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应用于家蚕F2代分离群体的两种连锁作图方法的作图效果比较 总被引：1，自引：0，他引：1
构建精细的家蚕分子连锁图谱需要合适的作图方法。应用Mapmaker/EXP3.0和F2lnkgsilk两种作图方法,对家蚕F2代91个个体为分离群体的300个AFLP标记和69个个体为分离群体的470个RAPD标记数据进行了比较分析。用F2lnkgsilk作图方法分析得到的分群数与Mapmaker/EXP3.0作图方法相比有所增加,而总的图距却显著增加,平均图距也有较大的增加,但产生的二联体数基本相同。就单个连锁群而言,两种作图分析方法的连锁标记及其数目80%以上相同,但是标记间的排列顺序70%以上有差异;用F2lnkgsilk作图方法分析得到的单个连锁群的总图距和平均图距也相应增大。 相似文献
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分别以早熟低产和晚熟高产苜蓿单株为父母本,通过人工杂交构建了四倍体紫花苜蓿(Medicago Sativa)F1遗传作图群体,采用单因子变量分析法,以降落式PCR和常规PCR结合的反应程序,建立了适宜于紫花苜蓿的分子标记扩增体系;应用130对SSR引物进行筛选,获得60对引物在父母本间存在多态性而被用于绘制遗传连锁图。采用PAGE电泳分析,对作图群体进行基因型分析。通过TetraploidMap软件对60个SSR标记进行连锁作图分析,有44个标记可以定位在8个连锁群上,占总标记数的33.8%,覆盖遗传距离979 cM,两标记间平均图距为22.25 cM,初步构建了四倍体紫花苜蓿遗传图谱的框架图,还需要进一步添加标记数量增大其饱和度,为重要性状的QTL定位奠定基础。 相似文献
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基于SRAP标记,以遗传关系和表型差异大的菊苣亲本PI 651947和PI 652007杂交获得的84个F1单株为作图群体,进行连锁图谱的构建。采用Map Manager QTX b20软件进行连锁分析,分别构建了PI 651947和PI 652007的分子连锁框架图,共获得77个SRAP标记,其中父本遗传图谱涉及4个连锁群,包含19个标记,图谱总长为450.9 cM,标记间平均图距为23.7 cM。母本遗传图谱涉及13个连锁群,包含58个标记,图谱总长为1404.8 cM,标记间平均图距为24.2 cM。研究结果可为菊苣重要农艺性状QTL定位奠定基础,为菊苣分子育种研究提供了基础信息。 相似文献
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1 引言根据近交群体和远交群体数量性状基因位点(QTL)定位原理的讨论,可知其基础是遗传标记与QTL之间存在着连锁。数量性状基因位点定位的关键就是要有效地利用遗传标记与QTL之间产生的连锁不平衡,因而一个周密的试验设计将起到事半功倍的效果,以下就近交群体和远交群体的常用设计方法作一介绍。2 近交群体的常用设计方法为了在遗传标记和QTL之间产生连锁不平衡,人们必须利用杂交,通常采用二个近交系进行杂交。从理论上来说,这二个近交系的遗传标记和QTL都是纯合子,杂交所产生的F1代是双杂合子,F1代可以自交、分别与其中一个亲本回… 相似文献
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在进行家蚕遗传连锁图谱的整合过程中,需要寻找两个作图群体中都有多态的共有标记,但这种共有标记数量较少。为此,利用已有的简单重复序列(SSR)与家蚕基因组进行比对,寻找到匹配的scaffold,再采用SS-RHunter1.3搜索其中的SSR区域,排除掉原有SSR序列,选择重复次数在6～23之间的微卫星区域设计引物,用BC1群体的亲本及F1进行多态性的筛选,选择有多态性的标记用7019×(F50B×7019)BC1群体进行基因型分析。结果显示:根据原家蚕第2连锁群上SSR位点新设计的邻近的7对引物中,有6对引物在BC1群体的亲本中有多态性,选择其中2个进行遗传连锁分析,作图结果与原有相应SSR标记的作图结果基本保持一致,其中根据S0207所在scaffold上开发的NS02071和NS02072之间的图距达到6.9 cM;根据家蚕大造和C108的回交一代初步定位的D ll基因的位置与后来在其所在scaffold上所设计的临近引物D ll1和D ll2的定位一致,且这两个标记在遗传连锁图上的图距为0.0 cM,表明这两个标记在遗传图上的位置重叠。由此,在较短的DNA区域内(在遗传连锁图上表现1个位点)便有多个SSR标记可供使用,将为定位家蚕重要经济性状基因、分子辅助育种及功能基因研究等提供更多有价值的信息。 相似文献
