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1.
株绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P基因克隆及蛋白序列分析 《畜牧与饲料科学》2022,43(6):1-5
[目的]克隆绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P113基因,比对、分析不同菌株P113蛋白序列,为研究绵羊肺炎支原体P113蛋白的生物学功能提供参考。[方法]设计绵羊肺炎支原体P113基因特异性引物,采用PCR方法扩增9株绵羊肺炎支原体内蒙古分离株的P113基因片段;对获得的9株绵羊肺炎支原体P113基因片段进行测序分析,将DNA序列翻译为氨基酸序列,对不同菌株的P113氨基酸序列进行比对。[结果]不同分离株P113基因片段扩增产物大小不同。氨基酸序列分析显示,C末端序列重复区域长度存在差异,以KKAEGA（S）QNQG为主要重复序列单元。不同菌株重复序列单元数量不同,NM01-MO株和CK-MO株的重复序列单元数量最多,为16个;LK-MO株重复序列单元数量最少,为3个;多数菌株之间重复序列单元数量差异较大。[结论]绵羊肺炎支原体内蒙古分离株P113氨基酸序列的C末端重复序列单元数量不同,这些不同数量的重复序列影响P113蛋白结构,进而可能影响其生物学功能。 相似文献
2.
《中国兽医学报》2016,(5):756-762
为探讨绵羊肺炎支原体贵州流行株P113蛋白基因分子特征,对Mo Y98标准株和Mo贵州流行株(GZ-CS1株、GZ-QX1株)P113基因进行克隆与测序,应用生物信息学软件对测序序列进行变异性、同源性及系统进化关系分析。结果显示,Mo贵州株(GZ-QX1、GZ-CS1)与Y98标准株P113基因全长分别为3 240、3 141和3 240bp;推导氨基酸序列比较显示Mo GZ-QX1株与Y98株高度相似,仅存在2个位点差异;GZ-CS1株与Y98株相比,P113蛋白存在27个点突变,缺失41个氨基酸;GZ-QX1株和GZ-CS1株相对Y98标准株存在第111位点突变和共同缺失19个氨基酸;Mo贵州流行株(GZ-CS1株、GZ-QX1株)与Y98标准株核苷酸同源性分别为98.4%和99.9%,贵州流行株间核苷酸同源性为98.3%;其与四川SC01株的核苷酸同源性分别为90.2%和89.1%。此外,种间比较显示Mo P113基因与猪肺炎支原体P97基因的相似性较高,同源性均大于61.7%,亲缘关系亦较近;而其与丝状支原体山羊亚种、山羊支原体山羊肺炎亚种之间的同源性较低,都在39.4%以下,其亲缘性也较远。该研究结果为深入探讨绵羊肺炎支原体的遗传变异及其生物学特性关系奠定基础。 相似文献
3.
《贵州畜牧兽医》2021,45(4)
为了解绵羊肺炎支原体(Mo)贵州株P30基因的进化情况,通过对Mo贵州分离株(GZQX、GZXS、GZHZ、GZKY)、Mo Y98标准株的P30基因进行体外扩增、克隆以及测序,并对所测序列运用生物信息学软件进行基因变异性、基因同源性以及基因进化树分析。结果:(1)基因同源性:4株Mo贵州分离株与Mo Y98标准株核酸序列相似性在94.9%～99.4%之间。其中GZQX株与标准株同源性最高,达到99.4%。Mo贵州分离株与绵羊肺炎支原体四川分离株(Mo SC01)、猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae)、絮状支原体(Mycoplasma flocculare)的P30基因同源性在70%～80%之间;与其他支原体同源性均在30.0%以下。(2)系统进化树分析显示:4株Mo贵州分离株与Mo Y98标准株的P30基因处于同一进化分支,亲缘关系最近;与牛支原体(Mycoplasma bovoculi)、鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum)亲缘关系次之;与Mo SC01、絮状支原体、猪肺炎支原体、肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae)亲缘关系最远。结论:Mo贵州株P30基因种属特异性好,种内保守,可作为基因工程疫苗的候选靶标基因。 相似文献
4.
