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1.
猪背最长肌与腰大肌microRNA表达谱分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为研究microRNA在猪肌肉生长发育中的作用。【方法】采用Illumina高通量测序技术对猪背最长肌和腰大肌的microRNA转录组进行测定,并鉴定差异表达的microRNA。【结果】在猪背最长肌和腰大肌文库中分别产生了15.22M和17.52M的序列;两个文库共检测到的695个microRNA,其中有363个共表达、193个差异极显著(P<0.01)。【结论】说明microRNA在不同骨骼肌类型中存在差异表达。 相似文献
2.
1月龄五指山猪与长白猪骨骼肌miRNA转录组比较 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究microRNA(miRNA)在五指山猪和长白猪肌肉生长发育中的差异和探究差异miRNA对骨骼肌发育转录后调控的影响,以1月龄的五指山猪和长白猪背最长肌为材料,通过转录组测序和生物信息学分析筛选与骨骼肌发育相关的差异miRNA。结果显示,从2个文库中共鉴定获得318种己知的猪miRNA,五指山猪和长白猪分别鉴定出312个和306个已知miRNA,同时分别发现了83个和88个新的miRNA。获得17个差异显著的miRNA,其中16个miRNA表达上调,1个miRNA表达下调。靶基因预测和生物学功能预测发现17个差异miRNA,共预测到535个靶基因,靶向作用于mTOR信号通路和肌动蛋白细胞骨架调控的ssc-miR-486,ssc-miR-204,ssc-miR-338和ssc-miR-885-3p 4个miRNA可能参与骨骼肌生长发育过程。 相似文献
3.
【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和59 244 502,其中有效序列达到94.4%,94.3%和94.2%;大约克猪3个样本得到的总序列数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中有效序列达到93.8%,93.7%和93.8%。测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。差异表达分析结果显示,共筛选到347个差异表达基因,其中包含94个上调基因,253个下调基因。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在与糖酵解代谢和肌肉发育相关的生物学过程中以及与脂肪酸代谢和生长性状、胴体性状相关的信号通路上。【结论】获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因。 相似文献
4.
《西南农业学报》2018,(11)
【目的】通过small RNA高通量测序技术,筛选绵羔羊和成年母羊差异表达miRNA,进一步挖掘和鉴定与卵泡发育相关的相关基因,揭示其性状差异的信号通路及分子调控网络。【方法】以绵羔羊和成年母羊颗粒细胞为研究对象,应用高通量测序技术进行small RNA文库构建,获得miRNA表达谱,鉴定差异表达miRNA,进而对这些差异表达miRNA及其靶基因进行功能注释、聚类分析及通路富集等。【结果】从2个样本miRNA库鉴定出238个已知miRNAs和79个新miRNAs。共获得9个差异miRNA,与成年羊相比,羔羊有4个miRNA上调,5个下调。其中,oar-miR-106a上调倍数最大(1. 85),oar-miR-10a下调最为显著(-2. 20)。对差异miRNAs进行GO富集和KEGG通路富集分析表明,新陈代谢途径富集的基因最多。利用qRT-PCR对5个随机挑选的miRNA进行验证,结果与测序数据一致,说明测序结果可靠。【结论】miRNAs可能在激素处理后对绵羊生殖生理中起着重要的作用,包括卵泡和卵母细胞的发育,颗粒细胞的增殖等。 相似文献
5.
【目的】鉴定感染鸡白痢沙门氏菌后雏鸡脾脏差异表达的miRNA，为阐明miRNA在鸡白痢沙门氏菌感染中的调控机制提供理论基础。【方法】采集感染和未感染鸡白痢沙门氏菌的SPF雏鸡脾脏，提取脾脏RNA，构建6个miRNA文库；利用Illumina Hiseq 2500测序技术和生物信息学分析筛选差异表达miRNA，通过TargetScan和miRanda算法预测差异表达miRNA的靶基因，并进行GO功能富集和KEGG通路富集分析，最后利用RT-qPCR方法验证测序结果。【结果】鉴定到29个差异表达miRNAs，其中15个显著上调、14个显著下调。GO分析表明：脂多糖介导的信号通路正调控以及NIK/NF-κB介导的信号通路负调控等免疫相关生物学过程显著富集；KEGG分析显示：差异表达的miRNA主要参与溶酶体和内吞作用等免疫相关通路。高通量测序结果与RT-qPCR结果一致。【结论】成功鉴定到鸡白痢沙门氏菌感染雏鸡脾脏miRNA表达谱，获得29个鸡白痢沙门氏菌感染潜在相关miRNAs。 相似文献
6.
