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1.
根据Genbank犬瘟热病毒(CDV)毒株序列分别设计融合蛋白F和附着蛋白H全基因的2对引物，以2个CDV扬州分离株(CDV-YZ0101、CDV-YZ0102)为模板RT-PCR扩增出H基因和F基因2个片段，将其克隆进pGEM-Teasy载体，并进行序列分析。结果表明：H基因的开放阅读框架(ORF)为1824bp，2种分离株间核苷酸和编码氨基酸同源性达98％左右，与中国长春分离株、美国、日本分离株的同源性分别为96％、93％～95％和9。％～91％。氨基酸分析显示扬州分离株与其他分离株的H蛋白有8～9个可能的天冬酰胺糖基化位点，而OP-CDV疫苗株只有4个类似位点。扬州分离株与长春分离株同属一个系，与美国、日本分离毒株以及疫苗株相比，均存在着明显的差异。F基因ORF为1989bp，不同毒株间的核苷酸及编码氨基酸差异主要表现在信号肽区域，而编码的F0前体蛋白表现出较高同源性(97％～99％)，且所有的13个半胱氨酸残基、4个可能的天冬氨酰糖基化位点和2个疏水区域均完全一致。因此CDV F与H蛋白基因相比有很高的同源性，证明中国分离株与国外参考株有差异。 相似文献
2.
【目的】对广州和东莞市宠物犬感染犬瘟热病毒(CDV)的情况进行病原鉴定和分析,为监测CDV的遗传变异情况和防治犬瘟热(CD)提供数据基础。【方法】从表现CD症状的犬只中鉴定了17份CDV阳性样本,采用RT-PCR的方法克隆得到这些野毒株的血凝素(H)基因序列,采用生物信息学方法进行序列比对分析。【结果】17株CDV的H基因核苷酸与氨基酸序列的相似性分别为97.4%～100.0%和97.5%～100.0%,与Onderstepoort、Lederle和Convac等疫苗株相比,其核苷酸与氨基酸序列相似性分别为90.3%～91.5%和89.4%～90.8%。进化树分析结果显示,17株CDV野毒株均属于AsiaⅠ型,与疫苗株的分支较远;本研究鉴定的野毒株已进化形成9个潜在的N-糖基化位点。【结论】AsiaⅠ型CDV仍为该地区的流行基因型,基因型较稳定,但与疫苗株相比形成了一定的进化距离和出现了大量的变异。因此,继续监控CDV在犬群中的进化,掌握其遗传变异状况具有重要意义。 相似文献
3.
犬瘟热病毒小熊猫株核蛋白和融合蛋白基因克隆及序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
根据GenBank中报道的CDV核苷酸序列,设计合成了2对特异性引物,对犬瘟热病毒小熊猫株(CDVLP)核蛋白(N)和融合蛋白(F)两种主要结构蛋白基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明,CDVLP株N蛋白基因全长1571bp,预测编码523个氨基酸;F蛋白基因全长1989bp,预测编码662个氨基酸,F蛋白氨基酸序列中含有5个潜在的N-联糖基化位点。聚类分析提示,CDVLP株是一株与CDV强毒株亲源关系很近的毒株。用DNAstar软件对CDVLP株和Onderstepoort弱毒株N蛋白和F蛋白进行了疏水性及抗原表位预测分析。抗原表位差异提示CDVLP毒株N和F蛋白的免疫原性可能要优于Onderstepoort弱毒株。在分子水平上阐明了CDVLP株的N和F蛋白基因更适合作为构建基因疫苗和重组活载体疫苗的目的基因。 相似文献
4.
