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1.
《山西农业大学学报(自然科学版)》2018,(12)
[目的]生物信息学分析葡萄DFR蛋白的功能结构域和蛋白互作预测,构建DFR酵母双杂交诱饵载体,并检测其自激活活性。[方法]利用NCBI中的CDD分析DFR蛋白保守区域,STRING在线软件对DFR蛋白互作情况进行预测,采用PCR技术扩增出葡萄DFR基因,克隆至酵母双杂交诱饵载体pGBKT7中,PEG/LiAc法将阳性质粒pGBKT7-DFR转化至酵母AH109中,通过缺陷型培养基培养进行自激活检测。[结果]DFR蛋白保守区域有NADP结合位点,预测到DFR蛋白与MybPA1蛋白有互作关系。成功构建了诱饵载体pGBKT7-DFR,并且对酵母菌无毒性,对报告基因无自激活功能。[结论]本研究通过生物信息学分析得出,酵母诱饵蛋白表达载体pGBKT7-DFR,可以作为酵母双杂交诱饵载体筛选与DFR相互作用的蛋白,进而对其进行功能性研究。 相似文献
2.
JAZ(Jasmonate ZIM-domain)蛋白是植物中茉莉酸信号调控途径中重要的负调控因子,它在调控植物发育、营养生长、衰老、抗盐、抗旱以及抗病等过程中起着至关重要的作用。为了对甘薯等JAZ1基因的生物信息学进行分析并对其功能进行预测,本研究以NCBI数据库中收集的8种植物JAZ1蛋白氨基酸序列为试验数据来源,采用系列生物信息学分析软件对甘薯等8种JAZ1蛋白的氨基酸组成及其理化性质、蛋白质亲疏水性、磷酸化位点、二级结构元件和含量、跨膜结构域、信号肽、蛋白质亚细胞定位、功能结构域进行预测和分析,并对8种植物JAZ1蛋白氨基酸序列进行多重比较和蛋白质系统进化树进行构建和分析。结果表明,8种植物JAZ1蛋白的氨基酸残基数目介于180～294;相对分子量介于19 815 670～31 550 050;理论等电点均为碱性等电点;8种植物JAZ1蛋白的主要氨基酸为丝氨酸、脯氨酸、赖氨酸和苏氨酸;稳定性预测结果表明8种植物JAZ1蛋白均为非稳定性蛋白质;磷酸化位点预测分析结果表明8种植物JAZ1蛋白磷酸化位点数量最多为丝氨酸,其次为苏氨酸;根据亲疏水性预测分析结果推测8种植物JAZ1蛋白均为亲水性蛋白质;信号肽和跨膜结构域预测结果显示这些蛋白质均为非分泌蛋白质不具有信号肽,没有明显的跨膜结构域;JAZ1蛋白二级结构元件主要为不规则卷曲,其次为α-螺旋和延伸链;亚细胞定位预测结果显示该蛋白质主要定位于细胞核;结构域预测结果表明供试8种植物JAZ1蛋白均含有JAZ蛋白家族典型的TIFY和CCT_2功能结构域;氨基酸序列多重比对和蛋白质系统进化树分析结果表明甘薯JAZ1与长春花JAZ1亲缘关系最近。本研究可为甘薯JAZ1基因功能研究和甘薯性状定向改良奠定理论基础。 相似文献
3.
基于已发布的玉米全基因组数据,利用系列生物信息学分析软件对玉米JAZ基因家族进行了氨基酸组成及其理化性质、蛋白质亲疏水性、磷酸化位点、二级结构元件和含量、跨膜结构域、信号肽、蛋白质亚细胞定位、功能结构域预测和分析。结果表明,玉米JAZ蛋白的氨基酸残基数目介于110～426个,相对分子质量介于11 834.49～30 494.24,理论等电点介于4.89～10.18,玉米JAZ蛋白的主要氨基酸为丙氨酸、脯氨酸、精氨酸等。稳定性预测结果表明,玉米JAZ蛋白均为非稳定性蛋白质;信号肽和跨膜结构域预测结果显示,这些蛋白质均为非分泌蛋白质,不具有信号肽,且没有明显的跨膜结构域。JAZ蛋白二级结构元件主要为不规则卷曲、α-螺旋和延伸链。亚细胞定位预测结果显示,JAZ蛋白质主要定位于细胞核;结构域预测结果表明,JAZ蛋白均含有JAZ蛋白家族典型的TIFY和CCT-2功能结构域。研究结果可为玉米JAZ基因功能研究和玉米性状定向改良奠定理论基础。 相似文献
4.