【目的】 运用现代分子生物学及高通量测序技术,研究不同品种玉米雄穗花器官分化期响应干旱胁迫的差异miRNA和其靶基因,挖掘和鉴定与玉米发育相关的基因,分析其性状差异的信号通路及分子调控网络。【方法】 以耐旱自交系"PHBA6"和干旱敏感自交系“吉63”为研究对象,应用深度测序技术进行miRNA文库构建,鉴定其差异表达的 miRNA,对差异表达mi RNA及其靶基因进行功能注释、聚类分析及通路富集。【结果】 鉴定了总共337种前体miRNA,其中包含289种已知的miRNA和48种新的miRNA。在3个文库,两个分组中共有155种差异表达miRNA。基于GO功能分类及遗传和基因组(KEGG)的功能富集显示,这些miRNA可能通过靶向一系列与胁迫相关的基因而在干旱胁迫中发挥作用。至少55个预测的靶基因进一步被60个miRNA调控。NAC,MYB和MAPK基因家族在干旱胁迫下评分最高,在植物抗旱中重要作用。一系列miRNA与这些排名靠前的基因相关,包括miR164、miR172、miR1520、miR6158、ghr-n24、ghr-n56等。【结论】 miRNAs可能在玉米雄穗花器官分化期耐旱中发挥重要作用,miRNAs的筛选为分子辅助育种和转基因育种将提供新的靶标。 相似文献
7.
【目的】 研究miRNA在不同羊毛弯曲中国美利奴羊皮肤组织中的表达差异及其可能参与的调控通路,筛选出与中国美利奴羊羊毛弯曲相关的miRNA,为进一步探究细毛羊羊毛弯曲性状的调控机理提供理论依据。【方法】 运用高通量测序技术对羊毛弯曲频率有极端差异表型值(大弯曲组与小弯曲组)细毛羊个体皮肤的miRNA组进行测序与比较分析。【结果】 共鉴定出425个miRNAs,其中包括143个已知miRNAs和282个新发现的miRNAs。在大弯曲组与小弯曲组共筛选到8个上调和17个下调的miRNAs。对差异miRNA的预测靶基因进行简单的Gene Ontology与KEGG Pathway富集分析。差异表达的miRNA的靶基因主要参与跨膜信号受体活动、信号转导活动、分子转导活动、膜的组成等过程。15 761个靶基因注释到252个信号通路。【结论】 筛选出了25个与细毛羊羊毛弯曲性状相关的候选miRNAs。 相似文献
8.
【目的】旨在鉴定家兔肌肉组织中的保守miRNA，获取其表达谱并分析其进化特征，进而为研究保守性miRNA在家兔生长发育过程中的生物学功能提供理论依据。【方法】采用Solexa技术对家兔背最长肌组织中miRNA进行了测序和分析。【结果】通过序列比对鉴定出521个保守的miRNA序列，分属于238个不同的家族。其中miR-1、miR-133、miR-206和miR-499等肌肉特异性表达的miRNA在肌肉中均有表达，且除miR-499外的其它3个miRNA在所测定样本中均高表达。10个动物保守性miRNA家族在S86专门化父系肌肉基因组中出现了丢失。靶基因显著富集于13条信号通路，其中Focal adhesion和PI3K-Akt信号通路与肌肉发育密切相关。【结论】研究鉴定的影响肌肉发育的miRNA及其靶基因富集通路，将有助于家兔生长调控机制的研究，加快可用于标记辅助选择的分子标记的开发。 相似文献
9.