犬瘟热病毒水貂分离株H基因的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以犬瘟热病毒水貂分离株的RNA为模板,对分离株的H基因进行RT-PCR扩增,扩增产物纯化后与pMD-18T Sim-pie Vector连接,成功地构建了克隆质粒pMD-18T-CDVH.序列分析表明,分离株H基因由1 596 bp组成,编码532个氨基酸,含有5个潜在的N-联糖基化位点,12个半胱氨酸残基.与已发表的24株CDV毒株进行同源性比较,核苷酸序列同源性在90.7%～98.6%之间:推导的氨基酸序列同源性在89.9%～97.O%之间.与Onderstepoort、Convac、Hamatsu,A75/17、TN株相比,根据推导的氨基酸序列比较分析表明,N-联糖基化位点的数目与位置均存在差别.聚类分析结果表明分离株与Snyder Hill毒株的亲缘关系最近,二者与疫苗株Onderstepoort和Convac具有较高的同源性,组成一组,而与标准野毒强毒株Hamatsu的亲缘关系较远. 个半胱氨酸残基.与已发表的24株CDV毒株进行同源性比较,核苷酸序列同源性在90.7%～98.6%之间:推导的氨基酸序列同源性在89.9%～97.0%之间.与Onderstepoort、Convac、Hamatsu,A 5/17、TN株相比,根据推导的氨基酸序列比较分析表明,N-联糖基化位点的数目与位置均存在差别.聚类分析结果表明分离株与Snyder Hill毒株的亲缘关系最近,二者与疫苗株Onderstepoort和Convac具有较高的 相似文献
5.
为研究鼬科动物犬瘟热病毒(CDV)毒株的变异特性,对来自不同地区的貉、狐、貂的5个CDV分离株(其中HD-m、LN-m为貂源,HTp-r、THD1-r为貉源,HB-f为狐源)和1个CDV国内弱毒疫苗株(vCh)的N基因和部分H基因进行了核苷酸测序,并构建系统发生树.结果表明,5个分离株之间H基因核苷酸序列同源性均达到97.5%以上,而N基因为94.5%～99.8%.vCh与5个分离株的H基因和N基因核苷酸序列同源性普遍较低(H基因:90.5%～91.8%;N基因:90.9%～93.5%),而与国外疫苗株vCon和vOnder的H基因核苷酸同源性达96.8%和97.2%.分离株之间H蛋白氨基酸同源性差别不大(97.1%～100%),而N蛋白氨基酸同源性差别较大(91.6%～100%).5个CDV分离株与vCh疫苗株H蛋白和N蛋白同源性均普遍较低,H蛋白为89.7%～91.8%,N蛋白为92.8%～96.8%.vCh与vOnder、vCon有很高的同源性,其H蛋白氨基酸同源性分别为97.1%和95.6%,vCh与vOnder N蛋白氨基酸同源性达97.3%.结果显示,最近犬瘟热的流行和免疫失败现象的发生与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关. 相似文献
6.
犬瘟热病毒扬州分离株融合蛋白F和附着蛋白H基因的序列分析 总被引：2，自引：2，他引：2
根据Genbank犬瘟热病毒(CDV)毒株序列分别设计融合蛋白F和附着蛋白H全基因的2对引物,以2个CDV扬州分离株(CDV-YZ0101、CDV-YZ0102)为模板RT-PCR扩增出H基因和F基因2个片段,将其克隆进pGEM-Teasy载体,并进行序列分析.结果表明H基因的开放阅读框架(ORF)为1 824 bp,2种分离株间核苷酸和编码氨基酸同源性达98%左右,与中国长春分离株、美国、日本分离株的同源性分别为96%、93%～95%和90%～91%.氨基酸分析显示扬州分离株与其他分离株的H蛋白有8～9个可能的天冬酰胺糖基化位点,而OP-CDV疫苗株只有4个类似位点.扬州分离株与长春分离株同属一个系,与美国、日本分离毒株以及疫苗株相比,均存在着明显的差异.F基因ORF为1 989 bp,不同毒株间的核苷酸及编码氨基酸差异主要表现在信号肽区域,而编码的F0前体蛋白表现出较高同源性(97%～99%),且所有的13个半胱氨酸残基、4个可能的天冬氨酰糖基化位点和2个疏水区域均完全一致.因此CDV F与H蛋白基因相比有很高的同源性,证明中国分离株与国外参考株有差异. 相似文献
7.