本研究对犬链球菌M蛋白(SCM)基因克隆,并对其进行生物信息学分析,预测其蛋白质结构及功能,为链球菌表位疫苗的研究及链球菌病的诊断提供参考。利用ExPASy ProtParam在线分析软件,预测犬链球菌M蛋白为亲水性蛋白质且属于稳定蛋白。使用SignalP 4.1软件推测该蛋白有信号肽。利用SOPMA中5种相互独立的方法预测其二级结构,其中α螺旋占83.53%,可知α螺旋为二级结构的主要元件。应用SWISS-MODEL在线分析软件,进行三级构造同源建模,发现其结果与二级结构预测结论大致相同。使用DNAStar预测软件中的Protean部分对SCM亲水性、蛋白质的二级结构、抗原性指数、表面可能性、柔韧性进行归纳比较分析,在第55~59和第377~379氨基酸区段存在B细胞表位。 相似文献
5.
[目的]探讨Tricine-SDS-PAGE技术应用于饲料蛋白质的分析与品质鉴定的可行性。[方法]采用Tricine-SDS-PAGE对菜籽饼粕、棉籽饼粕、菜籽浸出粕、热带假丝酵母固态发酵棉籽粕以及黑曲霉固态发酵棉籽粕分别进行凝胶成像分析,鉴定5种不同品质饲料的蛋白质组成。[结果]采用4.0%C、16.5%T的分离胶,可以取得较好的分离效果。菜籽蛋白和棉籽蛋白样本的凝胶成像结果表明,菜籽饼粕中的蛋白质主要集中在泳道中部,为14.4~60.0 kD,而棉籽饼粕中的蛋白则在泳道顶端(约90 kD)含量较高,2种饲料蛋白得到了有效区分。同一种样本相同处理方法间的凝胶成像结果表明,用黑曲霉对棉籽饼粕进行固态发酵效果优于热带假丝酵母。[结论]5种饲料之间蛋白成像差异显著、直观,Tricine-SDS-PAGE可以作为饲料蛋白品质鉴定的一种有效方法。 相似文献
6.
以鸭瘦素受体(LEPR)基因为研究对象,运用生物信息学方法对鸭等10种动物的LEPR蛋白进行多序列比对分析、分子进化分析及蛋白质结构分析,并预测LEPR蛋白的理化性质、疏水性等基本性质。结果表明：鸭LEPR蛋白预测为不稳定的亲水性蛋白质,不含信号肽,为非分泌型蛋白质,定位在细胞质膜上,与其生物学功能相符。鸭LEPR蛋白还含有132个潜在磷酸化位点、10个N型糖基化位点和6个O型糖基化修饰位点。进化关系分析表明,鸭LEPR基因与同为水禽的黑天鹅进化关系最近,具有较高的同源性。这一研究为进一步研究鸭LEPR基因及其编码的蛋白质结构和功能提供了参考。 相似文献
7.
8.
植物病原丝状真菌G蛋白偶联受体(GPCR)在实现外界信号感知和传递过程中发挥着重要作用。基于GPCR蛋白所具有的典型7个跨膜保守结构域及非典型保守结构域,通过总结前人已报道的候选GPCR的同源比对方法,对其跨膜结构域数量预测方法及跨膜结构蛋白数据库进行对比,明确TOPCONS是目前预测GPCR跨膜结构域的较好方法。然后,选择NCBI数据库中223个不同真菌的GPCR蛋白序列通过TOPCONS和TMHMM进行对比分析,结果显示,2种软件对GPCR跨膜结构域数量的预测结果不尽相同,TOPCONS预测结果的准确度较高;进一步对上述GPCR蛋白序列的氨基酸数目进行分析,明确具有7个跨膜结构域的GPCR蛋白氨基酸数目为200～1 406个。该研究可为进一步开展植物病原丝状真菌GPCR蛋白的结构预测及其功能研究提供参考。 相似文献
9.
以分蘖洋葱叶片为试验材料,比较3种不同蛋白质提取方法对2-DE蛋白质双向电泳结果的影响,并对其中的蛋白上样量、SDS-PAGE凝胶浓度及双向电泳重复性进行筛选与优化。结果表明,与酚提取法和改良的酚提取法相比,TCA-丙酮提取法提取分蘖洋葱叶片总蛋白的操作简便,所得双向电泳图谱背景清晰,蛋白质点圆滑,数量及质量均较好,是一种切实可行的提取分蘖洋葱叶片总蛋白方法。应用Image Master 2D Platinum 7.0软件对图谱进行分析,凝胶上检测到超过650多个蛋白质点,不同凝胶之间蛋白质的匹配率达92.5%,具有较高的分辨率和重复性,建立一套适用于分蘖洋葱叶片总蛋白质组分析的双向电泳(2-DE)方法。 相似文献
10.
