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1.
山东省猪种mtDNA CytB基因遗传多样性及系统进化研究 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本（8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种）的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在内的所有山东猪种、梅山猪和大约克的两种单倍型聚为一类,第二支以引进猪种为主,将长白、杜洛克、大约克的一种单倍型和鲁烟白猪的一种单倍型聚为一类。【结论】山东猪种有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏;外来猪种引入山东后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献;利用CytB基因4个SNP位点对欧洲单倍型和亚洲单倍型的分类方法,可以方便地估测利用中外猪种结合培育的猪新品种（配套系）的母系血统情况。 相似文献
2.
Study on Phylogenetic Relationships of Five Breeds of Pigs by Random Amplified Polymorphic DNA（RAPD）
YANGXiu-qin LIUDi LIJing-fen 《东北农业大学学报(英文版)》2003,10(1):40-42
RAPD was used to study the genetic divergency and phylogenetic relationships of five breeds of domestic pigs,including Min pig,Duroc,Yorkshired,Landrace and Junmu I pig. We selected fourteen primers from eighty random primers,caculated genetic distance index matrix and constructed phylogenetic tree with UPGMA methods. Genetic distance index matrix indicated that the genetic relationship between Junmu I pig and Landrace was the closest and the farthest between Duroc and min pig. 相似文献
3.
线粒体DNA遗传变异丰富,是研究群体遗传多样性的重要手段。通过对黄淮杜泊羊、杜泊羊、鲁西黑头羊和小尾寒羊的线粒体D-loop遗传变异进行检测,分析4个品种的遗传多样性和品种间的遗传分化,构建系统发育树,并计算4个品种的遗传关系和遗传距离。结果表明,黄淮杜泊羊群体遗传多样性丰富（单倍型多样度h=0.984 21,核苷酸多样度Pi=0.015 50）,遗传稳定;系统发育树黄淮杜泊羊的黑头群体和白头群体聚为一类,与鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊明显区分;黄淮杜泊羊与杜泊羊遗传距离最近（0.055）、与小尾寒羊遗传距离最远（0.070）,且黄淮杜泊羊与鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊品种间遗传分化程度大。说明黄淮杜泊羊的遗传多样性丰富、遗传分化程度高,在遗传上明显区别于鲁西黑头羊、杜泊羊和小尾寒羊,黄淮杜泊羊黑头和白头群体的遗传一致,且群体遗传稳定,试验结果与育种设计方案相吻合,说明黄淮杜泊羊具备了新品种的遗传条件。 相似文献
4.
猪生长激素（pGH）是猪生长发育性状重要的候选基因之一。采用PCR RFLP技术检测藏猪pGH基因+159～+734 bp片段的Dra I、Apa I和Msp I酶切多态性。结果显示,藏猪群体中Dra I酶切全部切开,无多态;Apa I酶切具有4个等位基因,出现5种基因型,其中CC基因型（299A/432C）频率最高,为0.7857;藏猪群体Msp I酶切出现3种基因型,杂合性CT基因型频率最高,为0.5089,等位基因C和T频率分别为0.5580和0.4420。经比较,藏猪pGH基因Dra I酶切位点与其他猪种一样无多态性,而Apa I酶切出现了特异的432突变位点,Msp I酶切等位基因分布相对均衡,表现出与其他猪种的差异。 相似文献
5.