【目的】研究内蒙古绒山羊背最长肌、臂三头肌和臀肌的蛋白差异表达谱。【方法】以3只在相同背景下饲养的绒山羊成年母羊为研究对象,屠宰后取背最长肌、臂三头肌和臀肌3个部位骨骼肌,采用差异双向电泳方法建立蛋白质谱,找出17个差异表达蛋白点,并进行质谱分析。【结果】成功鉴定并匹配到15个差异表达蛋白,其中9个与山羊肌肉发育相关。背最长肌中发现的位于FGF2反义链的蛋白的功能主要是独立控制FGF2的表达,同时具有激素调节和抗增殖的作用;背最长肌和臂三头肌中发现的轻链肌球蛋白(MyLC)家族成员,其类型在2种肌肉组织中不同,功能是控制肌肉收缩。背最长肌和臂三头肌中的MyLC蛋白分子质量存在差异。【结论】建立了绒山羊骨骼肌差异蛋白谱,挖掘到了与肉质相关的蛋白,其主要为控制肌肉收缩的结构蛋白。 相似文献
10.
《中国农业科学》2020,(8)
【目的】miRNA作为一类非编码RNA,广泛参与机体多种生命活动,研究旨在挖掘miRNA在藏黄牛和宣汉黄牛心脏组织中的差异miRNA,为进一步研究藏黄牛低氧适应的分子机制提供基础数据。【方法】随机选取健康的藏黄牛和宣汉黄牛各3头,迅速采集其心脏组织,使用Trizol法提取RNA,琼脂糖凝胶电泳切胶选取18—30nt的片段,连接3'端和5'端,反转录后进行扩增,凝胶电泳切胶纯化后建立藏黄牛和黄牛各3个文库,利用Illumina HiSeq4000测序平台进行高通量测序;将测序得到的序列进行过滤,比对GenBank和Rfam数据库,筛选出藏黄牛和宣汉黄牛的差异miRNA,进行功能注释及信号通路富集分析;随机选择8个miRNAs,利用实时荧光定量PCR检测其在心脏组织的表达量,以验证测序数据的准确性。【结果】藏黄牛和宣汉黄牛心脏组织的高质量读值的序列分别为17 463 446条和13 662 812条,干净读值为16 552 296条和12 055 304条,且在藏黄牛和宣汉黄牛中高质量核酸序列长度富集最多的均是21nt,分别为37.5%和32.1%;且共筛选出219个差异miRNAs,其中48个显著上调,171个显著下调;GO功能注释得到差异miRNA靶基因分子功能中显著富集的条目有22条,如,GO:0005488(结合)、GO:0005515(蛋白质结合)和GO:0043167(离子结合);细胞组分中显著富集的条目有20条,如,GO:0005623(细胞)、GO:0044464(细胞组分)和GO:0005622(细胞内);生物过程中显著富集的条目有13条,如,GO:0035556(细胞内信号转导)、GO:0032774(RNA生物合成过程)和GO:0006351(转录,DNA模板化),KEGG信号通路分析得到差异表达miRNAs靶基因显著富集到胰岛素信号通路(139个靶基因)、mTOR信号通路(38个靶基因)和HIF-1信号通路(92个靶基因)等232个信号通路中,其中有12个靶基因共同作用于这3个信号通路,说明miRNAs可能通过这3个信号通路,共同参与藏黄牛低氧适应性的调控;随机选取8个miRNAs进行荧光定量验证,其表达趋势与测序结果表达趋势基本一致,表明高通量测序数据可信度较高。【结论】得到了miRNA在藏黄牛与宣汉黄牛心脏组织中的表达谱,为揭示藏黄牛低氧适应性的调控机制研究奠定了基础。 相似文献
11.