为建立一种快速检测绵羊肺炎支原体(Mo)的检测方法,本研究根据GenBank登录的Mo Y-98株(KR021380.1)黏附素基因p113基因序列设计1对特异性引物和探针,建立了针对Mo的TaqMan荧光定量检测方法。结果显示,该方法可以特异性检测Mo,对丝状支原体山羊亚种、山羊支原体山羊肺炎亚种、莱氏无胆甾原体及羊传染性脓疱病毒(ORFV)等羊常见病原扩增结果均为阴性;该方法最低检测限为10拷贝/μL;组内和组间变异系数均小于2%;采用该方法对96份临床样品进行检测,结果 Mo的阳性率为67.7%(65/96),比常规PCR法及支原体分离鉴定法更加敏感。以上结果表明本研究建立的Mo TaqMan荧光定量PCR方法可以用于Mo的准确快速检测及羊支原体性肺炎的诊断和流行病学调查。 相似文献
5.
应用双重PCR方法检测羊支原体肺炎病原 总被引：6，自引：2，他引：4
通过对丝状支原体山羊亚种(M.mycoides subsp.capri,Mmc)特异性引物MmcF/MmcR和绵羊肺炎支原体(M.ovipneumontiae,Mo)特异性引物LmF/LmR退火温度、引物浓度比例等条件的选择,建立了一个可以同时检测Mmc和Mo的双重PCR方法。该方法可同时扩增出Mmc 195 bp和Mo 361 bp目的片段,但对其他病原菌不能扩增出任何条带,具有良好的特异性。敏感性试验表明,该方法能够分别检测出0.1ng的Mmc DNA和0.01 ng的Mo DNA,或同时检测出1ng Mmc和1ng Mo混合的DNA。用该双重PCR方法可对实验室保存的4株绵羊肺炎支原体和2株丝状支原体山羊亚种进行准确鉴定,并可从临床病料中检测出相应支原体,表明建立的双重PCR方法可用于Mmc和Mo的快速鉴定、实验室诊断和病原学调查。 相似文献
6.
广西山羊传染性胸膜肺炎病原的二重PCR快速诊断方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据绵羊肺炎支原体标准株Y98和丝状支原体山羊亚种标准株PG3的16S rRNA两端的保守区序列设计了2对引物,建立了广西山羊传染性胸膜肺炎病原的二重PCR快速检测方法.试验结果显示,所建立的二重PCR能特异地扩增绵羊肺炎支原体和丝状支原体山羊亚种的基因片段,其敏感性可达lPg,,用建立的二重PCR检测了20份临床病例肺组织,检出率为70%(14/20),其中6份扩增出丝状支原体山羊亚种的基因片段,10份扩增出绵羊肺炎支原体的基因片段,有2份同时扩增出两种支原体的基因片段.培养法检出率为40%(8/20),而这8份病料均为PCR阳性. 相似文献
7.
青海省互助某羊场藏系绵羊发生肺炎疾病,为了快速准确诊断藏羊肺炎发病的致病病原微生物,及时防控和治疗,采集病死绵羊肺样品,利用PCR分子生物学方法进行鉴定与生物信息学分析。经过分子鉴定,此羊场引发肺病的病原是绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae, MO);测序结果显示样品中鉴定的为同一株病原,鉴定的菌株的16S rRNA基因与参考序列EU265779的同源性达到99.86%。同时遗传进化树显示,鉴定的菌株与GenBank中的绵羊肺炎支原体聚成一大支,其关系最近,在进化角度证实此次鉴定的确实为绵羊肺炎支原体。结果表明,此羊场引发肺炎疾病的病原是绵羊肺炎支原体,提示要对羊群进行相关的病原学研究和流行病学调查,为针对性地对细菌性病原进行对症治疗提供参考。 相似文献
8.
9.