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在家畜中普遍存在的是分离群体．在数量性状基因定位方面．由于分离群体在各个家系内标记之间及标记与QTL之间的连锁状态不同,同一位点可能存在着多个等位基因,且只有部分个体提供信息,因而在分离群体中进行QTL定位时,其资源群体要以家系为单位,估计的参数也是以QTL方差组分为主。半同胞设计是家畜QTL分析的常用方法．设计中以父系半同胞为资源群体．利用父系及其半同胞后代的标记信息和表型信息进行QTL分析。 相似文献
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为了给后期马铃薯块茎高淀粉、高干物质及产量等重要数量性状基因座(QTL)定位和分子标记辅助育种奠定基础,以四倍体马铃薯YSP-4×MIN-021杂种F1的182个分离单株为作图群体,利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记进行了遗传图谱构建研究。试验从357对SRAP引物中筛选出适宜引物36对。用这些引物对马铃薯杂种F1的182个分离单株及其亲本的基因组DNA进行PCR扩增得到598个SRAP标记。卡方检验显示偏分离标记数为127个,其中母本连锁群59个,父本连锁群68个,偏分离比率均小于30%,符合遗传作图的要求。用软件JoinMap4.0建立了2张四倍体马铃薯双亲的SRAP遗传图谱。母本YSP-4的连锁群总长度为1572.2cM,标记数目为274个,平均间距为5.74cM,12个连锁群的长度范围为14.03~214.44cM;父本MIN-021的连锁群总长度为1932.23cM,标记数目为324个,平均间距为5.96cM,各连锁群的长度范围为93.65~242.06cM。 相似文献
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对家蚕多星纹基因ms的SSR标记定位分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对家蚕幼虫斑纹突变多星纹基因ms进行分子标记定位,有益于对多星纹性状的分子标记辅助选择和对该基因的定位克隆研究。利用家蚕雌性染色体在减数分裂过程中不发生交换的特点,采用幼虫斑纹为素斑(p)的家蚕品系C108,幼虫斑纹为多星纹(ms)的家蚕品系g02,组配正反交群体(g02×C108)F1♀×g02♂和g02♀×(g02×C108)F1♂,分别记作BC1F和BC1M,利用已经构建的家蚕SSR分子标记连锁图谱中第12连锁群上的18对SSR标记引物在亲本间进行多态性筛选。BC1F群体中的普通斑个体均表现出与(g02×C108)F1相同的杂合型带型;而所有多星纹个体的带型与亲本g02一致,为纯合型。结果筛选出S1206、S1208、S1210、C5553S3共4个与家蚕ms连锁的SSR标记。利用BC1M群体构建家蚕ms及其连锁的SSR标记遗传连锁图,连锁图的图距为34.5 cM,4个SSR标记及ms的排列次序为S1206—S1208—S1210—C5553S3—ms,ms位于34.5 cM处,与ms最近的标记为C5553S3,遗传距离为12.4 cM。依据该SSR标记遗传连锁图谱可对ms进一步精确定位。 相似文献
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为构建四倍体杂交冰草分子遗传连锁图谱,对深入开展冰草产量、抗性等重要性状的QTL定位及分子标记辅助育种提供依据,以四倍体杂种F2分离群体的347个单株及亲本蒙古冰草和航道冰草为材料,采用SSR分子标记技术和Joinmap 4.0软件进行了遗传作图研究。试验从256对SSR引物中筛选出条带清晰稳定、多态性丰富的适宜引物30对,PCR扩增得到224个SSR标记位点,平均每对引物扩增出7.47个位点,其中多态性标记位点185个,占82.6%。偏分离分析显示,在185个SSR多态性标记位点中有24个标记产生偏分离,占13.0%,符合植物遗传作图时通常偏分离标记比率<30%的要求,可用于遗传作图。构建了1张四倍体杂交冰草的分子遗传连锁框架图谱,该图谱包含14个连锁群、185个标记,其长度范围在123.0~202.6 cM之间,连锁群LG4最长、LG12最短,各连锁群的平均长度167.32 cM,覆盖基因组总长度2342.5 cM,标记间的平均距离12.66 cM。 相似文献