Yan Geng Zhangping Yang Hong Chang Yongjiang Mao Wei Sun Xiaoya Guo Dongyan Qu 《Frontiers of Agriculture in China》2008,2(3):338-342
The level of genetic differentiation, gene flow and the relationship between geographical distance and genetic differentiation
among six sheep populations of Mongolian group in China (Tong sheep, small-tailed Han sheep, Hu sheep, Tan sheep, Ujumuqin
sheep and Bayinbuluk sheep) were analyzed using seven microsatellites. The trees were constructed from diversity coefficient
(DC) distances among the six sheep populations. The overall heterozygote deficit across all the populations (F
it) was between 0.167 (OarAE101) and 0.044 (MAF33). The over-all significant deficit of heterozygote, because of inbreeding
within breeds, (F
is) was between 0.089 (OarFCB304) and 0.005 (MAF33). The coefficient of genetic differentiation (F
st) was between 0.100 (OarAE101) and 0.022 (OarFCB48). It indicated that 3.9% of the total genetic variation could be explained
by breed differences and the remaining 96.1% by differences among individuals for each population. This illustrated that most
variations existed within breeds and genetic differentiation level were very low among sheep breeds of the Mongolian Group
in China. The average number of effective migrants exchanged per generation (Nem) ranged from 2.7369 (Tan sheep and Bayinbuluk sheep) to 44.3928 (Tong sheep and Hu sheep), and the mean value was 11.25213.
Significantly positive relationships between the level of genetic differentiation and geographical distance and genetic distances
were detected. It is concluded that genetic differentiation of sheep breeds of Mongolian group in China is mainly the result
of natural selection (different living conditions).
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Translated from Journal of Yangzhou University (Agricultural and Life Science Edition), 2007, 28(3): 22–26 [译自: 扬州大学学报(农业与生命科学版)] 相似文献
6.
为了研究我国地方黑羽鸡品种MC1R基因的多态性,采用PCR的方法扩增了我国7个黑羽鸡品种(狼山鸡、寿光鸡、东乡绿壳蛋鸡、盐津乌骨鸡、余干乌骨鸡、鸿光黑鸡和新杨黑鸡)的MC1R基因,并对不同品种鸡MC1R基因序列的多态性进行生物信息学分析。结果显示：7个品种MC1R基因编码区全长均为945 bp,共编码315个氨基酸。7个品种210条序列,总计发现10个多态位点,位于编码区的有9个,其中有7个导致编码氨基酸发生变化,共界定了14种单倍型,定义为Hap1—Hap14,其中东乡绿蛋鸡和寿光鸡有2种单倍型,其他品种单倍型数都在2个以上。系统发育树分化为两个分支,分支I仅包含新杨黑鸡,分支II包含其他6个黑羽鸡品种。我国黑羽鸡MC1R基因表现出丰富的多态性,中国本土黑羽鸡品种和国外血缘黑羽品种存在MC1R基因多态位点上存在差别。该研究结果为我国黑羽地方鸡遗传资源的种质保护、品种选育和鉴定工作提供了参考。 相似文献
7.
Manhong Ye Jie Wen Honghe Cao Hongbin Li Jilan Chen Guiping Zhao Maiqing Zheng 《Frontiers of Agriculture in China》2008,2(4):474-479
PCR-SSCP analysis was used to detect polymorphic sites in chicken adipocyte fatty acid binding protein (A-FABP) gene. Six Chinese local breeds, Beijing-You chicken, Dwarf chicken, Taihe silky chicken, Chongrenma chicken, Xiayan chicken,
Luyuan chicken and an introduced foreign breed, Arbor Acre broiler, were used as test populations. Three PCR-SSCP loci were
detected. Statistical results showed that frequencies of genotypes and alleles were significantly different in the test populations.
Sequence analysis revealed that C → T, G → A, and C → T transitions were responsible for the polymorphisms. Some fat-related
traits such as body weight, content of intramuscular fat (IMF) and percentage of abdominal fat (AFP) were measured in Dwarf
chickens and male Beijing-You chickens. We found out that chicken quality was significantly related to different genotypes
in these two populations.
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Translated from Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2007, 38(6): 526–532 [译自 : 畜牧兽医学报] 相似文献
8.
LIU Yong-gang XIONG Yuan-zhu DENG Chang-yan 《中国农业科学(英文版)》2006,5(9):713-717
The genetic diversity and relationships of seven Chinese indigenous pig breeds （Meishan, Erhualian, Hezuo, Bamei, Qingping, Tongcheng, and Huainan） and three exotic pig breeds （Large White, Landrace, and Duroc） were analyzed using the DNA differential display technique by means of eight primer combinations. A total of 123 reproducible bands were used to calculate mean Nei＇s gene diversity, and mean Shannon＇s information index for each pig population. Based on these the Nei＇s standard genetic identity and distance were estimated, which was used to construct a dendrogram tree for the 10 pig breeds. The experimental results obtained and the method used in this study for evaluating the genetic diversity and relationships of pigs were also discussed. 相似文献
9.
