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1.
《中国兽医学报》2020,(3)
通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增。将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEASY-Blunt载体,筛选出阳性克隆子。经过反复测序后,对11个片段的序列进行拼接最终获得了HBF-1株全基因组序列。利用DNAstar和MEGA6.0软件,分析HBF-1株与其他已公布CDV序列遗传进化关系。结果显示,适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1基因组全长为15 690 bp,与最初分离株Hebei株的同源性高达为99.8%,与国内黑龙江分离株HLJ-06的亲缘关系较近,同源性为98.5%,同经典疫苗株的亲缘关系相对较远,同源率为92.7%。HBF-1是分离株Hebei的Vero-dSlam细胞适应株,对二者基因编码区的序列比对,共出现13处氨基酸突变。其中,P蛋白突变率为0.39%,H蛋白突变率为0.33%,是2个变异率最高的结构蛋白。这些变异很有可能是病毒在适应Vero-dSlam细胞过程中形成的,但它们对HBF-1的致病性和毒力强弱是否存在影响,后续我们将深入研究。因此,开展细胞适应株HBF-1的全基因组序列测定及序列分析,对未来研究强毒株与Slam受体互作关系,及强毒株的致弱机制提供基础。 相似文献
2.
犬瘟热是一种接触性传染病,可侵害免疫系统、呼吸系统、消化系统,甚至神经系统,导致全身性的病理变化,对宠物犬、毛皮动物等存在巨大威胁。目前常用的胶体金检测法不能有效区分疫苗免疫与动物自然感染。为建立一种高效准确的鉴别犬瘟热病毒野毒株和疫苗株的检测方法,本试验对从武汉地区收集已确诊犬瘟热的6只犬分离得到的野毒株以及3株广泛使用的CDV疫苗株进行全基因组测序,从氨基酸水平和碱基水平比对分析后,确定H基因为AS-PCR引物设计的靶基因。通过对H基因进行分型,发现武汉地区流行的CDV均为Asia-Ⅰ型,而疫苗株Y2为America-I型,疫苗株Y1和Y3均为America-Ⅱ型。对比179株Asia-Ⅰ型（6株野毒株样品+173株GenBank Asia-Ⅰ型）与3株疫苗株的CDV-H基因序列,采用AS-PCR技术（3'端错配）设计出1对能有效区分犬瘟热Asia-Ⅰ型野毒株和疫苗株的特异性引物,上游引物序列为5'-TTAAATGATAATGACATAGTG-3',下游引物序列为5'-CCTGGCAAGGCAAGA-3'。结果显示该引物有较强的特异性,6株样品野毒株均可扩增出长894 bp的片段,疫苗株不能扩增,且野毒株的H基因上存在9个较为规律的碱基（氨基酸）变异位点,而疫苗株在第277位氨基酸上均为天冬酰胺,这些变异可能导致N-糖基化位点的增加,从而对犬瘟热病毒疫苗株的毒力产生影响。本研究建立的AS-PCR方法能有效区分犬瘟热疫苗和Asia-Ⅰ型野毒株。 相似文献
3.
《中国动物传染病学报》2017,(2)
本研究对犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)安徽分离株(CDV-AH株)的全基因组序列进行了测定和分析。根据GenBank上已发表的部分CDV基因组全长序列设计了8对特异性引物,RT-PCR方法分段扩增出CDV-AH株的全基因组序列。采用DNAStar软件和MEGA软件对CDV-AH株与其他CDV毒株的基因序列进行了比对和分析,并绘制系统进化树。结果显示,CDV-AH株全长15 690 bp,编码6种结构蛋白(N、P、M、F、H和L),与CDV-PS株核苷酸序列同源性最高,为98.8%,而与CDV-1以及Onderstepoort等疫苗株的序列同源性较低,为92.1%。CDV-AH株在保守区域出现15处氨基酸突变,这些突变对其所编码蛋白结构和功能的影响需要进一步研究。基于H基因序列的系统进化分析表明,CDV-AH株与其他CDV野毒株共同形成一个拓扑群,属于亚洲Ⅰ型。 相似文献
4.