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家蚕蚁蚕体色突变之一的第2隐性赤蚁(ch-2)有作为特殊遗传系统的实用价值。采用家蚕正常黑蚁品种P50和第2隐性赤蚁品种k04为亲本组配正反交群体,回交后获得回交群体(k04×P50)×k04和k04×(k04×P50),分别记作BC1F和BC1M,基于雌性家蚕的W与Z染色体不发生交换的特点,用已构建的家蚕SSR分子标记连锁图谱对ch-2基因进行定位和连锁分析。在第18连锁群上的20个多态性标记中共筛选出7个与ch-2基因连锁的SSR标记。根据第18连锁群上已有但不表现多态性的微卫星序列,寻找其所在Scaffold上的其他SSR位点并设计引物,结果找到2个新的多态性SSR标记。BC1F群体中的所有黑蚁个体均表现出与F1(k04×P50)相同的杂合型带型,而所有赤蚁个体带型与亲本k04一致,为纯合型,说明家蚕ch-2基因位于第18连锁群。利用另一个群体BC1M构建了ch-2基因的SSR分子标记遗传连锁图,连锁图的遗传距离为70.7cM,ch-2基因位于69.6 cM处。2个与ch-2最近的SSR标记为S1814和S1819,与ch-2的距离分别为7.9、1.1 cM。 相似文献
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多花黑麦草遗传连锁图的构建 总被引：6，自引：0，他引：6
利用多花黑麦草(Loliummu ltiflorum)细胞质雄性不育(CMS)F1群体(124个个体),以来自父本和母本的分离位点采用SSR、AFLP、EST-CAPS(表达序列标签酶切扩增多态性)和RGA-CAPS(抗病基因类似物酶切扩增多态性)等标记方法进行多态性的选择并对父、母本分别构建遗传连锁图。母本连锁图包含362个标记位点,分别包含SSR标记240个、AFLP标记84个、EST-CAPS标记24个和RGA-CAPS标记14个,由7个连锁群组成,覆盖全长776.4cM,各连锁群长度在85.8至135cM之间,相邻标记之间的平均距离为2.14cM;父本7个连锁群,包含376个标记,其中SSR标记252个、AFLP标记82个、EST-CAPS标记29个和RGA-CAPS标记13个,连锁图全长710.0cM,相邻标记之间的平均距离为1.89cM;标记密度高、标记分布均匀、连锁图长度中等。 相似文献
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A male bovine linkage map for the ADR granddaughter design 总被引：1，自引：0，他引：1
H. Thomsen N. Reinsch N. Xu C. Looft S. Grupe C. Kühn G. A. Brockmann M. Schwerin B. Leyhe-Horn S. Hiendleder G. Erhardt I. Medjugorac I. Russ M. Förster B. Brenig F. Reinhardt R. Reents J. Blümel G. Averdunk E. Kalm 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2000,117(5):289-306
The aim of this paper is to present the construction of a male genetic linkage map as a result of the bovine genome mapping project, which is a common effort of the German cattle breeding federation (ADR), four animal breeding institutes, three blood group laboratories and two animal data and breeding value evaluation centres. In total 20 grandsires with 1074 sires were provided from the German cattle population as reference families, 16 of these paternal half‐sib groups are German Holstein families (DH), three are German Simmental (ST) families, and one is a Brown Swiss family (BS). Of 265 markers included in the linkage map, 248 were microsatellite markers, five were bovine blood group systems, eight SSCP markers and four proteins and enzymes. More than 239 000 genotypes resulted