貂、狐、貉源犬瘟热病毒分离株H和N基因的遗传多样性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为研究鼬科动物犬瘟热病毒(CDV)毒株的变异特性,对来自不同地区的貉、狐、貂的5个CDV分离株(其中HD-m、LN-m为貂源,HTp-r、THD1-r为貉源,HB-f为狐源)和1个CDV国内弱毒疫苗株(vCh)的N基因和部分H基因进行了核苷酸测序,并构建系统发生树.结果表明,5个分离株之间H基因核苷酸序列同源性均达到97.5%以上,而N基因为94.5%～99.8%.vCh与5个分离株的H基因和N基因核苷酸序列同源性普遍较低(H基因:90.5%～91.8%;N基因:90.9%～93.5%),而与国外疫苗株vCon和vOnder的H基因核苷酸同源性达96.8%和97.2%.分离株之间H蛋白氨基酸同源性差别不大(97.1%～100%),而N蛋白氨基酸同源性差别较大(91.6%～100%).5个CDV分离株与vCh疫苗株H蛋白和N蛋白同源性均普遍较低,H蛋白为89.7%～91.8%,N蛋白为92.8%～96.8%.vCh与vOnder、vCon有很高的同源性,其H蛋白氨基酸同源性分别为97.1%和95.6%,vCh与vOnder N蛋白氨基酸同源性达97.3%.结果显示,最近犬瘟热的流行和免疫失败现象的发生与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关. 相似文献
8.
根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)核蛋白(N)蛋白基因序列,设计合成了1对寡聚核苷酸引物,提取犬瘟热病毒疫苗株CDV3的RNA为模板,采用RT-PCR扩增病毒的N蛋白基因,并进行产物克隆和序列分析。将CDV3疫苗株N基因与GenBank数据库中的疫苗株Onderstepoort及中国、美国和德国等分离的疫苗株或毒株共14株CDV N基因序列进行同源性分析,发现CDV3 N基因序列与疫苗株Onderstepoort的同源性为97.1%,与其他分离毒株的核苷酸同源性为92.8%～94.0%,其中与中国分离的TN株同源性为93.6%;然而,CDV3 N蛋白与它们的氨基酸同源性却基本都为96.6%～97.3%。这说明虽然犬瘟热弱毒株CDV3在核苷酸水平上与其他疫苗株毒株的差异较大,但是在氨基酸水平上的比较差异较小。 相似文献
9.
貂、貉源犬瘟热病毒流行毒株H基因的克隆及遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为研究鼬科动物犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)毒株的变异特性,对分离自不同地区貉、貂的5个CDV毒株和1个CDV国内弱毒疫苗株(vacChina)的H基因进行了核苷酸测序,并与12个参考毒株构建系统发生树。结果表明:5个流行毒株之间H基因核苷酸序列同源性均达到97.5%以上,vacChina与5个流行毒株的H基因核苷酸序列同源性普遍较低(90.5%～91.8%),而与国外疫苗株Convac和Onderstepoort的H基因核苷酸同源性达96.8%和97.2%。流行毒株之间H蛋白氨基酸同源性差别不大(97.1%～100.0%),流行毒株与vacChina疫苗株H蛋白氨基酸同源性普遍较低(89.7%～91.8%),vacChina与Onderstepoort、Convac有着很高的同源性,其H蛋白氨基酸同源性分别为97.1%、95.6%。结果分析显示,CDV的流行和免疫失败现象的发生与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关。 相似文献
10.
为分析从不同地区分离的犬瘟热病毒(CDV)毒株的抗原性差异,对5个CDV分离株和1个CDV弱毒疫苗株的N蛋白基因进行了核苷酸测序,并与11个参考毒株进行了比较。结果表明,5个分离株之间核苷酸序列同源性达94.5%-99.8%。China(国内疫苗株)与分离株的核苷酸序列同源性普遍较低(90.9%-93.5%)。分离株之间氨基酸序列同源性差别大(87.9%-100%),其中,HT-P与THD1的氨基酸序列同源性为100%;而与China疫苗株氨基酸同源性普遍较低,为89.7%-91.8%。China疫苗株与Onderstepoort有着很高的同源性,同源性比例分别为97.1%。分析结果显示,最近CDV的流行和免疫失败现象发生,与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关。 相似文献
11.