小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列的克隆及序列分析 总被引：2，自引：1，他引：1
本研究对军事兽医研究所病毒二室分离驯化后的小熊猫源犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)基因组进行全序列测定,并对其基因组特征及H基因遗传稳定性进行比较分析。根据GenBank公布的犬瘟热病毒全长基因组序列设计合成17对特异性引物,以小熊猫源犬瘟热病毒总RNA为模板,RT-PCR进行分段扩增,并克隆到pEASY-Blunt Simple载体中,经测序、拼接获得全长cDNA序列。结果显示,小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列与GenBank登录号分别为AF014953、AY445077、AY542312、AY466011、AY386316、AF164967、EU716337、EU726268、AY443350、AB474397、GU138403和AY649446的12个不同毒株全基因序列的同源性分别为86.6%、92.4%、92.5%、92.5%、94.3%、96.3%、95.9%、87.1%、94.5%、92.3%、87.4%和94.6%,与标准强毒株A75/17株(AF164967)的亲缘关系最近,全基因同源性达96.3%,但与疫苗株Onderstepoort(AF014953)亲缘关系相对较远,同源性为86.6%。小熊猫源犬瘟热病毒H基因与其他不同地区具有代表性的30株CDV进化树分析显示,小熊猫源犬瘟热病毒属于Asia Ⅰ型,H蛋白中309－311位氨基酸残基所形成的潜在糖基化位点,为疫苗株没有而野毒株所共有的,并且可能与病毒的免疫原性有关。因此,致弱的小熊猫源CDV在预防免疫的针对性上可能强于已有的疫苗株。 相似文献
5.
根据GenBank上登录的犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）基因组全序列，选择CDV强、弱毒株间有区别保守区设计了一对通用引物P1和P4，并在该对引物跨越区域的内部设计了CDV强毒株特异性引物P2及弱毒株特异性引物P3，用引物P1／P4进行RT—PCR，然后用引物P2／P3／P4进行复合套式PCR，建立了一种能区分CDV强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应（RT—nPCR）的鉴别诊断方法。应用该方法从CDV强、弱毒株的基因组中分别扩增出了大小为247bp和177bp的特异性片段，从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为247bp和177bp的两条特异性片段，与犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒、新城疫病毒的细胞培养物以及正常细胞对照组进行复合RT—nPCR扩增时均为阴性。对从黑龙江省和吉林省采集的20份疑似CDV病料进行的检测结果表明，有15份类似CDV强毒，5份类似CDV弱毒。本研究建立的复合RT—nPCR可以有效检测CDV感染，能够将强、弱毒株区分开，可用于临床快速检测、流行病学监测以及追踪疫苗免疫效果等。 相似文献
6.
为建立一种能够区分猪瘟病毒(CSFV)强毒与弱毒疫苗C株的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR结合熔解曲线分析方法,本研究对GenBank中登录的25株CSFV强毒株和兔化弱毒疫苗C株全基因组序列进行比较分析,设计一对共用下游引物以及分别针对CSFV强毒株与弱毒疫苗的特异性上游引物,其Tm值分别为84.5±0.5℃和88.5±0.5℃,熔解曲线分析显示为单特异峰.检测结果显示本实验建立的鉴别CSFV强毒感染与弱毒疫苗的荧光定量RT-PCR结合熔解曲线分析方法特异性强,对其他相关病毒无特异性扩增;敏感性高,最低检出量为5×RID50的细胞疫苗基因组拷贝;重复性好;并且扩增效率高、线性范围广、检测时间短,可对免疫猪群中CSFV强毒感染做出快速准确的鉴别检测,为有效防制猪瘟提供依据. 相似文献
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为了建立鉴别检测小反刍兽疫疫苗毒与野毒的快速分子生物学检测方法,通过对自行测序的疫苗毒基因组序列及GenBank中登录的野毒基因组序列进行比对分析,设计了2套引物和TaqMan荧光探针,对实时荧光RT-PCR反应条件进行优化,建立了小反刍兽疫疫苗毒与野毒实时荧光RT-PCR鉴别检测方法。特异性试验证实,该检测方法只能检测到目的病毒核酸,表明其具有良好的特异性。灵敏性试验发现,检测疫苗株的最低检测限可达1．38mg／L的总RNA,检测野毒株的最低检测限为0．16mg／L的核酸。对同一样品进行重复性检测,检测的荧光扩增曲线阈值完全重舍,证明其重复性极好。从180份临床样品中,检测出2份疫苗病毒株阳性样品,其余均为阴性。结果表明,本研究所建立的实时荧光RT-PCR方法能对小反刍兽疫疫苗毒及野毒进行鉴别检测,具有特异性好、灵敏度高、重复性极好的优点,是开展小反刍兽疫疫情监测的有力工具。 相似文献
