目的]介绍发生在贵州省龙里县乌桕上的一种新害虫——中华卡扁蜡蝉的形态及分子鉴定的方法。[方法]对中华卡扁蜡蝉卵、若虫(5龄)及成虫3个虫态的形态特征进行了详细描记;同时通过PCR扩增,获取了中华卡扁蜡蝉的线粒体COI基因序列。利用MEGA 6. 0软件对其序列组成及遗传距离进行分析,以竹鳎扁蜡蝉、红线鳎扁蜡蝉、勐仑鳎扁蜡蝉为外群,采用邻接法(NJ)构建系统发育树。[结果]系统发育树显示中华卡扁蜡蝉10个样品的COI基因序列能较好地聚为一枝;中华卡扁蜡蝉的种内遗传距离为0. 000 0. 065,4种扁蜡蝉科昆虫种间遗传距离为0. 142 0. 202,种内遗传距离与种间遗传距离不存在重叠现象。[结论] COI基因序列可作为DNA条形码片段,实现中华卡扁蜡蝉快速、准确的物种鉴定。初步调查了中华卡扁蜡蝉的发生规律及危害状况。 相似文献
19.
[目的]本研究考察了灰楸无性系生长(树高、胸径、单株材积)和形质(分枝度、分枝角、冠幅、树皮厚度、尖削度)性状,为灰楸优质用材良种选育和定向培育提供理论依据。[方法]以5年生灰楸试验林33个无性系为材料进行多个性状的遗传变异分析、方差分析、重复力估算。利用主成分分析和隶属函数法综合选择优良无性系。[结果]灰楸树高、胸径、单株材积在无性系间差异显著或极显著,其重复力为0.456～0.592。灰楸形质性状中,平均尖削度P1和P3在无性系间存在显著或极显著差异,且具有中等大小的重复力(0.479和0.415)。遗传相关分析中,单株材积与冠幅、树皮厚度、平均尖削度P1等存在显著或极显著较弱的正相关,相关系数为0.178～0.263。针对不同育种目标,利用主成分评价和隶属函数法最终选择出特定的优良无性系。[结论]5年生灰楸无性系间各性状存在丰富的遗传变异,且生长性状受到中等的遗传控制,有较好的遗传改良潜力。灰楸无性系生长性状与形质性状具有独立性,可进行单独定向选择。灰楸无性系H3-1-9、H3-1-18、H3-1-10、H3-1-3、H3-2-16和H3-1-17可作为速生丰产良种;无性系H3-1-16、H3-1-19、H3-2-12和H3-2-9可作为优质用材的无性系;无性系H3-1-17、H3-1-10、H3-1-18和H3-2-16可考虑作为生长和形质综合改良的灰楸无性系在当地推广。 相似文献
20.
[目的]印度黄檀Dalbergia sissoo(Roxb.)是一种经济价值比较高的用材树种,对印度黄檀优株选择及优良无性系筛选,可以为印度黄檀优良品种选育提供理论指导和支持。[方法]本研究测定4种国外引进种源(N0、N2、I4和H6)印度黄檀母株株高和胸径,选择出20棵优株;并通过嫁接进行无性系苗木繁殖,测定2年生无性系苗木胸径和株高,比较分析了20个无性系株高和胸径,筛选出优良无性系用于印度黄檀优良品种选育。[结果]4个种源的印度黄檀母株株高和胸径变异系数较大,选择的20棵优株株高和胸径约等于或大于母株平均株高和胸径的130%;9和10号无性系株高和胸径均明显大于其它无性系,且变异系数远远小于母株;其次为12、18、19和20号无性系;9和10号优株,树干较直,胸径较大,超过母株平均值的170%;9和10号无性系株高和胸径均超过对照的130%,可作为优良无性系。[结论]本研究选择了20棵印度黄檀优株,并繁殖出20个无性系,筛选出9和10号作为优良无性系,用于之后的印度黄檀优良品种的选育。 相似文献