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1.
以3株国内分离的O型口蹄疫病毒(FMDV)(分别命名F1、F2、F3)为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计2对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的cD-NA片段,将3个cDNA片段分别克隆到pMD20-T Vector载体中进行序列测定,得到3个毒株VP1基因的序列。结果表明,3个O型FMDV毒株VP1基因cDNA长度均为639 bp,编码213个氨基酸。3株O型毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在92.3%~94.2%之间,推导氨基酸序列同源性在97.2%~98.6%之间。与3个毒株同源性高的主要为香港和台湾的毒株。 相似文献
2.
本研究根据猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)VP0基因序列特征设计特异性扩增引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒VP0基因全长编码区。将特异性扩增目的片段克隆后进行序列测定,将结果进行拼接后获得猪嵴病毒VP0基因全长并进行相关生物信息学分析。所扩增的目的片段编码有完整的VP0基因开放阅读框,全长为1 098 bp,编码有366个氨基酸,理论等电点为6.71,理论分子质量为38.489 ku,不稳定系数为34.65,最大疏水指数为2.622,最小疏水指数为-2.122。将获得的VP0基因和GenBank中的猪嵴病毒代表株VP0基因序列进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析,其与HNXX-4核苷酸同源性最高,为89.1%,与S-1-HUN核苷酸同源性最低,为81.1%。从遗传进化上看,猪嵴病毒VP0基因在遗传进化上呈两个独立的基因亚群,猪嵴病毒中国分离株在两个遗传基因亚群上均有分布。 相似文献
3.
口蹄疫病毒3ABC基因的克隆与测序 总被引：1，自引：0，他引：1
参考 Gen Bank中发表的猪源 O型口蹄疫病毒 3 ABC的基因序列 ,设计一对特异引物 ,以猪源 FMDV/ O/ CC株基因组 RNA为模板 ,RT-PCR扩增 3 ABC基因 ,并克隆到 p MD1 8-T载体中。测序结果显示 ,FMDV/ O/ CC株 3 ABC基因 c DNA长 1 2 81 bp,编码为 42 7个氨基酸残基组成的多肽。核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性比较发现 ,FMDV/ O/ CC株和 FMDV/O/ TW/ 99株 3 ABC基因亲缘关系密切。核苷酸同源性为 97% ,推导氨基酸序列同源性为96.3 %。 相似文献
4.
经RT-PCR扩增得到一株口蹄疫亚洲1型流行毒株的非结构蛋白P3基因核苷酸序列,与其他代表性参考毒株的P3基因进行比较,分析该毒株P3区基因特征.结果表明,该毒株P3基因含有2 721个核苷酸,编码907个氨基酸;其中非结构蛋白3A的基因长度为459 bp,编码153个氨基酸;3个3B(VPg)基因长度分别是69、72、72 bp,分别编码23、24、24个氨基酸;3C基因长度为639 bp,编码213个氨基酸;3D基因长度为1 410 bp,编码470个氨基酸.氨基酸序列比较分析显示,3A基因C末端比其他基因更容易变异,根据3A基因构建的系统进化分析提示该流行毒株与YNBS/58和IND 321/01亲缘关系较近,属同一亚系谱. 相似文献
5.
为研究口蹄疫病毒(FMDV)致弱前后基因组变化的关系,本研究根据GenBank上发表的口蹄疫病毒全基因序列数,设计了8对引物,采用RT-PCR方法分别扩增出FMDVR株及其致弱毒株(R304)编码区的8段基因,将各片段克隆至pMD18-T载体,并进行序列测定。比较和分析编码区各个基因(LP、VP4、VP2、VP3、VP1、2A、2B、2C、3A、3B、3C、3D)的核苷酸序列和氨基酸序列的变异。结果表明,R株和R304株基因组区全长均为6966nt,编码2322个氨基酸,致弱后共有110个核苷酸发生变化,编码氨基酸有32个发生变化;其中3A基因的氨基酸序列变化最大,其次为LP和VP1,而2A和2C的氨基酸未发生变异。该研究对口蹄疫病毒的抗原和毒力研究有重要的参考价值。 相似文献
6.
为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5''UTR（670 bp）、ORF（6 546 bp）以及3''UTR（76 bp）。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%~100%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。 相似文献
7.
参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒（FMDV）全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对1株Asia1型（简称As01）FMDV进行分段克隆及序列测定,将测序结果利用软件进行拼接。结果表明,该毒株的FMDV基因组[不合poly（C）]全长8180nt,其中编码区为6987nt,5’和3’非编码区（UTR）分别为1078nt和95nt,3＇UTR之后为20nt的poly（A）尾巴。将As01株与其他FMDV参考毒株利用分子生物学软件进行多序列比对分析表明,As01株与Asia 1／Jiangsu／China／2005、Asia 1／Isr 1／3／63、ZB／CHA／58等Asia 1型FMDV遗传进化关系较为密切,而与O型和A型FMDV遗传关系较远。 相似文献
8.
根据GenBank登录的猫细小病毒（CU-4）VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
9.