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新型反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)鉴别猪瘟强毒和弱毒疫苗方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
对GenBank中登录的25株猪瘟病毒强毒株和兔化弱毒疫苗株基因组全序列进行比较分析,在其高度保守区设计1对通用引物,扩增片段为609bp,并在该对引物扩增区域内设计针对疫苗弱毒的特异引物,扩增片段为237bp,建立一种能够区分猪瘟病毒强毒和疫苗弱毒的敏感、特异、重复性好的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)鉴别诊断方法。该方法能将我国大陆地区流行的不同基因亚群的猪瘟病毒强毒与疫苗弱毒完全区分开来,且不与牛病毒性腹泻病毒及其他猪源病毒发生非特异反应。应用本试验建立的反转录-复合套式聚合酶链式反应(RT-nPCR)方法可以及早对猪瘟作出准确诊断,并可将强毒感染猪迅速从弱毒疫苗免疫猪群中筛选出来,减少了未感染免疫猪被误杀的可能性。 相似文献
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水貂犬瘟热CDV_3疫苗株基因组序列测定及H基因遗传稳定性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对水貂犬瘟热CDV3疫苗株基因组进行全序列测定与分析,以阐明该疫苗株的来源亲本毒株,基因特征及H基因遗传稳定性。将CDV3疫苗株基因组cDNA分9个重叠片段进行RT-PCR并克隆入pMD 18-T载体中,测定全长cDNA序列。并与CDV野毒参考株和疫苗株N、F和H基因氨基酸序列比对分析其基因变异情况。通过对CDV3疫苗株6个不同生产批次(Vero细胞培养代次)H基因序列测定以分析毒株的分子遗传稳定性。基因序列分析结果表明:CDV3疫苗株基因组全长15 690 bp,与CDV野毒株基因组同源性较低(93.0%~95.3%)。H基因核苷酸和氨基酸序列与Lederle疫苗株(EF418783)同源性最高,分别为99.6%和98.7%。而6个不同培养代次CDV3疫苗株H基因氨基酸序列无任何差异。由此证实CDV3疫苗株的亲本毒株与Lederle疫苗株有着最密切关系,不同培养代次的CDV3疫苗株H基因具有较高的遗传稳定性。 相似文献
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禽出败即禽霍乱(fowl cholera,FC),又称禽巴氏杆菌病、禽出血性败血症,是由多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida)引起的家禽和野禽的急性败血性传染病。通常呈急性败血性经过和剧烈下痢,死亡率高。近年来在清新县的高田、清城区的东城、源潭、石角等地养鸡场陆续发生禽出败,用药治疗可以控制鸡的死亡,停药2～3 d后鸡 相似文献
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H. S. Siegel 《British poultry science》1995,36(1):3-22
1. Stress describes the bird's defence mechanisms and a stressor is the situation that elicits the defence response.
2. As the environment can be viewed as a composite of interacting stressors, the bird's success in coping with its environment depends on the severity of the stressors and the physiological ability to respond properly and thus maintain homeostasis.
3. The neural, endocrine and more recently immune systems are considered to be integrators of the stress response. Although stress responses may be necessary for survival in wild bird populations, they are often detrimental to efficient growth, skeletal integrity and disease resistance in domesticated fowl.