采用Vero细胞从甘肃2008-2009年疑似犬瘟热感染病犬体内分离到8株病毒,通过RT-PCR方法扩增M蛋白基因初步鉴定所获得毒株均为犬瘟热病毒(CDV)。进一步通过RT-PCR方法扩增分离株的N蛋白基因,并进行序列分析。结果表明,8株分离株均为CDV,它们之间N蛋白基因的核苷酸同源性和推定的氨基酸同源性分别为98.4%~99.7%、98.3%~99.6%;8株CDV分离株的N蛋白基因和TN、A75/17相应序列的核苷酸同源性分别为98.5%~99.5%、97.0%~98.0%,推定的氨基酸同源性分别为98.3%~99.2%、98.7%~99.8%;8株CDV分离株N蛋白基因和疫苗株(Onderstepoort和Snyder Hill)的相应序列的核苷酸同源性和推定的氨基酸同源性分别为93.0%~94.0%、96.8%~98.3%。根据N蛋白基因所建立的遗传系统发育树可知这8株CDV分离株与TN的亲缘关系较近,而与疫苗株处于不同的分支上。说明从甘肃分离的CDV野毒株和TN由同一毒株演化而来,与疫苗株亲缘关系较远。 相似文献
12.
【目的】探索犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)基因的遗传变异情况,为CDV的防控提供理论依据。【方法】收集2014-2015年流行于上海和安徽两地的CDV野毒株,用RT-PCR方法克隆其血球凝集素蛋白基因(H),从分子水平上讨论CDV H基因的流行规律、遗传进化特性和变异情况。【结果】分离的5株CDV之间H基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.5%~99.9%和97.5%~99.2%,其与CDV疫苗株CDV3和Onderstepoort H基因核苷酸的同源性为90.9%~99.9%,氨基酸的同源性为90.4%~99.6%。进化树分析结果表明,分离到的5株CDV野毒株均属于亚洲Ⅰ型,与大部分的亚洲Ⅰ型处于同一分支。CDV H基因有9处潜在的天冬氨酸糖基化位点;H基因整体的同义突变概率与非同义突变概率的比例,即ds/dn=5.887 0。【结论】选择压力并未作用于分离到的CDV毒株,而是在中性选择作用下进化的。 相似文献
13.
狐貉源犬瘟热病毒融合蛋白基因的同源性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
2004—2006年,从黑龙江省和内蒙等地发病饲养狐、貉中分离获得6株犬瘟热病毒(CDV),分别命名为MS01、SC01、ZD01、GN01、HL01、NM01分离株。根据Genbank上发表的的CDV F基因序列设计了1对特异性引物,应用RT-PCR方法分别对6个分离株F基因进行克隆、测序,并推导其氨基酸序列,绘制出F基因的遗传进化树。结果表明:6个CDV分离株F基因的开放阅读框架(ORF)均为1 989 bp,编码663个氨基酸,蛋白结构中的13个Cys残基位点和4个潜在的糖基化位点均高度保守,其裂解位点的氨基酸序列为220R-R-Q-R-224R。遗传进化分析表明:6个分离株与CDV代表强毒株A75/17属于同一谱系,均为强毒株。其中,HL01株与海豹瘟热病毒2型(PDV-2)亲缘关系较近,与其它5个分离株关系相对较远。 相似文献
14.
