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1.
为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）遗传变异情况，本研究采用首尾重叠的11对特异性引物，对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增，将扩增片段进行反复测序，序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列，应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析，并构建系统进化树。结果显示，SH202003株基因组全长为15 690 bp，编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L），H和L基因间隔序列为CUA，L和5'端尾随序列为CAA，与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高，达到98.6%和96.6%，与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%，氨基酸相似性只有82.7%~87.0%；全基因进化树中，SH202003株与流行野毒株在同一分支，与疫苗株在不同的分支；H基因同样与Hebei株亲缘关系最近，核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%，与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远；SH202003株处于Asia-1型分支，属于Asia-1型强毒株；SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点，与强毒株Hebei株一致。研究表明，上海株SH202003属于CDV强毒株，为Asia-1型，其H基因序列相对保守，具有9个潜在N-糖基化位点，但是全基因序列存在较多突变，与疫苗株的匹配度较差，可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。 相似文献
2.
为了解1株圈养小熊猫源犬瘟热病毒（CDV）GD-1的遗传变异情况,通过RT-PCR方法对该株CDV进行H、F基因的克隆、测序及序列分析。结果显示：该分离株的H基因序列与GenBank中丹麦报道的登录号为GU266280的犬源CDV毒株的核苷酸序列相似性最高,为96%;F基因序列与巴西报道的登录号为KY057355的犬源CDV的核苷酸序列相似性最高,为95.7%。下载CDV代表毒株序列进行遗传演化、氨基酸序列比对及分子特征分析。结果显示：H蛋白共有8个潜在的N-糖基化位点,分别位于19、149、309、391、422、456、587、603位点;H蛋白的SLAM受体结合位点氨基酸序列与欧亚野生型毒株一致,与疫苗株相比,530、549位氨基酸不同,与其他CDV参考毒株H蛋白相比还存在24、41等9处氨基酸位点发生明显变异,与标准强毒株A75/17的氨基酸相似性为95.2%,与Onderstepoort、Convac等5株疫苗株的氨基酸序列相似性为88.2%~89.3%;F蛋白共有6个N-糖基化位点,分别位于62、108、141、173、179、517位,与Onderstepoort等疫苗株氨基酸相似性为89.1%~89.7%;与其他参考毒株相比还存在115、130等11处氨基酸发生变异;构建基于H、F基因的遗传进化树,结果显示：该毒株位于Asia-4型的一个小的进化分支,这与目前我国流行毒株主要位于Asia-1型存在明显不同。本研究首次报道了小熊猫源的Asia-4基因型CDV野毒株,并对毒株的H及F基因进行了序列分析,对于了解我国CDV流行株的遗传变异情况、流行病学调查、疾病防控及疫苗研发等具有重要意义。 相似文献
3.
《动物医学进展》2021,42(1)
为了解济南市犬瘟热病毒(CDV)的流行情况,通过随机采集7份济南市2019年1月-6月份宠物医院疑似感染CDV的临床样品,提取病毒RNA,扩增CDV H基因全长序列,连接至载体,测序后进行H基因序列的氨基酸及核苷酸同源性分析、进化树分析、主要氨基酸位点突变分析以及H基因抗原表位预测分析。结果显示,7个野毒株均为Asia-Ⅰ型,H基因核苷酸同源性为98.7%～99.9%,氨基酸同源性为98.7%～100%,与疫苗株相比差异较大,核苷酸、氨基酸同源性分别为90.0%～90.9%和88.8%～91.4%。主要氨基酸位点突变分析表明,除SD-07为8个潜在天冬酰胺糖基化位点,其余6株均为9个潜在天冬酰胺糖基化位点。H基因抗原性预测分析表明,7个野毒株与疫苗株相比存在明显的差异。研究结果表明,济南市犬瘟热病毒株以Asia-Ⅰ型为主,野毒株同源性与疫苗株相比差异较大,不同毒株间存在遗传多样性。 相似文献
4.
犬瘟热是犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)感染犬和其他食肉动物造成的多发性、致死性传染病,本文从分子水平上探讨CDV遗传进化特性、变异情况与流行规律之间的关系.通过收集2002-2010年在中国地区分离的14株CDV野毒株、2006-2007年在全球各地分离的12株CDV野毒株以及从不同宿主分离的12株CDV野毒株和4株疫苗株,将其分为4组,将前3组野毒株分别与国内外正在使用的4株疫苗株的H基因进行遗传变异分析.分析发现,CDV野毒株与疫苗株间H蛋白基因的核苷酸相似性为86.2％～92.1％,其氨基酸相似性为89.1％～91.9％;H基因的584位的天冬酰胺糖基化位点是Asia-Ⅰ型CDV所特有的;H蛋白3555区域的非同义氨基酸替换概率较高.作者推测H蛋白抗原变异可能造成弱毒疫苗免疫效力降低,不能为某些CDV株的感染提供完全有效的保护. 相似文献
5.