为建立绵羊肺炎支原体和精氨酸支原体的双重PCR检测方法,本试验分别设计了绵羊肺炎支原体和精氨酸支原体的特异性引物,优化反应条件后对其特异性和敏感性进行评价,并对40份鼻拭子进行了检测。结果显示,该方法能同时扩增出绵羊肺炎支原体545 bp和精氨酸支原体806 bp的特异性片段,而对其他病原的DNA扩增均为阴性。该双重PCR方法对绵羊肺炎支原体和精氨酸支原体的最低检测限分别为100和10 pg/μL。40份鼻拭子检测结果显示,双重PCR检测方法与分离培养法符合率高达92.5%,均能鉴定出绵羊肺炎支原体和精氨酸支原体。结果表明,本研究建立的双重PCR方法可用于绵羊肺炎支原体和精氨酸支原体的临床快速诊断。 相似文献
10.
《畜牧与兽医》2017,(11):61-68
为了分析猪源伪狂犬病病毒AH02LA株糖蛋白的基因序列特征,本研究设计了17对特异性引物,通过PCR扩增AH02LA株的11个糖蛋白基因并进行序列测定,然后将其与PRV变异株(TJ株与HeN1株)和PRV经典株(Bartha株与Kaplan株)作比对分析。结果:成功扩增了11个糖蛋白基因序列,序列比对发现,AH02LA株的gB、gD、gG、gK和gM基因与PRV变异株的同源性为100%,而与PRV经典株的同源性为98%~99%;AH02LA株的gC、gE和gI基因与PRV变异株的同源性为99%,而与经典株的同源性为95%~97%,而且AH02LA株的gB、gC、gD、gE、gI和gN基因的插入或缺失也与变异株完全一致。研究表明,AH02LA株的主要糖蛋白基因序列与变异株高度同源,该毒株是一株典型的变异株。 相似文献
11.
Hong Y García M Leiting V Bencina D Dufour-Zavala L Zavala G Kleven SH 《Avian diseases》2004,48(3):606-616
Mycoplasma synoviae is a major pathogen of chickens and turkeys, causing economic losses to the poultry industry worldwide. In this study, we validated and applied polymerase chain reaction (PCR) and DNA sequence analysis on the N-terminal end of the hemagglutinin encoding gene vlhA as an alternative for the detection and initial typing of field strains of M. synoviae in commercial poultry. PCR primers were tested against isolates of M. synoviae from various sources along with other avian mycoplasma and other bacterial species. The vlhA gene-targeted PCR assay was highly specific in the identification of M. synoviae, with a detection limit of 4.7 x 10(2) color changing units/ml. DNA sequence analysis of amplified products was also conducted to validate the potential for typing M. synoviae strains using the N-terminal region of the vlhA gene. To evaluate the test, we applied the PCR assay to tracheal swabs collected from chickens challenged with M. synoviae strain K1968 and compared the results to the serologic detection. The PCR assay was also evaluated directly on tracheal samples collected from commercial layers. Overall, this vlhA gene-targeted PCR is a useful tool for detection and initial typing of M. synoviae and can be applied in the preliminary identification of M. synoviae isolates directly from clinical samples. 相似文献
12.
LI Hao-xin YAN Hong-ya DUAN Gang XIANG Xun ZHU Qi YANG Zhi-yuan ZU Fei CHANG Hua 《中国畜牧兽医》2016,43(3):825-830
The assay was aimed to isolate Toxoplasma gondii (T.gondii) strains from stray cat in Eryuan and Nujiang of Yunnan province.The cat tissues (heart,liver,lung and brain) were digested by acid pepsin solution,intraperitoneally inoculated in Kunming mice,passaged at least 3 generations,and followed by specific PCR amplification of partial B1 gene using species-specific primers.Three T.gondii isolates were isolated from 18 stray cats,PCR result showed that we got the specific target band,and the sequence result of the specific PCR product showed that it was ribosome B1 gene sequence of T.gondii. Homology comparison analysis showed that the isolates was 100.0% homology with T.gondii B1.The method of inoculation into the mice with the tissues that was digested by acid pepsin solution was an effective way to isolate T.gondii strain from animals,and the specific PCR assay was an accurate method for the rapid identification of T.gondii. 相似文献
13.