[目的]用生物信息学手段分析、预测毛白杨PLC2基因/蛋白质的结构与特征,为该基因的克隆及功能研究提供理论参考。[方法]以PLC2基因及对应蛋白质为研究对象,利用各种网上数据库及生物信息学分析软件对其进行相关分析、预测。[结果]PLC2基因的GenBank登录号为JX424764.1,ORF长957bp,编码318个氨基酸,对应蛋白质PLC2的分子量35 999.1D,理论等电点7.07;PLC2与毛果杨（XP002313726.1）的同源性较高;PLC2属于PI-PLCcGDPDSF超家族,无O-糖基化位点,无二硫键,无跨膜区和信号肽,有16个磷酸化位点。[结论]对PLC2基因/蛋白的各级结构及功能进行预测,为下一步试验奠定基础。 相似文献
11.
Protein structure determination in solution by nuclear magnetic resonance spectroscopy 总被引：7，自引：0，他引：7
K Wüthrich 《Science (New York, N.Y.)》1989,243(4887):45-50
Knowledge of three-dimensional protein structures is one of the foundations of protein design and protein engineering. Nuclear magnetic resonance spectroscopy was recently introduced as a second method for protein structure determination, in addition to the well-established diffraction techniques with protein single crystals. This new approach enables one to carry out detailed structural studies of proteins in solution and other noncrystalline states, which may be similar or identical to the physiological environment, and promises new insights into the dynamics of protein molecules and the protein-folding problem. 相似文献
12.
Protein engineering 总被引：7，自引：0，他引：7
K M Ulmer 《Science (New York, N.Y.)》1983,219(4585):666-671
The prospects for protein engineering, including the roles of x-ray crystallography, chemical synthesis of DNA, and computer modelling of protein structure and folding, are discussed. It is now possible to attempt to modify many different properties of proteins by combining information on crystal structure and protein chemistry with artificial gene synthesis. Such techniques offer the potential for altering protein structure and function in ways not possible by any other method. 相似文献
13.
[目的]为酒糟中蛋白质的水解提供新方法。[方法]采用酶解法,用罗汉果蛋白酶提取酒糟中的蛋白质,测定酶解酒糟上清液中蛋白质的含量,计算单位体积蛋白质增量。在加酶量、酶解温度、酶解时间、pH值单因子试验的基础上,采用正交试验确定酒糟中蛋白质的最佳提取条件。[结果]各因素对单位体积蛋白质增量的影响依次为:pH值>水解时间>加酶量>水解温度。酶解酒糟的最佳条件为:pH值8.0,水解时间10 min,加酶量0.75 ml/100 g湿酒糟,温度65℃。在最佳条件下,单位体积蛋白质增量可达98.78%。[结论]该研究确定了酶解法提取酒糟中蛋白质的最优条件,使酶解上清液中蛋白质含量增加了近1倍。 相似文献
14.
全自动凯氏定氮仪测定蛋白饮料中蛋白质的不确定度分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]减少试验过程中带来的误差,确保蛋白质含量的数据准确性。[方法]采用GB 5009.5—2016第一法,凯氏定氮法测定蛋白饮料中蛋白质含量,其测量不确定度来源于样品称量、消化、蒸馏及滴定等过程。通过对各个不确定度分量的计算合成,找出影响测量不确定度的因素,并对各个不确定度分量进行评估,最终分析出样品核桃花生奶中蛋白质的标准不确定度及扩展不确定度,并描述影响核桃花生奶蛋白质测定结果各分量对其不确定度的相对贡献。[结果]最终通过合成和扩展得出了核桃花生奶中蛋白质含量测定的扩展不确定度为(1.30±0.03)%。[结论]不确定度主要由全自动凯氏定氮仪的仪器滴定体积的不确定度引入,说明仪器的先进性能够有效减少试验过程中的误差。 相似文献
15.