辽宁部分地区宠物犬犬瘟热病毒分子流行病学调查与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解犬瘟热病毒(CDV)遗传变异情况,先后从辽宁省沈阳、锦州、辽阳等地区的9个宠物医院收治的临床疑似犬瘟热(CD)病犬中采集了165份拭子样品及组织病料。利用CD抗原检测试纸条、RT-PCR检测方式筛选到8份阳性样品。H基因序列分析结果显示该8株CDV野毒株之间的H基因同源性为97.6%~99.9%,与疫苗(Onderstepoort)同源性为89.1%~90.9%;基因遗传进化显示,该8株毒株属于国内当前流行的Asia-1型,来源于沈阳的SY-35株与在北京发现的CDV强毒株BJ-09在同一进化分枝,其余来源于沈阳、锦州和辽阳的7株与东北地区流行的CDV在同一进化分枝;氨基酸序列比对结果显示,H蛋白在氨基酸235~245,415~425,595~605等处存在高变异,H蛋白3 555位置氨基酸的非同义置换概率相对比较高;糖基化位点以及抗原表位预测分析显示该8株CDV的H基因糖基化位点和抗原表位方面均与Asia-1型CDV野毒株相似,但与疫苗株相比变异较大,特别是我们发现JZ-6株丢失了1个潜在N-糖基化位点。结果表明:辽宁地区宠物犬CD流行以Asia-1型CDV为主,不同病毒株间存在遗传多样性。 相似文献
6.
为了解近年来犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)在中国毛皮动物主要养殖区的流行情况及遗传变异情况,本试验于2012-2014年从山东、河北、辽宁收集疑似犬瘟热的水貂、狐狸和貉病料,经犬瘟热抗原检测试纸条检测和RT-PCR检测为阳性后,克隆测序了15株CDV F蛋白信号区(Fsp)基因序列.序列分析结果显示,15株CDV野毒株Fsp基因核苷酸序列和氨基酸序列的相似性均为93.6%~100.0%,与疫苗株相似性为80.7%~81.7%.基因系统进化分析结果显示,15株野毒株均属于中国当前流行的Asia-1基因型.氨基酸序列比对分析结果显示,Fsp蛋白在氨基酸3-14、16-37、47-67位等处存在高变异.通过对当前流行CDV野毒株Fsp基因序列分析,结果表明该Fsp基因区具有较高的变异率,可作为CDV基因分型的依据,同时本试验结果为毛皮动物犬瘟热的防控提供了参考依据. 相似文献
7.
《中国预防兽医学报》2016,(3)
为分离鉴定以及分析我国毛皮动物中流行的犬瘟热病毒(CDV),本研究采用Vero-SLAM细胞从山东省荣成市某养殖场疑似CDV感染狐狸的肺脏样品中分离到1株病毒,经RT-PCR、病毒形态观察、间接免疫荧光试验、动物回归试验等鉴定,确认该分离株为CDV野毒株,命名为SD(14)7。对其H基因进行克隆和测序分析,结果表明,SD(14)7与其他Asia-1型野毒株H基因的相似性为97.1%~99.6%,其中与SD(12)1和SD(13)5的相似性最高,分别为99.5%和99.6%,与CDV强毒株He Bei株的相似性为97.8%,与疫苗株CDV3、Onderstepoort、Snyder Hill以及ConvacH基因的相似性为90.4%~90.9%。H基因系统发育树分析表明,SD(14)7株属于Asia-1型,为我国当前流行的野毒株。氨基酸序列分析显示,SD(14)7株H蛋白发生了I542N和Y549H突变,在aa542~aa544位增加了1个潜在的N-糖基化位点,潜在的N-糖基化位点数增加至10个。本研究为CDV毒力变化和宿主嗜性的研究提供了参考依据。 相似文献
8.
北京地区犬瘟热病毒分离株H基因的分型 总被引：2，自引：0，他引：2
根据发表的犬瘟热病毒(CDV)参考毒株Onderstepoort的序列设计了一对引物,以感染犬瘟热病毒的犬的粪便总RNA为模板,RT-PCR扩增出17株CDV的H全基因1877bp的片段,将这个片段连接到pGEM-Teasy载体上,经酶切鉴定得到阳性克隆,将阳性质粒进行序列测定,并与国内外毒株进行同源性比较和系统发育分析,结果显示17株均为Asia-1型。北京地区流行的毒株主要是America-1型和Asia-1型,其中2007年主要流行America-1(疫苗型),而2008年主要是Asia-1型。 相似文献
9.