[目的]了解广西马流感病毒(Equine influenza virus,EIV)的分子流行病学特征并揭示其遗传变化规律,为其疫苗候选毒株的筛选及有效防控马流感疫情奠定基础.[方法]采用RT-PCR对广西EIV分离株(A/Equine/Guangxi/1/09,简称GX09株)进行NA基因扩增,经克隆测序及序列比对分析,绘制遗传进化树.[结果]GX09株NA基因全长1420 bp,其开放阅读框(ORF)为1413 bp,编码470个氨基酸,包含7个糖基化位点及17个半胱氨酸(Cys)残基.GX09株与参考毒株的NA基因核苷酸同源性为74.7％～99.5％,其推导氨基酸同源性为80.4％～99.4％;与Gansu08株、Heilongjiang08株、Inner mongolia08株及Liaoning08株的核苷酸及其推导氨基酸同源性最高,分别为99.5％和99.4％;与1989年在我国吉林分离获得毒株(Jilin89)的同源性最低,对应的核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为74.7％和80.4％.从遗传进化树可以看出,GX09株与最近几年国内外分离获得的毒株亲缘关系较近,且同属于美洲型分支.[结论]目前广西流行的EIV与国内外的流行毒株一致. 相似文献
15.
为获得番鸭小鹅瘟病毒弱毒株(MDGPV-D)非结构蛋白NS基因的相关信息,根据已发表的MDGPV-PT株全基因序列,应用DNAStar分子生物学软件设计1对引物,采用高保真PCR技术扩增MDGPV-D株NS全基因序列。对番鸭小鹅瘟病毒疫苗弱毒D株(MDGPV-D)NS基因进行克隆、测序,并利用生物信息学技术分析MDGPV-D株NS蛋白的同源性、遗传衍化、N-糖基化位点、磷酸化位点、B细胞抗原表位、T细胞抗原表位及其二级结构。结果表明,D株NS全基因大小为1 884bp,编码627个氨基酸(GenBank登录号:JF926696),与MDPV NS基因的亲缘性最近核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为97.9%～98.6%,97.6%～98.2%;MDGPV-D株NS蛋白具有3个潜在的N-糖基化位点和27个磷酸化位点,可能存在11个B细胞抗原表位,13个CD8+CTL表位,10个CD4+Th抗原表位;二级结构分析显示,α螺旋和无规则卷曲含量高,分别为40.67%、41.15%,而β转角仅占4.63%。与亲本强毒PT株相比,弱毒D株的NS蛋白存在2个定点突变,分别位于核苷三磷酸区域(第338位氨基酸)与CD4+Th抗原表位(第225位氨基酸)。 相似文献
16.
参照已发表的犬瘟热病毒(CDV)核蛋白基因(N)序列设计合成了1对引物,用RT-PCR方法对从发病狐、貉中分离的MS01、SC01、ZD01三株CDV的N基因进行扩增,并分别将其PCR产物进行克隆和测序。测序结果表明:3病毒分离株N基因阅读框架全长均为1572bp,编码523个氨基酸。利用DNAstar的MegAlign生物软件,将3病毒分离株与Genbank数据库中现有的CDV毒株的N基因序列及推导出的氨基酸序列进行了同源性比较和系统进化树分析,结果发现:3病毒分离株与强毒参考株A75/17等野毒株高度同源,核苷酸同源为96.2%～99.1%,氨基酸同源为96.0%～99.8%,而与疫苗株Onderstepoor相对较远,核苷酸同源为93.6%～94.0%。N基因的系统进化关系分析显示:3病毒分离株均归为强毒株,并且与中国新疆的TN株、中国台湾的Kaohsiung株基因型最近,表现出一定的地理位置相关性。 相似文献
17.