运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因-GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P＜0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。 相似文献
10.
应用MHC B-L 基因外显子2直接测序的方法,对9个地方鸡品种的遗传多样性进行研究。通过等位基因频率对各群体的遗传参数、群体间的Tajima Nei遗传距离和Maximum Likelihood遗传距离进行计算,并采用邻接法（NJ）和 Fitch Margoliash方法聚类。结果表明,导致9个地方鸡品种群体间遗传分化的主要原因为基因流,分析聚类的结果显示,不同鸡品种的分子系统发生关系与其地理分布和每个品种的育成史较一致。 相似文献
11.
[目的]系统准确地了解RN基因在外来猪种中分布,制定科学合理的嘉兴养猪业育种计划。[方法]通过PCR-RFLP技术对嘉兴地区主要外来猪种长白猪23头、杜洛克猪21头、大约克猪19头进行RN基因检测。[结果]结果表明:3个品种基因型均为rn/rn,未出现RN/rn和RN/RN型基因。[结论]该检测结果为嘉兴地区主要外来猪种资源合理开发利用提供了理论依据。 相似文献
12.
安徽淮河水系黄鳝群体遗传多样性及其遗传结构 总被引：1，自引：1，他引：1
利用线粒体Cyt b基因全序列(1138 bp)对安徽淮河水系黄鳝6个地理群体(阜南Fn、颍上Ys、平圩Pw、怀远Hy、凤阳Fy、明光Mg)165个样品进行遗传多样性和遗传结构分析。共检测到变异位点74个、单倍型25个,平均A+T含量(54.8%)显著大于G+C(45.2%)含量。平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为0.787、0.01882。各群体的遗传分化指数FST为0.01933~0.81352、基因流Nm为0.11461~26.36650,分子方差分析(AMOVA)显示44.1%的变异来自群体间,表明淮河水系黄鳝地理群体间存在较高程度的遗传分化。单倍型系统进化树和进化网络图揭示安徽淮河黄鳝6个群体的个体组成2个遗传差异明显的谱系。错配分布和中性检验结果表明安徽淮河黄鳝群体历史上较为稳定,无明显群体扩张。 相似文献
13.
猪BMP15和BMPR-IB基因的遗传变异及其与产仔性能的关系 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR-SSCP方法对莱芜猪、鲁莱黑猪、里岔黑猪、鲁烟白猪、新沂蒙黑猪5个山东地方/培育猪种和大约克夏、长白、杜洛克3个引进猪种共8个猪种481头繁殖母猪进行BMP15和BMPR-IB基因的多态性分析,并采用最小二乘法分析其对产仔数的遗传效应.结果表明:2个基因的3个位点在8个猪种的测定群体中均存在多态性,但山东地方/培育猪种与引进猪种间在基因型频率上存在较大差异;BMP15和BMPR-IB基因对产仔数性状有显著影响(P0.05).对于BMP15基因,AA基因型母猪中,引进猪种比山东地方/培育猪种母猪的总产仔数和活产仔数平均多产1.20头和1.64头(P0.05);CC基因型母猪中,引进猪种比山东地方/培育猪种母猪的总产仔数和活产仔数平均多产1.20头和0.82头(P0.05).对于BMPR-IB基因,山东地方/培育猪种内AA基因型母猪的总产仔数和活产仔数比BB基因型母猪平均多产0.49头和0.51头(P0.05);引进猪种中BB基因型母猪比AA基因型母猪总产仔数和活产仔数平均多产1.05头和0.90头(P0.05). 相似文献
14.