以3个日龄的5个品系F、D、Y、S、B优质肉鸡为试验对象,采用组织化学切片染色技术进行组织学观察,探讨优质鸡肌纤维的发育规律及其对肉品质的影响.结果表明,随着日龄的增加鸡肌纤维的发育呈明显变化.70-90日龄的肌纤维面积的生长强度小于90-120日龄,而肌纤维密度70-90日龄的生长强度大于90-120日龄.同一生长阶段不同品系间肌纤维的生长强度也明显不同,生长较快的D系肌纤维生长强度最大.相关分析表明,肌纤维面积与肌纤维密度呈极显著负相关(P<0.01),与硫胺素含量呈显著正相关(P<0.05),与嫩度、肉色、肌内脂肪含量、肌苷酸含量呈正相关,但相关性不显著(P>0.05).可见,肌纤维的生长发育对肌肉的干物质、肌内脂肪等肉质性状及硫胺素、肌苷酸等风味物质的产生有利. 相似文献
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13.
旨在筛选影响静原鸡胸肌与腿肌中肌苷酸(Inosine monphosphate，IMP)特异性沉积相关关键差异蛋白。基于课题组前期利用高效液相色谱法测定IMP和肌苷含量，并且采用液相色谱-质谱(LC-MS/MS)技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行蛋白质组测序，本研究运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对相关基因进行表达量分析，并利用蛋白质组测序数据筛选出IMP合成相关关键差异表达蛋白，对其进行生物信息学分析，以及差异表达蛋白对应基因与IMP相关性分析。结果表明: 1)差异蛋白对应基因表达量与蛋白质组测序数据结果一致。2)通过KEGG通路富集分析发现，嘌呤代谢通路中筛选出差异表达蛋白PKM2和PGM1。3)同时对差异表达蛋白PKM2和PGM1参与的GO功能富集分析显示，PKM2主要参与ADP产生ATP、嘌呤核苷代谢和糖酵解等生物学过程，细胞内的细胞器和细胞质等细胞组分，镁离子结合、丙酮酸激酶活性和磷酸转移酶活性等分子功能；PGM1参与碳水化合物代谢和有机物代谢等生物学过程，其分子功能涉及镁离子结合和异构酶活性等。4)蛋白网络互作分析进一步发现，PKM2与ENO4、GAPDH等11个蛋白相互作用，PGM1与PGM2、TKT等10个蛋白相互作用。5)PKM2和PGM1与静原鸡胸肌和腿肌IMP的相关性分析显示，胸肌PKM2 mRNA表达量与IMP含量呈负相关性(r=-0.171 0)，但腿肌PKM2 mRNA表达量与IMP含量呈极显著正相关(r=0.735 0)(P<0.01)；胸肌和腿肌PGM1 mRNA表达量与IMP含量均呈极显著负相关(r=-0.536 2和-0.512 5)(P<0.01)。本研究为提高静原鸡肉风味，促进地方品种资源的开发利用提供科学依据。 相似文献
14.
【目的】研究日粮中添加共轭亚油酸（Conjugated linoleic acid,CLA）对肉仔鸡胸肌和腿肌脂质过氧化状态的影响及原因。【方法】将96只1日龄AA（Arbor Acre）雄性肉仔鸡用玉米豆粕日粮饲喂至3周龄,在3周龄末,将其随机分为对照组和CLA组,分别饲喂基础日粮和CLA日粮,每处理8个重复,每重复6只鸡。42日龄时屠宰,剥离胸肌和腿肌,检测其中的脂肪酸组成和脂质过氧化相关指标。【结果】日粮中添加CLA降低了肉仔鸡胸肌和腿肌的丙二醛（MDA）(P＜0.01)和活性氧含量(P＜0.05)。2组肉仔鸡腿肌和胸肌中各种抗氧化酶活性无显著差异 (P＞0.05)。与对照组相比,CLA组肉仔鸡胸肌和腿肌的谷胱甘肽含量分别提高了21.89％和21.56%(P＜0.01),γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶的活性分别提高了28.57％和25.80%(P＜0.01)。日粮中添加CLA提高了肉仔鸡胸肌和腿肌总CLA(P＜0.01)及饱和脂肪酸（SFA）含量(P＜0.05),极显著降低了单不饱和脂肪酸含量(P＜0.01)。【结论】日粮中添加CLA改变了肉仔鸡胸肌和腿肌脂肪酸的组成,提高了脂质稳定性,同时增加了GSH含量,淬灭了更多的自由基,从而降低了脂质过氧化水平。 相似文献
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用琥珀酸脱氢酶染色法对不同生长阶段(4,8,12,16周龄)固始鸡胸肌和腿肌的肌纤维类型进行了分析,并对肌红纤维与中间型肌纤维面积之和(SR+M)、中间型肌纤维面积(SM)和白肌纤维面积(SW)进行了测定。结果表明,腿肌肌纤维类型有3种,即红肌纤维,白肌纤维和中间型肌纤维,而胸肌肌纤维类型有2种,即白肌纤维和中间型肌纤维。在固始鸡的生长过程中,腿肌的白肌纤维比例逐渐降低,胸肌的白肌纤维的比例先升后降。公鸡腿肌中SR+M／SW值在第4,8与12周龄间差异均不显著(P>0．05),在第12周龄与16周龄间差异显著(P< 0．05),在第8周龄与第16周龄间差异极显著(P<0. 01);母鸡腿肌中SR+M／SW值在各周龄间差异均不显著 (P>0．05);公鸡胸肌中SM／SW值在各周龄间差异均不显著(P>0．05);母鸡胸肌中SM／SW除在第8周龄和第12 周龄间差异不显著(P>0．05)外,在其他各周龄间差异均极显著(P<0．01)。腿肌中的红肌纤维和中间型肌纤维以及胸肌中的中间型肌纤维在公鸡肌肉中的含量均高于母鸡。 相似文献