为分析流行于信鸽群中新城疫病毒致病株P/Anhui/1/09的分子遗传特性及其囊膜糖蛋白的差异性,采用RT-PCR法扩增其F和HN基因开放阅读框(ORF),并与已公布的主要代表性毒株序列进行遗传进化分析及615个全长F基因和480个全长HN基因推导氨基酸序列比对分析,同时对P/Anhui/1/09株进行型内遗传关系分析。结果显示:P/Anhui/1/09株F和HN基因开放阅读框长度分别为1 662 bp和1 716 bp,GenBank登录号分别为JQ290284和JQ305097,其F基因与NDV05-029、PG/CH/JS/1/06、CH/98-1鸽源毒株亲缘关系最近,同源率在98.2%～99.5%,同属基因VIb亚型,但与传统疫苗株LaSota、V4、B1和Mukteswar的遗传距离较远,同源率仅在84%～86.3%。HN基因ORF进化树分支拓扑结构与F基因相似。型内遗传关系分析显示,VIb亚型可进一步为VIb1～VIb5 5个进化分支,其中我国分离株都位于VIb1和VIb4进化分支中。氨基酸序列比对及糖基化位点分析显示,P/Anhui/1/09的F蛋白裂解位点氨基酸序列为112K-R-Q-K-R-F117,与NDV强毒株分子特征相符,并发现在七肽重复区旁497位新增一个潜在N-糖基化位点,除2个基因III型日本分离株(Miyadera和MIY/51)外,所有含497位新增糖基化位点的毒株都位于VIb1分支。包含P/Anhui/1/09株在内的大部分鸽源毒株在F蛋白aa132S(融合肽区)、aa259H和HN蛋白aa3H(胞质区)、aa122R、aa347G、aa349E存在一定特征性。 相似文献
18.
首次对犬冠状病毒(CCV)V1株纤突蛋白(S)基因进行了克隆和测序。根据GenBank中报道的CCV V54株S基因序列，设计了一对特异性引物，对CCV V1野毒株S基因进行了RT-PCR扩增。将扩增得到的PCR产物纯化后克隆到pGEM-T中得到重组质粒pTS，用于序列测定。结果该基因全长4362bp，编码1453个氨基酸，N端前18个氨基酸为推测的信号肽序列，后1435个氨基酸构成成熟蛋白。将V1株S全基因与GenBank中已发表的6个CCV毒株S基因进行了比较，结果核苷酸序列同源性在91．0％～99．0％之间；推导的氨基酸序列同源性在93．0％～99．0％之间；同时发现CCV变异区主要集中在S基因前1／2处，其中350-370、439-478、1718-1818三个区域碱基变异较大，而1060-1700区碱基却十分保守。基于S全基因聚类分析结果表明，S基因分型结果与CCV毒力强弱并不一致；V1野毒株推导的S蛋白潜在的N-联糖基化位点与CCV V54强毒相同，均为34个，比Insavc-1弱毒多一个；其中第566-568位糖基化位点是多数强毒拥有而弱毒Insavc-1没有的。推导的V1株S蛋白疏水性及抗原表位与Insavc-1株有一定的差异，这些差别对病毒致病性和免疫原性等影响需进一步的研究。 相似文献
19.
该研究经全自动序列测定,获得了新城疫病毒中国株Ｆ４８Ｅ９融合蛋白（Ｆ）基因１８３８ｂｐ的ｃＤＮＡ核苷酸序列,并推导出编码５４９个残基的氨基酸序列。序列分析表明,该序列中有６个潜在的糖基化位点,１３个半胱氨酸残基,裂争位点区氨基酸序列为Ａｒｇ－Ａｒｇ－Ｇｌｎ－Ａｒｇ－Ａｒｇ－Ｐｈｅ。同源性分析表明,新城疫病毒中国株Ｆ４８Ｅ９融合蛋白（Ｆ）氨基酸序列与国外发表的其他新城疫病毒株Ｆ蛋白相比,同源性在９６．１７％～９２．１６％之间。 相似文献
20.
以分离的犬瘟热病毒（CDV）株感染Vero细胞后提取病毒RNA，经反转录后，用犬瘟热病毒的1对引物扩增出融合蛋白融合区的基因片断。经序列分析显示：分离株CDV－YZ－0101与CDV－YZ－0103在核苷酸和氨基酸水平上同源性一致，与CDV－YZ－0102、CDV－A75／17、CDV－ONPPDV2、PDV1在核苷酸和氮基酸水平上的同源性分别为99.6%、97.9%、92.9％、98.9%、76.2%、93.3%和98.9%、97.9%、98.9%、83.0%、97.9%，表明分离株和相关毒株的融合区基因存在差别。 相似文献