对中国6个山羊品种（辽宁绒山羊,内蒙古绒山羊,西藏山羊,中卫山羊,济宁青山羊和龙陵山羊）的52个样本进行mtDNA的D-Loop区的全序列测定,用来研究中国山羊品种的线粒体DNA遗传多态性及系统发育。用NJ法构建单倍型系统发育树,结果发现6个山羊品种的线粒体DNA控制区聚类后得到了4个很明显的分支,即单倍型A,B,C,D.品种间遗传结构分析发现内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊两个绒山羊品种与西藏山羊、中卫山羊3个可产绒的山羊品种聚在一起,接着与产羔皮的济宁青山羊聚在一起,最后与产肉性能强的龙陵山羊聚在一起。 相似文献
15.
Xianglong Li Zhengzhu Liu Rongyan Zhou Guiru Zheng Yuanfang Gong Lanhui Li 《Frontiers of Agriculture in China》2008,2(1):103-109
A total of 436 goat samples from twenty-six populations were scanned for single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 5′UTR of
goat MSTN gene using sequencing and the polymerase chain reaction technique combined with restriction enzyme fragment length polymorphism
(PCR-RFLP). The deletion of TTTTA found in 5′UTR of goat MSTN gene was conserved in different species and might be a unique mutation in goats. The Foreign Group and the Boer Goat backcrossed
offspring had the highest and smallest genetic diversity of this mutation respectively, and also with the smallest and highest
heterozygosity deficiency respectively. The genetic diversity of this mutation for the South Group of Chinese indigenous goat
breeds was higher than that of the North Group, and the South Group had the smaller heterozygosity deficiency than the North
Group. The estimated marginal means based on the modified population marginal mean and pairwise comparison between significant
pairs showed that there was a trend that genotype AA had a significant effect on body weight and size from birth to four-month
old (P<0.05 or P<0.01). It could be inferred that the deletion of TTTTA in 5′UTR of goat MSTN gene had a significant effect on body weight and size. 相似文献
16.
基于生物信息学的方法,以16种蚕蛾类昆虫作为研究对象,利用线粒体基因COX1的碱基序列作为分子标记对其系统发育信息进行分析。结果表明,COX1基因序列具有明显的AT偏倚性,编码氨基酸的密码子有26个具有明显的使用偏好性,种群间的校正遗传距离在0.003～0.177之间,表明蚕蛾类昆虫的亲缘关系近。利用MEGA6软件,分别采用邻接法（NJ）和最大似然法( ML)构建系统发育树,其发育树的分支明显,大部分的节点支持率都很高,进一步说明了蚕蛾类昆虫的亲缘关系较近。本研究补充了对蚕蛾类传统分类的认识,也为蚕蛾类昆虫的分类提供依据。 相似文献
17.
采用微卫星分子标记技术分析黄色(HS)、黑斑色(HB)、红纹色(HW) 3个不同体色翘嘴鳜群体的遗传多样性及遗传结构。3个不同体色群体平均观测杂合度在0.540～0.687之间;平均期望杂合度在0.562～0.631之间,各群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离、相似度、遗传分化系数、聚类树分析均显示HB与HW群体间遗传关系较近。STRUCTURE群体结构分析显示,3群体被分为2个亚群,HS群体集中在亚群I,HB、HW群体集中在亚群II。30个位点中的大多数位点偏离Hardy-Weinberg平衡,应增加选育群体的有效数量,防止种质衰退。符号检验和Wilcoxon符号秩次检验中HW群体显著或极显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,3个不同体色翘嘴鳜群体遗传多样性较高,可作为开发新体色翘嘴鳜品系的基础群体。 相似文献
18.
为研究生肌因子MyoD基因在皖南三黄鸡不同发育阶段肌肉组织中的表达水平及其与肌肉重量的相关分析。分别于胚胎发育的11胚龄、1日龄、70日龄、98日龄采集胸肌和腿肌组织,并测定1日龄、70日龄、98日龄和126日龄的胸肌重、腿肌重和体重,采用实时荧光定量PCR方法分析MyoD基因在不同阶段胸肌和腿肌中的相对表达量。结果表明,胸肌中MyoD基因随着日龄的增加其相对表达量呈降低的趋势;腿肌中MyoD基因随着日龄的增长其表达量呈先增加后降低的趋势。相关性分析表明,MyoD基因的相对表达量与胸肌重呈显著负相关。研究结果提示MyoD基因相对表达量与肌肉发育相关,为进一步研究MyoD基因对鸡肌肉发育的调控作用提供重要的参考。 相似文献
19.