from typing the offspring for the respective markers and these were used for the construction of the map. On average 478 informative meioses were provided from each marker of the map. The summarized map length over all chromosomes was 3135.1 cM with an average interval size of 13.34 cM. About 17, 35.7 and 79.1% of the map intervals showed a maximum genetic distance between the adjacent markers of 5, 10 and 20 cM, respectively. The number of loci ranged from two (pseudoautosomal region of the sex chromosome, BTAY) to 15 (BTA23) with an average of 8.8 markers per chromosome. Comparing the length of the chromosomes shows variation from 49.6 cM for BTA26 to 190.5 cM for BTA1 with a mean of 107.7 cM for all autosomes of the genetic linkage map. It was possible to identify chromosomal discrepancies in locus order and map intervals by comparison with other published maps. The map provided sufficient marker density to serve as a useful tool for a scan of segregating quantitative trait loci. 相似文献
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本研究以感(岷山红三叶)、抗(澳大利亚红三叶品种♀Sensation×Renegade♂杂交新品系“甘农PR1”)白粉病红三叶材料为父母本杂交并种植成苗经人工接菌后筛选出抗、感白粉病的F1群体为作图群体,利用AFLP标记构建红三叶高密度遗传图谱,并利用区间作图法对抗白粉病QTL进行了定位分析,可以为红三叶抗白粉病基因克隆和转基因等分子辅助育种奠定基础。结果表明,149个AFLP标记构建得到的遗传图谱包含7个连锁群(LG1,LG2,LG3,LG4,LG5,LG6和LG7),遗传图谱的总距离为640.5 cM。其中,LG1连锁群的遗传距离(140.6 cM)和标记间平均距离(9.4 cM)均最大;LG4连锁群的遗传距离(55.2 cM)和标记间平均距离(1.8 cM)最小。应用区间作图法对红三叶抗白粉病基因进行QTL分析定位,共检测到5个抗白粉病相关QTL位点(qrp-1,qrp-2,qrp-3,qrp-4和qrp-5),其中qrp-1、qrp-2、qrp-3和qrp-4位于LG4连锁群上,qrp-5位于LG5连锁群上。5个QTL位点对抗白粉病的贡献率为29%~90%,qrp-1对红三叶白粉病抗性的贡献率最大(90%),为主效QTL。 相似文献
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玉米胚乳突变基因ae连锁累赘的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究通过与玉米胚乳突变基因ae连锁的SSR标记对轮回亲本不同的2个回交一代群体amylose extender(ae)基因两侧的连锁累赘进行了SSR分析,通过均匀分布在ae基因所在的Chr5连锁群上的SSR标记对这2个回交群体的染色体遗传背景回复率开展研究,结果表明,通过MAS可以将回交群体CHBC1F2染色体两侧的连锁累赘分别限定到13.2和17.2 cM,将另一回交群体DHBC1F2的染色体的单侧连锁累赘限定到13.9 cM。背景选择的结果表明,通过基因组的负选择可以使CHBC1F2群体中某些植株的5号染色体的遗传背景回复率达到85.7%,使DHBC1F2群体的染色体的遗传背景回复率达到87.5%。通过高密度的遗传连锁图谱(比如10~20 cM)就可以直接选择在目的基因附近发生重组的个体,减少不需要的染色体片段,降低目标基因附近的搭载效应。 相似文献