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为掌握江西地区猪圆环病毒2型（PCV2）的分子流行病学及其遗传变异情况,本研究运用实验室已建立的PCR方法对2013~2017年采集自江西省南昌市、宜春市、新余市、赣州市、吉安市、九江市、上饶市、抚州市、景德镇市、鹰潭市等10个地区的1 082份疑似PCV2感染猪病料组织进行病原学检测,并通过PCR扩增、克隆和基因测序对PCV2的全基因组序列进行分析。研究表明,1 082份病料中有610份为PCV2阳性,总阳性率为56.4%,其中2013~2017年阳性率分别为52.7%、48.8%、58.5%、71.0%和67.4%。共获得89株PCV2全基因组序列,其中有83株为PCV2b基因型,其中53株归类于PCV2b-1C基因亚群,30株归为PCV2b-1A/1B基因亚群;6株为PCV2a型。测序毒株与参考毒株ORF2基因核苷酸、氨基酸序列同源性分别为88.9%~100.0%和86.0%~100.0%;氨基酸序列分析表明,Cap蛋白存在20个氨基酸突变位点。本研究表明,江西地区猪群中PCV2的主导基因型为PCV2b,其中又以PCV2b-1C基因亚群占据主导地位,同时也存在少量PCV2a基因型。 相似文献
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吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。 相似文献
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2008～2011年中国部分地区猪圆环病毒2型的分子流行病学调查 总被引：4，自引：0，他引：4
为了解2008~2011年中国部分地区猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)分子流行病学变化趋势,本实验室共采集福建省、江西省、广东省、安徽省、浙江省、河南省、河北省、广西壮族自治区、内蒙古自治区、上海市、江苏省和山西省共12个省(市、区)的健康猪群和发病猪群共452份样品,对其进行病原学检测,并通过扩增、克隆和测序共获得31株PCV2 ORF2基因编码序列。结果显示,452份样品中,有354份样品检测为PCV2阳性,感染率高达78.3%。对31株ORF2基因序列的分析和比对结果表明,31株PCV2均为PCV2b基因型,其中有21株归类于PCV1A/1B基因亚群,而10株为PCV1C亚群;对31株PCV2 ORF2编码氨基酸序列比对分析表明PCV2基因亚型具有其特异的氨基酸变异位点,这对于临床上区别PCV2亚型具有一定的指导意义。从基因水平上来说,自2008年以来中国以PCV 1A/1B亚群为主要流行致病株,但值得我们关注的是,PCV 1C亚群毒株从无到有并有逐渐增多的趋势,将来可能在PCV2的流行毒株中占据主要地位。 相似文献
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采集上海及周边地区猪内脏样本,进行猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV-2）病原学检测,并对阳性样本的ORF2序列进行分析和比对。结果显示,发病猪群PCV-2阳性率为39.06%（25/64）,健康猪群阳性率为13.51%（5/37）,PCV-2总阳性率为29.70%（30/101）。30份阳性样本中PCV-2a亚型为2株,检出率为1.98%（2/101）,其余28株均为PCV-2b亚型,检出率为27.72%（28/101）。PCV-2的ORF2序列与已登录的ORF2序列的同源性在90.7%~100%。2株PCV-2a株相互间的同源性为99.6%;28株PCV-2b株的同源性在94.4%~100%,PCV-2b株中只有4株与已登录株DQ141322、AY321984和AY484413株同源性关系最近,处于同一分支中,而另外24株与Q151643中国株同源性关系最近且处于同一分支中。研究结果表明上海及周边地区PCV-2感染比较普遍,发病猪场的感染率远高于健康猪场,且感染率比往年有升高,PCV-2在猪场疫病的爆发和传染中起着重要的协同作用;在PCV-2的感染病例中,PCV-2b亚型为感染的优势毒株;绝大多数PCV-2b ORF2片段的同源性与已登录的一株中国株同源性关系密切,在基因进化树上处于同一分支,但是否可以推断其为PCV-2的另一个亚型有待进一步考证。 相似文献
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为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega 6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3 ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%～98.9%和97.7%～99.5%,4株PCV3 ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%～99.7%和96.7%～100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。 相似文献