以普通小麦品种济麦21为材料,根据GenBank中已发表的LOX1基因序列设计引物,利用RTPCR技术获得一个小麦LOX1的基因片段,并对该片段进行测序和生物信息学分析。结果表明:克隆到的基因片段为384bp(GenBank登录号JX126806),GC含量为64.84%,推导氨基酸残基为127个,分子质量为11.15ku,等电点(pI)为4.93,与杜伦小麦、大麦、高粱、水稻的同源性分别为99.7%、94.8%、73.7%、56.2%。进化树分析表明,六倍体普通小麦LOX1基因与杜伦小麦LOX1基因(GenBank登录号HM126468)亲缘关系较近,先聚为一支,然后再与大麦的LOX1基因(GenBank登录号L35931.1)、高粱的LOX1基因(GenBank登录号GQ369443)聚为一类,最终与亲缘关系较远的水稻LOX1基因(GenBank登录号EU267789)聚类,这与物种亲缘关系的远近基本一致,表明所得LOX1基因片段可作为研究物种亲缘关系或遗传距离的参考标记之一。 相似文献
20.
【目的】探讨COI基因作为标准DNA条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区9种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料,测定标准的DNA条形码技术的线粒体细胞色素C 氧化酶亚基I （cytochrome C oxidase subunit I,COI）,同时下载已发表的31条家鸡和原鸡及绿头鸭的COI基因序列,分析品种遗传多样性与遗传距离,构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树,界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去PCR引物序列,获得了695 bp COI基因片段。根据标准的DNA条形码序列,截取648 bp 线粒体COI基因序列进行分析。10个鸡品种203个个体共检测到110个变异位点,占分析位点的16.98%,其中90个单一位点突变,20个简约信息位点。平均核苷酸多样性为0.00394（0.00349-0.00560）,平均单倍型多样性为0.832（0.763-0.905）,其中五华三黄鸡最高,中山沙栏鸡次之,文昌鸡最低。定义了84种单倍型,单倍型1为9个地方鸡种所共享,出现频率为64次;单倍型9和5为家鸡和隐性白羽鸡共享,出现频率分别为29次和19次;每个鸡品种均有品种特异的单倍型。广西三黄鸡、五华三黄鸡与中山沙栏鸡的单倍型数最多,为13个,隐性白羽鸡与清远麻鸡的最少,为8个。不同品种的单倍型分布差异较大,如杏花鸡的单倍型主要分布在1,清远麻鸡主要分布在1和9,惠阳胡须鸡主要分布在1、5和9,隐性白羽鸡主要分布在9和79。10个鸡种品种间遗传距离范围为0.003-0.006,净遗传距离为0-0.003;鸡品种间的遗传距离一般大于鸡品种内的遗传距离;绿头鸭与鸡品种间的遗传距离大于0.2。中介网络图将84个单倍型分为3条进化枝,呈现出一定的品种特异性,如以单倍型9为起点的进化枝没有广西三黄鸡和文昌鸡分布,但另外两枝未表现出此特征;1为祖先单倍型,由此逐渐衍生出其他单倍型。邻接树显示中国家鸡与红原鸡聚为一簇,与黑尾原鸡、灰原鸡和绿原鸡分开;中国地方鸡聚为同一簇,且存在明显的交叉现象,无显著的品种特异性。【结论】COI基因可作为研究鸡品种遗传多样性的候选分子标记。仅依靠标准的DNA条形码技术无法有效区分差异外形较小的地方鸡种,需要联合多种分子标记如COI基因、细胞色素b、 AFLP指纹技术、微卫星位点LEI0258、基因组SNP和品种特异的外貌特征。 相似文献