为了分离猫源弓形虫,本试验从云南洱源、怒江两地区捕捉18只野猫,取其心脏、肝脏、肺脏、脑组织用盐酸—胃蛋白酶溶液消化处理后,腹腔接种小白鼠,将分离到的弓形虫虫株至少传3代,用特异PCR方法对所分离的虫株进行鉴定。结果表明,从18只野猫的样品中分离出3株弓形虫虫株,用特异性引物对3株虫株进行PCR鉴定,均得到弓形虫的特异性目的条带,测序结果表明所扩增出的DNA片段确为弓形虫核糖体B1基因部分序列。同源性比对分析结果显示分离株与T.gondii B1的同源性为100.0%。将动物组织用盐酸—胃蛋白酶溶液消化处理后腹腔接种小白鼠是一种分离弓形虫虫株较理想的方法,对弓形虫B1基因进行特异性扩增,可以快速地鉴定弓形虫虫株。 相似文献
14.
对自海南省、广西省发生鸡传染性支气管炎 (IB)鸡群分离的 4株 IBV分离株 (Ha N- 1/95、Ha N- 2 /95、GX- 1/98、GX- 2 /98)的主要免疫原纤突蛋白 S1基因经 RT- PCR扩增其 5′端约 1.2 kb的目的片段 ,将其插入载体 p MD 18- T中 ,在大肠杆菌中实现目的基因的克隆。对克隆的目的基因经限制性酶切分析及 PCR鉴定后 ,以双脱氧链终止法测定其核苷酸序列 ,并与 Gen Bank中的参考毒株 (H12 0、SD- 1/97和 Holte)相应序列作比较 ,分析其同源性。结果表明 ,Ha N- 1/95、Ha N- 2 /95、GX- 1/98及 SD- 1/97与疫苗株 H12 0的核苷酸序列同源性分别为 99.5 %、99.2 %、97.9%和99.5 % ,其推导氨基酸序列同源性分别为 99.1%、98.9%、96 .9%和 99.2 %。 GX- 2 /98与 Holte株的核苷酸序列同源率为 99.0 % ,其推导的氨基酸序列同源性为 98.6 % ,而与其他中国分离株的核苷酸序列的同源性仅为 70 %左右 ,氨基酸序列的同源性仅为 6 8%左右。 相似文献
15.
9株鸡毒支原体29 Ku多肽基因的克隆与序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
根据已发表的鸡毒支原体(MG)S6株29Ku多肽基因序列设计了1对引物,以9株(广西分离株5株、标准株4株)DNA为模板进行PCR扩增,均得到802bp的特异性片段,将9株MG PCR产物纯化后克隆到pMD18-T载体上,得到重组质粒.重组质粒经PCR法和EcorⅠ、SalⅠ双酶切等方法鉴定后,测定了9株29 Ku多肽基因序列,并在基因库中S6标准株的29 Ku多肽基因序列进行分析比较.结果表明,5株分离株与5株标准株29Ku多肽基因核苷酸序列同源性分别为94.4%～99.9%,推导的氨基酸同源性分别为89.7%～99.2%.从各毒株的进化分析表明,5个分离株与标准强毒株S6、A5969、K1501和PG31强毒株间遗传距离较近,而5个分离株与标准株F疫苗株间遗传距离则较远. 相似文献
16.