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我国6个肉牛品种肌肉纤维特征研究 总被引：3，自引：1，他引：2
研究比较我国不同品种牛肌肉纤维特征,为高档牛肉生产和品种培育提供技术参数。运用肌肉组织冰冻切片、琥珀酸脱氢酶染色法(SDH)研究6个品种肉牛(利木赞牛、皮埃蒙特牛、中国西门塔尔牛、鲁西牛、秦川牛和晋南牛)的背最长肌、腰大肌、股二头肌的肌纤维类型、肌纤维直径和肌纤维密度等特征。结果表明:1)鲁西牛和利木赞牛背最长肌的红肌纤维(R型)比例分别为32.7%和29.5%,显著高于其他4个品种(P<0.05);晋南牛腰大肌和鲁西牛股二头肌的R型纤维比例最高为42.7%和48.7%;2)秦川牛背最长肌中的3种类型肌纤维直径值分别为60.009、61.109和67.800μm均显著大于另外5个品种(P<0.05),秦川牛和晋南牛的腰大肌和股二头肌的红肌纤维(R型)和中间型纤维(I型)的肌纤维直径显著大于其他4个品种(P<0.05);3)皮埃蒙特牛和利木赞牛腰大肌的红肌纤维(R型)密度分别为216.667和189.583根/mm2,白肌纤维(W型)密度分别为200.926和261.11根/mm2显著大于其他品种(P<0.05);鲁西牛的背最长肌和股二头肌的R型肌纤维密度大于其他品种;4)每一品种牛不同部位肌肉组织中不同肌纤维... 相似文献
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Targeted myostatin loss-of-function mutation increases type II muscle fibers in Meishan pigs 
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下载免费PDF全文 QIAN Li-li XIE Jing-yi GAO Ting CAI Chun-bo JIANG Sheng-wang BI Han-fang XIE Shan-shan CUI Wen-tao 《农业科学学报》2022,21(1):188-198
Myostatin (MSTN) is a negative regulator of skeletal muscle growth and development. The skeletal muscle in MSTN–/– mice is significantly hypertrophied, with muscle fiber type II increasing significantly while muscle fiber type I decreasing. However, it is still not clear how the skeletal muscle types change in MSTN–/– pigs, and how the mechanism for MSTN regulates fiber types, especially in large animals like pigs. This study conducted a comprehensive analysis of the composition of skeletal muscle fibers in MSTN–/– pigs produced in our laboratory. It was observed that, compared with wild-type (WT) pigs, both the total mass of skeletal muscle and type IIb muscle fibers increased significantly (P<0.01), while the type I and type IIa muscle fibers decreased significantly (P<0.01), in MSTN–/– Meishan pigs. In addition, to explore the influence of MSTN on muscle fiber type and its regulation mechanism in the embryonic stage, this study selected a few genes (Myf5, Mef2d, MyoD and Six1) associated with muscle fiber type and