猫细小病毒CC 1株VP1基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
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猫细小病毒CC-1株VP1基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
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<正>VP1是组成口蹄疫病毒衣壳的重要蛋白,具有该病毒的主要抗原位点,其基因序列分析已被广泛用于分子流行病学调查研究。从Gen Bank数据库检索并下载我国上传的FMDV VP1基因序列36个,以贵州A型FMDV VP1为参考,对蛋白理化性质、二级结构、同源性等进行分析。结果显示VP1基因编码区长度为636bp,共编码212个氨基酸,含有α-螺旋、β-转角等丰富的二级结构。同源性分析表明我国FMDV VP1基因核苷酸相似性为50.3%～99.2%。 相似文献
12.
猪O型口蹄疫病毒强弱毒株VP1基因的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究根据口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因的序列，设计并合成了1对用于扩增整个VP1基因的引物（5P、P6）。从细胞培养液或组织中提取总RNA，通过PT－PCR扩增，从F29株O3I3株和T509株中均获得了1条约740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收，插入到相应双酶切的pUC18质粒中，获得了重质粒。通过PCR鉴定，证明重组质粒pUCVP1/F29,pUCVP1/0313,pUCVP1/T509均插入了VP1基因。对上述3个重线质粒进行测序后分析，F29强毒株与O313、T509弱毒株相比，其核苷酸序列同源性分别为98．75％和99．06％；因F29株核苷酸发生3个碱基缺失与1个碱基替换，故推导的氨基酸序列同源性分别仅为44．13％和41．32％，而T509和O3I3株相比，其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为99．37％和95．31％。通过序列分析发现，本研究的3个毒株与国内大多数毒株（包括1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株，除O／A／58株外）均属同一基因型，核苷酸序列同源性为85％－94％；而与国外毒株相比，属不同的基因型，核苷酸序列同源性仅为81％－82％，其推本研究的3个毒株与国内分离的大多数毒株的VP1基因的氨基酸序列同源性高达87％－95％，本项研究对猪O型FMDV的强弱毒株VP基历进行克隆与序列分析，将进一步丰富我国FMDV毒株VP1基因资料库，为更加科学地防制FMD提供分子水平依据。 相似文献
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参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒(FMDV)全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对口蹄疫病毒OT株进行分段克隆及序列测定.结果表明不含poly(C)序列的OT株基因组全序列长8 142 nt,开放读码框(ORF)长6 969 nt、编码2 322 aa,5'UTR长1 004 nt,3'UTR长93 nt,3'UTR之后为23nt的poly(A)尾巴.应用分子生物学软件将OT株与FMDV其它参考毒株进行序列比对,并对其基因特征进行分析.结果显示,OT株的假结节(Pseudoknots)从第415-499位连续缺失85 nt,但是其3A基因却未发生碱基的缺失.其VP1基因的核苷酸同源性与O/Akesu58、OMⅢ两株最高,但OT株在进化时间上要比O/Akesu58、OMIII早很多,其毒株起源和遗传衍化关系还需要进一步的关注. 相似文献
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参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD1株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP7基因全长1 062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与国内外已知的13个毒株VP7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,相似性分别为77.4%～100%和78.6%～99.7%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD1毒株与轮状病毒A2,JP3-6毒株亲缘关系较近,为一个进化群。 相似文献
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为了对鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的13个地方分离株与3个商品疫苗株的VP1-b基因(756 bp～1 522 bp)进行同源性和遗传进化分析,本研究对其进行RT-PCR扩增和序列测定.结果表明,获得的VP1-b基因长度均为767 bp; 13个分离株VP1-b节段核苷酸和氨基酸同源性分别为90.7 ％～100％和72.9％～100％,其中10株超强毒分离株与经典株、弱毒株、疫苗株的同源性较高,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7％～100％和94.5％～100％,所有12个超强毒分离株与超强毒参考病毒株的同源性均较低,核苷酸同源性仅为68.2％～79.2％;在遗传进化分析中,所有病毒株被分为3个分支,与相应病毒株的基于IBDV-VP2高变区(vVP2)序列的遗传进化树比较并结合同源性分析结果表明,除了弱毒株HUN0804之外,其它12个分离株可能均为重组病毒.据此推测,基因重组可能是目前IBDV流行的新趋势. 相似文献
17.