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为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在北京市不同区县猪场中的流行情况,研究建立PCR检测方法,对来自北京市8个区县56个养殖场的1177份临床样品进行检测,并对获得的部分ORF2全基因序列进行遗传进化分析。结果显示,PCV3总体阳性率为1.0%(12/1177),猪场阳性率为8.9%(5/56)。对PCV3阳性样本进行ORF2基因测序及同源性比对,共测得12株PCV3 ORF2全长基因序列,其中包括6株不同的ORF2全长基因序列。结果显示,该6株序列之间的核苷酸相似性为97.7%～99.5%,推导氨基酸序列的相似性为97.2%～100%;与参考毒株之间的核苷酸同源性为96.0%～99.5%,推导氨基酸同源性为92.1%～100.0%;进化树显示北京毒株属于PCV3b基因型。试验表明,PCV3在北京多个猪场呈现一定的流行趋势,流行毒株以PCV3b基因型为主。 相似文献
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为了解湖南省猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况,以PCV2检测阳性样本DNA为模板进行全基因组测序和遗传特征分析。共获得的15株PCV2全基因组,其中10株为PCV2d基因亚型,3株为PCV2b基因亚型,2株为PCV2a基因亚型;15株PCV2全基因组同源性为94.7%~99.9%,与国内外其他PCV2全基因组同源性为93.1%~100%。PCV2a的第77、86~91、151、206和222位,PCV2b的第57、89及210位,PCV2d的第53、68、121、134、215和234位氨基酸与其他亚型存在差异。结果表明,2017—2020年湖南省主要流行PCV2d亚型,不同亚型之间ORF2氨基酸序列差异较大,但同亚型之间氨基酸序列无明显变异。本研究为湖南省PCV2研究及该病防治提供了数据支撑。 相似文献
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本研究对2009年至2011年上海地区发病猪群内脏样本进行猪圆环病毒2型(Porcine circovirus,PCV2)检测,对PCV2阳性样本进行2a/2b分型检测,并对PCV2阳性样本进行其他病原混合感染状况调查。上海地区发病猪群PCV2阳性率平均为54.34%,以PCV2b单纯感染为主。在PCV2阳性样品中,其他病毒混合感染率平均达到60.2%,细菌混合感染率达到61.22%,病毒与细菌同时混合感染率为41.84%,平均混合感染率达到53.06%。研究表明,上海地区发病猪群PCV2阳性样本与其他病原混合感染比例较高,病毒主要以PRRSV为主,细菌主要以大肠杆菌、沙门氏菌、链球菌及副猪嗜血杆菌为主;混合感染是导致猪群死亡的重要因素,也是当今上海地区猪群疫病的感染现状及发病模式。 相似文献
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本试验旨在为辽宁地区猪圆环病毒2型(PCV2)的流行病学调查及选择同源性高的毒株进行灭活疫苗研制奠定基础。采集辽宁沈阳、朝阳、铁岭、大连等地疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)患病仔猪的病料,利用PCR方法进行PCV2特异性检测,对10份阳性病料进行全基因组克隆和测序分析。结果显示,10株PCV2辽宁株全为强毒株,9株全长1767 bp,1株1768 bp,差异是在1039 bp处多了1个T碱基。与GenBank中的两株疫苗株(HM038034、JQ692110)的核苷酸同源性为95.1%~98.5%,在遗传进化树上,JHZ2为PCV2a型,其余9株毒株为PCV2b型,并且DLS38、LYD32、SYX7在同一小分支,都是同年2~3月发病。10株PCV2 ORF2的氨基酸同源性为89.6%~100.0%,变异度大,存在35个变异点,以突变为主,唯一的糖基化位点(NYS)保守。结果表明,10株辽宁株PCV2抗原性没有明显变化,说明近年来辽宁省猪群中PCV2相关疾病(PCVD)不是因PCV2出现变异株引起的,并且PCV2b型为主要流行型,怀疑PCV2的流行与季节性有关。 相似文献
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为了解凉山州腹泻仔猪猪圆环病毒2型(PCV2)的感染情况,采用PCR方法对采自四川省凉山州西昌市和喜德县7个猪场85份腹泻仔猪粪便、病变组织等样品进行PCV2检测,并将扩增到的PCV2 ORF2基因片段进行测序和序列分析。结果显示,PCV2阳性样品有22份,阳性率为25.9%,阳性猪场占71.4%(5/7)。22个ORF2基因片段长度均为459 bp,核苷酸同源性为92.8%～100%,氨基酸同源性为93.5%～100%。构建的系统进化树显示22个测序序列分别处于2个分支:PCV2b和PCV2d,但未形成明显的地理分支。结果表明凉山州猪群中PCV2感染较为普遍,且以PCV2d亚型为主,并存在一定程度的遗传变异。 相似文献
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猪圆环病毒2型的分离与鉴定 总被引：16，自引：1，他引：15
利用PCR方法，从疑似断奶猪多系统衰竭综合征(PMWS)的自然病例的淋巴结和脾脏中扩增出了预期长度的猪圆环病毒2型(Porcine Circovirus type 2，PCV2)的DNA片段，并用限制性内切酶对PCR产物进行了酶切鉴定。将经PCR扩增和酶切鉴定为PCV2阳性的组织样品匀浆液接种到无PCV污染的PK15细胞中传代，经间接免疫荧光检查，在接毒细胞内观察到了特异性免疫荧光；用接毒细胞制备超薄切片，在电镜下观察到了直径大约为17nm的圆形病毒样粒子和大量不同形态的胞浆内包涵体。由此表明分离出的病毒为猪圆环病毒2型。 相似文献