4. Stress responses are modified by the genetic components. 相似文献
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紫花苜蓿内生细菌的拮抗作用及优良拮抗菌株的鉴定和生物功能 总被引：1，自引：0，他引：1
从紫花苜蓿(Medicago sativa)茎部及根部分离内生细菌,采用对峙培养法测定内生细菌对紫花苜蓿根腐病菌厚垣镰孢菌(Fusarium chlamydosporum)、辣椒根腐病菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)和茄镰孢菌(Fusarium solani)、黄瓜枯萎病菌(Fusarium oxysporum)、马铃薯枯萎病菌(Fusarium oxysporum)和核桃枝枯病菌燕麦镰刀菌(Fusarium avenaceum)和锐顶镰刀菌(Fusarium acuminatum)的拮抗作用,测定优良拮抗菌株的固氮、溶磷(无机磷)和分泌生长素的能力,并对所筛选的优良拮抗内生细菌进行形态学特征和16S?rDNA基因序列分析鉴定.结果表明,从紫花苜蓿茎部及根部共分离得到的80株内生细菌中,39株对紫花苜蓿根腐病菌的抑菌率高于50％,9株抑菌率在61％以上,分别为MS-43?(63.96％)、MS-40?(63.75％)、MS-46?(63.54％)、MS-2?(63.13％)、MS-31?(62.29％)、MS-52?(62.08％)、MS-80?(61.88％)、MS-55?(61.46％)和MS-33?(61.25％);MS-33、MS-40、MS-43、MS-46和MS-52对其他6株镰刀菌(Fusarium spp.)的抑菌率均高于60％,MS-43的平均抑菌率达66.11％,具有固氮能力和分泌生长素能力;通过培养性状、形态特征和16S?rDNA序列相似性分析,菌株MS-43属于类芽孢杆菌属(Paenibacillus). 相似文献
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Schiller I Schifferli A Gysling P Pospischil A 《Veterinary journal (London, England : 1997)》2004,168(1):74-80
Porcine Chlamydiaceae were cultivated under various culture conditions and we compared their growth characteristics with those of ruminant and avian strains. The combination of centrifugation assisted cell culture infection and cycloheximide treatment of Vero cell coverslip cultures provided the highest inclusion numbers with all chlamydial strains. Interestingly, the use of Iscove's modified Dulbecco's medium instead of Eagle's minimal essential medium significantly increased Chlamydia suis inclusion counts. C. suis and Chlamydophila pecorum inclusion numbers were markedly increased in CaCo cells, compared with Vero cells. This accelerated growth of porcine Chlamydiaceae under certain cultivation conditions may be helpful for the propagation of low chlamydial numbers or for their isolation from field samples. The intracellular distribution of porcine Chlamydiaceae in polarised CaCo cells clearly demonstrated differences between the chlamydial strains: C. pecorum 1710S inclusions were predominantly localised in the apical cytoplasm, C. suis S45 inclusions, however, were mostly situated in lower cytoplasmatic compartments. These findings might reflect biological differences in vivo. 相似文献
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Paulauskas A Radzijevskaja J Rosef O 《Comparative immunology, microbiology and infectious diseases》2012,35(2):187-195
The zoonotic rickettsial pathogen Anaplasma phagocytophilum has a broad geographic distribution and a high degree of biological and clinical diversity. To investigate the genetic diversity of A. phagocytophilum strains in the Baltic region and Norway, three species of Ixodidae ticks were examined for A. phagocytophilum infection, and two genes of the pathogen genome were analyzed. Analysis of partial 16S rRNA and partial major surface protein (msp4) gene sequences was accomplished through nested PCR and sequence analysis. Strains identified in this study were compared with those originating from other European countries and the United States. Seven 16S rRNA gene variants and fifteen msp4 gene variants of A. phagocytophilum were detected. Nine sequences had unique nucleotide polymorphisms and therefore differed from other A. phagocytophilum sequences previously submitted to GenBank. The present study represents the first molecular characterization of A. phagocytophum strains circulating in Lithuania and describes the strains detected in Ixodes persulcatus ticks in Latvia and Estonia. This is also the first report describing A. phagocytophilum strains isolated from Dermacentor reticulatus ticks. 相似文献
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Histophilus somni causes bovine pneumonia, septicemia, myocarditis, thrombotic meningoencephalitis and arthritis, as well as a genital or upper respiratory carrier state in normal animals. However, differences in virulence factors among strains are not well studied. The surface and secreted immunoglobulin binding protein A (IbpA) Fic motif of H. somni causes bovine alveolar type 2 (BAT2) cells to retract, allowing virulent bacteria to cross the alveolar monolayer. Because H. somni IbpA is an important virulence factor, its presence was evaluated in different strains from cattle, sheep and bison to define whether there are syndrome specific markers and whether antigenic/molecular/functional conservation occurs. A few preputial carrier strains lacked IbpA by Western blotting but all other tested disease or carrier strains were IbpA positive. These positive strains had either both IbpA DR1/Fic and IbpA DR2/Fic or only IbpA DR2/Fic by PCR. IbpA Fic mediated cytotoxicity for BAT2 cells and sequence analysis of IbpA DR2/Fic from selected strains revealed conservation of sequence and function in disease and IbpA positive carrier strains. Passive protection of mice against H. somni septicemia with antibody to IbpA DR2/Fic, along with previous data, indicates that the IbpA DR1/Fic and/or DR2/Fic domains are candidate vaccine antigens for protection against many strains of H. somni. Since IbpA DR2/Fic is conserved in most carrier strains, they may be virulent if introduced to susceptible animals at susceptible sites. Conservation of the protective IbpA antigen in all disease isolates tested is encouraging for development of protective vaccines and diagnostic assays. 相似文献
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