Dijkman R Wellenberg GJ van der Heijden HM Peerboom R Olvera A Rothkamp A Peperkamp K van Esch EJ 《Research in veterinary science》2012,93(2):589-595
In this study, 117 isolates of Haemophilus parasuis from organs and tissues from pigs showing clinical signs, were characterised and compared with 10 H. parasuis reference strains. The isolates were subjected to the 16S rRNA gene PCR and subsequently serotyped, genotyped by 60-kDa heat shock protein (Hsp60) gene sequences, the enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR and a multiplex PCR for the detection of the vtaA virulence associated trimeric autotransporter genes. Serotyping revealed the presence of 13 H. parasuis serovars. Serovars 3 and 10 were not detected, and 16 of the 117 H. parasuis isolates could not be typed by specific antisera. All isolates were positive in the 16S rRNA gene specific H. parasuis PCR. ERIC-PCR revealed a very heterogeneous pattern with 61 clusters; based on a 90% agreement. In total, 46 different Hsp60 sequence types were detected. Using 98% sequence similarity, as threshold for separation, 22 separate Hsp60 sequence clusters were distinguished. There was no correlation between H. parasuis serovars and ERIC-PCR clusters or Hsp60 sequence types, but both the ERIC-PCR and the Hsp60 sequence typing are suited as markers for H. parasuis molecular-epidemiology studies. In total, 102 H. parasuis swine isolates corresponded to the virulence associated group 1 vtaA type. The group 1 vtaA was detected in 12 different serovars. Only four of the 46 Hsp60 sequence types were not associated with the group 1 vtaA. This study shows that Dutch H. parasuis isolates from pigs with clinical signs have both a high serovar and genotypic lineage diversity. A majority of the known serovars contain the group 1 vtaA. 相似文献
17.
To confirm the pathogen of a suspected mycoplasmal pneumonia of goat in a farm of Fujian province,the pathogen in the lung tissue was isolated and purified using medium for Mycoplasma. It was identified by biochemical test and PCR method,and 16S rRNA gene of the isolate was sequenced. The results showed that the isolate colonies were like fried eggs with brown protrusion in the center,and it could ferment glucose,not hydrolyze arginine and decompose urea,meanwhile,four azole nitrogen chloride reduction reaction,cholesterol test,hemadsorption test,blood adsorption experiment and hemolysis test of isolate were all negative,however,Meilan reduction reaction was positive.The productions of PCR amplification was about 505 bp which was Acholeplasma laidlawii specific band.The result of sequence analysis indicated that there was 99.8% homology between the nucleotide sequence of 16S rRNA gene of the isolate and that of Acholeplasma laidlawii strain PG8.The identification results showed that the isolated from the lung tissue of goat was Acholeplasma laidlawii called FJ-NP strain,while futher study would be needed for the relationship between the pathogentic isolates and goat disease. 相似文献
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为明确福建省某羊场发生的疑似羊支原体性肺炎病例的病原,利用支原体培养基对发病羊肺脏组织的病原进行分离培养和纯化,通过生化试验和特异性PCR方法进行鉴定,并对分离株16S rRNA进行测序分析。结果显示,分离株菌落呈油煎蛋状,有棕黄色中心突起;能发酵葡萄糖,不能水解精氨酸,不分解尿素,氯化四氮唑还原反应、胆固醇需要试验、血细胞吸附试验及溶血试验的结果均为阴性,美兰还原反应阳性。经PCR扩增出莱氏无胆甾原体支原体（Acholeplasma laidlawii,AL）大小为505 bp的特异性目的片段,分离株16S rRNA序列与莱氏无胆甾原体标准株PG8同源性为99.8%。鉴定结果表明,本次从山羊肺脏组织分离到的支原体为莱氏无胆甾原体,命名为FJ-NP株,但该分离株与山羊发病性的关系有待进一步研究。 相似文献
19.
根据鸡白痢沙门菌与鸡伤寒沙门菌的rfbS基因在第237和第598位碱基的不同，设计和合成了等位基因特异性PCR引物，建立了快速检测鸡白痢沙门菌的PCR方法，并应用该方法对鸡白痢沙门菌临床分离样品进行了PCR鉴定。结果显示，该PCR方法能够特异性地鉴定鸡白痢沙门菌，检测灵敏度达100PgDNA。对35个经常规方法鉴定的鸡白痢沙门菌分离株应用等位基因特异性PCR方法进行鉴定，鉴定出33株鸡白痢沙门菌，符合率为94．3％。表明，建立的等位基因特异性PCR方法能够准确而快速地鉴定鸡白痢沙门菌。 相似文献