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【目的】 了解目前广东省猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV2）分离株的基因型和进化特征,为广东省PCV2防控及疫苗株的筛选提供参考依据。【方法】 运用PCR方法将4份鉴定为PCV2阳性样品进行PCV2全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析;利用MegAlign软件对4株PCV2广东分离株ORF2氨基酸序列与国内外参考毒株进行关键位点氨基酸变异分析;应用DNAStar中Protean软件的Jameson-Wolf方法对4株PCV2广东分离株ORF2基因编码的Cap蛋白与4株疫苗株进行抗原指数预测分析。【结果】 测序结果表明,4株PCV2广东分离株序列长度均为1 767 bp。遗传进化树结果表明,4株分离株均属于PCV2d基因型,且核苷酸相似性在97.7%~99.1%之间,与国内外54株参考毒株相似性在91.7%~99.8%之间,其中与PhuTho/G40312/2018株（Viet Nam,登录号：LC602996）、QZ1410株（江苏,登录号：MG732832）、GXBB1501211株（广西,登录号：MH756609）亲缘关系最为接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有8个氨基酸特异性突变位点,分别是Y3C、F8Y、T56S、R116K、V123I、K164E、R169G及T216A。抗原指数分析发现,广东省分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第7－12、47－53、80－90、160－170和205－213位氨基酸这5个区域。【结论】 从广东省部分地区分离的4株PCV2均为2d亚型,其Cap蛋白氨基酸序列存在多个突变位点,抗原指数与疫苗株差异较大,提示广东省PCV2的流行趋势逐渐以2d亚型为主。 相似文献
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Cloning and Sequence Analysis of Complete Genome of Porcine Circovirus Type 2 from Liaoning Province
It was aimed to lay a foundation for epidemiological survey of porcine circovirus type 2(PCV2) in Liaoning province and selection of highly homologous strain inactivated vaccine.Some pigs suspected of having postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) from Shenyang,Chaoyang,Tieling,Dalian and other places in Liaoning province,were detected by PCR method,then the whole genome of 10 positive samples were cloned and sequenced.The result showed that all of them were virulent strains,9 strains were 1767 bp and 1 strain was 1768 bp,and there was a T base additon at 1039 bp.The nucleotide homology was 95.1% to 98.5% with HM038034 and JQ692110.In the phylogenetic tree,JHZ2 was PCV2a type,the other 9 strains were PCV2b type,DLS38,LYD32 and SYX7 were in the same branch and same onset time.The amino acid homology of ORF2 was 89.6% to 100.0%,there were 35 mutation points,large degree of variation,the only glycosylation site (NYS) was conserved.10 strains did not change significantly,mutants were not due to PCVD,PCV2b was the predominant type,and PCV2 was related with seasonality. 相似文献
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根据已发表的基因序列 ,选取 PCV2保守的基因片段 ,利用计算机软件设计的一对引物对某猪场的 7只患病仔猪的全血、血清、尿液、和粪便进行 PCR扩增 ,再对扩增产物酶切鉴定 ,并将 PCR产物连接到 p MD1 8-T载体上 ,然后转化到大肠杆菌 DH5α感受态细胞中 ,抽提重组质粒 ,对重组质粒 PCVp MD1 8进行 PCR、酶切鉴定及测序。结果表明 :全血、血清、尿、粪便阳性率分别为 85.7% (6/7)、71 .4% (5/7)、42 .9%(3 /7)、2 8.6% (2 /7)。通过比较 ,全血的阳性率最高 ,其次为血清 相似文献