[目的]建立测定饲料中粗蛋白质含量的新方法。[方法]采用高灵敏度的化学发光方法,结合有效氮吸收装置,测定饲料中的粗蛋白质,并与凯氏定氮法比较,进行实际的饲料分析。[结果]静态注射化学发光法选用2.0×10-4mol/L的Luminol溶液,用量为2.00ml,待测液的用量为2.00ml。每100ml体系中加入次氯酸钠工作液1ml和一定量的硅酸钠。获得最理想发光曲线的仪器工作条件是-275V负高压、100s发光时间。干扰试验表明0.1mg/LNH4+干扰允许限为±5%时,1000倍的Cl-、SO42-、PO43-、NO3-、Ca2+、Mg2+、Fe3+、Cu2+等离子对测定没有干扰。2种方法测得样品的粗蛋白质含量没有显著差异。[结论]静态注射化学发光法简化了测试方法,缩短了时间,加标回收率为86.91%～104.60%,RSD<5%(n=5),适用于饲料生产部门的质量控制。 相似文献
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利用返回式卫星搭载鲁麦14,经地面连续多年选择,选育出变异后代品系烟BLU99603和烟5158,在相同的生态条件下,比较研究了3个品种(系)花后不同时期籽粒蛋白质的积聚及相关酶活性的差异。结果表明,谷氨酰胺合成酶(GS)、谷丙转氨酶(GPT)的活性以烟5158最高,鲁麦14次之,烟BLU99603最低;且酶的活性与其相应的蛋白质积累量和积累速率一致。从空间变异后代中,有目的地选出蛋白质及其酶活性等性状有明显改良的新种质,是利用空间环境诱导小麦品质改良的新途径。 相似文献
17.
为建立植物中特异性免疫沉淀微量蛋白体系,以GUS为报告基因,利用Flag、Myc两种蛋白标签对GUS氨基端进行标记,以农杆菌为介导,在烟草叶片中瞬时高效表达GUS基因。利用Western blot检测叶片中标记的GUS蛋白含量,便于后续GUS蛋白的特异性纯化。以anti-Flag M2磁珠和anti-c-Myc琼脂糖为固相载体,特异性识别和结合标记的GUS蛋白,利用磁分离技术和特异性免疫沉淀对目的蛋白进行两次富集,通过Western blot检测对比各个步骤所得目的蛋白的含量判断富集纯化效果。结果表明,以磁珠和琼脂糖为载体的蛋白,经两次特异性免疫沉淀后得到明显富集和纯化,且每一次的富集效果都较好,初步建立了蛋白标签和磁珠法二次特异性免疫沉淀体系,为体外深入研究活性蛋白复合体奠定了一定的技术基础。 相似文献
18.
棉花种子蛋白多态性与品种鉴定方法的研究 总被引：16，自引：0，他引：16
蛋白分步提取电泳结果表明,棉花种子蛋白主要是以水溶性蛋白为主,盐溶性蛋白较少,醇溶性蛋白更少。因此,以蛋白质作为棉花品种的生化标记,应以水溶性蛋白为宜。AUGPAGE是一种新的棉花种子蛋白多态性研究方法,简单、快速、分离效果好。在凝胶溶液为10%丙烯酰胺、0.2%甲叉双丙烯酰胺、2%冰醋酸、10%尿素、0.05%甘氨酸的条件下,以2%冰醋酸为电极液,水、2.5%NaCl、50%异丙醇所提取的蛋白质均可得到良好的分离,以水溶性蛋白谱带最丰富、清晰,其多态性强,可作为棉花品种鉴定和种质资源研究的依据。 相似文献
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以白桦（ Betula platyphylla Suks．）木质部为试验材料,分别采用TCA—丙酮提取、酚提取和试剂盒提取3种方法提取白桦木质部总蛋白。利用试剂盒定量和聚丙烯酰胺凝胶电泳、双向电泳技术比较3种提取方法的蛋白质提取效率、提取质量。同时对酚提取法进行改良,建立适用于白桦木质部蛋白的提取方法。研究结果表明,改良的酚提取法提取的白桦木质部蛋白提取量最大,电泳条带清晰,丰富,质量较高。2－DE电泳得到的蛋白凝胶背景干净,蛋白质点清晰。因此,改良的酚提取法是较适合于白桦木质部蛋白的提取方法。 相似文献
20.
[目的]建立一种快速、准确、经济的品种鉴定方法,为品种纯度鉴定和新品种保护提供依据。[方法]利用盐溶蛋白PAGE法与SSR分子标记对玉米杂交种先玉335和泽玉11的指纹图谱进行分析。[结果]应用盐溶蛋白PAGE法,可以很好地鉴定玉米种子纯度,可用于大批量检测;选用的10对SSR引物,其中3个多态性好的SSR引物能区分所有材料。[结论]盐溶蛋白PAGE法具有简单、快速、准确、稳定和低成本的特点。在该法为主批量检测种子的基础上,对难以鉴定的品种可采用SSR分子标记法作为辅助手段进行鉴定。 相似文献