水貂犬瘟热CDV_3疫苗株基因组序列测定及H基因遗传稳定性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对水貂犬瘟热CDV3疫苗株基因组进行全序列测定与分析,以阐明该疫苗株的来源亲本毒株,基因特征及H基因遗传稳定性。将CDV3疫苗株基因组cDNA分9个重叠片段进行RT-PCR并克隆入pMD 18-T载体中,测定全长cDNA序列。并与CDV野毒参考株和疫苗株N、F和H基因氨基酸序列比对分析其基因变异情况。通过对CDV3疫苗株6个不同生产批次(Vero细胞培养代次)H基因序列测定以分析毒株的分子遗传稳定性。基因序列分析结果表明:CDV3疫苗株基因组全长15 690 bp,与CDV野毒株基因组同源性较低(93.0%~95.3%)。H基因核苷酸和氨基酸序列与Lederle疫苗株(EF418783)同源性最高,分别为99.6%和98.7%。而6个不同培养代次CDV3疫苗株H基因氨基酸序列无任何差异。由此证实CDV3疫苗株的亲本毒株与Lederle疫苗株有着最密切关系,不同培养代次的CDV3疫苗株H基因具有较高的遗传稳定性。 相似文献
10.
采用Vero/SLAM细胞,从疑似犬瘟热病毒(CDV)感染犬的眼鼻分泌物拭子中分离到1株病毒,经细胞病变(CPE)观察、RT-PCR检测和间接免疫荧光试验鉴定,确定该分离株为CDV,命名为BJ16B2。对其H基因进行克隆和测序分析,BJ16B2株属于Asia-1型;潜在N-糖基化位点分析,共有9个位点,且在309~311位点,为强毒株。同源性比对分析发现,BJ16B2与参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为88.7%~99.5%和86.5%~99.5%。其中与Asia-1型SY株同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性均为99.5%,与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac以及Onderstepoort亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.6%~91.1%和90.3%~91.4%。强毒株BJ16B2的成功分离以及对其H基因序列分析,有利于进一步了解当前中国CDV流行株变异情况,为CDV毒力变化和宿主嗜性的研究提供参考依据。 相似文献
11.
Canine distemper (CD) is a contagious disease, which can damage the immune system, respiratory system, digestive system, and even nervous system, leading to systemic pathological changes, and has a huge threat to pet dogs, fur animals, etc. At present, the commonly used colloidal gold test cannot effectively distinguish vaccine immunity from animal natural infection. To establish an efficient and accurate detection method for identifying wild strains and vaccine strains of canine distemper virus(CDV), the whole genome of six canine distemper wild strains isolated from dogs and three widely used CDV vaccine strains collected from Wuhan area were sequenced. After comparing and analyzing the amino acid and the base sequences, the H gene was determined as the target gene for AS-PCR primer design. By genotyping the H gene, it was found that the prevalent CDVs in Wuhan were all Asia-Ⅰ, while the vaccine strain Y2 was America-I, and the vaccine strains Y1 and Y3 were both America-Ⅱ. Comparing the CDV-H gene sequences of 179 Asia-Ⅰtypes (6 wild-type strain samples + 173 GenBank Asia-Ⅰtype stains) and 3 vaccine strains, using AS-PCR technology (3'mismatch) to design a pair of primers. It can effectively distinguish CDV Asia-I wild strain and vaccine strain. The upstream primer sequence is 5'-TTAATATAATAATGACAGTG-3', and the downstream primer sequence is 5'-CCTCAAGGGGCACA-3'. The results showed that the primer had a strong specificity and the wild strains could amplify an 894 bp fragment, while the vaccine strains could not. There are 9 more regular bases (amino acids) variation sites in H gene of wild strain, and the 277th amino acids of all vaccine strains are Asparagine. These mutations may lead to an increase in N-glycosylation sites, which will have an impact on the virulence of canine distemper virus vaccine strains. The AS-PCR method established in this study can effectively distinguish the canine distemper vaccine and Asia-Ⅰwild strains. 相似文献
12.
为了解山东地区水貂犬瘟热病毒(CDV)遗传变异特征,采集水貂养殖场的发病水貂病料,通过RT-PCR鉴定为CDV阳性,将阳性病料接种Vero/Dog SLAM细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光、电镜负染、测序等方法鉴定,得到4株犬瘟热病毒,分别命名为WD1株、WD2株、WX1株和WX2株。分离株H基因测序结果显示,WD1株、WD2株、WX1株均为Asia-Ⅰ型,其中WD1和WD2与近几年仅在水貂和狐狸养殖场流行的新犬瘟热毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.5%~99.2%和97%~99%;WX-1型与国内犬源HL001株的同源性最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.6%和99.5%;WX2与疫苗株同属于一个分支,与疫苗毒Lederle株核苷酸和氨基酸序列同源性高达99.5%和98.8%。结果表明,水貂养殖场存在多株犬瘟热病毒混合感染的情况,提醒养殖场应注意防控,该结果也为犬瘟热病毒分子流行病学积累了资料。 相似文献
13.