validated their expression by quantitative RT-PCR. Herein, it was found that Myh7, Myh2, Myh4 and Myh1 can be detected in the skeletal muscle of pigs at 65 days of gestation (dg). Compared with WT pigs, in MSTN–/– Meishan pigs, Myh7 decreased significantly (P<0.01), while Myh4 (P<0.001) and Myh1 (P<0.05) increased significantly. Meanwhile, the increased expression of Myf5 (P<0.05), Mef2d (P<0.01) and Six1 (P<0.05) in MSTN–/– Meishan pigs suggested that MSTN should regulate the directional development of muscle fiber types in the early stage of embryonic development. Thus, at the embryonic stage, the type II muscle fibers began to increase in MSTN–/– pigs. These results can provide valuable information not only for pig meat quality improvement, but also for the study of human skeletal muscle development and disease treatment. 相似文献
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对酸处理和碱处理过程中鲢肌肉蛋白质的分离特性,包括蛋白质溶解度、回收率和匀浆黏度等进行了比较研究。结果表明：当pH为1．5—12．5时,普通肉溶解蛋白（Solutionordinarymuscleprotein,SMP-1）与血合肉溶解蛋白（Solutiondarkmuscleprotein,SMP-2）溶解度的变化规律无明显差别,酸处理的最大溶解度均在pH为2．5下,碱处理的最大溶解度均在pH为11．5～12．5下,两者等电点均在pH为5．5下;普通肉匀浆（Ordinarymusclehomogenate,OMH）和血合肉匀浆（Darkmusclehomogenate,DMH）的黏度均随溶解度的增加而增加,但OMH黏度要高于DMH;采用酸碱处理法的蛋白质回收率都非常高,IMP-1最高能达到90．5％,IMP-2也能达到89．5％。 相似文献
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分别以配合饲料（对照组）、蚕豆（蚕豆组）饲喂平均体重为199．0g的罗非鱼66d，考察蚕豆对罗非鱼生长和肉质的影响。结果表明：配合饲料组和蚕豆组增重率为60．65％，28．61％；饵料系数为2．24，4．64；肥满度为16．18，11．64；粗蛋白含量为17．85％，17．06％；粗脂肪含量为0．56％，1．37％；肌肉失水率为13．72％，9．32％；耐折力为312．2μm，394．7μm。在生长方面，与配合饲料组相比，蚕豆组罗非鱼的增重率、肥满度极显著降低，饲料系数极显著增加（P〈0．01）；在肌肉品质方面，失水率、粗蛋白含景极显著降低；粗脂肪含量、耐析力栅显著根高（P〈0．01）。上述结果表明．投喂蚕豆对罗非鱼肌肉具有一定的改变作用。 相似文献
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为了解动物肌肉生长发育可变剪接调控过程最新研究,本文对近年来人、小鼠和其他多种动物肌肉生长发育的可变剪接调控的相关研究进行了整理与分析,总结了肌肉生长发育可变剪接的发生、调控蛋白多样性的分子机制、人和动物的肌肉发育过程中可变剪接的调控研究进展及可变剪接的数据量化方法。结果表明:肌肉是表现出最高水平的组织特异性和保守可变剪接的组织之一;可变剪接的发生与胎儿发育进程并不统一,而是集中于出生后的前两周;牛的肌肉内含子保留类型最多,其次为跳跃外显子类型;猪与鸡肌肉发育中可变3’剪接是最常见的剪接类型;可变剪接的分析方法随着测序技术的发展,由通量低(qRT-PCR和ESTs)、噪音高(ESTs和芯片)的分析方法逐渐发展为以太平洋生物科学(PacBio)和牛津纳米孔技术(Nanopore)为代表的第三代测序方法(IsoSeq),成功识别了许多具有良好特征的转录本和可变剪接。综上,随着测序方法和分析软件的开发与更新,对动物肌肉发育可变剪接研究的逐渐深入,将为揭示肌肉的发育机制奠定基础。 相似文献