对我国鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)分离株JFX08的全基因组进行了序列测定与分析。结果表明,JFX08毒株的基因组全长为7793nt,包括652nt的5’UTR,6753nt的ORF,366nt的3’UTR以及19nt的poly(A)尾巴。JFX08毒株的ORF编码2251个氨基酸,各基因均与韩国新型毒株的氨基酸序列相似性最高,与1型DHV和台湾新型DHV的序列相似性均较低。其中VP1较1型DHV存在2个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～194位和213～219位。JFX08毒株的非编码区核苷酸序列之间存在大量碱基突变和插入/缺失。多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因进化分析结果均表明,JFX08分离株与韩国新型DHV的遗传距离最近,属基因C型。 相似文献
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《中国畜牧兽医》2017,(4)
为明确福建地区是否存在鹅出血性多瘤病毒(goose hemorrhagic polyomavirus,GHPV)感染,本研究对2016年福建省临床送检测19份鸭组织样品进行GHPV检测,结果从1例樱桃谷鸭中检测到GHPV感染阳性(记为GHPV-FJ201601株)。随后根据GenBank中GHPV参考株序列特征,设计针对GHPV的VP3基因特异性引物,利用PCR技术扩增获得GHPV的VP3基因片段。结果显示,GHPV-FJ201601株的VP3基因全长为654bp,编码217个氨基酸。对编码的VP3蛋白分析发现其理论等电点为9.37,带负电荷氨基酸为23个(Asp+Glu),带正电荷氨基酸为28个(Arg+Lys);不稳定指数为38.43,是一个稳定蛋白;脂肪系数64.33,总平均疏水性指数为-0.744;该蛋白无典型的信号肽切割位点;其亚细胞定位类型为核定位;对其进行磷酸化分析发现,该蛋白存在14个氨基酸磷酸化位点。核苷酸同源性分析显示,不同来源GHPV代表株VP3基因相互之间核苷酸同源性均较高,均不低于99.7%。VP3基因遗传进化结果显示,GHPV-FJ201601株和鹅源GHPV分离株(匈牙利14234株与法国Toulouse Goose 2000株)处于同一遗传进化分支,与鸭源分离株(法国Toulouse Muscovy Duck 2008株、法国Toulouse Mule Duck 2008和中国106株)却处于不同的遗传进化分支,但所有GHPV分离株VP3基因遗传进化均较近。本研究首次证实福建地区樱桃谷鸭群中存在GHPV感染,为丰富不同地区与宿主的GHPV分子流行病学数据提供参考。 相似文献
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为明确福建地区是否存在鹅出血性多瘤病毒（goose hemorrhagic polyomavirus,GHPV）感染,本研究对2016年福建省临床送检测19份鸭组织样品进行GHPV检测,结果从1例樱桃谷鸭中检测到GHPV感染阳性（记为GHPV-FJ201601株）。随后根据GenBank中GHPV参考株序列特征,设计针对GHPV的VP3基因特异性引物,利用PCR技术扩增获得GHPV的VP3基因片段。结果显示,GHPV-FJ201601株的VP3基因全长为654 bp,编码217个氨基酸。对编码的VP3蛋白分析发现其理论等电点为9.37,带负电荷氨基酸为23个（Asp+Glu）,带正电荷氨基酸为28个（Arg+Lys）;不稳定指数为38.43,是一个稳定蛋白;脂肪系数64.33,总平均疏水性指数为－0.744;该蛋白无典型的信号肽切割位点;其亚细胞定位类型为核定位;对其进行磷酸化分析发现,该蛋白存在14个氨基酸磷酸化位点。核苷酸同源性分析显示,不同来源GHPV代表株VP3基因相互之间核苷酸同源性均较高,均不低于99.7%。VP3基因遗传进化结果显示,GHPV-FJ201601株和鹅源GHPV分离株（匈牙利14234株与法国Toulouse Goose 2000株）处于同一遗传进化分支,与鸭源分离株（法国Toulouse Muscovy Duck 2008株、法国Toulouse Mule Duck 2008和中国106株）却处于不同的遗传进化分支,但所有GHPV分离株VP3基因遗传进化均较近。本研究首次证实福建地区樱桃谷鸭群中存在GHPV感染,为丰富不同地区与宿主的GHPV分子流行病学数据提供参考。 相似文献
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本研究根据口蹄疫病毒 (FMDV)VP1基因的序列 ,设计并合成了 1对用于扩增整个VP1基因的引物 (5P、P6 )。从细胞培养液或组织中提取总RNA ,通过PT_PCR扩增 ,从F2 9株、O3I3株和T5 0 9株中均获得了 1条约 740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收 ,插入到相应双酶切的pUC18质粒中 ,获得了重组质粒。通过PCR鉴定 ,证明重组质粒pUCVP1/F2 9、pUCVP1/O313、pUCVP1/T5 0 9均插入了VP1基因。对上述 3个重组质粒进行测序后分析 ,F2 9强毒株与O3I3、T5 0 9弱毒株相比 ,其核苷酸序列同源性分别为 98.75 %和 99.0 6 % ;因F2 9株核苷酸发生 3个碱基缺失与 1个碱基替换 ,故推导的氨基酸序列同源性分别仅为 44 .13%和 41.32 % ;而T5 0 9株与O3I3株相比 ,其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为 99.37%和 95 .31%。通过序列分析发现 ,本研究的 3个毒株与国内大多数毒株 (包括 1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株 ,除O/A/ 5 8株外 )均属于同一基因型 ,核苷酸序列同源性为 85 %～ 94% ;而与国外毒株相比 ,属不同的基因型 ,核苷酸序列同源性仅为 81%～ 82 %。其推导的氨基酸序列 ,除F2 9株与O/HK/ 93株及 1997年台湾暴发FMDV分离的少数毒株的氨基酸序列同源性仅为 45 %～ 6 3%外 ,本研究的 3个毒株与国内分离的大多数毒株的VP1 相似文献