为了对1例貉源犬瘟热(CD)进行病毒检测并分析其血凝素H基因变异情况,本研究从1只疑似犬瘟热病死的貉采病料进行研磨,利用RT-PCR方法扩增犬瘟热病毒H基因,对扩增出的H基因片段进行克隆测序,并对得到的H基因序列进行分析。结果表明,该貉感染犬瘟热病毒,得到的H基因核苷酸和氨基酸序列与CDV野毒株同源性较高,分别为89.1%~98.0%和85.4%~97.5%。遗传进化分析表明其属于Asia-1型野毒株,N连接糖基化位点分析结果表明,该毒株在542aa处比参考野毒株多了1个潜在的N糖基化位点,在525aa-550aa间多出了1个抗原表位。 相似文献
14.
Jian-Jun Zhao Xi-Jun Yan Xiu-Li Chai Vito Martella Guo-Liang Luo Hai-Ling Zhang Han Gao Ying-Xue Liu Xue Bai Lei Zhang Tao Chen Lei Xu Chun-Fei Zhao Feng-Xue Wang Xi-Qun Shao Wei Wu Shi-Peng Cheng 《Veterinary microbiology》2010,140(1-2):34-42
Canine distemper virus (CDV) infects a variety of carnivores, including wild and domestic Canidae. Genetic/antigenic heterogeneity has been observed among the various CDV strains, notably in the haemagglutinin (H) gene, that appears as a good target to gather epidemiological information. Based on sequence analysis of the H gene, wild-type CDV strains cluster into distinct geographic lineages (genotypes), irrespective of the species of isolation. The sequence of the H gene of 28 CDV strains detected from both vaccinated and non-vaccinated breeding foxes, raccoon dogs and minks from different geographical areas of China during the years 2004–2008 was determined. All the CDV strains but two (strains HL and HLJ2) were characterized as Asia-1 genotype and were highly similar to each other (96.2–99.7% at the amino acid [aa] level) and to other Asia-1 strains (96.1–99.5% aa) previously detected in China. The CDV strains HL and HLJ2 were both collected from foxes in Heilongjiang province in 2005. Strain HL resembled CDVs of the Arctic genotype (GR88-like) and displayed high aa identity (98.0%) to the Chinese canine strain Liu. By converse, strain HLJ2 was barely related to CDVs of the Asia-2 genotype (88.7–90.3% aa identity), and could represent a novel CDV genotype, tentatively proposed as Asia-3. These results suggest that at least three different CDV genotypes, distantly related (81.8–91.6% aa identity) to the vaccine strains, Onderstepoort-like (America-1 genotype), are currently circulating in breeding foxes, raccoon dogs and minks in China, and that the genotype Asia-1 is predominant. Whether the diversity between wild-type CDVs and the vaccine strains may affect, to some extent, the efficacy of the vaccines deserves further investigations. 相似文献
15.
为建立一种鉴别犬瘟热病毒(CDV)野毒株与疫苗株的反转录-环介导等温扩增方法(RT-LAMP),本研究通过比对野毒株与疫苗株H基因设计特异性引物,对反应体系中的Mg2+、Betaine、Bst DNA Polymerase、dNTP和反应温度等条件分别进行优化,建立用于鉴别检测CDV野毒株与疫苗株的RT-LAMP。建立的RT-LAMP方法检测CDV野毒株时,在65℃水浴锅中反应40 min即可完成。该方法具有高度特异性,对犬细小病毒、犬腺病毒、狂犬病毒、犬冠状病毒无交叉反应,敏感度可达40 copies/μL,是常规RT-PCR方法的100倍。 相似文献
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根据GenBank上登录的犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）基因组全序列，选择CDV强、弱毒株间有区别保守区设计了一对通用引物P1和P4，并在该对引物跨越区域的内部设计了CDV强毒株特异性引物P2及弱毒株特异性引物P3，用引物P1／P4进行RT—PCR，然后用引物P2／P3／P4进行复合套式PCR，建立了一种能区分CDV强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应（RT—nPCR）的鉴别诊断方法。应用该方法从CDV强、弱毒株的基因组中分别扩增出了大小为247bp和177bp的特异性片段，从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为247bp和177bp的两条特异性片段，与犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒、新城疫病毒的细胞培养物以及正常细胞对照组进行复合RT—nPCR扩增时均为阴性。对从黑龙江省和吉林省采集的20份疑似CDV病料进行的检测结果表明，有15份类似CDV强毒，5份类似CDV弱毒。本研究建立的复合RT—nPCR可以有效检测CDV感染，能够将强、弱毒株区分开，可用于临床快速检测、流行病学监测以及追踪疫苗免疫效果等。 相似文献